G197386


Basic Information

Item Value
gene id G197386
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000046
NCBI id null
chromosome length 7063170
location 5431455 ~ 5769358 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU224088
AATTAATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTGAGTGTCAGAATGATGTGTTTTCAGAGTGACTAAACTATGCAAAGGTTAACTGGTTTGCGCACTGCTGTGCAAAACCCATTGTATCCTACTATTCAAAAGTTTGAGGTCAGTAAGATTTTTTTATGTTTTTGAAAGAAGTCTCTTATGCTCACGAAGGCTGCATTTGTTTGATCAAAAATATAGTAAAAATATTATTACAATTTCAAATAATTTAGTTTTTTTTTCTTTTAATTTTGATATATTTTAAAGTGTAATTTATTCCTGTGATGCAAAACTGAATCAGCATCATTACTCCAGACGTCAGTGTCACATGATCCTTCAGAAATCATTCTAATATGATGATTTGCTGCTCAAGAAACATTTCTTATTATGTTATCAATGTTGATAACAGTTGTGCTGCTTAATATTTTTGCAGAAACCATGATACATTTATCAAGATTCTTTGATGAATAGAAAGTTTGAAAGAACAGCATTTCTTTGAAATAGAAATCTTTTTATTTGAAATGGAAATCTTTTGTAACATTATAAATACCTTTACTGTCACTTTCAATCAATTTAATGCTAAATAAAAGAACCAATTTCTTTAAAGAAAATTCTCTCTGACACAAACTTTTGAGCAGTGGTGTAAAAAAAAAAAAAAAGTTTATGGTCTAGTGAGCATTTTAATTCAGGCTGTATTTAAAAAAAAAAACACTAGACTTATTGAATTGTAAAATTTATAGCTGTAACAGTAAAATCATCAGGGACAAATTTCCATTATAACTGCAGCTTATGAATTTTTGATTGCTGTGTGATACTACCTCAACATTCCTATTTTAAATTAAATTTTTGCATTTTACTTTGAGTGCATTTATCCTCAGGAGAGTTCTGCCATCATACTGTAAAAATGTTTTAATGTGAACTGTCCTCTGATTGGCTGACGATGACATAATGTTTCTGTGACAGTGCGTTGATGATTGGACAGAGGGTTTTATTTTAGAGGGAAACATAGAGTGTCACTGCTAAACATCAGTCAGAGATCTCATCCGCAGTGTATGGCAACATGGGATACGCCAGCCTCCAGCAATGACATTGCTGTGACAGGTAACCTTGAGGGGTGTCCATCTATTCTTTCACTCGTTCTCTTCTTGTTTTTCTTAGTCACACACACAAACAGGTGCATGCTGGTATTCATTGGGGCTTTATAACAGCAGGGGCGCTTAAATGACAGTTATTTCTTTCCAGGCTCAATCTGAATTAATTGGAGCGCTGTCTGTTTCTGCAGAGAGTAGATTTCTCTCTTAGTTTTTTCAGTGTTGCTGCAGTAATAGCTAATTTAGGCCCGAAAATCTCTTACTAAGTTGTCAGAGTCAGTCTATTTGAGTATATGTGTTTGTTTTTGTGCATAAAAGAGGATTAACTGTGAGGCTTTAGGTCTTGGCTCACAAGATAAACCATGAAATAAATCAGAAAATTACATCCCTGAACACAGCTATGTATGTGCATTGCATTTGAATGTGTGTGTCTATATCTGCGGATTTACTTCATAAATCCGAATCTTGGCGGCTATAGGATCCATATCAATCAGTGCGTAATTTGCTGGGGAGCACAGAAAGCCTGCAGATGCTTTCTTAGCACTTTCCTCCTGTGAATCGATTAGTCTTTATGAATGAACAGCCAGATCCCCTTTGACATCCCGCCTGTCCTCTGTATCCCCTCTTGCCAGTCTGTCCATCTTTCTTTCTCTGTTCTCTCTCTTCATCTGTCTGTCTTTGTACAGACTGGAACCTGCAATTGATAATTCAATCATTTTGCTTTTGTCAGAAAAGAGCACTGCTCCTTCAGCTACTCTGTTGACTGTTTTGTTCAACTGGTCTGGATTAAATTATAGCCCCATTTTATATTTACAGTCGTCTCAGGTGATCTGAATACAAATAGACAGCGCTAAGTACTGGTCCCAACGGGGTCCAATATTATTTTGATCTGATCACTCAAACTATTAAAGTTCTATAATAACAGTGAGCACTCAGCATAAGGTCTCGTTTGCGAAGTTAAGAAATTCAATCATCAAGTGCTGTCATGAGATGCATGCTAATAGGTGTAAATGGTGATCTGTCTCAGTTAATACCAGGTGTACACAGCACCTATATTTAGTTATGGGTGATTCTTCAATTTATCTATGTAACTGATGTCTATTCAAGTCAAAAATATAATTTAATATGATTGAATTTACGTGCACTAGGTTACACCACTGTTAGTTTAAAATTGCACATTACCACATTTTACAGTGTATAAGTACCAAATGAATACGTACATTTATAAAATGGTTAGTTCCTGTCCTTGATTCTGATTGGTCAATAGCTGTGTTTTATTCACGATAAAACACGACTGTGACCGCTTCACCCAGCGGTTCTGTGTATCACTACACAACACCCTTAGCAACCATTCTTAGCAACGTAAACTGTATGTTCTCAATTGATATTGTTCATTGAAGCTTACTGTATTATGTAGAAGAGTATTGTGAGAAAGAGATCGATTGAGCGAGTTTATTACCTGCATTCAGATTTAGCATTTTCCTTAAGGTCAGTCCTATGTTCATAATAAAAAATCTGTTTAAATGTCAGATGTATTATCCTGTCCTTTTAACATTTCAGGGGTTTTCCCATGACTGACAGCGCTAGTCAAAGCATTTGTCAGTTGCGTCTTGTTCTGTGTTCACAACAATTCAGTCTTTTCAATGTAAAAGTCTTCGCTGCTGACTGACACACTCATAAAGACAGTCTTTGCCGCCATCTAATGGCGTAATAATGTAACTTCTGTTGCTGTTCACGATCAGGGACTATTTTTTCGGCAGAAGGAAGGCTTTTAGTGATTTTAGTTCATGAAAGTTGCATTGATACATATATTTTTTGGCTTTAATATTTGTATTGTGTGGTAACTGTTTTATAAAAGCATTAAGGTATTCGAGGCTGGTGCTGTATCGTGAGCAAGTCACAGCTGAAGGGGTTACAGGCACTCCGCTTTGTGTCGCTTCAGTCAGCTGTGACTTATTCACGATACAGCACAGCCTCTCGTACCTTATTGCTTGTATATAAATAGAGTATATATACACTACCGTTCAAAAGTTTCGTAGCAGTAAGGTAAAGGCATTTATAATGATACAAAAGATTTCTATTTAAATGAAATGTTCTTTTCAGATTTCAAAAATCTCAAAAAAAAAATGTATGAAGGTTTCCACAAAAATATTAAGCAGCACAACTGTTTTCAACATTGATAAAAATAAGAAATGTTTCTTGAGCAGCAAATCATCATAAGAATGATTTCTGAAGGATCTTGGGACAGTTGAGACTGGAGTAATCATCACAGAAAGAAATTACATTTTAAAATATATTCACATAGAAAACAGTTATTTTAAATTACAATAATATTTAACAACATTACTCTTTTTACTGTATTTTTTGATCAAATAAAGGCAGCCTTTGTGAGCATAAGAGACTTCTTTCAAAAACATAAAGAAAAAAATCTTACTGGCCACAAACGATTGAACAGTAGTGTGTAAATTCATGTTTTTTTATTATGTGCATAAATGTGTATATACGTATATGTTTTAGAGAGAAAACACAACACCTTAAAGGTGACCTATTATGCCCCTTTTTACAAGATGTAATATAAGTCTCAGGTATCCCCAAAGGGCAAAAATGGTGGCGCCATGGGTGGAAACATACAGATTCAGGGGGCGGTAATATTATGATAAGATCCCCTTCCTACATCACAAGGGGAGCGAAATCTGAACGGCTCGATTTTTCACATGCTTGCAGAGAAAGGCTTACCAAAACAAAGTTACTGGGTTGTCCTTTTTCACATTTTCTGGGTTGGTAGATGCACCAGGGACCCGATTATAGCACTTAAACACGGAAAAAGTCAGATTTTCTTGATATGTCCCCTTTAAACATTTATAAAGGAATGTTAAGATGTCAGGGTAATTTAACTTTTCTCCATTAAAAAAAAAATAAGTAAAGAGATGCAATAAAAAGCTAATGTAATCTCTTCTTTAAACCTAGATTTTTTTTCCTTTAAAATCATCCTAGAGGACAGAAAAGTTCCCGTAATTGAAGAATCACCCATATATGAAATTAAATTATGTGCAAACCTTTATTGCTCTGATTCAAAATGGTCTCTGATATTCGGCTGAATATAAAAGCAGGCTTTCAGAAGCTGTTACTTCTTGATAATATTCACCTCATGTCATTCTTCAGTGATTCTTATCATTGCCTGATATAATTCAAACAGTGAGGCAATCACACAGCACCACAGATGCCACACAGGTGCCTGAGCCTGTTCTTCCTCTCCTGCGGTCACTGCGCTTACTGGCTTTTTCAGACTCACTGGCACTTCGGCAGCTACCTGAATATTCAAGTCAAGTCAAAGTCAGCTTTATTGTCATTCTGCTATATGTGGAGACATAAAGTGGAACAAAATGTCATGCCTCGCAGGACCCCACGGTGCTAAATATTTGAACATAAAAATAAACGTATGTAGCATCGTCTCTCTATTTTTGTTCTTGTTTGTTCTCCGTAGAAAAACTAGATCTACCCTTACATTATTGTCACATATTTATATATAATATGTTCACATGAGCTTCTAGGTTCACCTTGATCTCACTCATATTGCTCACAGCTAGAGACATTTGGTACGTATTTCTTTCTATTCTATTCCATGCATGTATTTAAGCATTTCCCTGACCTTTCTCTCCCTCTCCATGTCATTCATCTGCGATTGACTGTTCAGCTGTCGGGACTGGAAGTAGTGTTGCGATTTGTGGCTGGACCGGTCTTAATTCTCTTCCTGTCAGCAGCAGAACTAGGTCAGACTGGTGCCTGTGTCTGAGCCTGCAGACAGAAACAAGCAATCACCACTTTGTCTGGCCCGAGGAGCCCACAGTTGTTTGCTGTTAGCCATTAGTACCAGACAATGAGGCTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU224088 True 6656 lncRNA 0.35 2 5431455 5769358

