G203943



Basic Information


Item Value
gene id G203943
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000047
NCBI id null
chromosome length 7523058
location 7355166 ~ 7368728 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence


>TU231469
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Function


GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU231469 True 13542 lncRNA 0.40 2 7355166 7368728

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
CI01000047_07351900_07353699 NA coding downstream 1413 7351867 ~ 7353753 (-)
CI01000047_07350018_07350608 NA coding downstream 4322 7349131 ~ 7350844 (-)
CI01000047_07137958_07149332 NA coding downstream 205834 7137384 ~ 7149332 (-)
CI01000047_07072890_07079236 GAS7B, GAS7 coding downstream 275930 7072545 ~ 7079236 (-)
CI01000047_07010651_07017023 NA coding downstream 338143 7010529 ~ 7017023 (-)
CI01000047_07389650_07393323 NA coding upstream 20415 7389143 ~ 7393753 (-)
CI01000047_07436294_07437420 NA coding upstream 67004 7435732 ~ 7437719 (-)
CI01000047_07445474_07451503 FOXK2 coding upstream 76131 7444859 ~ 7451503 (-)
CI01000047_07453486_07457736 WDR45B.S, WDR45B coding upstream 84060 7452788 ~ 7457949 (-)
CI01000047_07462130_07463407 NA coding upstream 93005 7461733 ~ 7463407 (-)
G204192 NA non-coding downstream 27320 7327497 ~ 7327846 (-)
G204186 NA non-coding downstream 43504 7311449 ~ 7311662 (-)
G204182 NA non-coding downstream 48572 7305979 ~ 7306594 (-)
G204181 NA non-coding downstream 51876 7303046 ~ 7303290 (-)
G204177 NA non-coding downstream 56613 7298326 ~ 7298553 (-)
G203881 NA other downstream 1311377 6043253 ~ 6043789 (-)
G203840 NA other downstream 1427822 5918508 ~ 5927344 (-)
G203286 NA other downstream 2478432 4874379 ~ 4876734 (-)
CI01000047_04575184_04576337 GNGT2B, GNGT2 other downstream 2778201 4574335 ~ 4576342 (-)
CI01000047_04285605_04286644 COA3A other downstream 3068485 4285227 ~ 4286694 (-)

Expression



Co-expression Network


Homologous


species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G33511 NA non-coding NC_035900.1 CM008303.1 1343410 ~ 1344921 (+)