XLOC_010151 (CT025588.3)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010151
gene name CT025588.3
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 40075545 ~ 40082056 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00020132
TAAACGTTATAACCAGAAGGAAAATAGCTATTTAAAAAAGTTGCATAAATCTCTGGACATCTCTGGGCAACCTAAAGTGACTGAACAGACATTCATAATGCTCTGCAAATATATCTGTGTGTTCTCTAAAGTTGTTTTCTTTCCTTAGAGCACACGTTGTAACGTCTTTGTTCCAAACACAAGGCATTCTTTAGAGTAAGCTGAAATGAAATGGAAGCAGATAAGCATCCCACCATTCCTGCGCTCTCCCCTGTGGAGGATTGATGAAGTGAAAAGCCACAGAACTGTCCATGCAGCCTTCAACTGTTCCAGCCAGTTCCTACTGATAATCTACTGGAGTTAA
>TCONS_00022004
GCATTCTTTAGAGTAAGCTGAAATGAAATGGAAGCAGATAAGCATCCCACCATTCCTGCGCTCTCCCCTGTGGAGGATTGATGAAGTGAAAAGCCACAGAACTGTCCATGCAGCCTTCAACTGTTCCAGCCAGTTCCTACTGATAATCTACTGGAGTTAAAGGCATCACCTCGTCTGGCCTACAAAAACAAGACCTTCAGATGAACAGATGAGCAGTCTGAACTGGTTGTGCTACATTAATTTCTCTATGGAACCAAGCCATTTTTGTCCCTTGAATGTTTACTCACAAATCCTTTAGTTAGGCGTTTGTTATTCTGTCTTTGTGATTTTATGCATTTTCAGCTGTGTCTTATTAGGTTGTGTTGTGAACAGTTCTCATCCTCTTTGACTAAAGGgcagattttgttgttttttttaacaacatttaatttgtatttgaaTTTTTTGGTTATCCTTTGTTTTAATGGTCCCTTTTTAGACATTGTGTTGGCTATACAGTAAGTACAACTTCATGCCCATTGTCTTTAgactttcttctgatgaacacaaaaaaaaaacgatatttggaagaatgttggaaaaattggaatgattggaaaaaaattggaaaaacttccatctaattattattattgttataatgattttttaattatgcaagtcaatggttaccgattttgaacattttcaaaatattgtcttttgtgttcaacacaaaaaagAAGCTcacaaatgtttggaaccacatCAGATTGAGTAAACTACCACTGATTAGGCTATTTTCATGTGCACTTAGATAGCACTTATCAATTACAGATTTTAGGAAAAGTGAAATACAGGCAAATTAAAACCGACTTTATTGACCTAAAACACTTTTTAATAGTATATGCTATTGAATCCCTTAAATTAGTCAGTATTAACTTTaaatgtagcctacttttttttACAGCCTattaatttttgttaaaatacagggcatccggaaagtattcatagcgctttactttttccacattttttttatgttac
>TCONS_00022005
AGAAAGCTAACAAATCAATTCGCAGGTTCCTACTGATAATCTACTGGAGTTAAAGGCATCACCTCGTCTGGCCTACAAAAACAAGACCTTCAGATGAACAGATGAGCAGTCTGAACTGGTTGTGCTACATTAATTTCTCTATGGAACCAAGCCATTTTTGTCCCTTGAATGTTTACTCACAAATCCTTTAGTTAGGCGTTTGTTATTCTGTCTTTGTGATTTTATGCATTTTCAGCTGTGTCTTATTAGGTTGTGTTGTGAACAGTTCTCATCCTCTTTGACTAAAGGgcagattttgttgttttttttaacaacatttaatttgtatttgaaTTTTTTGGTTATCCTTTGTTTTAATGGTCCCTTTTTAGACATTGTGTTGGCTATACAGTAAGTACAACTTCATGCCCATTGTCTTTAgactttcttctgatgaacacaaaaaaaaaacgatatttggaagaatgttggaaaaattggaatgattggaaaaaaattggaaaaacttccatctaattattattattgttataatgattttttaattatgcaagtcaatggttaccgattttgaacattttcaaaatattgtcttttgtgttcaacacaaaaaagAAGCTcacaaatgtttggaaccacatCAGATTGAGTAAACTACCACTGATTAGGCTATTTTCATGTGCACTTAGATAGCACTTATCAATTACAGATTTTAGGAAAAGTGAAATACAGGCAAATTAAAACCGACTTTATTGACCTAAAACACTTTTTAATAGTATATGCTATTGAATCCCTTAAATTAGTCAGTATTAACTTTaaatgtagcctacttttttttACAGCCTattaatttttgttaaaatacagggcatccggaaagtattcatagcgctttactttttccacattttttttatgttac

Function

GO:

id name namespace
GO:0000003 reproduction biological_process
GO:0022414 reproductive process biological_process

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117228

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00020132 False 343 lncRNA 0.40 3 40075545 40081187
TCONS_00022004 False 1029 lncRNA 0.34 2 40077311 40082056
TCONS_00022005 True 922 lncRNA 0.32 2 40077514 40082056

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010150 trmt11 coding upstream 1400 40043673 ~ 40074145 (+)
XLOC_010149 hint3 coding upstream 43766 40024883 ~ 40031779 (+)
XLOC_010148 CT025588.2 coding upstream 63554 40011869 ~ 40011991 (+)
XLOC_010147 NA coding upstream 98157 39972169 ~ 39977388 (+)
XLOC_010146 NA coding upstream 109170 39952357 ~ 39966375 (+)
XLOC_010152 NA coding downstream 846 40082902 ~ 40114807 (+)
XLOC_010153 NA coding downstream 49408 40131464 ~ 40339027 (+)
XLOC_010154 BX470182.2 coding downstream 101687 40183743 ~ 40183859 (+)
XLOC_010155 BX470182.1 coding downstream 134987 40217043 ~ 40220920 (+)
XLOC_010156 mettl6 coding downstream 258166 40340222 ~ 40345372 (+)
XLOC_010145 NA non-coding upstream 173605 39857185 ~ 39901940 (+)
XLOC_010144 NA non-coding upstream 443477 39631610 ~ 39632068 (+)
XLOC_010157 BX072576.2 non-coding downstream 264391 40346447 ~ 40354078 (+)
XLOC_010162 NA non-coding downstream 791185 40873241 ~ 40893518 (+)

Expression


Co-expression Network