G202842


Basic Information

Item Value
gene id G202842
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000047
NCBI id null
chromosome length 7523058
location 3399849 ~ 3407492 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU230189
TGCTTAATATCCTTTATTTCCAAATTCACATGTACATCAACAAGAATAATTGTAAACCAGTTATTAATAAAACACACAAACAATATTGACAACCACAATTCCCAAGCTAAAATTTACAACTGCAAAAATGGTGTATGGAGTCAATGACAACAGGATGGCAAAACCGCACCCAGAACCATGTCACAGGTGTGCTGCTATAGAGTGAGACATTTAAACCAAAGGACCGACTTTCTTTCCCACTTCTGTCAGCTAAACACTCACTTCCCCCCTCAACACAACATCACAACCGGAACAAAACACCTTATCCCACATCCAGCTCTCCCGACCTTTCCAAAAACACCCTAGTCAGAAAACGTTCAGAAATCGCTAATCCATGTAAAAACTCAGCATGCAGATTAAAGTGTTGCAGGCATGGTCTCTGAACTTTTCTGTTTGTTTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTAAAGTTTCTTCAAGTCCTCATAAACACACAGTCATAAACATACAATAAACATACATTAAATATCTAATGGTAGTTACACAGCTCCTTCTCCAACACAAAGAAACGGGTCGCCATCCGAGTAGTGCTCTTTTCCACTACTATCTACATAGATTCCTAATAAGCACGTCAGCGATTACGGGATATACGTAAGTAGGTGTGTAAGAGGCAACGCAGTATCTCAGGCTGCTTACATGAAATGCATGCAAGGAGCAAAGATAGTGTGGAGTGGTTCAAAGCTCATTAAACATTCTGCGACAGTGCAGGGGTGAGAATTGAAGCCATATGATTGGTTAAGGTCATTACATCATCATTCAGTAGAATAGAATACCTTGACATTTTACAGCTCTAAAGTGGAAGCGGATGATGTGTTCACGAGGAAACGCGACAGATCAATGTTTAACGGCATGCTTGTGCTCTGGTGAGGGTTATTTGTGAAGAATACAAATCCTGATGTTATGTGTCGAGGGCAAATTTACAATACCGTGTGTGACACCAGTTTGGCAATTCATCTAAAAAATGATAACTCCGCTAGAGCTAAATGTCATAGCAAGAAAAGAGAGGAACTGTTGGCATTATGGAAAAAATGACAGGTGCATAGGTTGTTTTTTTCAAATAATGTCCAGATTTCTCACATGCAACCTGTTATTAATTAAACACTTTGTAACAACAGTTAATCAGTTAAAGGTTAATTACTCACCCTCATGTCGTTTCACACCCGTAAGACCTTCATCTTTGGAACACAAATGAAGATATTTTTGATGAAATCCAAGAGTTTTTTTTAAAAAAAAATCTCCCATAGAAAGCAATGAAATTACCACATTCAAGGTCCAGAAAAGTAGTAAAAACATAGTTAAAATAGTCAACGTGCCTACAGTGTTTCAACCTTAATGTTATGAAGCGATGAGAATACTTTTTGAGCGCAAAAACAAAACAAAAATAACGTCTTTATTCAACAATTTCATCTCTTCCCTGTCACTCTCCTACGCAGTTTATGTTGAAGACACATTGGAAATGTGGTAATTTTGTTGCTTTCTATGGGAGATAAAAAACCTCTTGGATTTCATCAAAAATATCTTCATATGTGTTCTGAAGATGAACAAAGGTCTTATGTGTTTGGAACGACATGTTTGGAACGAATTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCAAATTGCATTCTGAATCGAACAGATTTTTTACAGCAATTTATAATCTAGGTTCATTTATTATAGTTTATTGTTAGTAAATAAATGAAATGTTAAAATGTATTCGTATATGTAGAAATGAACATTTACCTATATTAATAAATGCTGTAAAAGTATTGTTCATTTTTATTTCATTATGACTACTGCATTATTTAATGCCAAAAATCTTGAAACTCATTGTAAAGCGTTACCAATAAACGTGTCCAAAACTGCTGTAAACACGTAGCTACAATTTGAAGATAATTTGCTTTATGCTTATGGTAAAAATATAAATGCAAGTTAAAAAAAAAAAAAAGAGTAGGAGAGGCATTAACATAATTCAAATCAATCATTTAAGACTGCCAGTAGGCACACAAAAAAATGTTTTCATATCATAAACATCCCATATCTGCAGAATAATACTGAAGCACTGTGAAGCTCATGGTTCACTGCAGGGCATCTTAGACGTGAAGTGTAATCTCTGATCAACAGCACAACAGAGATTGAAAAGAAAGCTTTCAGCTTCTACACAAAGCTGTTCTGCACCTGTTTTTCTTCATGTAAGCCTTGCAAATCATTTCAGAAATGGACTGTGGGGCTTTAAGTTTCTTTCTTCCTCAAAGTCAAGATGCAATGCTCTAATTTTCATTTTAAGCACTGCTAAGCGACTTAATCATAATCTCTATCTAATTTTATCCTGATTTAAAAATGAGAACAATCCTCTCTGAAAGTAAAAATGGGTTCTGTCTGAACTGTCCTAAATCCGGTACTAACCAAAAACCAGGCATGCCTAAAGAAAATATAAAATGGTCAACAAAAGCCATACAAATACATGAACATCATTTTGTGCTACTAAATATAGTCAAGGGAGGGTGGCAGGAAGAAATTCCCAATTCTTAAATTCCCTTGCTTAAAGCAAAGGAAGAGTGAACAGGCAAATTCATACATAATTCACAGTTAAAACAGCTTCATTGGCCTGTAACAAACCTGAAGTATTACAAAATCGAACAGTAATTGCCAAAAGTTACTTGGCATTGTTTTCTGGGCCATAAAATGACTTTCAGAGAGAGGTTAGAATACCATCAGGTATGTGAAAGTGTGTGTTCTGTTTTTCTGGAGGGGAGGGGGTGGGGTTTGGGGGCGTGGCTAGGTGGTGGTATGGTCCAATCACAAGCCCTGCTTGGCCAGCGATGCAGACACCTGGTCGGCGAGGGTGGAAAGCTGCGGCGGGTCTGCCATGTTGATGCTGCCAGAAGAGGAGACGGTGCTCAGGCCGTGTGGCGATTCCTCTAGAGACACGATTTCTGCGCCATGGTCGGTTCGCGCTTTGGCCTGCTCACGGAACATCAGTTTGTGCGACTCAATCTGGGGAAAGGAAATATATACAAGCTAATGAGCGCAAATGAAATGCCTGAGGTGAACTGGATATTGGTGCTCTCTAGTGGCCATAAAGCTACATGTCAGGACTTGGATGTTATAAAATCTGAAATATTTGATGTGTACACTCAAAATGCTAAATAATAACATGCTCAAAAATCAATGTATAAATAATCAATTTATCAAACAATAAAAATGTGTAAGATGGTGTTAAAAGGGATAAAGCAGCAGAAAAAAAACATAAGAAATTAAGTCGATAAACGATTTTTGATACAAGTTTCTATATAAATATAAATACCATTTAAACTAAACATATTTTTCAATATTTCTTTTAAAAAGGTGATCATTTTTTGGTCAGTTGCTCATTTGTATTATTGATTTCCCATCACTGTGTGCCAGGAGATGGCACCCAAGATGCATTTCACAAGATACTTGTGCAAGCTTAAAATTATTAGTCATAGGCAGTTTATTTGAAATATTTTATCTTTGTTGATTACTGATTCATCTACCAATCTGCACATTAATTCACCAAGCGAGTTCTTATTTGCAAATGGGTTTATCAAGTGACTATCTTGCTTCCGTAGCTTATCTTCTTTCATATTGGTGTAAAGAAAACATCCAAAATACATATTTTATACACATATTTTTTCATTGTTACACTTTATCTATTTATGTCTGTAGATTTCAATTACAATACACCCTAAAATGAAAAGTCATAAATTACTCACACTGGTGTTGTGTGCACTTCTTTCTTTAATAATGGCAGTGAACAGCGACCAGCATCAAGCTTTTTTAAAAAGATGGAAAAATATCACAGAATGATCCCATGTGACACGTGTCATTTATATCAAGTGTTCTGGGGGTATTCCGAAATGTAATGTATTATTTTAAGCAAATCCTGTCCTTGGCCGTTGATCTTCTGTGCACGGCTTTACAACGCATTAGTGAGACTCTATTAGCCCCTCCGACTTGCCCAGAAAAATTTGGGGATTTCTAGGCGTTGTATTTCATGTTGTGTATTCATTAATCTTGATTTCTCACAACTTCTGAGCTTTTTCGGGGGCGAGATGGAGTGAACTGCGATGCTAATAGAGTCTCATGAAAAAGGGAGTTTTCACAGTGATATTGTTCCCCAAAGAAACTTTCAGGGAACAGTTCTTAAAAGAATAATTTTTTTTCTTAGTGTGAAGAACATATATAAAGAACCTTATGTGCATTGAAAAGTTTACATGGATGTTAAATGTTTTTCATGGAACCATCGATTCCAATAAAGAACTTTTATTTTTAAGAGTGAAGGTTCATTAAATAATACATTAAATTTTGGTTTGTTATTTACCAAACCCGATCGTATTCCCCCAGAACACTTGTAATATACGGCAGTGTCACACAGGATCATTCTGTGATACTTAAGCATCTTATTAAAACGTAAATATTATTATTATTATGACACGTAAATATTATTCCACCCGTTACCTCAAATATTAGCGGGTCACCTGTCGGTACCCAAGGACTCTGCCCCCTGGAGCCGTATGGATTACTTTTATGATGGATGGATGTGCTTTTTTGGGCTTCAAAATCTCAGTTACTATTCACTCCCATTATAAAGCTTGGAAGAGCCAGAATATTTTTTAATATAACTCGGAATGTGTTCGACTGAAAGAAGAAAGTCATATATAAATAGGATGGTTTAAGGGGGAGTAAATTATGGGATAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATGGTAATTTGTCCCCATATTTGAGCACTCTCCGAATATCATATAATAAAAATATATGACAGTACAGTAATAGTTAATTTGATGTGGATATCTCTGTCTATTTTGGGCACGTGCCCCTTTTTGAATACTTACTGGAGTCCTCAATCTTTATCTGGGGGTTGCTGAGGAGGATGGGCTCTGGGGACATACTGGCAGATGAGAGGGTGGG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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU230189 True 7612 lncRNA 0.37 2 3399849 3407492

