XLOC_010201


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010201
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 43119050 ~ 43124236 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022024
gtttttttattttatttttgtttttatatttagtttaattttcgtttattttaagatttgtgaggactttttatattttaatccttATATTAATTTCATAATTCATACTGATTGTTGTGTCTTATTTTGTCcccttaaaataacatttcaacCTCTGCTAAATCATGATTGGTCTTAAATGCCCTTTGTTCTGGAAAATGATGATTTATAAACATTCAAACACATAGCATATCACAAACTAAACTGTCACAGATATATACGAAGTTTATACGAATTTTTAATCCACATTTCATTATAAATTATATCAATTATAGTGAATAATGTAATCACTTAAAAAACTAGAATCACCATGGCATCTAAAACCGTTAACTATTTTCTTTACACACACTGCAAAACACTAACTATCATTGGCTGTGATATTTCAGTGAGGGGGAAATATTTAGGACATGACCCCTTTTTAATTTATTAGGAATCATTTGGATTGTGAGATTGAAAAAACGGAGCCCTATCAATATGAATTGGTCTAATTGTGTCAAAGAAGCGTGTTCAACAACAAATATTGCTTTGTTTTCTTGCCTTTACTCTgaatgttaatatattttttcagtctTTGAGATTCACTCTGTTCTCTTACATATTCATGAGTTTTGTGATTAACATTCTCATCTAGCACTCAACATCACATTTTTCTCATCATCACTCATAGATAGTCGCTGTTGTGCAATGGTGCCATCTATTGTCAggcatttgtaaaataattaagaataatGTGGACGATAAATAATATGCTCTATTAGATTTGGGGTAAAGAAATGTATTTATAAccaaaaataaaggatttttatAGATGTGGTTTATCCAGAAGTGACAAAATTGCTGTTGATTGACTCACTGTACAGACCATCAAAGTTCTTTTTCTTCAATACAACATTAGAGATTTTTAGCTGTGGTCATAAAATGCAAGGTACCAGGCAAAAGACCATTTGCAGATTCTGTGGATTAAATTTggtaaataagtttttttttttttttttgcacagagtAAAGGTTTCTCTTTATAATACATTCAGGTATTATCAGGAGCAACTggtcttaattttattttgcctgtttgtttttatgtctCTCAATATatccattgacttgcattttgaGTCACAAAGGGCCACAGTTTCAGCAAAACTCTTCTTGAATGCTTTACTGAAGAAAAAGTTTACCAACATATTTGCTGACCTGAGTAAATCTgcagtaaattgtcatttttgtgtgaacagaAATTGCcggtattgatttatttattttttttttaaagacgacACAAATAATCCAGCCAAAAATTCCTTCTTATTTTAGTGTACAGTGAATGCTGTGATTATTCTACCTCTAGAGCGAATcaaacttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtatgttgcaaaatttaacttTATAATGAAGAGGACTTTAGGCCAGTGATGTTCATTGAGATGAacataaatattatgtattgACTTGTAAAGCCACTGTATAAATGTCTGTTCATCTGCTACAGCAATATAATGTCTTTCAATtagctcttttttttaaatacatcccCACTCCCCCTCAAAaagtttttgttctgtttaatgtaaaagaaaacatttaaccACTaatatccatagtaggaaaaacaaaatactatagaagtcaatggttaccaattttcaacattctttaaaatatcttcttttatattCAAaccatattaggaaaaacaaaatattaaagatgtcaatggttacccaatggttactggtttccaacattcttcaaaatatcttcatttgtattcatatcatagtaaaaaaaacaaaataccatagaagtcaattgttaccaattttaaacattctttaaaatatattttttatatacaaaccatattaggaaaaacaaaatattaaagatgtcaatggttacccaatggtttccaacattcttcaaaatatcttcttttacatTCAACTGAACAAAACTATGAAATTGTTTAGAACACGTCAagtatgaataaatgaagacagaattgtAACTTTTGGCAGCATCTCTTTATTCAGATGCTCAATCAGCTTATGATAATTAATGTATTTGatggtttgtttttaattaattggcTGCTCTATAATCTGAAGCAacctatttgtttattaaattcattattaaTTGGTAAAGTTGTGTTAAACAGTCAAAGAATCACTTCTAATACTTTGATCATCAATTGCTTATTAAGAGGCATGCTTAGCCACCAGTTGTATATGAAATTGACGGAACGTATTAAGCTCATTAGCATCGGCACACTACAGAAATCTTAGGGAAACACGTATGCAGAATTCCCTTCATTTGCACTCATTTCAAATAGACTTTTTGGCTCGTATTTTGCCTTGCTGAACATCCATAATCTTAGTGGTAAAGAATGTCTTGTCCGCCTGTTCGTGACTTCATTTCTGTGCCATCTGTGACATGTGAACAGCATGTTTTACATTGTTCAACGCCAGTTTTTCTGTGTCAGGTTTTTTCACAGCCCTATTATTTTATAATGTGCAATTAAAATTACTGAATGTGCAGTGGAATGACCGAAATGCATTGCAGTACCTGAGGCACAGTCACACCAAGGACGAGaactaaaaaaaatccatataaattATAGCAGATGAATAGGTCACACTAACAGCACATATTAAAGGTAAACCCTCACTGTCCTTTAGTGCCCTCACTGTGTCCTGGAAAACGATTCCcttgaattttttgttttgtttattgttttggtttggtccgttttgtttagtttagttttttattttttgttttgttttggtcggctttgtttagtttattgttttgGTTTCGTCTATATTTTTTTAgttctgttttgttatttattgttttgttttggtctgttctggttttttttttttttttgttctgtttagtttaaatttgttctgtttagtttattgttttggtttggtcggctttgttcttattttttattgtttagttttgttcCATTTAGTTTTGCTGTTTATTGTTTtggtttcattcatatttttaatatctgttattttttaatgttttgttttggttcattttgtttcgatttgttttttatttctttgtttcatgttgttccaaattgTTTTGTTCCGTTTAGTTTAGATTTGTTACGTTTAGTTTATTGTTTTGGTTTGgtctgttttattgttttgtttagttctgttttattttttatttttgttttgtctaaTTTTGTTCTGAATTTGGTCAGTTTAGTTTATTGTATTGGTTTCATCTGTATTTTGTAAttccgttttatttattgttttgttttggtccgttttgttctgttttatttgttattgttttgttttgcttagttttttttatgttgtttcgTTTCGTTTAGATTTGTTACGTTTAGTTTATTGTTTTGGTTTGGTCGGAtttgttcttattttttattgtttagttttgttccattttgtttagtttagtttattgttttggtttcattcatatttttttatatatgttttttttattgttgtgttttGGTCCATTTTGTTccgatttgtttttttattcctttGTTTAATTTAGATCCaaattgttttgttctgtttagtTTAGAATTGTTACATTTTAGTTTATTGTTTTGCTTTggtctgttttgttctgttttattgttttgttttgtttagttctgttttattttttattgtttaatttagtttagttttgtttcctTTTGTATCATTTTGTTCTGTTTAGTTTTGTTccgttttgtttattgttttggttTGGTCTGTTTCCACATAATAAAGGTAATTTATGTCAAGACTTTTTTTTGCTCAGCTGATAAACAACATCTGCAGGGCACGTTTAATAAACAGAATGAAACCATTGGAATAACTCTTGGAATGCTTTTATTCCCAGCAAATGAATAAGACAattgtcagccaatcagaatccttCCTGCTATAATTAGCTCACTAATTTAAATGCAGCCAATCAATCCGTCCTGCTTTAAAGAGCTCAAACATTTACATGCACAACAAACAGGACATTTGGACAACAATATGTTCTTGGTTTTTGGTGTGAATGGATCTCTATGCTTTGATTTCAAGTAAAGTGCGAATCTATTTAAAACACTACAGAAATGTCGCCTTTTTTACAGACATTTGTGAATGTATTTCTCTATCGTTTCCTTGATGTTCTGTTGGACAGTGACAGGAATTAAAGGTATGAGGATAATTAGGGCGCACTGAGATGAATATCATATATTCATTATAATTTAGCCTCAATATGTTTTAAGAGTTCACCTAATGTTATCATGTatgatcatgttttgttttttcaataaattaaaatgttaataaaagcttGGCTGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0006396 RNA processing biological_process
GO:0051276 chromosome organization biological_process
GO:0051301 cell division biological_process
GO:0070972 protein localization to endoplasmic reticulum biological_process
GO:0044422 obsolete organelle part cellular_component
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005785 signal recognition particle receptor complex cellular_component
GO:0044428 obsolete nuclear part cellular_component
GO:0044446 obsolete intracellular organelle part cellular_component
GO:0032991 protein-containing complex cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0031981 nuclear lumen cellular_component
GO:0044615 nuclear pore nuclear basket cellular_component
GO:0043226 organelle cellular_component
GO:0043227 membrane-bounded organelle cellular_component
GO:0043229 intracellular organelle cellular_component
GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko04623 Cytosolic DNA-sensing pathway
ko05164 Influenza A
ko05169 Epstein-Barr virus infection
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022024 True 4437 lncRNA 0.29 2 43119050 43124236

