XLOC_009471 (BX571794.3)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009471
gene name BX571794.3
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 40356379 ~ 40360753 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018601
ATGGCCAACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccgaacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCGCCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtactacccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacggcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgtttcttacagactcttttatatctcaggattgatgtttgcacatgattgttcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttcattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattttcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcattattactttcacatatttttttctgcattgcagttgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttagatgcattttcattattacttccttatactattgtttttctctactctgtaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaggtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaaccctttaa
>TCONS_00018604
cCTGATGGCCAACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccgaacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCGCCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtactacccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacggcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgtttcttacagactcttttatatctcaggattgatgtttgcacatgattgttcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttcattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattttcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcattattactttcacatatttttttctgcattgcagttgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttagatgcattttcattattacttccttatactattgtttttctctactctgtaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaggtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaaccctttaa
>TCONS_00018603
GTGAGAAACCGCCATTTTCTTTGCGCTGTCTTTGAGGGGAAGCGAGTGAAATTCTGTGTGAGACGTAAGTTATTTAgtgtgtatttaacaattttcataagaaataacacacttagtttacttagtataatatacacgcgcttttttttctgtttctccgcCTGATGGCCAACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccgaacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCGCCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtactacccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacggcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgtttcttacagactcttttatatctcaggattgatgtttgcacatgattgttcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttcattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattttcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcattattactttcacatatttttttctgcattgcagttgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttagatgcattttcattattacttccttatactattgtttttctctactctgtaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaggtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaaccctttaa
>TCONS_00018602
GCTCGAAAAGTATAAGGTAACTAATGAAACTAACGTGAAGCATGTTTGATGAccactttataaacacaacacctaggataatttaggagctttttattgtaataaaatgccttttgaatgacacagatttttatgttggctaggtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgaca
>TCONS_00018605
agtccctttattaatctggggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcatattttttacacagcggattcatgcagcatacattgactttgccagtgtggactttttttctgcaactagtgggtagcacattcgcctcatagcaacaaggtcacttgatcgatccttggctgggtcaataggcctttctgtgtggagtttgcatgttctccccgtgttcacgtgggtttcctccaggtgccccggtttccaaagacgtggtaaagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccac
>TCONS_00019232
tggttttttaacccaaatgctgggttgagactgctgggtaacaaaattgggttgattcaacccaatttgggttgaaaaTCGATCTTTATCTATAACCCAGCAGTGCTGGGTTGGGAACGCGGACGTGAAAGAGAGCACGCACGTCACGTCAACATGCAGGGACATCAACGTGAGAAACCGCCATTTTCTTTGCGCTGTCTTTGAGGGGAAGCGAGTGAAATTCTGTGTGAGACGTAAGTTATTTAgtgtgtatttaacaattttcataagaaataacacacttagtttacttagtataatatacacgcgcttttttttctgtttctccgcCTGATGGCCAACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccgaacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCGCCTAACGCCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGGTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGGTAACTAATGAAACTAACGTGAAGCATGTTTGATGAccactttataaacacaacacctaggataatttaggagctttttattgtaataaaatgccttttgaatgacacagatttttatgttggctaggtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcagtaagtagtatttttactcttgtatttcttaagtttgttcatggatttttgtgacaatactttgatgcataagtgttgaattcagcttctaacaatgtttttttttaatcaaaatatatacaataattgtcctgctctgcatgtacattttgtttagctgtacatctgtacattgaatagcaaatgttattaatttactatgagcattttacattctagATGTGATTTGAGCTATCTTTAATTAATCCTGTATGTATGGGTCGTTTCATGCTAACGGAAATGTCTGAGCTAAGGCTAATTCCAACCTAATCATCTtcgactgcaaaaagaaaaagtttgaccACCGTTTTATGTGACACCCtggataattattatcatttaggagtatttttgtgatatagtgacttttggctaacatgatctttttttacttaattttgcttaaacgcttttatctgttattctttttcagatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaaggtatgtaataatattttacttggttcattgtaatcattagggctgcccttgtctaaacatttgtctggttgacttgtgatgttcatttgaagcattagttgaataattacagatttattaataaaccatttattcattaattcattttctttttgactcagtccctttattaatctggggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcatattttttacacagcggattcatgcagcatacattgactttgccagtgtggactttttttctgcaactagtgggtagcacattcgcctcatagcaacaaggtcacttgatcgatccttggctgggtcaataggcctttctgtgtggagtttgcatgttctccccgtgttcacgtgggtttcctccaggtgccccggtttccaaagacgtggtaaaggtgaattaagtagactaaattgtcaatggtgtatgtgtgtgaatgagtatttgtttcccagtgatgggttgcagctgaaagggcattcgctgcataaaacttatgctggatatgttggtggttcattccattgtggttaccccagattaataaagcgacaaagctaaaaagaaaatgaatgaatgaataatacatttttagttgACTAATGGTTATTCAATTATTAGGGGGCAGCCCTAGTAATCATTAGCCACTTCAACACTTTAAACTGAGAGATTGAACTCTAATGCCAATTTGTCTTTGTctggttatttttaaaaatctgctgttcatgcaaccagtgacattctcttgttttatttttagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGGTAAGGATTCAATTAAAGGTTTCTCGATGcataatgatgcatttaatgcataattattgtcttagttattttattaacaatgaaaatgttatttttatgtttgttattagggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccac
>TCONS_00018606
ctgttattctttttcagatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGG

