XLOC_010199


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010199
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 43041505 ~ 43048279 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022019
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>TCONS_00022018
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>TCONS_00022023
GTTTCCTGCATGttgctaaatatcttcttttgtgttcagcagaagaaactcattGTGACAAGAGtaagtgaatgatgacagatttttttattgttctttttttgtaaCCACTCATGAAAATGAACCATAGTTATATTACAGTCTAAGTGTTTTAACAATGTATTTGGTGCATAAGTTCTATTTGTACAAGCTTTAACTACAAGAGTTAAATTATGGCTGTAGCAAATCCATAAAATTTGTGCAGACTTAAGTTTAACTACAGTAATAATGATTTtcctttgtgtgtttgttttatttgtagtaaaaccatggttaattttttGTAGGGCACAATTTATGATGGGACTAAAACATGTGACCTTTACTTTGGCTCACATCTAAAAAGCAATCACAAAAAAATACTCCTAAATGCTAAAATGATCTGATATTTATGTTTTGCGTTTAAAACAGCCACAAGTCTGGCCAACATCAGGGAGAAAAAGAAGTCAagaaattttaaagaaataaatttcTGATAGGCCGTTGAAAATAAGTGGGATTTTTAAGCCAGTCTACCAGTGACACGATGCAGAAGTACCTTAAATACTTGTTAAAGAGgtagaaaaattaaaaataaaaaccctaaaaatgaaaaatatactcCCCCTCAAGTTGTTTatgacctttatgattttttttatatattaaacacGAGCAGATATTCTGaagctggaaactggtaaccactgacatcaatagtaggaaaaaataatactaaaaaagaaataaaaatatgtcagtggttaccagtttccagcatGTTGCTAAATCTTACTAGATCTTGCTAGATCTTTACTTTGGCTCACATCAAAAtagcaatcagaaaaaaaatactcaTAATTGCAAATTATGCTTAATTGCCTTAGGGACTTAttatattttgtctttaaacaaatgtaatgacaTTAAATGAGCGACTTTAGCTTGTTGACAAGCCttggcttcattcattcattttcctacagcTTAGGATCtgattaatcagaggtcgccacagtggaatgaactgctgactattccagcatatatttttgcccttcctgccacaacccagtactgggaaacatacactctcgcattcacacactatagccaatttagtttattcaattcacctatagcacatgtatcTGGacaggaaaccggagcactccaacatgcaaactccacacagaaatgccaactgacccagccgggactcagcgactttcttgctgtgaggtgacagtgctaaccattgagccactgtgccacttgCCTTGGCTTCGATGAACAATTAAAGTGAGATAGATAGTTattcatacaaacaaacaaacaaagaaaaaaaataattaacattaattgcAAAAGTCATTTAGCATTTTCCTGAGTTATTAATTATAAACTTTAAAGTAGACGCCCATTGAATCAAGGCTTTGAGTCTCACAGTGTTTACAATATTCACTGTATAAATGTCCcatattgcattattatttaaaatcttttaatgaaatgtttgTCCACTCAAAGTCTTTTAGAAACGTTTTGTCAGCTGAACATTGAGACGAGTTGTTttaaatgagtacacctcatttacaaaataatatatttttttttatccagtgcatatgtaggcaatgtattttggtgcagttgaacaaaacagatttattaaacagatatatttactaaaaattatatgtttcagtttactataatCTACTATGtgatgctgctttgacacaatctacattgtaaaagtgctaaacaaataaagaggaattgaattgaatatttaagtcaccaaacatgtttagaaattgaaagataatacaattaaattcaagaaaaattttgcaaaaaaagaaaaaaagaaaaaatgtaacattataatatttgttgtttcttttgatttttccttttaatgcatttaaaaatatattttagatagataagatatatttatatagatatagatatagatatatttagatatattttatatttaaaatagatttgtgaggggtgtattcatttatgctgagcacttaaTCGACAAATCTATCAGTTGGGttgaataatgttttttaaatacaatttttggatttgtacatatttgacccaatgttgcattaagacaacccagcatttttagagtgtatgttaaAGTTCTATTAAGACTTTAAATGGTACAAACAAGTCTTCATTCATGTGTCAGAGCTGACTAACCCTGTTTTTAGATAAAATAATATGATTACATTAAATATCACAcatatcaaaaatgattttaaatcccATGACCCATATTAAACCCATTACACCGATCCCCTCTGATTCATTTCGAAGCGTAAACGTTGTTATTTTCCAAACTGTGGATCAAGAATGACTCATCCAGCACCCTGATACAGCTCTTTTAGCTCTGCTTTTGTTACAGTTCTGTCTGGCAGATTTTGTCCGACTCTGTGCCTTTCTGAGGCTGCTCCTGAGGTAAAATTTTGTTGCACCTCTTGCCATTCCTCCACAGGACCACAAAAAAAGCCAGTATGCagaaacaaaaaatgacaaaaaagatGCAGACAGCGACCATTTCAGAGTAGTAGCTCTTCTGTGAGATGCACAGAGTGTCTTTTCCAGCATCGTGATAAGTGCTGGCTTGTTTTTCCTCGCTcctgtcatttattttttcttcatttatagGTTCAGATTCATCAAGCTCAATTGTGGTGAAGTCAATGTGCTCAGGCTGCTGGTGTGATGGAGACATGCGAGATCGAGGAACCACAGGGAGATTTACAGAAAAGGTGGCGATGGTTTGCTGAAAGCCCAGCTCCTCAGACACGCAGCGGTAGGTGTTTGTGGTCTCTAGAGAGACGGGGAAGACCAGACTGCCATCCGTCCACTGCAGGTACGGGAACTGGGGAACGAGGCTGTTGTTTGAGAATCTCCAGGTCATCTTCGCCAGTTTGGATTTTGACTGACAGGGCAGGACCACAATTTCATTCAAGTGTGCAGTCTTGAACAACACTGGAGAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022019 False 3633 lncRNA 0.34 2 43041505 43048279
TCONS_00022018 False 3484 lncRNA 0.34 2 43041505 43048279
TCONS_00022020 False 3774 lncRNA 0.33 2 43042148 43048279
TCONS_00022021 False 4777 lncRNA 0.33 2 43042719 43048279
TCONS_00022022 False 2422 lncRNA 0.35 2 43044287 43048279
TCONS_00022023 True 3050 lncRNA 0.34 2 43044443 43048279

