XLOC_009628


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009628
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 3147262 ~ 3149817 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021675
aaaatgttttcggctgatatttttcatttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTCAATACTCAGATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTTTTGATGACAACTTGGTGATCTGCAGAAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTTTTGGGAAGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAATTTGGTCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGGTAACGATATCCAGTAGAATTTGTTTTAGATGTTCAGTAACCTATTTGAATAGTATTGTGATTTTTGATTGCTTA
>TCONS_00021674
aaaatgttttcggctgatatttttcatttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTCAATACTCAGATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTTTTGATGACAACTTGGTGATCTGCAGAAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTTAGTGAAGTTTTTCATCccatgtatattaaatatctacattgtttaggcatatatgattgtatgagataaaatgcatttattctttcactactattgtaataacagaaagagacgcattagttttactattactattgtttatgacaaacattaaaaaactacagcataagctcacaaaatattgtggcctaactgtttaaaactaattgttctgggtgttgatagtggccaaccattttttttctttttcagaaagtattttgttttgtctgattttatgacaccttataggccatcaactgcccacattggggtttaggaaattagaactgcttatgctgcttgtctactagtcttaggataagttagaaatgttataaatgtacatttttttgttgtttttatctggtacagctcataggaactccaatcttcccaactgtgagagggccttgctccagtgactgtcagtgtgtacttcattgtttccattagtccctgtatctgtagacctaggtgacagtgggctagagtaaaattttggttttatttaaactaaggcatactgatggcctttttatctcagatttggtcatgcaagtattaatatatcctaaagtatttttatattctttccattggtggaaaagatgttggtataattatttttaatggactgctaagatctcagcagacatttttctgagaTATTCTTGAGTGGGAGTCTGTGCAATACAAGGTGGATAGTATTTGCAAGGAAGAGCCCTTCATCTGTTCTGCTTCCACACTAGATATACTGCCAATTTAAGTAGATATGAACCATAAGCATAACCATTTCAAGAATGCACGaggtactttaaactgtatgtgttgaaactaaattaacaagaaaacagcTCTGTGATGTTCACCTAAGAAAATTAGATTAGAAGATAGAAACTGTTATGCACTTGTTCTGTACTGTTTCATTCCTTTTTCAAACACTGGCATTTTTGAAGGTTTATTTACAGCTAAGGATTAAGAATTGACAGGAAGATTTGTGGACTACATCAACTAATGACACTACCTCCAAAGAGTTGCAAAAAGCTGTCCAAAGTTTCAGCACCATCTTTAAGCCCATGATTTTAGTGTGTTTCATGCCTAATCACATGAGTTTATATCTGAGATAGATGAGCTATATGATTATCTTAAACTGATCTACAGGTAAATGCCAAAACTTattggtttacttatttatttatttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtatatgttaacCAGGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTTTTGGGAAGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAATTTGGTCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGGTAACGATATCCAGTAGAATTTGTTTTAGATGTTCAGTAACCTATTTGAATAGTATTGTGATTTTTGATTGCTTA
>TCONS_00021673
aaaatgttttcggctgatatttttcatttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTCAATACTCAGATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTTTTGATGACAACTTGGTGATCTGCAGAAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGctcataggaactccaatcttcccaactgtgagagggccttgctccagtgactGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTTTTGGGAAGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAATTTGGTCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGGTAACGATATCCAGTAGAATTTGTTTTAGATGTTCAGTAACCTATTTGAATAGTATTGTGATTTTTGATTGCTTA
>TCONS_00021869
aggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaaggtaagtaaaaagtaaacaaataaagacgatttgttgataaagcatgtactgtaaactagcgacgttatctaattacatcaagttcatttattaaaaacatatttttctcacatataacgttggtcatgcattagaacaatatatacattttaagatgagGAACAGTGCTAACacattgttgttttccacaatagaattcgtgcaaaatctatatataatatgcaatatgcaactctaataatacaaatgtattcgtaattgtttcaatattaaagaacatcaagtgtttccaaaggtttattgtaaaaacaattattttccatgcctttaaAGAAAAAAGGCAGATATTTTGCCTGTCtgagcacattttattcattgtacaacacaaaactaaacaaaaaaatagcttaatctaccacacacacacacacacacacacatatatatatatatatatatatacaggtgtacattataaggtgttcactgttcagatatgaatattttttctttgctcttttcaggttctttagatttctttaaaaatccaattttgttttctaataagcaaaaagtaaaatcactttacccatgtttatatgttaaattgcacttgtctctctctctatctctgttaacacatttatatttgtttgattaattcttGTGTCTTTCAGCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTCAATACTCAGATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTTTTGATGACAACTTGGTGATCTGCAGAAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTTAGTGAAGTTTTTCATCccatgtatattaaatatctacattgtttaggcatatatgattgtatgagataaaatgcatttattctttcactactattgtaataacagaaagagacgcattagttttactattactattgtttatgacaaacattaaaaaactacagcataagctcacaaaatattgtggcctaactgtttaaaactaattgttctgggtgttgatagtggccaaccattttttttctttttcagaaagtattttgttttgtctgattttatgacaccttataggccatcaactgcccacattggggtttaggaaattagaactgcttatgctgcttgtctactagtcttaggataagttagaaatgttataaatgtacatttttttgttgtttttatctggtacagctcataggaactccaatcttcccaactgtgagagggccttgctccagtgactgtcagtgtgtacttcattgtttccattagtccctgtatctgtagacctaggtgacagtgggctagagtaaaattttggttttatttaaactaaggcatactgatggcctttttatctcagatttggtcatgcaagtattaatatatcctaaagtatttttatattctttccattggtggaaaagatgttggtataattatttttaatggactgctaagatctcagcagacatttttctgagaTATTCTTGAGTGGGAGTCTGTGCAATACAAGGTGGATAGTATTTGCAAGGAAGAGCCCTTCATCTGTTCTGCTTCCACACTAGATATACTGCCAATTTAAGTAGATATGAACCATAAGCATAACCATTTCAAGAATGCACGaggtactttaaactgtatgtgttgaaactaaattaacaagaaaacagcTCTGTGATGTTCACCTAAGAAAATTAGATTAGAAGATAGAAACTGTTATGCACTTGTTCTGTACTGTTTCATTCCTTTTTCAAACACTGGCATTTTTGAAGGTTTATTTACAGCTAAGGATTAAGAATTGACAGGAAGATTTGTGGACTACATCAACTAATGACACTACCTCCAAAGAGTTGCAAAAAGCTGTCCAAAGTTTCAGCACCATCTTTAAGCCCATGATTTTAGTGTGTTTCATGCCTAATCACATGAGTTTATATCTGAGATAGATGAGCTATATGATTATCTTAAACTGATCTACAGGTAAATGCCAAAACTTattggtttacttatttatttatttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtatatgttaacCAGGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTTTTGGGAAGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAATTTGGTCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGGTAACGATATCCAGTAGAATTTGTTTTAGATGTTCAGTAACCTATTTGAATAGTATTGTGATTTTTGATTGCTTATTATTGTAGACTGCAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021675 False 553 lncRNA 0.39 3 3147262 3149776
TCONS_00021674 False 1838 lncRNA 0.35 2 3147262 3149776
TCONS_00021673 False 605 lncRNA 0.40 4 3147262 3149776
TCONS_00021869 True 2457 lncRNA 0.33 1 3147361 3149817

