XLOC_009901 (apoc2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009901
gene name apoc2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 23984179 ~ 23994642 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019764
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>TCONS_00019765
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>TCONS_00021930
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Function

symbol description
apoc2 Predicted to enable enzyme activator activity. Acts upstream of or within definitive hemopoiesis and lipoprotein catabolic process. Predicted to be located in extracellular region. Predicted to be part of several cellular components, including chylomicron; low-density lipoprotein particle; and very-low-density lipoprotein particle. Is expressed in intestine; liver; pancreas; and yolk. Used to study familial hyperlipidemia; familial lipoprotein lipase deficiency; and hyperlipoproteinemia type IV. Human ortholog(s) of this gene implicated in familial apolipoprotein C-II deficiency; familial hyperlipidemia; and multiple sclerosis. Orthologous to human APOC2 (apolipoprotein C2).

GO:

id name namespace
GO:0006629 lipid metabolic process biological_process
GO:0042159 lipoprotein catabolic process biological_process
GO:0006869 lipid transport biological_process
GO:0042953 lipoprotein transport biological_process
GO:0042627 chylomicron cellular_component
GO:0008047 enzyme activator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko04979 Cholesterol metabolism

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-2168 Predicted to enable enzyme activator activity. Acts upstream of or within definitive hemopoiesis and lipoprotein catabolic process. Predicted to be located in extracellular region. Predicted to be part of several cellular components, including chylomicron; low-density lipoprotein particle; and very-low-density lipoprotein particle. Is expressed in intestine; liver; pancreas; and yolk. Used to study familial hyperlipidemia; familial lipoprotein lipase deficiency; and hyperlipoproteinemia type IV. Human ortholog(s) of this gene implicated in familial apolipoprotein C-II deficiency; familial hyperlipidemia; and multiple sclerosis. Orthologous to human APOC2 (apolipoprotein C2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000092155

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019764 False 5174 mRNA 0.35 3 23984179 23994642
TCONS_00021711 False 735 lncRNA 0.45 3 23984755 23991159
TCONS_00019765 False 798 mRNA 0.45 4 23984755 23991161
TCONS_00019766 False 2883 lncRNA 0.37 3 23984777 23991098
TCONS_00021930 True 5845 lncRNA 0.35 1 23985254 23991098

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009900 apoa2 coding upstream 3825 23978978 ~ 23980354 (+)
XLOC_009892 nbn coding upstream 6654 23837847 ~ 23977525 (+)
XLOC_009899 apoc1 coding upstream 10458 23972126 ~ 23973721 (+)
XLOC_009898 apoeb coding upstream 20718 23960744 ~ 23963461 (+)
XLOC_009897 apoa4b.2 coding upstream 35641 23947196 ~ 23948538 (+)
XLOC_009902 NA coding downstream 24466 24019108 ~ 24028618 (+)
XLOC_009903 NA coding downstream 203837 24198479 ~ 24207903 (+)
XLOC_009904 CT867948.1 coding downstream 521450 24516092 ~ 24524076 (+)
XLOC_009905 NA coding downstream 571092 24565734 ~ 24573801 (+)
XLOC_009906 si:dkey-56f14.7 coding downstream 631806 24626448 ~ 24646067 (+)
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XLOC_009870 NA non-coding upstream 1655151 22327970 ~ 22329028 (+)
XLOC_009869 NA non-coding upstream 1656677 22323766 ~ 22327502 (+)
XLOC_009910 NA non-coding downstream 840133 24834775 ~ 24897111 (+)

Expression


Co-expression Network