XLOC_009464


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009464
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 40002864 ~ 40006538 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019224
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>TCONS_00019226
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>TCONS_00019225
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>TCONS_00019227
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>TCONS_00019228
ctatctatctatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatctatccatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatccatttaacACTATCCATCTTTAGTGATTAACACTACAGTTACCCAAACAAAGACAGTAGAAACAAGTATTTTTATTCCAAACTTTATTTCCAACTGTTAGTCTGTCTACAAACTGACATTTCAGATGAAACTCCATCATTTCTGCGCCCAAGTGTTATTACTCAGGCCAGCTCTACATAGGTTAAATTGgaccatttaattgaaacagaCAGCAGGCCAAGAGGTTTCCAGCCGGTCCGTTAAAGACGTCCATGCTTAATCTAAAGGCTGCGAAATACAAACATGCACTGATATGCAAGATAGGTTTACTAATTCTCAGAATTCTTAATGCTCGGCCAGTTACCATGTCAGGCATACAagatgactgtgattggctgctgtTACAAGTGCCAACCAATGAAAGAGTCTAGTCTGTTGTAAAATCGCAGCTTATGGTGAGTTGCCCGTCACCATATAAACAGGATAAGCAGAGACTCAAATATGAGGAAAACTGTTTAAGCTACGCAGTTTCATTGCATtcatcactaaaataaaatactgttataGACATATATTAATCCCTGTATTTCTGACCAGAACTGTAAACATTCTGCAGAACATCTATGAGTAAAGTTCTGCATTAAAAGTAACATTATGCATTCAAAATGAAGGGGTTTATGGCAGACGATTGTGGCTGGCTGGTGAGTAAAAGCAGTCATAACCTGAAAATGATCAACCAAAACCCTGCACTTTcaattttaggtgttttttttagaCGTGGGGTAAGCTtagattaaaaagaaaaaccCCTGGAGCAAGTACCAGATGCTATAAAACAAacctaaaaaaaacattcacagagTGTGAGTGAGCTTGAGCCGCTCGTCTACATCCAACCGTTTCAGATTCAACTCCAGCTATAGTAACATCTCACAATGGATTAGTTAATTTTATCCCCAAAATAAAAGGTACAGTAAGAAAGATGATACAGTAAGTGGGCTGGTATATTAAGTAAAATCACACAAAACCAGTAAAGAACACCTCACCTCCAAATTCAAGAGAAAGAATATCGTTAAATGTTTGTACAATCTCTTTGTGCaaacattttgatttaaatatgattgcattgtaattattttagaAAAAGTGATCAtcaaaaaaatcatcatttattgtaactcatgtggttttaaacctcaATGGGTCTGTTtgtttcttttgaacacaaaagaagatattttgaagaatgctagttgCTGACATCCATTTATGGACTTCCGTACTTGGAATCAATGGGTAccagcaaccaacattcttcaaaatatcttcctttgcgtgtcaacagaataataaaaaaatccaaattgGTTCTGAACaacagtgagtaaatgattactattgcattgtaattaataataataacaataagcttaaagggatagttcatccaaaaaatgaaaattacctcatcatttattgtCACTCATGTGGTTGagcttttatgagtttctttgttctgttgaacacaaaggaagatatattgCATAATGCTGGTTGCTCACACCCTTTTATTGACTTCCTTTCCTGGAATCAATGGGTAccagcaaccaacattcttcaaattatcttcctTTGCGGTCAACAGATTGatataaaaaaatccaaatagATTCTTAACAACAGCGAGTAAATGATTATAACTGcattgtaattaataaaaaatatcaataataatagtaataataagcttaaagggatggttaactccaaaaaaaaaaaaaagaagaaaatcatTTATTGTCactcgtgtggttttaaacctttgagtttttttcttctgttaaagatattttgcagaatgcTAGTTGCTCACACCCTTTTATTGACTTCCATACCTGGAATCAATGGGTACCAAcagcaacattcttcaaaatatcttcctttgtgttcaacagaaagataAAAAATCCAAACAGTTTTTGAACAACGGTGAGTAAACGAATACAACtgcattataattaataaataagcttaaagggatagttaacacaaaaaatttaaatgaccATTACTTATTgtcagcacaaaagaagatattttgaagaatgctgaatgcTTACACTCTTTTATTGACTTCCATATCTGGAATCAATGGGTACCagaaccaacattcttcaaaataccttcattAGCTtttcaatacaataaaataaaaattcaaataggttttgaagaaTGGTGAGTGAATTGCAttgtaatcatatatatatatatatatatatatatccttaaagggatagttcacacaaaaaaaagaagaaaatgacctcatcatttattGTCACTAATGCAGTTTTAAacctttgactttcttttttttttaacataaaataagatattttgaagaattttggatGCTCACACCCttttattgacttccatacttGAAATCAATGGGTAccagcaaccaacattcttcaaaatatcttcttttgtgtttcaacagataaaaaaaaaaacgtaactaGGTTTTGAACCACGGcgaataaatgattcagttaattTCTTGGTGAACCATCCTTttattatctgaaaaacaattctGAAAAGCTAGTATAAAGATTTACTATAGAATCATGATTTAGTTCAAATCAATGTAAATTTTTGATGAGCAGGTCACAAAATATAACATTTCTCTTGATTATGGGGTGACGTGAGGTTTTGTCAGATTCTACTATGCATTCAGCAAATGATCAAAAGCTGACATTAAATGAGAATGTCTAAAAGGTTTGAGTACTAGACAAATACTACACCAGTGGGGTTAGTAACACCGAAAACTAGAATAGACAGATCATAAATTTTAGGGTTACAACCACAGAAAGCAGAATTAACAGCGCCAACTTTCCATTCCACCCATTCAATGCAGTGACTAATAATGATAAACAAAAATGCCAGCGTTAAATCAGAGACGGCGCTAACAAATCAGTATCTAACCTCTCACATTTACTCGTCCACACGTCTCTCGAAATGACTCTGACACAATAAACCGTTACCATGTCTAAGGTGCTAAAACACATCCTACAAAgccaaaacaaatatgaaaagtgaaaaaaaacaaaccctATGTACACGTTCACTACTCATCCAGGATATGCAACCTCGAAATGTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019224 False 2842 lncRNA 0.34 2 40002864 40006262
TCONS_00019226 False 2224 lncRNA 0.34 2 40002864 40006263
TCONS_00019225 False 2840 lncRNA 0.34 2 40002864 40006263
TCONS_00019227 False 2471 lncRNA 0.34 2 40002864 40006264
TCONS_00019228 True 3357 lncRNA 0.34 2 40002864 40006538

