G196889



Basic Information


Item Value
gene id G196889
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000046
NCBI id null
chromosome length 7063170
location 4437237 ~ 4443882 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence


>TU223550
GGGTTGCGTTGGAAGCATGAAGGCAAGGTGAAGAGTGTGAAACAAACAAACGAGTGAGAGGAAGTCCCTTATCCTTCGTCGTACCAGAGTAAATCATAGACGCAGCACTGACCCTGTGCCTTTGCTTTAGCACAGAGCCTGAAGCAAATAATCACAGCACAACCAGACAAAGACAGCGAGAGAGAGAAAGTGACACAGATAATAGGGACACTCCGGAGCATTTGACTGGATAACAGGCTGTCGGAGAGGGAATGTATCTCAGAGGCTCATCTTCAGAGAGCCTCCCGGCTATGTAAGGACGTCTGTGGATTTTTGTAAGGATTCCTTAATTAGGGAGGCTACTGTGGGAATATTGCTTTGGGAAGCCGGAATACTGTGCCATGAGTGGGAACAGGAGGCGGAAGAGGGATTGCTGAAGCATGGAGCAGGTGAGCGGTACAATTACGCAGAACAAACATGTTTCCCGTTTCATGCCAGTGATGCTTCGGGCAAAAGCAAACGGCACAGCAGGATGCTCGCATCAATCTCTAGCAGCATTAACACTACCGTGTGGCTTGCTTTTTTTTTTTGGTCATCATTTTGTCTTTGTGGTGCTGATGTCATGCTGAGTAAATCCTACAGCATGTCACATTTAAAGGGGGTTGGTATCAGAATCACTATTTAATTTGAACATAGTGTATTTTATTTGCCGTATTACTGCTTAAAATTAGATATGAGGAACCTTATACTCTGCTTTGCATGAGAGCAATGCACCTTAACCGCTAACACACAGATACCAGTCCAGACAAGTAAATCATACTGCATAATCTTCAGATTTAGGTAAGCAGCAAGGGTTACAATTGTACTGAAGTTTAGGGGCCAGATCTTTTACTTTAGTCTAACATGATTAAACCCCACAAGGAAATTACAGAGAGGGCTACAGAAATTTCTGTAATTATAAGAAAACAAAAAAAATACTATATATATTAGTATGTGAGAACTAATAAATAATAACTAATATATATAGAATGGAATAGATCTGTTTTAGAGCTCAATCAATCAATCTATCTGTCATCTGTCTGTCATCTATCTATCTATCGTTAATAATAATAACAAATATATAACACACACACACACACACACATATATATATATAGTTGTTATTATTTGTTCATAAATACTTAATTGTTTGATAAATATAATGTGTATAAGTGGTTGCATTTCTTTGCAGCTGTTGTTTGCCATGCAGTGACACTAAAGAGAAACAAGGATGCTGATTCCCTGGACTGAATTTGCTGCCTGAACATTATGTCATGTTCTCAATAGTCTAGCTCCTTTGGGACAGCAGTGTGTGAAAGAGAGACGCCATGACATTGTATTTTTTTGTTTGTATTTGGGATATGTTTGAATGGCATTTAGCGAAATATTTCCTAAACAATCTTTCCTTCTCTTTAAACGTGTCGCATGCTGTTTTCCCGCTCTCCTGTGATGAATTATTCATGTACACATTCAGAGGGGAAGACTGCACGTCCTCAGCCTCGTCTTGCACGGGGCTAACGTCAACCAGGTGATGTCATCCCCATGCAATAGTAGTGATGTTAGAAACATTAGAAATATTACACTGCATGTGTAAATGTGTGTGTGAATGTAATTATGAGGACATGAACACAGCAGCATCAGTGGAATACACCTAATATTAGCTAGGTATCAGTAGAGTGAATGAATCAGTCATCAGCATTTTGAGCTCTTTGAGTGTAAGAAAGTGATTTATGTGTTTGATGACATGTATATTTGTTTGTAACATGCCCCTTAGTTTGATGTAAATGCTAATATTGTATGTGTGGTGCAGATGTTATAGTTATAATATCTCAGATTCGTATTTCCCCCATTGATTTTATAGTGTTTGACATTCAGAAGTATCTGGATAATGATGGCAGAGACTCAGTGTTATGAGAGAAACAGTAAGAGGCTGTTATGAGCAGAGACAGGCCAGTGCTGGACAGGGACCTGATCCAACCTCCAAATTTGTGTAAATGTATTGTCATGGAAAAATGCCAGCAGGCAAATGACTAGCTAGCCAAACAACAGACCACCACGGACTGAGAGCAGCAGTAGATCAATACTTCAAAAAAGTCTGTAACACACATCTTTGCTCTAATTGGTGCTGGGGCGTTTAAGGCTACTGAGTGGCTGAAAGGTAACAGCTAAACACTTCAAATACTTGACATTTTCCCTATGATACAGTGCGTGTGTGTGTGAGAGAGTGAGTGTGTGTGAAGGTCGTCTCATTGATCAGGGGTTTGGAATGACTATAGGATAGTAACAGTAGCTGGCTCTGTGAGCACAAGTGCAAACTGCGTTCGTCCTGATATTTCCTTTAAATCTGTTTGCAGCTCCTTCTTCTTTTAACATTGTCAAATGCTATATGTTATCTTATTATAGCGTGTATGAAACAGGCCCACGAGCCAAAAAAACGCTGCAACTGTAATGCAGAAAGAGACAGTTGGCATATGATGTCATTGGGCTCGGGGGGATCGGGGTGTAGTGGTTAAAGTCACCATGAAATCCAAATTGACAATTATAAAAAGGATAGTTCTGGCCCTTGATTCTGATTGGTTGAGCCACGTTCGAAGCCATTGTAAAATTCCCGAAAACATACAGCTGACCGCATTACATGTATCGCTGCACCACTGAGTGTCTTAGCAACTACTCCTAGCAATGTAAACATATGTTTGTTCTCAATAGAGTGAATGAGTGTATTACCTGCATTCAAGATTTAGCATTTTCCTTCAGGTCAGTCCTGTTCATAATAAAAAATCTGTTTGAATGTCCACTGCGATCTTGTCCTTTTAACATTTAATGGATTTTTCCGTGCCCTGCTGACACTGACAGCGCTAGTCAAAGCATTTGTCATTTGCGCCTTGTTCCCTGTTCACAACAAGTTTCAATATAAAAGTCTTTGCGACTGAGTGACTCCATGCCGCCATCTAATGGCGTAATAAATGTAACTTCTGTTGCTGTTCACGGTCAGGGACTATTTTTTCCGGCGGAATGAAGGCTTTTAATAATTTTACTTCATGAAAGTTGCATTGATACATATTTTTTTTTGTTTTAATATTTGTATTGTGTGGTAACTGTTTTATAAAAGCAATATGCTCCTGTGAAGCCGTGGTTTACAGTGAATTTATAACAGCTAAGGGGCGTTGTTAGGCACGACGCAGAACAGAGAGCCTAAAACCCCCTTAGCTGTTATAAATTCACTGTAAACCACGGCTTCACGGGGCATATTGCTTTTATAAAACGGTTATTGGGGCTTATTGCTTTAATCTAATTTTTTATATGGAATATTTCAGTATTTATTATAAATAATTTATCTGTGCACATTATTATAATTATTATTATTATTATTTAAATTCATGTGCCCTCATAATCTTTAATCAAATTAACTTCCTCTCCCTTTTGTACTGACATCTCTTCTATGATGACGTGTTTACTGGCATGAGGGCGGGACAACCTGTCACTCACATGACATCACAGCAATAGCAAACCACAACCATCCAACGATACAATATTCCCCAGTGGAGGTCCCGCCCTACATTTTTTCTTGTTTGAGAAGCTGTTTCACTCATATGTCACAATAGGAAAGTAAAGACTATTGTAACTTACGTTTCATGCCGACTTAAAAGATCCAGGCAGGTGTGAGTTTGAACCCCACAAACACCGATTTATCATTGTGATGCTGATTTTCAGGTTGCTCCATAAAGATCCTTCCTGTGCTCCATCCTTCCATGATGATGTAAAGTTCCTGTAACAAGTGAGACTGGTTATAACATATAGGCTTTCAATCAGATCCATTTGGTTTTGTATGTATTGATATGTGGAACAAAATAACTTTTCTCCACATCTGAAATGACTGAAGTGACAAGGCCTTTTATTTTCCCATTTCAGCTCAATTCCTCCATCCTTTCTAAAGAGACCATGCTCAGCTAGCTACTCTGGTCTGTTCTGGTATGGAACGCACACTTGTCACAATCAAATCAATTCCTAACGGATAAAATCAAGTCCTAACATAATTTTTTTCTCATGTATGTAACCTGCAGAAAAGTTACTGAAAGATCCCTATGCACAAACACAGTCAAGCGAAGTGATACAAACAGTGAAAAGTCTTAGTGCTGTTATGAGCACTCTTGGAGCTTGACTTAATTAATGGAAAAAAGGAAACCTGTCACATTATGCAGATGCAACCTTTTTTACAAAAATCTCATCAAGATACTTTTTTTTCTCCCCCTGCTTTGACTTACACGAGATTCATTTTCACCAAACTATCTAAGAGCCATTTTTAATGTGTCTATAGGGAATGATTACAAATGTCCACAGAAACTCTGAGATGCTGTACTGCAGTGTATTGAAAAGATCACAGAAAACTGCAGACACTCCAGCAATATCAGCAGTAAATCATTGTAGATCAGCAGTCAGAGAGCAACTGTGCATTTTATACTCCGCATAGAAGACACTTAATAAAATGAGTTTCCATTCAAAGTAACCAATAAGCTCTTGCAATGTCCTTAGAGGGACAACCTTTAGGCCATCATTCTTCAGGAGGCTCACCGCAATACTAAAACCAGGACAAAAGAGCTCATGTGTTGTCTGGATGGGCCCATTTTCTCTGCTGATGTCTGAGTAGTTATTGATGCTACAGCTGGAGCTGATGACCGTTACTTTATCACTGTCCACAAGCCCTGAATTACATATATGTGTGAGAGCGAGAAAGCTTGGGAGGCCATCTTGCAATCGTTCTTCTCTGTCTCATTCATGTTTTCTTCATCTTGTGCATTCTAGCTCTCTCTTCTCCACCCTTTCACATCCATCACCTCTTTTACTCTACCTCTGTCATTTATTTCATCCCTCTCGTGGCCATATTGTGATATTTTAGGGTTTGGTATCATAATGGGTTAGATTATATGGATTATGGATTATATTTGGAGGGAAATTCATCCCACTCTGCAGTTAGTGGGCAGATG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Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU223550 True 6625 lncRNA 0.39 2 4437237 4443882