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000046_05392316_05401559 ARF3A, ARF2B, ARF1L, ARF3, ARF2, ARF1, ARF3.S, ARF5, ARF2A, ARF5.L coding upstream 29380 5391983 ~ 5402075 (+)
CI01000046_05335886_05341205 GPATCH8 coding upstream 89567 5335886 ~ 5341888 (+)
CI01000046_05315583_05316990 NA coding upstream 114366 5315185 ~ 5317089 (+)
CI01000046_05305482_05310465 NA coding upstream 120976 5305193 ~ 5310479 (+)
CI01000046_05279865_05281709 BAXA, BAX coding upstream 149328 5279865 ~ 5282127 (+)
CI01000046_05775279_05805016 NA coding downstream 5921 5775279 ~ 5805114 (+)
CI01000046_05808927_05820706 NA coding downstream 38262 5807557 ~ 5820759 (+)
CI01000046_05824195_05829999 NA coding downstream 54257 5823615 ~ 5830050 (+)
CI01000046_05837676_05841480 SMARCE1 coding downstream 68318 5837676 ~ 5841825 (+)
CI01000046_05845746_05851051 NA coding downstream 76388 5845746 ~ 5851184 (+)
G197466 NA non-coding upstream 40103 5391122 ~ 5391352 (+)
G197399 NA non-coding upstream 44739 5386470 ~ 5386716 (+)
G197383 NA non-coding upstream 47156 5381121 ~ 5384299 (+)
G197391 NA non-coding upstream 105257 5289001 ~ 5326198 (+)
G197372 NA non-coding upstream 137048 5291971 ~ 5294407 (+)
G197377 NA non-coding downstream 37128 5806486 ~ 5807376 (+)
G197570 NA non-coding downstream 189094 5958452 ~ 5960575 (+)
G197574 NA non-coding downstream 224115 5993473 ~ 5993694 (+)
G197593 NA non-coding downstream 241802 6011160 ~ 6011454 (+)
G197352 NA other upstream 155002 5259318 ~ 5276453 (+)
G196869 NA other upstream 1009768 4415530 ~ 4421687 (+)
G197121 NA other upstream 1060025 4371011 ~ 4371430 (+)
G197055 NA other upstream 1281675 4149423 ~ 4149780 (+)
CI01000046_03943890_03945302 ATP5J2 other upstream 1485955 3943794 ~ 3945500 (+)
CI01000046_06808895_06820945 GSPT1, ERF3B, GSPT1L other downstream 1050580 6808507 ~ 6821543 (+)

Expression


Co-expression Network