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010198 NA coding upstream 139765 42897582 ~ 42901740 (+)
XLOC_010197 CR854827.2 coding upstream 163494 42876446 ~ 42878011 (+)
XLOC_010196 polr3glb coding upstream 198108 42829735 ~ 42843397 (+)
XLOC_010195 NA coding upstream 240774 42795604 ~ 42800731 (+)
XLOC_010194 NA coding upstream 259730 42772668 ~ 42781775 (+)
XLOC_010200 rundc3b coding downstream 29630 43077909 ~ 43118095 (+)
XLOC_010201 NA coding downstream 70771 43119050 ~ 43124236 (+)
XLOC_010202 dbf4 coding downstream 91225 43139504 ~ 43150489 (+)
XLOC_010203 adam22 coding downstream 104448 43152727 ~ 43284939 (+)
XLOC_010204 mrpl32 coding downstream 296196 43344475 ~ 43346916 (+)
XLOC_010193 NA non-coding upstream 347842 42691059 ~ 42693663 (+)
XLOC_010208 NA non-coding downstream 638874 43687153 ~ 43687568 (+)
XLOC_010209 NA non-coding downstream 717700 43765979 ~ 43818565 (+)
XLOC_010211 CR925804.2 non-coding downstream 1557047 44605326 ~ 44605440 (+)
XLOC_010213 CR925804.1 non-coding downstream 1656093 44704372 ~ 44705154 (+)

Expression


Co-expression Network