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
CI01000046_04319601_04326459 NA coding upstream 110705 4319601 ~ 4326532 (+)
CI01000046_04308380_04317709 GRAP, GRAPA coding upstream 119267 4308380 ~ 4317970 (+)
CI01000046_04274035_04275654 B9D1 coding upstream 161475 4273852 ~ 4275762 (+)
CI01000046_04098044_04120141 LLGL1 coding upstream 316885 4096231 ~ 4120352 (+)
CI01000046_04081845_04083512 NA coding upstream 353702 4081721 ~ 4083535 (+)
CI01000046_04478947_04510165 ARHGAP23A coding downstream 35065 4478947 ~ 4511125 (+)
CI01000046_04532653_04542785 PLCD3, PLCD3A coding downstream 88771 4532653 ~ 4542785 (+)
CI01000046_04545960_04557955 NMT1A, NMT1 coding downstream 102078 4545960 ~ 4558453 (+)
CI01000046_04563154_04565515 NA coding downstream 119205 4563087 ~ 4565727 (+)
CI01000046_04579543_04581492 NA coding downstream 135399 4579281 ~ 4581540 (+)
G197140 NA non-coding upstream 985 4435878 ~ 4436252 (+)
G197136 NA non-coding upstream 15278 4421736 ~ 4421959 (+)
G197135 NA non-coding upstream 23888 4412862 ~ 4413349 (+)
G197130 NA non-coding upstream 39407 4397518 ~ 4397830 (+)
G197125 NA non-coding upstream 54745 4382278 ~ 4382492 (+)
G197153 NA non-coding downstream 197299 4641181 ~ 4643913 (+)
G197158 NA non-coding downstream 205068 4648950 ~ 4708769 (+)
G197156 NA non-coding downstream 214125 4658007 ~ 4684792 (+)
G197169 NA non-coding downstream 278307 4722189 ~ 4736190 (+)
G197170 NA non-coding downstream 292382 4736264 ~ 4744725 (+)
G196869 NA other upstream 15550 4415530 ~ 4421687 (+)
G197121 NA other upstream 65807 4371011 ~ 4371430 (+)
G197055 NA other upstream 287457 4149423 ~ 4149780 (+)
CI01000046_03943890_03945302 ATP5J2 other upstream 491737 3943794 ~ 3945500 (+)
G196936 NA other upstream 1242966 3186995 ~ 3194271 (+)
G197352 NA other downstream 830500 5259318 ~ 5276453 (+)
G197528 NA other downstream 1282239 5726121 ~ 5742684 (+)
CI01000046_06808895_06820945 GSPT1, ERF3B, GSPT1L other downstream 2376056 6808507 ~ 6821543 (+)

Expression



Co-expression Network