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009463 rps5 coding downstream 31108 39964943 ~ 39971756 (-)
XLOC_009462 lypc coding downstream 39855 39957809 ~ 39963009 (-)
XLOC_009461 msh5 coding downstream 47079 39934295 ~ 39955785 (-)
XLOC_009460 NA coding downstream 154042 39847491 ~ 39848822 (-)
XLOC_009459 robo1 coding downstream 182373 39277099 ~ 39820491 (-)
XLOC_009465 lpar5b coding upstream 33617 40040155 ~ 40041455 (-)
XLOC_009466 gpr55a coding upstream 44680 40051218 ~ 40065296 (-)
XLOC_009467 CR759918.2 coding upstream 62473 40069011 ~ 40069127 (-)
XLOC_009468 CR388129.1 coding upstream 118871 40125409 ~ 40129541 (-)
XLOC_009469 si:ch211-281l24.3 coding upstream 131026 40137564 ~ 40175894 (-)
XLOC_009458 NA non-coding downstream 1050435 38948423 ~ 38952429 (-)
XLOC_009457 NA non-coding downstream 1092593 38901933 ~ 38910271 (-)
XLOC_009456 NA non-coding downstream 1452060 38547827 ~ 38550804 (-)
XLOC_009455 NA non-coding downstream 1577019 38425548 ~ 38425845 (-)
XLOC_009471 BX571794.3 non-coding upstream 349841 40356379 ~ 40360753 (-)
XLOC_009472 NA non-coding upstream 1062236 41068774 ~ 41072197 (-)
XLOC_009474 NA non-coding upstream 1231707 41238245 ~ 41246009 (-)

Expression


Co-expression Network