G236176


Basic Information

Item Value
gene id G236176
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000054
NCBI id null
chromosome length 13006764
location 11014131 ~ 11075365 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU267840
CAGAGTTTTAAGTAAAAATCTGAAACTAATAGAATGGCCATGATTAAAAAGAACTGAATGGATGAACCTAATGCAGTTGTGAGAACAGAGATGAATCTAAGTCAAAGTAAAAAAAAACAAACATAAATAATAATAAAACAGTAAGAAGAATAGGAATGTATAAAGATTAAAGCTATTTTCCCGAACAATAATTTGAACACAAACAGGTAAGCTCACTCATAATGGCGTATGAACAGCAGAGGGCGCTGTTTCATGAAAACCAGATGGACCACGATGACAGAGATGCTTTGGCTGTGATGAGCAGGGTGCTGAATCAGTTCAGGGAGATTGTTAACAAAGATGCTGTGTTAGTGTATATTGAATCCGGTCCTGTCATCTTATAATTGCTGTATTGATTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGAGTATATATATATATACAACAGTTCGTTCTGGTTCTCGAATCTGATTGGCTGAGAGGTCTTTCCAGCCATGCGATATTCTAGCAGTATCGCCACGGGAACCGTTTCACCATTTGAATCACTCCGCTTTCACCATTCTCACAGCGAGTGTCATGGCGGACGAGCATATTTTTATAGATATTACTGTTATTTTTTGTAATGGAATGTAGTTTTAAGAGTTTTTTAGGCAAGAATGTAGTTGTTTAGACCTCAGATGTGCAATTTATATGTAAACATAGTACCTATTTGAACATTTGTTTAGACACTTTTGGAGATGTGAGCTCCAGGCTGACAGCGACCATTCAGCGCTCATGGACCCTCAGAGAACAGCTTCATCTTGGCCATTCCTTCGGGAATTTGCCGCTGGCCCTTATGTAGATAGTGTTTAAACATGTATAATTCATTTTTGGTATATCAAACGGGCAATCTTTGGTCTTATTAATCTAATGCTTGTTCCAGAGCTAATAGATTTGTCTTAAGGGCTATATTAAGTCTCTTAACTTTATAATTACATTGAAATTAAATTCTTTACCAACTAGAGCACTGCTTTGGTATGTTTTACTGAACTGTTTGCTTGTGTTTATTTCCTATTTTACTTCTTATACTGTTATAATGGCTATTGTTGTTAATTTAAATATTATTGTTCAATAAATAATATTTTATGTAAATAACATGCCGTATTTTTTGGTATTGAGAAAGAGTCCATTAGTGATTTAGTGAAAGTTACATTAATACGCCACGAGATGGCGACAAAGACTGTCTTTATGAGTGAGTCAGTCTGTCGCAAAGACTTTTATATTGAAATGGACTGAAACAAGGAAACAGGGACGTTGGTTTTACTTTAAACAACATCTTACGACATGCAACTGACAAATGCATTGACTAGCGCTGTCATGGGAAATCCTATTAAATGTTAAAAGGACAAAGACAAAGATATTGCTTTCCTCAGCGGACATTCAAACTGATTTTGTGATTATGAATATAAGATTGACCTGAAAAATATCAGCTAGATGCAGGTAATGCACTCGCTCAGGTGATCTCTCTCTCCCATAATACTCTACATATTAAAATGAGTTGCACGCTTTATAAATAAGGCCCCTGAAGCCTGAACCAGAAAGCGATGCAATCTGTTTTACAGAATACGGAAGTTTGTTGCGCACAACCCCCATATGACATGAATACTCCAGCGCAAGTAACTATCTGGTTGACATTCAAATGTGGGTGGTGGTATTGCACCTTAACGCTGGCTGCTGCCTGTCATAAAACAGAAGACACAGCTACCAGAGATGGTGTAATTATTATTGTACATTGAGTAATGGTGCAACACTGCCACAAAATAGCCGTGCTACGTTACCCAGATGGACAGGAGGTGGTGAGTGGGTGGACTGGTCAGTGCCAGGCTGGAGGGGTATCAAAACACAGCATTAGGTCCAGAACATACGTTCACAGGTTAAAAACAAGACAAAGTGTGAATATTCAGGGTGCGTGTATTGGAGTCAAAAAGAGATTTGGATTCTATCATGTGAGTGTGTATGAAAAGAGAGAGAGAGTTTATCCTCCATGTTTACTTTTAGTTGTTTATCCAGTGTTTGTATTTGTTAAGATGATTTCTCAGCGCTCAAGGAAACTATTTCCTGATGCTTACTGATCAACATGCTGTTCGATTTCAAACACTCAGCACTGGGAACATAAACTGCATATTTTGGTAAATTTCTTGGTGAAGCATGTGCCTCGTTATTAAAATAACAAAGTTGCTCTTTTCCATTCAACACAGATACATGCCGATCATTGGCTGGGAAATATTCATTTTTTTGTTAATTAAGAAATATTTTATATTAAGTCGTGATTTGAGCACCTTCCTCCTTGCACAATGAATGAAAATGGTTCCACATGATTAAAATGTTAAAAGAGTTCAAGTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCAAAAAATAGGTGCATGATGCCCTTGAGAATGGAAACAATGAATTTTGAGTTGTTTGTATGTGGCCAAAAGCTCCAAACCTTCTAAAGCCAAACCTTCACTGCATCTTTATCTTTGATGATGAAAAGCTCAGTGGGGATAAATCGATATGCTGGCTACCCATGGAACATATAAACACACACATACATACAAACACACTGACACACCATAACAGCTGCATCCTGCTCAGACCAACTGCCTCTAATTAATGCTCTCTTAGAAACGACAGATGTTTTTATCACTCCACCTTTCCTTGAATTTAGTCTGGCTGGGTGTCGTAAAGATATCTTCATCAACAACTTCATGGATACTGTTGCTATGCACAGTGCGATGTTGCTGTTGCAGCCAGTAAGGGAGTCAGAGAGACACTAGGCTCTAAAAACAGTAATCTATATCAAGGCTACAAAGAGGCGCTTCAGCAAATGTCAAGCTTGCCTTATTTAATGATATTGCTAACTTGTGTTCATTCGTAATTACATATGCAGCATGTCTGTAGATATATAGCTATATCTGCACTTTATATCGTAACATTTATATTTTAAACCTCTTTTGCACACAATGTTAGGGGTGAGCAGCATGACCAGACATCACAATATGAGTGTGGCTCTATATAATCACAAAATATAGTAATGTTATTATATTATATAGTAAATATAGTGTGTAAATAATTGTTATACATTTATATAAATATCTATCTTGTCTCTTTGAATTTAAATCTAGATTTACTCACATTGGCCCATGAAAACCTCTACTTGAACACACTTGCCCAAAAAAAGTGCAGGGACGAATTTATGTTTTATTAAAAGTGTGTATGTTCAAAACCTTAATCTTTATGTTATTTGAAACTGGATGGACACAAACCAATATATATGATTATTTATAATAAATAACAATACCATAATTCATATCAATAGTTCAAACTGGATGAGCCACATTCATATAAAATAGCCCATATGCACTTGTCCAGATCAGTTATTTCCAGCAGCTCAGCAGTCATAAACAATTACATTTTGTATTACACCACACTTTAATAAATTTTGCGCAATAACTTGTCATTTTGGCACATCCCACTCAGTAGTTTTGCATAACTAAATGTTTCTTTGTTGCACCGTGGTATATAAAAAATACATTCTAAATACCATCCAATCATTTTTATTTTTTTTAACTATGAAATTGCTTGATTCATGTATAATTCCATAATTGTATTACTTGTTTTCCTGTTCATTTAAGGTTACACTATTATTGCGCATGTACTTGATTTCAGCACATATATGTATCTATTTCCAGCTCATTCATTCGCTCTCAGTATCTGTCTGCATTCTGTCCCTCTCTTCCCCCTTTTCAGATTCTTTATTTTAAGTGGAAAGAATCAGACCTCCCAGAGTCTTATGTAACCAGCCAAAAGCGCAGATGCCTGAAATAACTCCAGCATACCATGACGTATAGATCTCTTAGAGGCATGTGCATGCACAATGCCATGAAATGAACACAAAGATACTTCAGTCATACTTCAATACAACCACATTTTCTCATTTATATCCAATGTATGCTCTCATGTGAACATCCACTCATAGAAATGCTTATGTCTGTCTGTATAATTGCATTTATGTGCATTTATAGCACATTTACCAGGATTTAATCCTGGTAAAATATCTCCCACAGTGTTGTGATCCAGTACAGCTAGTGTCAGCATTGAGTCAATGGCTTGAGTATACACACTCCCTATATCTCGTTGCTCAGCCTCTCGGCTGTCCTCCAGGGCTTTTATTACTCAGCGGAGCATCAGGGATAGATTGCTTTAATTAACACTCTAAATGCCATCGAAAAGAAACCCCTATCTCATACTGCTTGGTATGGCACCTCTCTCTGATCCCTATTACATAATACTGATGTTTTACCCACACAACTGCATGATTGTAATAACATGGAGTCAGCACCCTGCTGTGTGCGTGCTTCAATGGAGAGGGTGTCAATTCAGTGGTCTAGAAATACCATAATAATCAACCAAAGGCGGGTCTTACCATACTATGGTGATGAATTGTTTGGCGAAGTAATGAACAACAATTTTTACAGCATTTACTATTGTTCATTGTTAATTTGTTTGTACATAATGTATAAGCTATAATGCAAAATTAATACATGCTGCAAAGATATTGTAAAGCATTGCAAGTAGTTTTCATAGAGAATACATAGTGTCAAGCTCAGAGAAAATAATCAAAGATGGCTACTTGATGCTTATTGGAGTAGCATGTTAGCTTAGCAACATGCTAACCTCTAACTCTCAATTTTGAGTCTCATGCACTTCCCATTAGGAACTCTAAGGACAATGAACATCATTGCTGGCAGATAAAACAGTTTACATTTATCATAAATCTTGGGTGGAAATTTGAGAAATAAAGCCCTAGTTGAGAAGAGTTTGAGTGTTTAAAAATGACATGATTACGTAGTTGCAAAAGCATGCATGCCTCTGAGCTTTTTCTTTATGAAATAGCAGATTACAGAAGCTCTGGTGAATCTATATTTTCCAAACCCTCATTCTTATGTGGCAGATAAACTGGAGAGACACCAAAC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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU267840 True 11396 lncRNA 0.38 3 11014131 11075365