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000047_03321589_03328761 GHRHR2 coding downstream 71088 3319692 ~ 3328761 (-)
CI01000047_03271413_03302291 SCN4AA coding downstream 97478 3269915 ~ 3302371 (-)
CI01000047_03258353_03261127 NA coding downstream 138024 3258353 ~ 3261825 (-)
CI01000047_03223945_03241971 NA coding downstream 157133 3223623 ~ 3242716 (-)
CI01000047_03177108_03216092 ARHGAP27 coding downstream 183717 3177083 ~ 3216132 (-)
CI01000047_03412414_03435209 KANSL1A coding upstream 4906 3412398 ~ 3436183 (-)
CI01000047_03514753_03523245 NA coding upstream 106959 3514451 ~ 3523245 (-)
CI01000047_03689400_03699969 NA coding upstream 281908 3689400 ~ 3699969 (-)
CI01000047_03713156_03716003 NA coding upstream 305664 3713156 ~ 3716003 (-)
CI01000047_03741720_03750331 MAPK7 coding upstream 333578 3741070 ~ 3750375 (-)
G202847 NA non-coding downstream 65288 3332166 ~ 3334561 (-)
G202733 NA non-coding downstream 266197 3132313 ~ 3133652 (-)
G202757 NA non-coding downstream 285871 3113282 ~ 3113978 (-)
G202792 NA non-coding downstream 299729 3097841 ~ 3100120 (-)
G202755 NA non-coding downstream 311149 3077993 ~ 3088700 (-)
G202869 NA non-coding upstream 33335 3440827 ~ 3445116 (-)
G202870 NA non-coding upstream 37723 3445215 ~ 3445658 (-)
G202877 NA non-coding upstream 47038 3454530 ~ 3458840 (-)
G202880 NA non-coding upstream 63995 3471487 ~ 3471707 (-)
G202840 NA non-coding upstream 99429 3506921 ~ 3509108 (-)
CI01000047_01708628_01744282 BICC1B, BICC1 other downstream 1684332 1706068 ~ 1744282 (-)
G200472 NA other downstream 2565378 833941 ~ 834471 (-)
CI01000047_00519408_00522108 PYYB other downstream 2877607 519108 ~ 522245 (-)
G200299 NA other downstream 3131814 267530 ~ 268035 (-)
G202944 NA other upstream 390311 3985342 ~ 3986402 (-)
CI01000047_04213574_04213976 NA other upstream 805917 4213409 ~ 4214085 (-)
CI01000047_04285605_04286644 COA3A other upstream 871416 4285227 ~ 4286694 (-)
CI01000047_04575184_04576337 GNGT2B, GNGT2 other upstream 1166843 4574335 ~ 4576342 (-)
G203286 NA other upstream 1466887 4874379 ~ 4876734 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_004483 NA non-coding NC_007123.7 CM002896.2 4729017 ~ 4734988 (+)