XLOC_009398 (bloc1s3)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009398
gene name bloc1s3
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 35036368 ~ 35126632 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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>TCONS_00018485
GTTTTATCGTGGAGCGTCCTGCTAAGATTATAAGCAGTTGTGGCGATGGCTGATGGCTGCAGaccatgtgtttttattttggttgTTTTACTGCTGCTGCCCTCAGCCATCATGGCGTACAGGCCAGTGCTTATTGTTCACGGGCTGTTTGGTGGACCTGTACAGATGACACCGTTGGTGAACTTAATTAAAGAGTCTCATCCAGGTACGAGTGTGACTGCAGTATCTCTGTATGACTACACGGACAGTGTGAAGCCAATGTGGGATCAGGTGGAAGGCTTTAAAAAGGTTCTCCAACCCATCATTGAGAGTACTGGAGATGGTGTCCATCTTATCTGCTACTCGCAAGGTGGTTTGATATGTCGAGGAGTTCTTGCTACTCTTCCTCAACACAATGCTCACTCTGTGATATTCCTGTCTTCACCGCTAGCTGGCCAGTATGGAGTTACAAGGGCCATCAGCGGTGTGTTCCCTAAACTGCCTAAGTCCTCACTGCACAATGTTTGTTATACTGAACTTGGACAAAAAACCTCCTTCTGCAGCTACTGGAATGATCCACATCATAGAGAGAAATACTTGAATTCCAGTGTCTTTCTGGCCCCGCTGAATGGAGAAGTTGAACATGTCAACTCAACAGAGTGGCGAAACAATTTTCTGCGCATAAAAACCATGGTGTTGATTGGCGGACCAAATGATGGTGTTATCTTACCGTGGCAATCAAGTATGTTCGGGTCTTTTGACAGTGATGGAAAGGTGATTGATATGGAAAATCAGGATTTTTATGTAAGGGATACTTTTGGCCTGAAAACACTGAAATCCCAAAGTGCCGTGTGGAAGTGTATCGTTCCTGGTGTTAAACACAATTTCTGGCCCTCAGACCCCAGGGTCTTCCAGAACTGCATAGAAAAGTGGCTCACGTAATCACAATCCTGTACGTCaattctcaaactcaattcctggagggccgcagctctgcaaggtttagctccaaccatccCCAACCCACTTCTGCTTTTCAGATCAgctgttttattagggttggagctgtgCCGAGCTGACACCCTCCAGGAATTAAGACTTGCTGTATGCTTGAAGTAATGTGTCTAGATTTGTACTCctttttaacacaaataaataaactatattttttgttatttgagta

Function

symbol description
bloc1s3 Predicted to be located in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in Hermansky-Pudlak syndrome 8. Orthologous to human BLOC1S3 (biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 3).

GO: NA

KEGG:

id description
ko04131 Membrane trafficking

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050913-10 Predicted to be located in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in Hermansky-Pudlak syndrome 8. Orthologous to human BLOC1S3 (biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 3).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000014208 ENSDARG00000068828 ENSDARG00000093176 ENSDARG00000097344

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018476 False 4449 mRNA 0.39 4 35036368 35101143
TCONS_00018477 False 4813 mRNA 0.39 5 35036368 35126632
TCONS_00018478 False 1430 mRNA 0.40 3 35094493 35101292
TCONS_00018479 False 952 mRNA 0.47 3 35094965 35100858
TCONS_00018480 False 649 mRNA 0.53 2 35095196 35098345
TCONS_00018481 False 933 nonsense_mediated_decay 0.51 4 35095205 35112786
TCONS_00018482 False 2264 mRNA 0.44 7 35102456 35112937
TCONS_00018483 False 1197 mRNA 0.44 9 35102458 35112949
TCONS_00018484 False 2091 mRNA 0.43 8 35114784 35126632
TCONS_00018485 True 1162 mRNA 0.45 9 35115332 35126332

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009397 arhgef28b coding downstream 4845 35004547 ~ 35031523 (-)
XLOC_009396 dhx16 coding downstream 101584 34899645 ~ 34934784 (-)
XLOC_009395 rnf183 coding downstream 143673 34886480 ~ 34892695 (-)
XLOC_009394 BX629344.1 coding downstream 150744 34881013 ~ 34885624 (-)
XLOC_009393 mgat1a coding downstream 157980 34867518 ~ 34878388 (-)
XLOC_009399 si:ch211-272b8.7 coding upstream 3989 35130621 ~ 35134918 (-)
XLOC_009400 agfg1a coding upstream 29782 35156414 ~ 35212462 (-)
XLOC_009401 mrpl44 coding upstream 87914 35214546 ~ 35224481 (-)
XLOC_009402 mff coding upstream 100041 35226673 ~ 35252548 (-)
XLOC_009403 mecom coding upstream 246275 35372907 ~ 35410860 (-)
XLOC_009389 NA non-coding downstream 428962 34602522 ~ 34607406 (-)
XLOC_009383 FP017158.1 non-coding downstream 756833 34279421 ~ 34279535 (-)
XLOC_009376 CR855379.2 non-coding downstream 1148701 33868661 ~ 33887667 (-)
XLOC_009377 NA non-coding downstream 1159037 33869579 ~ 33877331 (-)
XLOC_009371 NA non-coding downstream 1354690 33665924 ~ 33681678 (-)
XLOC_009404 CR848683.2 non-coding upstream 287834 35414466 ~ 35661368 (-)
XLOC_009405 CR848683.1 non-coding upstream 314108 35440740 ~ 35468800 (-)
XLOC_009406 NA non-coding upstream 487602 35614234 ~ 35675985 (-)
XLOC_009407 NA non-coding upstream 635049 35761681 ~ 35886373 (-)
XLOC_009408 CR854907.1 non-coding upstream 653408 35780040 ~ 35780805 (-)

Expression


Co-expression Network