G248574


Basic Information

Item Value
gene id G248574
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000058
NCBI id null
chromosome length 5213219
location 2867222 ~ 2878788 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU282110
CAAAAATATCTTAATTTGTGTTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGGCATGAGGGTGAGTAATTAATGACATTATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAAGCTATTACAATCCAAAGGCCACAGGTAAACAAAATCTCAACAGTCTGACTCTTCTCTGCAAATCTCAACAACTCTGGTTCTCCATTCAGATGTTTTAAAAAGGAATCACAAATGAAACTCAACTCAAAGACTCACTCAGGCTCAGGTATAAGCTTCTCTTACCTGAAAGAACTGAGAGGGATGGAACACTGGGCTTGAATTTCCGAGGACTGGCAGGAAATGTACAGCATTTCACCACAGCTGGATGGAAGGATTGAATAATGTAGCTATAATCCCTCAGACATGGGGAGTGAGCCTGTCAAGCAATTGAAAAGTGACTAAGAGCTTTCTGAAGCTGTGGGAAACAACATGATTGTCTGCACTAATTGGCATCGGTAATAAAAAAAGAAAGTCCTGGAAGTTGCTTTACCCCTCATTATACTCTGTGCCTGATGCATTTTTAGCCATAAAGAACTAGAAGCGTTTTGAGACATTGTTATAATGAAGATTTAAAGATAGATTTCCTTCATTCATTTATAGATGGCTGCTCCTTGTTTGCGCAAGAGAAGCCATATTGTGCAAAATGGATTAGAGCAGGCGATTTTTGCAGATTAATTGATTTTAATAGTGATTTGAAGTGTATGTATGTAGGTCGCTGTTGAATTCTGTTTGAAGTGCTGATGTTGGTGTTTTGGGGGAGGGTGTGAAAGCCTACTAACATATTCCCTCTCAGCGTATTTCCGCACGTTTCCCTGTTTGAATGTCAGTAATGACTATGTTCATCCAGTTTCACTGCACGTAAGGCCCAAAACAGACCATTGCTTTTGATCAGGTTCGTACTATATTCTGGATGGCATCCTCTGTATTCTCGATCTCACTCTTTGACTGCTCATTTCTCATTCTGTGACATATGTTTCTGCAGACAAGCGATATAGTGGAGTCTTTACAACCCAGGCAGCTGGCTTTATCTGGCAAAAAAAGGAATGGAATGAGAAAACCTTCACTTGGTTTTATTAGCAGTGAGGTGTATTTTCACACAGTTGTTCGGAGCTTTGAGCAGACAGGCTAAGATATTGATTGGTTGAGGAGACTGAAAGATGCAAAGGCTGATCTAATGAGGGACATCATGAAGGATGTGTTAACATTTGTGAGTGATATATAGAGCAAGGTGATTAATTGATATTTGACGTTTTAAGATTGTCAGGATCTGTTCATCAGTTTGCACACACACATATGTATGTAACTATGTATATGTGTATATAATATATTATATATTAGGGGTGTGATGAGGTCTCATTTGTGTGAGTGCAAATAATTCTTGTGGCGTAACCTGTTTTCTAGAGATGCACTGGTCGACTGGCACTAAATCGTAACCAGCCAGTCTCTGCTCCAAACACATGATCGGCAATTGTTTTTCGGACTTACGCACAAACTGCATTGCAATTATTTCTCAAAATGTAATTTGTGTGAAAATATTATGAAGCCTGTAAACAGAACGTTAACAGGCCAGAGACGGAACGTGGTGAAGACAAAGAAGAGAACACAGACGCGGCAACAAGCACAGCAAACTTACTGTTCATGATGCACAAGATATAAGAAGAAAAATAGAAATATTAAATTGGGGTTGGCGGTTTATAATATGAATTTATCTCTGAAGGAAACTGGTTGTCTTCAGAAAAGTTTCAATGGCATTTTCTTTTCCTCTTATATCTGTATAAAGTAGTATTTATAAGCGCAGTGCTGATATGTGTACAGCGTTACCAAAGTCCCTTTCAAGGAATGTCTGTTCACTCGGCGGCCATATTTGCAACACCTCCGGGCAGCTATTTCGGGCATCCAAGACCTATCTGTTTGAATGGGGGAATCTTGAAATCTCAAAAACTGCTTGGCGAACTCACAATTAAATAACACGTTTCAAATCATCAACAAAGTCTGACATGAAATGTCCCATAAATGTTGTTTCTTATGCTCAAATAGCGTTAAAAAAGCTTTTTTTTTTTTAAAGCTAGCCGAGCCAATGCGCATGTGCAGTCCTAAGCGCGAGTCTCCGGTTTCTATGGGAACCAGAGCTTCTAACAGCAGCTCTTTTGACGTATTACGCCATATTGCGTTTTGCAGTTTCTCCCGTTCGTAACTAATAGGAGTGAACCGTCTATAGTCTTTGGCAGTACCCAAAGAAACGCTATATTTCTGCTGTTCCATAAGTGCCACCTACTGTCAGAGAGTGAATTTGCATGTTCATTTTTTTTTTTCCTGTTTTCGTTTTGTGCAGGTGTGTCTTATGAAGCATAATTTCACAAATCTAAAGTCAGATCATTCTATTTTTACTTTAAATTGTATAATTAATTCTAATTTAAATTTAAAAAAACTGCTCATGCTACATGTGTGTAGCATTTTTATTTGGATCATGATTAAAATGCAGTGGTTGCTCTGATTTCAAATGGCTACAGATATTTTTTGTTTAAGACTAGTTTGGCCTGTTATGGAGCAAATAAACAACAAATAAATTTGCTTAAAGAAAAAAAAAAACAGCAACTGGTATCAAAATCATCCATTGAAGAAATAGCATCTATTGCCTTTGACCAATTAAATTAGATATTGCTTTGGAGGTCACATTGAAATGGCATTGGTCACTCCAAGACTTGGTTAGTTTTTGGTTAGCGGCAGCACCCCTTCCAATATGTTCAGTAAATCTGCAAGGTCGATGATGAGCAAGTCATTTAGGTTTACGGCTCTGCATCAGCCTTTGTTTACCCACGCTGCAGCAGCAACAAATCGTTACGTTTCCACTAATCTCTTCTTGTCCTTTTTAATACCCTTCCCATAACGAGTGTGCCTCAATTAGAACAGGCCAGCATTGATCCGTGGCTACCGCTCCAGCCAAGACGCTCCACTTTAGCGCTTAATTAGTCAGAGGAATGGGTGATGTGCCCATGTGGCGCTAGAATGCAGTATGTAAATGTACTTTATGTGGAAATGCTGACTTGATCTGAAATAATCTTCCCCAGGAAGGATGTTTGTTTAAGGAAGAAGAGGAGAAGGAAGGGGAGATAGTGAACAACACACACGTATTGTTGCTATTGTGTGCCTCTGAATTGGAAACTCACCCCCGATTTGTGGACTTCCTGTCAGAGGACCAGCCCTGAGGGAGTTGACCTGGATCAGAGTGAAGGCCTCTGCTGTAATCAGGACACCCTGTTGCTTGGTCCTGATCTGAGTTTTTATTTATAGGATTGTATAACTAGTGGAGTAAGCCAAATTACATCCGTAAAACAGAGGTCACTCATTCTTGCTGGAAGTTGTTTTTGCAGCTTTTCTCATACCATATTGGTAGTTCTCACACTTGCAGTCACCTTTTATTCAGCCAATTAATCAGCTTGGTTTACAACAGCTATACCCCCAGTTTCACAGACAAGGCTTAGGCTAGTCCTAGACTAAAATGCATATTGTAGTCATTTTAACTGAAAGCAACTTGTACTGACATATCTTAAAATATGTCAGTGCCATTGTTTTGTCTCAAGATGTACACCAGTAATGTTATTTTCTATGGCATGTTTATAAAAGCTACTTAAATGCCCTAACTGATCTAAGGCCTAATCTTCGCTTAGGCTAAGGCCTGTCTGTGAAACCGGGCCATTATGTACTAAAATGCCTCTTTCCCTTTAGATGCAGGGGACATTTTTGGTTCCCTTGATCAACCAATGGACAAACACAGCATAATGTTTGTGGACGCAACAGAAAGGCTATAATTGAGAACAGATGCCCGATCCCGCTGGATGCACACGGTTAGATGCACAAACTGTTACCTGACACAGAATAGGAAGGAAAGAGACTGAAATCACACCCCTCAAAACTCAATTATTCTGTTTGTACTGCATCAGCATAATTTACTGTGGAAGTGAAAATGGCTGTATCGACTTTCTGTTCCCTCTAATTAATCTTCCGCTGTGCTCCGTAACAAATGAACACCAGGTGATTCCCAATCCGAATGTAAATGCTCTGCCAGGCTGGATCAGAAACTTATAGATGAAGATCAAGGGAAGATACTCACTCCATCATGAACCTGCTTCCACTTATAAACGTGCTCAGGGACTAGCTATTTCCAAACTACCTTTCTTTTCATTGTTCTTAAATATGTTAGCAAGCATGCAATTCGTGCACACATGCTCATTTTCATGGCTCATCTCCCTCCCTATGGGTAACGCTGGACTAAATAATGTGATTTCTCTGTCAGTCCATGCTAAATGTCCTGAAGTCCAGCAGACCTTCAAACAGGCACGGTAAAGTCATCAAGCACTTTCCCGGCGTTCAGCCAAAGGAAGGTGTGGGGGAGGGTTGGAGAGAGCCTGCAAAGTGGAAAACCATTTACATTTTTTCTACTTCTTTGTCAGACTGAAATGGGCAGTCTTGGTTTTAGTGGACCTTTGCGTTATGCATGGCAGGAGAACACGTGCCAGTCGGCGACATCAAAACAGACTGTGATGTTAACTCTAAGACCTGAAGCATTGACTCAGTCAGTATTTTAAATTTAAAGAGGGTATCAAATAAAGGAGGTCAGAGTGCACTCTTTGGATATACTCTCTTATGTTTCGGCCGTACTGATTGGAGGATGCCAGGCAGGAAGGGGCTCACATTTTAAGAAGTGCTAATTATGGATTGCTTGTCACAGATGTGGCTGTTTTTCATTAGTTCCTCTTTTGAAGATGTATAATTTCCGCAACGAAGAGTCTTGGAGCACAAGTTGATAATTAAAGTAGGCATCCATTAATGTTAGAAGATATTATATATTTAAGAATTCTTCTTGTCTGTTCACCTTCACAGTTCACTGAAAAACAAAAATTATATCATTAACCCTCTTTCTTTTGAAACCCATATTACTTTTTTTTTCTCTTATGTGGAACATAAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU282110 True 11539 lncRNA 0.39 2 2867222 2878788

