XLOC_009598 (LO017841.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009598
gene name LO017841.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 420122 ~ 513158 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019293
TAGAGCTCAACAGGTGGAGTTGATCAACTAATTATCAGTTCAGTGTTCAGTGCAGAGCAGAAATACTTTCTTAAGTCTACTACAACACAAAGCATCTCCAAACAATACTGAAAGCCAATTACAAGCCAGAAGGCGAAAGGGAAAAAGGGCCTTTGGAGAAACTAATAATGGCTGAAGTTTGCATGGattgaaaatgagatgaaagCCGAGAAGCGGTCATTTGTCATCACACATTAATGCAGGATGACCGTACAGAAGATCATATTCTGGCCTGGAGACAGAAAGAAGATAGCAGATAAGTGGCGGATGCGGAGACGACACGGATGGCTAATCCCATAGGCGGTGTTCTGCTAGCCTTCCCATGAGCCTCTGCTGCAGAAGGGGAATGGATGAAGGGGATTCAGtggaTGTTTGTGTGGAGCAGGTCACCTGTAGCGTCCCCACCGGCGTCCCCGGCTGGGCTTTTGGCTGGGAAACTCTACATATGGCCCTCTGTGGGATCATCCCTGCTGAAGGATGGAGGATTCAGCCTCACTCTGACCTGCTGAGCTGCTGATAAATGGAGGAACATCCACACCAGCAGCTTCTGTTCGCCCAAAAACACACTTTTATACTAGGCCACATCTGACCAGTGGGGCTCTGGAGAGATGCAGGGTTGAACTTGTATATTTAAAGGGGAGTTAGTGTGCAAAAATGACACAAGATGGATTGATGCTGGAAGTCCCAATCAGTCAGTTTTGAGTCAGTGGTAAAAACAGTGGAGGGTCGACTGGGAAAAACACACACCACACCACACCAAAAACCTTGCTCTATCCTCTAATTGTTATGAGCCTCTGATGGCTTCATTTGCACTGGAGTTAATTGGTTTTGCTGGCTGTGTTTGGTGGCGAGTGGCTGGGCATCGCTTACTCTTTCTTTAATTAGATGTGCAAGCTCCTTTATTTGATTtcaccttttattttattatattttattgtttttagttcttgaatagttttttttttttgttcatgattttatttaattgcataacattttctattttttatttgtattttattttatttattttttattatttcatggtaatttgtatattattttatattatttatattatttttagttttaattttacatttttatttattattttatttgagtttttctttatttttactctttaattGTAATTcgtttttatttgattgttttaattaataattttttttagatatttttattgtttttattttatttcaatgtttttttttttttagtttttcattatttttattttatattatttaatttgaattcaaccatattttattttactttaattgtattttttaattcagttttttattattttattttatttaactgtaatataatttttatttaattttttgtattttttatttaattttattgtttaaatttttttacattttttatttataattttatttcattcttttatatatttttttattttattttattttattttattttattttttatttttttattttattttaaaaaccccTCAGTCTTTTCCCTCTCCATTCCCATCTCCTCTGCTAATTGTAATGAAGAGCCTCCAACGGCTTCATTTGCTCAGGAGTTAATTGGTTTTGCTGGCTATGTTTGGTGGCGAGTGGCTGGGCGTTGTTAGCTCTCTCTTTAATTAGATCTGGCAGCTCCTCATAATGATAAATGCTGCAGAGATGAATGGAAATGCAAATGCTGTTGAAGTGGCCCCCGCCATCATTAACACTTCCCTGCTGTCAGATCTATCATTGTCAAGTGAAGGAGTGAGAGTTAAAGGGAGACACATCCCAG
>TCONS_00021670
cacacacacacacacacacacacatacacacacacacacagccctttAACATGCAACTCTATCACATCAAATTGAATTAAGTTTGTGCTTCGTTTGTGTTGCAGATAGCAGATAAGTGGCGGATGCGGAGACGACACGGATGGCTAATCCCATAGGCGGTGTTCTGCTAGCCTTCCCATGAGCCTCTGCTGCAGAAGGGGAATGGATGAAGGGGATTCAGtggaTGTTTGTGTGGAGCAGGTCACCTGTAGCGTCCCCACCGGCGTCCCCGGCTGGGCTTTTGGCTGGGAAACTCTACATATGGCCCTCTGTGGGATCATCCCTGCTGAAGGATGGAGGATTCAGCCTCACTCTGACCTGCTGAGCTGCTGATAAATGGAGGAACATCCACACCAGCAGCTTCTGTTCGCCCAAAAACACACTTTTATACTAGGCCACATCTGACCAGTGGGGCTCTGGAGAGATGCAGGGTTGAACTTGTATATTTAAAGGGGAGTTAGTGTGCAAAAATGACACAAGATGGATTGATGCTGGAAGTCCCAATCAGTCAGTTTTGAGTCAGTGGTAAAAACAGTGGAGGGTCGACTGGGAAAAACACACACCACACCACACCAAAAACCTTGCTCTATCCTCTAATTGTTATGAGCCTCTGATGGCTTCATTTGCACTGGAGTTAATTGGTTTTGCTGGCTGTGTTTGGTGGCGAGTGGCTGGGCATCGCTTACTCTTTCTTTAATTAGATGTGCAAGCTCCTTTATTTGATTtcacc

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117782

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019293 False 1851 lncRNA 0.34 4 420122 513158
TCONS_00021670 True 769 lncRNA 0.49 2 493850 512260

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009597 nrsn1 coding upstream 190640 221739 ~ 229482 (+)
XLOC_009596 NA coding upstream 229147 186574 ~ 190975 (+)
XLOC_009595 si:ch211-201o1.1 coding upstream 251972 152182 ~ 168150 (+)
XLOC_009594 NA coding upstream 291096 127435 ~ 129026 (+)
XLOC_009593 NA coding upstream 298081 121024 ~ 122041 (+)
XLOC_009600 NA coding downstream 103055 616213 ~ 642909 (+)
XLOC_009601 irx1a coding downstream 300622 813780 ~ 817937 (+)
XLOC_009602 NA coding downstream 519417 1032575 ~ 1035953 (+)
XLOC_009603 adamts16 coding downstream 587401 1100559 ~ 1176503 (+)
XLOC_009604 rprd2b coding downstream 686044 1199202 ~ 1211162 (+)
XLOC_009605 LO017852.3 non-coding downstream 699516 1212674 ~ 1212788 (+)
XLOC_009606 LO017852.2 non-coding downstream 707288 1220446 ~ 1220562 (+)
XLOC_009611 NA non-coding downstream 1207601 1720759 ~ 1721414 (+)

Expression


Co-expression Network