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010200 rundc3b coding upstream 955 43077909 ~ 43118095 (+)
XLOC_010199 NA coding upstream 70771 43041505 ~ 43048279 (+)
XLOC_010198 NA coding upstream 217310 42897582 ~ 42901740 (+)
XLOC_010197 CR854827.2 coding upstream 241039 42876446 ~ 42878011 (+)
XLOC_010196 polr3glb coding upstream 275653 42829735 ~ 42843397 (+)
XLOC_010202 dbf4 coding downstream 15268 43139504 ~ 43150489 (+)
XLOC_010203 adam22 coding downstream 28491 43152727 ~ 43284939 (+)
XLOC_010204 mrpl32 coding downstream 220239 43344475 ~ 43346916 (+)
XLOC_010205 ccdc127a coding downstream 223730 43347966 ~ 43350505 (+)
XLOC_010206 rnf144b coding downstream 244336 43368572 ~ 43392455 (+)
XLOC_010195 NA non-coding upstream 318319 42795604 ~ 42800731 (+)
XLOC_010194 NA non-coding upstream 337275 42772668 ~ 42781775 (+)
XLOC_010208 NA non-coding downstream 562917 43687153 ~ 43687568 (+)
XLOC_010209 NA non-coding downstream 641743 43765979 ~ 43818565 (+)
XLOC_010211 CR925804.2 non-coding downstream 1481090 44605326 ~ 44605440 (+)
XLOC_010213 CR925804.1 non-coding downstream 1580136 44704372 ~ 44705154 (+)
XLOC_010216 FP085399.1 non-coding downstream 2078854 45203090 ~ 45206236 (+)

Expression


Co-expression Network