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009627 NA coding upstream 10019 3136158 ~ 3137243 (+)
XLOC_009626 cyb5r4 coding upstream 50517 3067134 ~ 3096745 (+)
XLOC_009625 NA coding upstream 88171 3053424 ~ 3059091 (+)
XLOC_009624 CABZ01043952.1 coding upstream 120022 3004422 ~ 3027240 (+)
XLOC_009623 lars2 coding upstream 156586 2899611 ~ 2990676 (+)
XLOC_009629 NA coding downstream 32932 3182749 ~ 3192150 (+)
XLOC_009630 wdr21 coding downstream 35724 3185541 ~ 3189799 (+)
XLOC_009631 CABZ01052320.1 coding downstream 203684 3353501 ~ 3353617 (+)
XLOC_009632 NA coding downstream 308398 3458215 ~ 3461793 (+)
XLOC_009633 NA coding downstream 441594 3591411 ~ 3593405 (+)
XLOC_009620 CU896588.1 non-coding upstream 417773 2729373 ~ 2729489 (+)
XLOC_009616 LO017875.1 non-coding upstream 863088 2284056 ~ 2284174 (+)
XLOC_009615 NA non-coding upstream 971211 2121671 ~ 2176051 (+)
XLOC_009634 NA non-coding downstream 508510 3658327 ~ 3659417 (+)

Expression


Co-expression Network