G236387



Basic Information


Item Value
gene id G236387
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000054
NCBI id null
chromosome length 13006764
location 10570225 ~ 10602954 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence


>TU268077
AGGCAGTGTGTGATTTAGGGAAGTTAGAGCTGGATGAGTTGCCAAACTCCACCCTTCGGGAGCAGTGCACGGAGTGGATGCAAGCCAGCTGTAAAGACTGAAAACTATGAAGTGTTCCTCTCAAGTGGACAATGGTCGGAAATAGAAAGGAAGCACACATGATATTTAGTTTAATGTACTTATCTAAGACTTTTCCAAGGCATTGTTGAAGCACTCAGGCCCTGTTTTACACCTGGTATTAAGATGCATTTTGGTCAGTCGGATCACAAGTGGACAACACTAAATCCAGTAAATGGGGTCTAAAACGTTTTGAGCTTGTCCACTTTCGACCTCTTCCAGAGGTAGTTGAAAAACACATTAGACCGGATTGCTTTCGTAGTGTAGACGCTCATGTGGTCAAATGTGTTCGAAGAGCCATACAAGATGCCTATGTCCGCCTACTGACCTAATGCGTAAATATTATGGGAAGCGCACAAGTCAGAGAGGATTTAAACTTTCTTGCCTGGAGACTTCTAACACACATTTGGCAGCGTCTTGTGGCTATCAGAGCCATTCCATCATCTCCATGGGCGTTCATATGTAAATTGCGCGAGCTTGTTTTGTCCATTAGATTGAAAGATCTGAAAAAGCCCAAACATTTACCTGCCCGTAGACCCTCTCCTCGAAGGAATCCGGACAGAAGTGGTTGAAAGTGGACAAAGGAGATGGATTAAAATACGAGGTGTAAACTGGTATCTGTCTCCCTTGTCTATTTGTCATCTGATCAACCAAAACGCATCTTAATACCAGGTGTTTACAGGGCCTCAGTCACTTGAGGCTGAGGTTGCAAATGTTATCACTTCTTTGAGGTTGCCTGTCAAATGCTGCATATCTGGTTGCGAGATGTACAGTAATGTAGAATTATGACGTTTATTTTCAGACAGTTCTTCACATGTGTAAGACGTCTCCCTAACGAGACAATTGAGCTGATAATCATAAAGGTCTTATCCCAAACGGTCACCCTCAGCCCTTGCAACCCTCTTTCGAGTTTTTACTTACTGGTAATGTAATGTTGCATGGTCTGTCAGGTAGTTGTCCATTGTGAAGTCCACAGTGCACGCTCAGCGAAATGGTGGATCGAGGCATCATATCAGCTACATGGGGAGCATTCATTAGCACCCTTCTGAATAATAAAGGTTAAAGATGTTAAGTCCACTAAATGCCCCATTTGAGGTGGGGAAAGATTTCCTTAGAATCCAGGGCTCAGTTCTTCAGTTGTGGTAGGGTTTGATTTTTGAAAATTAATGTTTGAGTCGTCATGTGCATTTTTTTGGTTAATTTTGAATTATTTCTGACTTGAAATTAAATTAAATTATTGGATGTTTCTCAAGCAAAGTCCATAATTCTTGTGTCTGTACTTGTTAGCAAAAGTGGAAAAATGTGTTTCCAGAAGTTGTGCCTTGTCCAATGTCATTTACTGCTCCATGACATCAACTGGATGATGTTTTTCTCTGCATTCAGATACAAATTCTCGATTCTGTTCTTTGACTCATCACAAAAATGTTTCTTTCATGACAGCTACAGTGATATGACTCATTAGTAGCATAGAAATGACTTGTGTGATGTGGTTCAGTGTTTGAGGCTATGACTTCATTACTGCTAGTGTCTCCACTTGTTTATAAGGGGAAGTCTGCACAAAGTAACCGGGTAGACCTCCCGTACGCTGTCCCTGGGTGGCTTGCTCCCAGGTTGTGGTGAAGCTTCAGTAAGGGTGACTGGGAGAAAGACGTCTGGGTGGGCAGAATTATAGAGTTGGGAAAAGGACTGAGGAGACAAGTCAGACGGTAGTACCAATTGGACAAAAGCCTGGCAAACCTTGAATGGTGAAATGTCACGCCAAACACATACCGGTTATGTATACCTTTTAATGACGGAGTGAGCAGAGTGAATCCACCCATGGCCAACTGGAGACAGCGTTCCACTTAATCACAGTCATTTATTTACCCACCCCACCGGAAAAAGCCCCCTGTGATGAGTGAATGTATATTTAAGCCCACACAGTGGTTTCGGCATGACGGCTCTACACAGTAGCTGTGCAGTAAGGCAGAGCCGTGGGCTAACCGGTAGGCTTGGGTTCAGTGAAAAGTGAACAGAGGACGTTTGAGCTTAGATGTTTTTTAGAAAGTGCATCCTGTGCATCTTCAGCCAACATGACTGTGGACAGGAGCTTGTCCAAGATACCTCCTCCGCAAGAAAAGCAGCTTCAGATGTTTCTGGAAATGGGCAAGCTAGATATGTTTAGACTGGCACTTGATAGTGAAGAGCAAGTACCAGCTCTACTTTGCATTCTCCTTCATTATACCTCATTCTTACACTCTCTCCTTCCTTCTCTCTCGTTCTTTCCCTATTCAACCCTTTTCTCCTTTATTATTCTCTGGATCTATGGATCCCTCTTATTCCAGATTCTCTTCTATTCTTCTTTAGTCTCCATCATTCTCCCATTGCCCTCCTCCTTTCTACTCTCTGGTCTTCCTCATTCTCCTATGTTGTCTGTTTGTTCTCCTTTTTTTTTCTTGTTATTCCTTGTTCTCCTTTATTCTTCTTTCATTTATTTTATTTCTTCCATGGCCCCTTTTGTCAGGTCCAGCCGAAGACCACAAAGGGCTGGGTAACGTGAGAGAGTGGTGAGAACTGAGATGTTTTAAGAGTTCTCCTCATTATTTCTGTCTGTGGTTAACCATTCCCTCAAACCTCACTACTTCTCCTTATTCTGAACGTCTGCAGATGAGGGGGATTTTGACGAAAGGCCCATTTGAGGTCTTATAACTGTATAAAGAACAACTTACACCATGTTTAATGTTGTCCTGTATCCATTTTTTAACTGGTTACACAAAAAACTTTGAGATGGTGACCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGAGGAGATGAAACCAATAAGATCTGAGAGGACGAACATCATTGTAAACCGGGTCATGAGCTAAGCAGTGTTAACCAGTTGTATGAATGCATTGATACACAAAGTCGTCCCCCTTTACAGCACAAGAAATTCTTTCAAGTGTTTAGGCACATTAACTCTGTCTTTATTAAGCATGTGTGACTGTGTCTTGAAGGTGAGCTGATCTAATGCATTGGGCCAGTGCTCACTCCTTGGAGGACATCTCTCCCTCCATTAGATGTTCACTGGATTGCTGCTTCTAGAGTCTCTGTATTTTACTGAAGGAGCCATATAGGGCTCGCTTAGAGTCTGTGCATGTCGTTGTTCTCAGATAAGCCTGAGCCCTAATCTCAACCAGTGGCATGGCCTATTTCTTAGCCATTCATGAGCGAAATGAATTAAGGTGGGTTTTTACTGGTTAATGCCTAGGAAACTGTTAATATTTTAACTGTGCAATAATGGGTCTCTTCAAGTATGTGTGTGTTTGTGCAAGAGACACTAAAAGAGTGTTTTTATGTAAAGAATTATGGTCAGTGAGAGCTGAAGTGGTCCGTGCCAGCTCATACCATAATCGTAGAGCTATCGGATGCTTCCATAATTCACAATACTGCTCTTATTTTGAAGTAGCCTCATTTTGTCTCGCTGTGCATCAGGAACACTGCTGCCTGTTTTGACTTGTCTGCACACACACACTCTTATATGCAACGTCTGTACGTACACATCTTGGCAGACTAATGTTTTAATGTGTATGTTTGTGTCATCGGGGACACACCCTGCCCATATCTTTGAGTGCGTAATCTAAGAGTTTCCAAACAGAAGCAGAGAACATAATTATATGCTTTCTTTCATCTTAATGGAATTGTGGCTGTACTTTTTAAAGCGGTTTTGTTTCTACAAGATTCTTGGCAGTTTAGTTTGTGATGCTGTTGGTGTTCTGAAGATTTTCTCTGATGTCTGTCTTGGAGAACTCTCATAGTTCTGTAATAAGGTTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTCCTTTAAAGTGATATCAAAATGTGGTGAAGCTTTCCATGAAATTATTATCTCTTAAGTTAATTTTCAGGAAAGTGTGAGAAAGTGTGAATGGAGAAACAGAAGATGACTGTTGGTAACACTAACTAATTTATTCACAGGTCTTTTTTTTAGCATTAATGGTATTAGATTGTATGCTGATTTTATAACAGTTAACACCAATAAACCAGGTTATTGCCTTGCGACACACCGCTCCCTTTGAAATCAGTATATTCACAGCATTTTCTGACAAACTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAACAGCTGAAGTCTTCCATGATGCCATTACATAAACTGTTACATTAGCATTAGCAGAACATCCGATCATTTACAAATTTGGTACATTTAATATCACTATCACTCTGTTTCATGTGTTCTTTGCACCTCAGGTTGTGAGTAGAGGTCTGTGTGAGATGCGGGTATCGCGGTTGTTGTTGATTCAAGCCGATTGAGTATCGAGTAGCACGGGACCGGATGGGACGTGTCCGTGCACCTTAATCAGCTGACATTAGCACTACTGTTCCCGCTAGCTCAGCCGGGATATAAAGAATAATCGATGGCAGATTATTTGCGGTGACCTTCTGGGCTTAAGGGACAGACTTTAATCCTGTTCGCGTATCGGCGTCATTGATCAGCTAGCACTGACCGTAGAGGTGTAGTGTGCGGCGCAGGCTAGTGTGCTGGAAGAGAAATTATTTTGTGAGGAAAAGGTTGCCAGACGCTCTGCAAAATGCAGCTATTTTAAGAGGCTTTGATTAGGCCACAGTGACTGTGTGTACTGGAGAAGATGTGTTCTAGCATGACCTCCCTCTCCTTGTCCTTTTTATTTTCTCTTTTTTTCCCCCTATATTATCTACACTGTAGAGTTTTAATGTTTTTGTTTTGACTTGTGGTTCTACCTGACTTAAGTACTTCTTTTCTTACCTCAGCTTTTTCTTCACTGCGTCTCATGGTGTTGTCTCTAGATTTTCTGCACGCTCACC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Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU268077 True 14225 lncRNA 0.42 3 10570225 10602954

