G232499


Basic Information

Item Value
gene id G232499
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000054
NCBI id null
chromosome length 13006764
location 5627572 ~ 5627795 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU263819
GAAAGAGAGAGCGGGAGAGAAGGAGGGATATGAAAGGAGGGGAATAGACAGCCATTACCGAATCACAGTCTCCATACTGCTCCTCTGTCTACCGGATTCGGTACAAAACGGACCGAGAGTCAGTGTTTCTCTGGCCGGCTGAGAGGCGTGTTTGTCAGGATTGAGAGCCAGCGCATCTCCGCCTCTGTCACCCTGCGTGCGGTAACGGGCACTGCCGTTATACGCCCCCTGGTGAGATGTCTTCCTCGGACGAGGAGAGCCTGAGCGAACGTTCATGTGTGAGCGAGCGTTCGTTCCGCAGCGAGAGGTCTGGAGGCTCTCTCTCGCCCTGTGCCCACAGCGCAGCTGGGCCCAAAGGGGACACTCTGCCATGGAACCTATCGAAACATGAGAGACGCAAGCGCAAGAGCCAGGACTCAGTGCTGGACCCCGCGGAGAGGGCGGTTGTGCGAGTCGCAGGTGAGACAGATCTCTGATCCTACACAACACGTACACTCACGTTTACGCCCCAAATGGTTTTGTGGGTAAAGCAATTTCACTGAATTGGTGGTTGGTTTGTTTTCCTGCTGTTTATAATTATGTTTGACCAATCCATTAGATCCACTTTGGTAACTCACCAATTAAACAAAAATAAAATTGGACAAAAACAATATGATGCTTTGCAATCTGACCCATCTGTCAGTAAATTTTAACTGAGCAGCTTTGGGTCTTGATGTAGAGATATTTTATGAACGATTGTTTTTACTGCTGGTACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAACATAAAGTTGTCTAAATGTACACACATTTCTATTTGCAAATTCATAAGTCAACACCATTGCTGAGTATTTTCTCCTTAAAACTGCAGTGAACCAAAGACAGTCTCAAAAACGTGATTTAATATCGCTGGTGTTTCTGACGTCACAACTTTGAAACCAATCAGGTCAACGTGTGATCGTCAGCAAGTGGATCTCTGAGCTGGAGTGAGTGGAGGCGGGGCTAATTTGCATAATTATAGAACCGTGTGTACTAAATAAGGCAATGGTGTAGAGTTACATTCAAGCTATTTTAAGGCATGAAGAAAAAAAATGTTTAAATGTGTCATTTTGGTCGTCAAAGATGAGTTTTAAGGGATAAAATGATTGGCTACAGGGGGACTTTTTTATTTGTTTATTCATTCACCCTTTATTTATTATTTTTTTTTATGTATATTCACTTTTTCACTGAGACCAGTGTAATATTATTTCCTGCATTTGGATGCAAAGCTTATCTCACTATTAGTTGAGGCAGTGGTACAGCTTCAGTGTTTACTCTACAGCTATGAATTTAATAATTCATGATTTACATTATTTTTTTTATAATGGCATTTAATCCATATGCATATCACAAAACATGTGTCTATGTTTTTTGTTTATTCTGGTATTTGCCCTCTAGACCTCCATTTAGTGTGTTGCTGTAAATGTGATTTATTTTTTTTATTAAGGGGTGACTTGAAATTATATTCTGTGGGAATTTGTGCATTCCTTGAAGACTCGAGATAAAATACTAAAATATGCTAGTTTAAAGTTAGAATGAAAGACAAGTAGCGACAGACCTTCCATTTTGAGGTGTACATCTGAGTATAATGGATTAATAAAAAAAAAGAAAAAATGTAGGGCGGGGACTTGGTTCTATCCATAAGTTGATTGGATTTTGAGATGTGGACATTGCAACCAAAAATGAATGTGATCTTGCAGTTGATTTTGGAGAGGTGGGGTTTAAGTCGACTGTTACAATCTCCTAATTACGGTAGTTATGACGTGAATGCAGCATAAGCTCGCTGTTTTGATTCGGTAGGAACTAAAAAAGGTGGCTGCTGTTTGTTTGCGGTGCTCTGTGACAGGTCTTGTATAAACTCTGCATAGCACGAAAGCGCGCTTATGACGTATGATGTCTGCGCGAACAGGGTGCGCGAGGGTGTGTAAAAACATTCGCTGACAGGCAGGTAGGACATCGTATTATTTCATTTGGACTGAATATAAAGATTGGATGAACATTTTATGGTCCTACGCCTTCCACAGACGATATATATTTATACAAATACATTTAGTCCGTTTAACATAGTGATTGCTATCAGGATATGAGGAGACTTTCAACCAGTTTAACAAAAATATTACAATTTACAAAACCGAATAATAAATTTTAATTTCATCCCAAACTTTAATATGCCATGACAAACCCTACGTAGAAAAACAATGTTTAAGCTCAAAATGGAATTTCACTTTATCTTTCTTTATATTTGCCCATCTCTCTATTACACTCATCCATGGGCTGTTTATTTGCATCCAAGCTTTGATTATATAATGAATAGCACAATGTTTTTCTCAAGCCTTTTTGCTAATCACTGCTAATTGCAGTCAGTCATTTAAATACTACATGAGATTTTCATTCTCACGGGCATTAGTGACTCCTGGGTGTGCTTGTGTAAGAGTGCCTTTTAAAACAACATGTGTTGTGAGAATGTTAAGATGTTTTGGCTGTGAAGTTTTTGAATTTTTACAATTTGTTTTGTCTGGAAGAGCTCTGTTATGTTTTTTGTCAAAAGTTCACAGATTACAAGGCAAGCGGAGGCCACGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGATTATGCCTCAAGTAAAAGTAGTGTTGTTGTTTTGGAGTGAGATATTGAATCTTTTTAACTATTGAACTCTTGACAGAAGGTGAAAGCAAAGGCTGTTAGATCTTTCACTACCTTATTTACCTTCCTGCAAGATAAAAAAAGTAACTAAAGAGAGAGACTGCAGTCAGTTGTTAAATCCCCGGTTTGATGGAAGAAGAATGAAAGGAAAGCATTTCAAAGTATTTTCAGCTTTATTCTTAGAAATGTCCTTCTTTTACATTCTTGAATTAAATTCTTCAGTGTGGGTCCTAGATATGCTCTCTCACATATTGATAGAGCCAGAGAACATAACGACTACCATGAGATAGCGATAGGATTTGTTTGTTCAAGCTGAACACACAGCCCAATATATTGATGCAAAAATGTCCTTAGCGATTTATACACACAGAGCCTGAGTCACGCAGGGAGTACAACACATGCTCGAGCTCTGGCAGTGACATCACCTGTCTTGTGGTCAAAGTACAGTTCCTCTATCCGGCTCTAAAACACGGCACTCTCTCAGAGCTACCAGACAGCCGGCTGGTACACACGCGCAGTGACTTGAGAGCAAACTACAGCGGTTAATAAGACATTCAAGAGAAAGGAACAGGAAGTGAGCGGCTGGATTTTCCTGCTGGCTATGGATTGGTGACTTGCTGGATTCCATGGAGCCTTTAGCTTTTCAAAGTGCCCTCTCACGCTTCTTTGCCTTTTAAACAAACGTGGAACAACCTGTCAGTTCCTTTCAGTTTCTATCCTTCCATTTCTACCCATAGCGTTCCCTCTCCTTTTAGTTCCTTCAGTTTTGCTTTCTCCTTTATTGCCGTGGCGAAATGAGCGCTGCGGCATCATACCGACAGTATCTTCAGGAACTCGAGGAAAAGAAAGGTTGGTTTCATTCAATATGTTTTGTTGCTGGTTGGTCATTTGCCTTATATAAAATATTCCACATAGCTTATACTCTCAGTCTGTGCATGTGTTGCAGTTGTTTGGAAAGTTAGCTCACACTGACATGCCGTAAGCTGAATGTTTTTGTGATTGACCCCATGAGCATGTTAAGAGCTAAATCGATGGTAAACTGCAGGCAGGATTCAAATGAAGAGGTCAGCTGTTGTACATTAGCTTATTAACTCTGTAGTAACCATGTCTGTATGCGGATACTAAGAGCGGACACTAGTCCTTCGATAAAGGGAGATTTTTGCTCCTGTTGACTAACTAGGGTCATAGTCGGTTGGGAGCAAATGCACCAATATGTGAATCAAGTCTATTGAGATCAAAGTAGACTCACCTCTTCACCTTCCCTTAGGCACTCCAAAGCATTCAAATACGTTGCTATGGTAGCTTTAAGTCAGTCACTAGTTATTAGTGATTAAATGTTTATTGAGCTATGACATTTGAGGTTGGTGTGGAAATTGAGGCTTTCTTTGCGCGTGTCATTGGTCGGTGTTGTCCGTCAGATAATCCTGCCCACAATAATGGCTTAGTGGCTAAGTTTATGCACGTGTATGAGTGTGTGTTTTGAACAGGGATGGTGTATTCCTCAGCAGCTGTGCTGAATGGTCATAATTTGTTTAAAGGGAGTTGTTCATCTTTAGACTGTCTCTTTCTTACTGTGATCACTTGACAACCATATGACTTCTTATTAGTTTGCAGAGATATAAGCACCTATCTGTTTATAACTTCAAATGACACCTGTCATTTTGAACATACCCTTTAGATTTTTTGCAGATGTCGCCAAAGAGTCACCTTCAATTTTTTGATATTGTTAATTGAAGATGGTACGGTATTTATTTCCTTTGTAATTCAATCCCAGATCATGGGGCCGACATTTGCACATGGCTTTTAGTGGATGGAATCAACCGCAAGTGTGTTGACCATATGGAGCAACACGGGGTGGGTGTGGAGGGTATGTTGGATTCTAGTAATACCTAGACAGTAACGCTATTGTCTAAGGCCTGCCAGGCCAATCCCAAAATAATGTTGAGAGAGGTCATTGCATATAACTTAAATGGCTGAAAGTTAAGGTTAAGTTTCAAGGAGACTATTTTTGAGGATACTACAGCCTAGTTAGTATCAGTAAAAGTCATATAAGGCTATTAAAGACAGTGATGTGTTCTGTCTTTTGAATGATATTCTGTGTGTCCATACACCATTTTTTCTTAGTTTGAAGAACATTTTAATCTAAAGAACCATTTTCCACTATAAGGAACCTTTTGTGCAATGGAAAGGTTCAATTGATGTTGAAGGCTCTTCATGGAACCAGAGATTCCAATAAAGAAGAGTGTAGTAGAATTAAATAAGGTATAGCTGTGGTTTGTTGTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU263819 True 224 lncRNA 0.38 1 5627572 5627795

