XLOC_009599


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009599
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 432970 ~ 457475 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021859
GCGCCCTTCACTCCCTTCCAGAGAAGCTGAGCGCTTTATGCAAAACAGTACACTAAAAATGATACCATAATCAGTCAGAGGAGGCGATTCCCTGCTCTATTGGAGCCTGTGATGAAGTATTAATGATTAATCAAAACATCATGCAGAGAAGAGAACATCTCCAGTGCGACGTCTGGAGCCATTGTGGTCCTGAAGGTTGTCACTGCTTTATTCACTTGTAGGATGCAAATATAAGAGAGTTGTGTAAATCCAGACACAGCTGAGCATGACACAGTTGTGCGTTCACCTTCATGGCTTCATCACAACTACACACAGCGAACGTCCCAAACCAGCGACTGATTCCCCAGTCGGCTTTCTGAGCAGCGGCAGATTAAGAGCACTCCATCTGCAGCAATTACAGCAATGAGGCGCTCTTCATGCCAATTTGAGCATTTCTCTGGGATTAAACCTCCAGCAGCCTCCTGAGGAACGGTGGACCATTAAACAACCACCGAACACGGCCCGTATGATGATTTTAGCACATGTCGGAGATCAGGGCACGGATGGTGTTGTATTTTGAGATTGTGGCGATGCTGATGGAATGGGTGCAAACCGTTCCGCTCATTTTATCGGCCATAAATAAACATCAAGAGCTctggtttaattttttatgagGGTGATCATGCACGGATCACTCCTGTAACCCTTTCTAATCTTCCCGCTACGCTACCTGAAAATGGTCAAGTCGTCCCTGTGGACCGCTTCGCATCTCCGTcgggcattttcttttttttcagcaggCGTGCGGCTGAAATTGGAACGAGTATGTAATTCGAAGGTGCAGGCCAACAAAGGCTCCGTTTTTCTCCAGACAAAGCCTTTCCGCGGCGCAATCGAAGAAGCTGTTGGCTCACCTTGACAGCTCCTCTACCCACAATGCACTAAGTGGATGATTAAAAAGAAATGGAGGGTTTTACTGCGGGGTGTGCGTGGCCTCCCTGGAGTCCTGGGAGCCGCTGGAGCGCAGAGCTACAGCTGTCCTCCAAACAAGCCCgacattctttatttatttcttatgaaATATTGATGCGTGTTATGAAAGGTTTAAAATAATGTGTCTAGCCTCCTCTGGCCCGGGCCACGCTGTTTTCTAATGCATAAATAATTCTGGGCCCTCGGACACAGACATTACGTGGGGATGTAGCCAATGTATCACATTCTTTCTGCCTGAGAGCAAACGGCGGCCGCTCGTAATTTCCTACATTTATACAATCGCCGCGGATGCTTAATAATTGATGGACAAATTTAGGGACTAAAACTCCAACACAATATGACTTTATGTCAAAGGGTTAGTCCCTGCGGATTGGAGAGCGAGGGGGGCTCGTCCGGGACGCCGGCCGCTAAAATCTCGCTTTGATTTTCTGCCGTTTCTGGCAGCGTGGCGCCCTTGATGAGCTCCGGCTGTGCATGGCTGGAGATAAGCGAACGCTTTAGCCCATTATGAGAGAAGGGGGAAATGTTTTGTTTCTGAACACAAATGGGTTTTTCACACTGACATGAACCCGGTTTGATTGCCTGGCCGACACACAGATGTGATGGGGCGACCTCTCGCTTTCTCATCTTAATATCGAGTGTGATGTACAATTATGCCCTGCAATTGTCAGCCAGATCTATTTGCCTGATACACATAGCGGGGTTGCAGGCAGCGAGGGCCGCATGGCAATTTCACTCTCAATGCTTCAATTAACATGCGGCTGATACAGCTGCTCTGAACAGCTCCAGTAGAGTTTGCAGTGTCCTGATATCCTTACTGTACTGCCAGCATCAAATAAAAGAGCCCATTTAACCCGTGTATTCAACGCAGACATGTTTACAGGGTTTTTAAAATGCTCAGAGCACCACTGAAATGGCATTTCCATCAAATAAGGTTCTCATATGCTTCAATTAAATAATCACCATGTTTGCTTTATAATTGATGGACAAAAACTAGGACTAAAATTCCAACACAATCCctcggtttcacaaacaaggtttaaggctagtcaagattaaattgcatgtttgagctgtatGAACTCAAATTAACTTgcggtgagatgtcttaaaaCATGTCAGTGTCATATTTTATcaccaggtgcacaccagtaatgtATTTTTCttaggccatttttataaatgtggcttaaatagcctaattgaactaaggcctagtcctggcttaatctaagccctgtttgtgaaactgggccaaTATGACTTTAGTCCCTGCAGATtaggggctcgtccgggatgcacTTTTTACTGTTCTGCAGATGCAAATAAAAGGCTGTTTAACACATGTATTCAGCACAGACATATTTACAGAGTGTTTAAAATGCTCAGCATGCTACTGAAATGGCGTTTCAGTCTTGTAAAGTGCTTGTAGTTTACTACATTTGTATAATCTCTATGCATATAATTAATAGACAAATATTGGGATTAAAATTCTAACACAATATGACTGTCAAAGTTTTAGTCCCTGCAGATTGAGGCCTTGTCTGGGATGTGCTCTTTACTGTACTGCAGATTTAAATGTGAGGCCATTTAACCCACATTCAATA
>TCONS_00021669
CTCTTCATGAgttctggctgtgttttgagcagaacctgcattaaaccaatcagagtccatTCATTACCATCCCTGCAGATTAATCAAAACATCATGCAGAGAAGAGAACATCTCCAGTGCGACGTCTGGAGCCATTGTGGTCCTGAAGGTTGTCACTGCTTTATTCACTTGTAGGATGCAAATATAAGAGAGTTGTGTAAATCCAGACACAGCTGAGCATGACACAGTTGTGCGTTCACCTTCATGGCTTCATCACAACTACACACAGCGAACGTCCCAAACCAGCGACTGATTCCCCAGTCGGCTTTCTGAGCAGCGGCAGATTAAGAGCACTCCATCTGCAGCAATTACAGCAATGAGGCGCTCTTCATGCCAATTTGAGCATTTCTCTGGGATTAAACCTCCAGCAGCCTCCTGAGGAACGGTGGACCATTAAACAACCACCGAACACGGCCCGTATGATGATTTTAGCACATGTCGGAGATCAGGGCACGGATGGTGTTGTATTTTGAGATTGTGGCGATGCTGATGGAATGGGTGCAAACCGTTCCGCTCATTTTATCGGCCATAAATAAACATCAAGAGCTctggtttaattttttatgagGGTGATCATGCACGGATCACTCCTGTAACCCTTTCTAATCTTCCCGCTACGCTACCTGAAAATGGTCAAGTCGTCCCTGTGGACCGCTTCGCATCTCCGTcgggcattttcttttttttcagcaggCGTGCGGCTGAAATTGGAACGAGTATGTAATTCGAAGGTGCAGGCCAACAAAGGCTCCGTTTTTCTCCAGACAAAGCCTTTCCGCGGCGCAATCGAAGAAGCTGTTGGCTCACCTTGACAGCTCCTCTACCCACAATGCACTAAGTGGATGATTAAAAAGAAATGGAGGGTTTTACTGCGGGGTGTGCGTGGCCTCCCTGGAGTCCTGGGAGCCGCTGGAGCGCAGAGCTACAGCTGTCCTCCAAACAAGCCCgacattctttatttatttcttatgaaATATTGATGCGTGTTATGAAAGGTTTAAAATAATGTGTCTAGCCTCCTCTGGCCCGGGCCACGCTGTTTTCTAATGCATAAATAATTCTGGGCCCTCGGACACAGACATTACGTGGGGATGTAGCCAATGTATCACATTCTTTCTGCCTGAGAGCAAACGGCGGCCGCTCGTAATTTCCTACATTTATACAATCGCCGCGGATGCTTAATAATTGATGGACAAATTTAGGGACTAAAACTCCAACACAATATGACTTTATGTCAAAGGGTTAGTCCCTGCGGATTGGAGAGCGAGGGGGGCTCGTCCGGGACGCCGGCCGCTAAAATCTCGCTTTGATTTTCTGCCGTTTCTGGCAGCGTGGCGCCCTTGATGAGCTCCGGCTGTGCATGGCTGGAGATAAGCGAACGCTTTAGCCCATTATGAGAGAAGGGGGAAATGTTTTGTTTCTGAACACAAATGGGTTTTTCACACTGACATGAACCCGGTTTGATTGCCTGGCCGACACACAGATGTGATGGGGCGACCTCTCGCTTTCTCATCTTAATATCGAGTGTGATGTACAATTATGCCCTGCAATTGTCAGCCAGATCTATTTGCCTGATACACATAGCGGGGTTGCAGGCAGCGAGGGCCGCATGGCAATTTCACTCTCAATGCTTCAATTAACATGCGGCTGATACAGCTGCTCTGAACAGCTCCAGTAGAGTTTGCAGTGTCCTGATATCCTTACTGTACTGCCAGCATCAAATAAAAGAGCCCATTTAACCCGTGTATTCAACGCAGACATGTTTACAGGGTTTTTAAAATGCTCAGAGCACCACTGAAATGGCATTTCCATCAAATAAGGTTCTCATATGCTTCAATTAAATAATCACCATGTTTGCTTTATAATTGATGGACAAAAACTAGGACTAAAATTCCAACACAATCCctcggtttcacaaacaaggtttaaggctagtcaagattaaattgcatgtttgagctgtatGAACTCAAATTAACTTgcggtgagatgtcttaaaaCATGTCAGTGTCATATTTTATcaccaggtgcacaccagtaatgtATTTTTCttaggccatttttataaatgtggcttaaatagcctaattgaactaaggcctagtcctggcttaatctaagccctgtttgtgaaactgggccaaTATGACTTTAGTCCCTGCAGATtaggggctcgtccgggatgcacTTTTTACTGTTCTGCAGATGCAAATAAAAGGCTGTTTAACACATGTATTCAGCAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021859 False 2579 lncRNA 0.45 3 432970 457475
TCONS_00021669 True 2282 lncRNA 0.46 2 454861 457225

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009597 nrsn1 coding upstream 203488 221739 ~ 229482 (+)
XLOC_009596 NA coding upstream 241995 186574 ~ 190975 (+)
XLOC_009595 si:ch211-201o1.1 coding upstream 264820 152182 ~ 168150 (+)
XLOC_009594 NA coding upstream 303944 127435 ~ 129026 (+)
XLOC_009593 NA coding upstream 310929 121024 ~ 122041 (+)
XLOC_009600 NA coding downstream 158738 616213 ~ 642909 (+)
XLOC_009601 irx1a coding downstream 356305 813780 ~ 817937 (+)
XLOC_009602 NA coding downstream 575100 1032575 ~ 1035953 (+)
XLOC_009603 adamts16 coding downstream 643084 1100559 ~ 1176503 (+)
XLOC_009604 rprd2b coding downstream 741727 1199202 ~ 1211162 (+)
XLOC_009605 LO017852.3 non-coding downstream 755199 1212674 ~ 1212788 (+)
XLOC_009606 LO017852.2 non-coding downstream 762971 1220446 ~ 1220562 (+)
XLOC_009611 NA non-coding downstream 1263284 1720759 ~ 1721414 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location