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000058_02650808_02653235 NA coding upstream 213851 2650436 ~ 2653371 (+)
CI01000058_02635467_02636768 NA coding upstream 230237 2635176 ~ 2636985 (+)
CI01000058_02629861_02631891 NA coding upstream 234928 2629690 ~ 2632294 (+)
CI01000058_02592534_02600835 NA coding upstream 265467 2591193 ~ 2601755 (+)
CI01000058_02578534_02589495 NA coding upstream 276681 2578061 ~ 2590541 (+)
CI01000058_02883775_02884290 NA coding downstream 3376 2882164 ~ 2885704 (+)
CI01000058_02911431_02958568 SRGAP2 coding downstream 32643 2911431 ~ 2958568 (+)
CI01000058_02964886_02978501 IKBKE coding downstream 86098 2964886 ~ 2978895 (+)
CI01000058_02979997_03027744 RASSF5 coding downstream 101209 2979997 ~ 3028144 (+)
CI01000058_03034418_03038200 DYRK3 coding downstream 155630 3034418 ~ 3038344 (+)
G248519 NA non-coding upstream 181588 2685275 ~ 2685634 (+)
G248516 NA non-coding upstream 193560 2673375 ~ 2673662 (+)
G248432 NA non-coding upstream 366905 2500110 ~ 2500317 (+)
G248406 NA non-coding upstream 405674 2460916 ~ 2461548 (+)
G248566 NA non-coding downstream 12563 2891351 ~ 2908197 (+)
G248594 NA non-coding downstream 85705 2964493 ~ 2964823 (+)
G248613 NA non-coding downstream 228985 3107773 ~ 3108154 (+)
G248614 NA non-coding downstream 230221 3109009 ~ 3109249 (+)
G248568 NA non-coding downstream 232996 3111784 ~ 3114371 (+)
CI01000058_01794468_01800421 KISS1 other upstream 1069490 1794468 ~ 1800421 (+)
G247940 NA other upstream 1410775 1452997 ~ 1456447 (+)
CI01000058_01280337_01289153 DNASE2B other upstream 1578952 1278592 ~ 1289874 (+)
CI01000058_00592498_00596709 NA other upstream 2270051 592331 ~ 597171 (+)
CI01000058_00435196_00437830 AGTRAP other upstream 2411478 434913 ~ 455744 (+)
G250039 NA other downstream 1815620 4694408 ~ 4697161 (+)
CI01000058_04864571_04888198 NA other downstream 1947588 4864571 ~ 4888216 (+)

Expression


Co-expression Network