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000054_10985849_11004067 GLCCI1 coding upstream 10035 10984088 ~ 11004096 (+)
CI01000054_10964288_10964566 UMAD1 coding upstream 49482 10964288 ~ 10964649 (+)
CI01000054_10905705_10908903 C1GALT1 coding upstream 105075 10902548 ~ 10909056 (+)
CI01000054_10884460_10894800 C1GALT1 coding upstream 119177 10881584 ~ 10894954 (+)
CI01000054_10805413_10815170 ASNS coding upstream 198772 10805413 ~ 10815359 (+)
CI01000054_11126599_11136327 PTP4A3.L, PTP4A3, MGC131305 coding downstream 49256 11124621 ~ 11137242 (+)
CI01000054_11142387_11149427 NA coding downstream 66617 11141982 ~ 11150462 (+)
CI01000054_11154206_11157480 NA coding downstream 78764 11154129 ~ 11157830 (+)
CI01000054_11162176_11165636 NA coding downstream 84694 11160059 ~ 11165827 (+)
CI01000054_11171795_11178974 NA coding downstream 96366 11171731 ~ 11179109 (+)
G236195 NA non-coding upstream 64443 10926963 ~ 10949688 (+)
G236150 NA non-coding upstream 163824 10850093 ~ 10850307 (+)
G236149 NA non-coding upstream 167038 10846892 ~ 10847093 (+)
G236128 NA non-coding upstream 275247 10738567 ~ 10738884 (+)
G236249 NA non-coding downstream 151361 11226726 ~ 11233234 (+)
G236257 NA non-coding downstream 168698 11244063 ~ 11244283 (+)
G236222 NA non-coding downstream 202046 11277411 ~ 11279005 (+)
G236281 NA non-coding downstream 220784 11296149 ~ 11297001 (+)
G235560 NA other upstream 621753 10388136 ~ 10392378 (+)
CI01000054_08325126_08329621 HPCAL4, VSNL1, VSNL1.S other upstream 2684543 8325126 ~ 8329716 (+)
G233306 NA other upstream 2709182 8304599 ~ 8304949 (+)
G233024 NA other upstream 3404238 7567523 ~ 7609893 (+)
G232870 NA other upstream 4125628 6887912 ~ 6888503 (+)
CI01000054_11564820_11568338 S100V2 other downstream 489611 11564820 ~ 11568999 (+)
CI01000054_11633235_11635069 PRF1.8 other downstream 557611 11632959 ~ 11635103 (+)
CI01000054_11648262_11648786 NA other downstream 572614 11647959 ~ 11649495 (+)
G236874 NA other downstream 738323 11813688 ~ 11816475 (+)
CI01000054_12887165_12901376 NA other downstream 1809537 12886994 ~ 12902006 (+)

Expression


Co-expression Network