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
CI01000054_10518872_10568706 JARID2B, JARID2 coding downstream 1519 10518872 ~ 10568706 (-)
CI01000054_10389232_10412773 MYLIPA, MYLIP coding downstream 157452 10389232 ~ 10412773 (-)
CI01000054_10269355_10363708 NPR1B, NPR1, NPR1A coding downstream 206076 10268720 ~ 10364149 (-)
CI01000054_10248885_10261371 INTS3 coding downstream 308854 10248601 ~ 10261371 (-)
CI01000054_10230849_10243712 NA coding downstream 326387 10230849 ~ 10243838 (-)
CI01000054_10645438_10672411 NA coding upstream 42188 10645142 ~ 10672681 (-)
CI01000054_10817235_10819181 TAC1 coding upstream 214188 10816015 ~ 10819362 (-)
CI01000054_10872970_10881017 SDHAF3 coding upstream 269861 10871104 ~ 10881495 (-)
CI01000054_10910820_10938477 COL28A1 coding upstream 307420 10910374 ~ 10938477 (-)
CI01000054_10949424_10950271 RPA3 coding upstream 346365 10949319 ~ 10951456 (-)
G236394 NA non-coding downstream 58796 10474070 ~ 10511429 (-)
G236383 NA non-coding downstream 115109 10454828 ~ 10455116 (-)
G235924 NA non-coding downstream 139445 10430552 ~ 10430780 (-)
G235919 NA non-coding downstream 146625 10423390 ~ 10423600 (-)
G235895 NA non-coding downstream 155989 10413954 ~ 10414236 (-)
G236384 NA non-coding upstream 14015 10616969 ~ 10628310 (-)
G236480 NA non-coding upstream 135588 10738542 ~ 10738848 (-)
G236506 NA non-coding upstream 169291 10772245 ~ 10824773 (-)
G236533 NA non-coding upstream 245334 10848288 ~ 10848555 (-)
CI01000054_09864693_09866871 PPP1R11 other downstream 703013 9863321 ~ 9867212 (-)
CI01000054_09483912_09484282 MRPL36 other downstream 1084838 9483147 ~ 9484282 (-)
G235216 NA other downstream 1321687 9248039 ~ 9248538 (-)
CI01000054_07165957_07169539 HEYL other downstream 3398552 7165435 ~ 7169539 (-)
CI01000054_06629482_06641861 TRIQK other downstream 3916212 6628082 ~ 6642160 (-)
G236748 NA other upstream 682240 11285194 ~ 11295784 (-)
CI01000054_11780397_11781842 SNAPIN other upstream 1175936 11778890 ~ 11781880 (-)

Expression



Co-expression Network