Function

GO:

id name namespace
GO:0043011 myeloid dendritic cell differentiation biological_process
GO:0036342 post-anal tail morphogenesis biological_process
GO:0001773 myeloid dendritic cell activation biological_process
GO:0009888 tissue development biological_process
GO:0009953 dorsal/ventral pattern formation biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process
GO:0007389 pattern specification process biological_process

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000098030

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018601 False 1881 lncRNA 0.40 5 40356379 40360420
TCONS_00018604 False 1942 lncRNA 0.40 6 40356379 40360424
TCONS_00018603 False 2107 lncRNA 0.40 6 40356379 40360584
TCONS_00018602 False 737 lncRNA 0.42 5 40357413 40360121
TCONS_00018605 False 406 lncRNA 0.50 3 40358332 40359218
TCONS_00019232 False 2422 lncRNA 0.40 1 40358332 40360753
TCONS_00018606 True 138 lncRNA 0.37 2 40358526 40359461

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009470 kcnj13 coding downstream 88894 40217256 ~ 40267485 (-)
XLOC_009469 si:ch211-281l24.3 coding downstream 180485 40137564 ~ 40175894 (-)
XLOC_009468 CR388129.1 coding downstream 226838 40125409 ~ 40129541 (-)
XLOC_009467 CR759918.2 coding downstream 287252 40069011 ~ 40069127 (-)
XLOC_009466 gpr55a coding downstream 291083 40051218 ~ 40065296 (-)
XLOC_009472 NA coding upstream 708021 41068774 ~ 41072197 (-)
XLOC_009473 slc36a4 coding upstream 808458 41169211 ~ 41235027 (-)
XLOC_009474 NA coding upstream 877492 41238245 ~ 41246009 (-)
XLOC_009475 usp16 coding upstream 889019 41249772 ~ 41311295 (-)
XLOC_009476 nlrc8 coding upstream 951279 41312032 ~ 41523292 (-)
XLOC_009464 NA non-coding downstream 349841 40002864 ~ 40006538 (-)
XLOC_009460 NA non-coding downstream 507557 39847491 ~ 39848822 (-)
XLOC_009458 NA non-coding downstream 1403950 38948423 ~ 38952429 (-)
XLOC_009478 CR854897.2 non-coding upstream 1032648 41393401 ~ 41396073 (-)
XLOC_009482 CR925731.1 non-coding upstream 1168507 41529260 ~ 41543440 (-)
XLOC_009483 NA non-coding upstream 1279688 41640441 ~ 41667355 (-)

Expression


Co-expression Network