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000054_05595391_05599507 AK2 coding upstream 27877 5594953 ~ 5599695 (+)
CI01000054_05579068_05592326 ANLN coding upstream 35069 5579068 ~ 5592503 (+)
CI01000054_05567094_05576916 PTP4A1, PTP4A2.L, TP4A2, PTP4A2B, PTP4A2 coding upstream 50549 5567094 ~ 5577023 (+)
CI01000054_05538535_05543989 COL8A2 coding upstream 82538 5537408 ~ 5545034 (+)
CI01000054_05409518_05413525 NA coding upstream 213585 5409302 ~ 5413987 (+)
CI01000054_05696772_05708538 NA coding downstream 13788 5696093 ~ 5708637 (+)
CI01000054_05713420_05771550 MACF1, MACF1A coding downstream 30859 5713420 ~ 5771745 (+)
CI01000054_05772612_05808901 MACF1, MACF1A coding downstream 89891 5772452 ~ 5809366 (+)
CI01000054_05813838_05819498 BMP8A coding downstream 130203 5812764 ~ 5819740 (+)
CI01000054_05825039_05827325 PSMA2, PSA2 coding downstream 141245 5823806 ~ 5827378 (+)
G232467 NA non-coding upstream 153239 5474045 ~ 5474333 (+)
G232443 NA non-coding upstream 208703 5418632 ~ 5418869 (+)
G232379 NA non-coding upstream 226460 5400368 ~ 5401112 (+)
G232368 NA non-coding upstream 269900 5357241 ~ 5357672 (+)
G232293 NA non-coding upstream 366810 5259996 ~ 5260762 (+)
G232519 NA non-coding downstream 155722 5838283 ~ 5838874 (+)
G232521 NA non-coding downstream 177059 5859620 ~ 5859877 (+)
G232526 NA non-coding downstream 184306 5866867 ~ 5867089 (+)
G232530 NA non-coding downstream 187637 5870198 ~ 5870423 (+)
CI01000054_05608892_05634793 RNF19B other upstream 2897 5608457 ~ 5634804 (+)
G231863 NA other upstream 1176842 4407152 ~ 4450730 (+)
CI01000054_03848427_03914231 NA other upstream 1714026 3848427 ~ 3914231 (+)
G230689 NA other upstream 2540180 3078502 ~ 3087392 (+)
CI01000054_02289802_02330591 SLC25A13 other upstream 3323190 2289802 ~ 2330981 (+)
G232558 NA other downstream 311099 5993660 ~ 6041863 (+)
CI01000054_06305908_06312122 NA other downstream 621746 6305908 ~ 6312163 (+)
G232659 NA other downstream 692289 6374850 ~ 6375894 (+)
G232870 NA other downstream 1205351 6887912 ~ 6888503 (+)
G233024 NA other downstream 1884962 7567523 ~ 7609893 (+)

Expression


Co-expression Network