XLOC_013165


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_013165
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 2935623 ~ 2941879 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00027210
aaaaaaaatgaaaataaagagcTTTCTGATTCAACTATTGAAGATCAAATAACtccaaaaaatgacttttttgttCTTGAAAAACATACAggaaacattttgttttgcttttcacaTTTAAGAGATCATTCCCGCAGAATTAAACttgctattgacttccatagtcgaATAAAATGACCATAGTAGAACAATGAATGTCAATGGATTTTAAATATGGTTTggattacaaaatattatttgtattcaacagaagagagaCTCTCATACAGGTTTGGTACAAGAAGAGGGTGAGTACATgattacaataattttttttgggTGAGCTTTCTTATTAAGCCCAAAGTATACTtcagtttatatatatgtgtacGATATGTTCAAGTCCTCCTCGGAAATTAGAATTTACGAATTATCATTGTGTGTTTGAGCCACGTTATGCATTATATGTCCTAGTAAGAACAGCCAAAACGCTTGAGCCCTGGTGGCTGGCTGCAAAATAGGTAATAAAACCTGCCCCCCATGACTAGTGCGCCAAATGATGTGATCAGCGCCCCATAACTGAAATATTTTTGCTTCCGTTTTCATTACTGTGATcagtttttgaaactaatttctGTAGGAAGTATAAATTTTTTTTCGCTCATAACTTTAGGAGAGGAAAAGTGCAGATGTCGGAAAAgtcttaatatttatattgttgaGTGCTTGTGTTTGGCCCCGATGCGCCTCATTTGgagcaaaaacatttttgatcGCCCCCTGGTGGTTGACTGCAGTACACTTCTTAAAATttggtttgctgtttgttcaaactactgatgtaaaatgagcttaattgtttgatgttcaatccacttcaatttgtaaaaactaataagttaacttaattcctttatgttgtctaaacacaatttttttggGGGTGGAACCCATTATTTTCTACAGCGTATAGGCCGACATAAGGCAGACTTGGGATCCAGATAACATCATCTACGCAAGATGACAGCAGCTAAACCTGTGACATTTtggcttcatttatttatttacaataaaagaaTGTGGAGGTGTTTCAATCATATATGTTTAGACTTCACAAACAAACTAATCTCTGAATGTTTAGAGAACAAAGACATTAGCATTTATAATAATGTTTGGACAGAACAAACTAGGATAAATGTTTGAGTGTTGGATCATTTGTGTACTGTAAATTGAAGCCAAAACCTCTTGATGGCCCCCCGGTGGCTGGCTGCAGTATAGATCCTAAAGAATGTTCTCCATATGAGATGTGAGCcgaatttaaaaattaaaaaaaaaatttctacagCACACAGAAGGGTAGATCTGTCATTTTTAACCATCTACAGCAAAAAAACGAAGTATACTCGGAGCTTAACGTTCACGCCGTTTTCCTTTCCAGATGATCAATCCCTTTAAATTCACAATGACCCTGTATTAAAACGTTGTTTGTTCCAGTAACTGCAATTCAatttcacgaaaaaaaaaaaagctaacttCAGTGAACATCTCTACCAGATTTTAATAATAGCTGCAGATTGCTAAACTTTACCCCCCGCCCTCATTATTTCGACAAACCAGAAAGAACAAGACAAAGACAGATTGGGGAAATGCATGTTTAGAGGAAGAGGAAACCCCTTGAAGACTTGTGCTCTGAAATGCCTCTCAACCACATGGACTGTATCACTCCACTCCAGATCAACTATAAAGATCTTCTATTTAAGAAAAAATGAACATCAATcattaattaaaactttaaataacaCTTACGTAAAAAGCGCCTAAATTACATTGTCAGAGTGGATGGTAACGTCCGCTCGTTCTGAATCAAACCCTTTACTCCTTTGCAGTGTTAAAAGGTCACTCTAGTCCTCGAGTTCAGTCTGACGTCTGCTCGCGTCAGTGTTTAATATGTCGATTACAGTGATTATTGTGCATCGATCGAAGTCTTGTGATGCAAAGACAGAAAATAAAGGTCACTGTTTGATATAATACTGTATAAATCCTGCTGGAAAAAAGGAAAGAGTAGGGCAGAGAGTGCGTGAGATTTCATCCTATACAAAACTGATGATCTTAAACTAATAAAATCCCATTACTGCACAGAGATTGCTGCTCACTAAGGGCACAAGAATATACTGTAGCATGTAATGCAATGAAGTCATTTTTAGATAAATCTGTCAGGAAGATTTTTTACCCTAGTACTAAGGAACAATGAAActatgttaaaggtgcagtatgtaagtttgacacccagtggttgaactaggtattgcacacctggttcaaaacacatgcaagcgcaggttgccagattgacgacaccaacagaaTCAAGTCTGTTTaccaagcctaaaggctgatttaattgTTGTTCTATCTAAAAACACGCAATAGAcgtaatattttccatattaaaaggagtttttgtcctaaccagcATGGGCAAACCTAACCCTGAtacacaaaccagcaggctgagcacatggtaaaacatctgaaatgttgttttggtcattctaaaatgtcttaaccgttttagtattagtgttattatattagtaATGACCTCCAAAATTGTTAGAAGCATCTGTGCTCCatgtctcacgccttcaaatgcCACTGTGCGTTctctgcatgtcaggattgccttctgaggcgcaagtcattaaTTAACTGAGGAAAACattcacgcagcttcttctaccacagcaaattcagtttttgctgttgatatttggtgccagttagtcaggaagtgacgatttttttggCTTTGACTCGCTGGacggaaacgctgctttatttgcatgtcttttatgtgatattccagttttgcgcataaagttaattcaaaTTTTGAATGGAAACATGGCTAGTGACTCAGcctctacatttaataatgttaaagaggttcaatatgtattaattagactaTAAGCCAGTTCATtggagtgcactattctgtgcttctgaatggctgtatttaaatttctaatgtttcgtctggtgcaaacagccaaattgcaaATCTAGCGTGTCGTAGTGTGTTGCTAGAAcacgggttacaatgtaacctgctcaccaaatgtttacactcataatatttatattatttgcttgttAAAAACCACcacatgtggaactctgaatctgcgtctcatttccgagtctgctactgtccattgGAGGTTGCAATTCGGTCAGGGAcaagagccttcctgactgaatgaatgaaatacgatGTTTTCaatcaaggcaacccggggtgctggaatataattggctaaacttgcagtgggcgggttaaatgaccaaaacaaagacagacgttccagcacgtaaagcacatttttaaagcagactATCTTTAGCATTGTttatcagataaacaagaatgttcacttagcttgtttttttaaatatcggCAAACATATTATGATGTTTTTATGCGTTAGTGGAGTCAAAAActcacatacagcacctttaatattaCCAATATTAAATATTGCAGAATACCTAATATTGAACAAAAAGAAGCTTgtttttatgttaaattattatatttaaatcacTATTTATCTGCCAAATTTcctaaattttctttttatttattaattatgatgacgtttataaaaaaatactgtCAAATTTAGACTACAGTACTGCAAATTCTAATCCCAATCACAATTGAGGATGATGCAAAtcctaatacataaaaaaatacaggatTATTAGTTTAAGAACAATCTTAAATTAGGCTaattattttgctaaatattCTCTGGGTGATCATCCACACTGCGCCCTCGCCCTCTCCTTTTATTTCAACAACAACgacaactaaaaaaataaaagaaatcgaAGGgaatgtgctgtaatgtaaaaGTGTTATTAAAAGCAATCCATAAGCTGCGATTCAACATGATGCAACCATGCTTCGCGAGGGCATAGTTTCCATCCGATTACACTATACTGCATTCACCCGCATGACACATGCATTACTAGACGTTATTACTTCCACATAAGATCAGAGAATCGCTTCGTTCCCACGTTCGAGTGTGTACTATATATCGAAATAGTGGTTGATTAGCCGTAACAAACAACAAAATAGAGCGATACGGTTCTGTACTgacaataatattacttttccagAGACGTCACCAAGAGCAGAGTAAATGCTTTGATTTTCTTAATTACATCCTTTAAATATGAGAGTGTACCGTATAATTGGTTATTAAAGTTACGTCTATTTGTCAAGTGTGCAATGGTATGATAACATTTCATAGAATACTTGATATGTCACTTCGGAGTACACTAGACGAGCTCTTGGAGAGGGGGGATAGGAAatcaaaatctctctctctctctgaaaagGCTGTAAGTTACAATTAAAAGCCATTCAAGCAGGCCGTTCTTATTATTGCGTTGAACAACTCCGTTTGTACAATCTGTGCGACTACAGGCCCAATGATTGACCAGGGGTTAGACCCACTCAAACTCGATGAATGCCAGAAcgcctattatttatttattttatatacgttttttttttttttttttgcgtttagtGCTATCTACGATGCAATAAAGTCCCTTTGTCGTTCGATCAGAGTAGCGTCCGTCCTATCTGGCCTCAAAGTTGGCA
>TCONS_00027211
ttataatttttttggaaaGATTTTAATAGTTATTGAATGTTCTACATCTTACAGTAAATATTATACAATTACAAACTTGGCTTAATTATGTCACAGAGATCACTAACTGatcttcaaaaacaaaacaaaacaataaaaaaccaaataataaaaacagttttacacTTCATTTCACAAGCCTGATGTGGGTCTCCTTGCTCAAACGGTGGAACGGCACGGTCTGCTGAAAACACGCTCGGAAAATCGAAATGTGATCTCGAAAACCGCGCTGCAGTGCGTAATATACATAACTATGGGGGGGCAAGGGCTTTTTTAACACTCACTGAAGGGAGATAAATTCTGGAAGACTTTTCCCCTTAATGCTTTACATTTAGAATGCAAACAACAAAGTCTTATTCTCAATATACGGGTCAAAACATAAATATTCCTAAACAGTAGCGTGAAATAGCAACCCCTCGTTTGTttgcatccaaaaaaaaaaagcctatggTACATATCACAGGTTTTCAGCGAGAGCGTGAAACCAGTGCcacaattactttaaaaatacctTTACATACTGGTGACGTGACACTGAATTCACTAGAGCTAATAACCCGCTGCATGCATCACGGGCGCTAGTAAACAATCCTTTGATCGTTGccctgaacaaaaaaaaaaactaaaacgtaACAGTGCATGGGTTTGCAATATAAACATCACATGTTCTCAAAACGATAGAAACtgactgaagtaaaaaaaaaaaaaaaaaggaaatccaAGCCTCTTCCATACCATggccaaacaacaacaacaaaatactcAGATCCAAACCtgctaaaaagtaaataaaataaaaacacctgATTTAACACACAATTGAAAACAATCGATCTATTTAAAATGCGAGAAATACATGATAATGATTAATGTTTGGTGAGCGAATATATCTGAAAATAACCGAGTATTGATATTGGGATGAAAAAACAATGacgtattaaaaaaaatgaaaataaagagcTTTCTGATTCAACTATTGAAGATCAAATAACtccaaaaaatgacttttttgttCTTGAAAAACATACAggaaacattttgttttgcttttcacaTTTAAGAGATCATTCCCGCAGAATTAAACttgctattgacttccatagtcgaATAAAATGACCATAGTAGAACAATGAATGTCAATGGATTTTAAATATGGTTTggattacaaaatattatttgtattcaacagaagagagaCTCTCATACAGGTTTGGTACAAGAAGAGGGTGAGTACATgattacaataattttttttgggTGAGCTTTCTTATTAAGCCCAAAGTATACTtcagtttatatatatgtgtacGATATGTTCAAGTCCTCCTCGGAAATTAGAATTTACGAATTATCATTGTGTGTTTGAGCCACGTTATGCATTATATGTCCTAGTAAGAACAGCCAAAACGCTTGAGCCCTGGTGGCTGGCTGCAAAATAGGTAATAAAACCTGCCCCCCATGACTAGTGCGCCAAATGATGTGATCAGCGCCCCATAACTGAAATATTTTTGCTTCCGTTTTCATTACTGTGATcagtttttgaaactaatttctGTAGGAAGTATAAATTTTTTTTCGCTCATAACTTTAGGAGAGGAAAAGTGCAGATGTCGGAAAAgtcttaatatttatattgttgaGTGCTTGTGTTTGGCCCCGATGCGCCTCATTTGgagcaaaaacatttttgatcGCCCCCTGGTGGTTGACTGCAGTACACTTCTTAAAATttggtttgctgtttgttcaaactactgatgtaaaatgagcttaattgtttgatgttcaatccacttcaatttgtaaaaactaataagttaacttaattcctttatgttgtctaaacacaatttttttggGGGTGGAACCCATTATTTTCTACAGCGTATAGGCCGACATAAGGCAGACTTGGGATCCAGATAACATCATCTACGCAAGATGACAGCAGCTAAACCTGTGACATTTtggcttcatttatttatttacaataaaagaaTGTGGAGGTGTTTCATCCATCTTTGTTTAGacttattaataaacaaaaatctaaataatttttgAATGTCTAACAAGTGCAAAGACATTTTACATCACTCATAAAATTTGAATAGAACAAATTAGGATGAATAACTGAGTGCTGGATCAATTGTGTACTGGAAAGTGAAGCCAAAACATCTTGGTCGCCCCCTGGTGGCTGGCTGCAGTATAGTTAATAAACTCTGCCATGAGCCAAACTGAACTTGGGCTCCAAATGACATCATTTGCACAAGATGAAAGCAGATTATACCCGTGACATCTGGCTTCAAATCTTCTTTTAGAAGAAAATGTGGAGGTGTTTCAATCATATATGTTTAGACTTCACAAACAAACTAATCTCTGAATGTTTAGAGAACAAAGACATTAGCATTTATAATAATGTTTGGACAGAACAAACTAGGATAAATGTTTGAGTGTTGGATCATTTGTGTACTGTAAATTGAAGCCAAAACCTCTTGATGGCCCCCCGGTGGCTGGCTGCAGTATAGATCCTAAAGAATGTTCTCCATATGAGATGTGAGCcgaatttaaaaattaaaaaaaaaatttctacagCACACAGAAGGGTAGATCTGTCATTTTTAACCATCTACAGCAAAAAAACGAAGTATACTCGGAGCTTAACGTTCACGCCGTTTTCCTTTCCAGATGATCAATCCCTTTAAATTCACAATGACCCTGTATTAAAACGTTGTTTGTTCCAGTAACTGCAATTCAatttcacgaaaaaaaaaaaagctaacttCAGTGAACATCTCTACCAGATTTTAATAATAGCTGCAGATTGCTAAACTTTACCCCCCGCCCTCATTATTTCGACAAACCAGAAAGAACAAGACAAAGACAGATTGGGGAAATGCATGTTTAGAGGAAGAGGAAACCCCTTGAAGACTTGTGCTCTGAAATGCCTCTCAACCACATGGACTGTATCACTCCACTCCAGATCAACTATAAAGATCTTCTATTTAAGAAAAAATGAACATCAATcattaattaaaactttaaataacaCTTACGTAAAAAGCGCCTAAATTACATTGTCAGAGTGGATGGTAACGTCCGCTCGTTCTGAATCAAACCCTTTACTCCTTTGCAGTGTTAAAAGGTCACTCTAGTCCTCGAGTTCAGTCTGACGTCTGCTCGCGTCAGTGTTTAATATGTCGATTACAGTGATTATTGTGCATCGATCGAAGTCTTGTGATGCAAAGACAGAAAATAAAGGTCACTGTTTGATATAATACTGTATAAATCCTGCTGGAAAAAAGGAAAGAGTAGGGCAGAGAGTGCGTGAGATTTCATCCTATACAAAACTGATGATCTTAAACTAATAAAATCCCATTACTGCACAGAGATTGCTGCTCACTAAGGGCACAAGAATATACTGTAGCATGTAATGCAATGAAGTCATTTTTAGATAAATCTGTCAGGAAGATTTTTTACCCTAGTACTAAGGAACAATGAAActatgttaaaggtgcagtatgtaagtttgacacccagtggttgaactaggtattgcacacctggttcaaaacacatgcaagcgcaggttgccagattgacgacaccaacagaaTCAAGTCTGTTTaccaagcctaaaggctgatttaattgTTGTTCTATCTAAAAACACGCAATAGAcgtaatattttccatattaaaaggagtttttgtcctaaccagcATGGGCAAACCTAACCCTGAtacacaaaccagcaggctgagcacatggtaaaacatctgaaatgttgttttggtcattctaaaatgtcttaaccgttttagtattagtgttattatattagtaATGACCTCCAAAATTGTTAGAAGCATCTGTGCTCCatgtctcacgccttcaaatgcCACTGTGCGTTctctgcatgtcaggattgccttctgaggcgcaagtcattaaTTAACTGAGGAAAACattcacgcagcttcttctaccacagcaaattcagtttttgctgttgatatttggtgccagttagtcaggaagtgacgatttttttggCTTTGACTCGCTGGacggaaacgctgctttatttgcatgtcttttatgtgatattccagttttgcgcataaagttaattcaaaTTTTGAATGGAAACATGGCTAGTGACTCAGcctctacatttaataatgttaaagaggttcaatatgtattaattagactaTAAGCCAGTTCATtggagtgcactattctgtgcttctgaatggctgtatttaaatttctaatgtttcgtctggtgcaaacagccaaattgcaaATCTAGCGTGTCGTAGTGTGTTGCTAGAAcacgggttacaatgtaacctgctcaccaaatgtttacactcataatatttatattatttgcttgttAAAAACCACcacatgtggaactctgaatctgcgtctcatttccgagtctgctactgtccattgGAGGTTGCAATTCGGTCAGGGAcaagagccttcctgactgaatgaatgaaatacgatGTTTTCaatcaaggcaacccggggtgctggaatataattggctaaacttgcagtgggcgggttaaatgaccaaaacaaagacagacgttccagcacgtaaagcacatttttaaagcagactATCTTTAGCATTGTttatcagataaacaagaatgttcacttagcttgtttttttaaatatcggCAAACATATTATGATGTTTTTATGCGTTAGTGGAGTCAAAAActcacatacagcacctttaatattaCCAATATTAAATATTGCAGAATACCTAATATTGAACAAAAAGAAGCTTgtttttatgttaaattattatatttaaatcacTATTTATCTGCCAAATTTcctaaattttctttttatttattaattatgatgacgtttataaaaaaatactgtCAAATTTAGACTACAGTACTGCAAATTCTAATCCCAATCACAATTGAGGATGATGCAAAtcctaatacataaaaaaatacaggatTATTAGTTTAAGAACAATCTTAAATTAGGCTaattattttgctaaatattCTCTGGGTGATCATCCACACTGCGCCCTCGCCCTCTCCTTTTATTTCAACAACAACgacaactaaaaaaataaaagaaatcgaAGGgaatgtgctgtaatgtaaaaGTGTTATTAAAAGCAATCCATAAGCTGCGATTCAACATGATGCAACCATGCTTCGCGAGGGCATAGTTTCCATCCGATTACACTATACTGCATTCACCCGCATGACACATGCATTACTAGACGTTATTACTTCCACATAAGATCAGAGAATCGCTTCGTTCCCACGTTCGAGTGTGTACTATATATCGAAATAGTGGTTGATTAGCCGTAACAAACAACAAAATAGAGCGATACGGTTCTGTACTgacaataatattacttttccagAGACGTCACCAAGAGCAGAGTAAATGCTTTGATTTTCTTAATTACATCCTTTAAATATGAGAGTGTACCGTATAATTGGTTATTAAAGTTACGTCTATTTGTCAAGTGTGCAATGGTATGATAACATTTCATAGAATACTTGATATGTCACTTCGGAGTACACTAGACGAGCTCTTGGAGAGGGGGGATAGGAAatcaaaatctctctctctctctgaaaagGCTGTAAGTTACAATTAAAAGCCATTCAAGCAGGCCGTTCTTATTATTGCGTTGAACAACTCCGTTTGTACAATCTGTGCGACTACAGGCCCAATGATTGACCAGGGGTTAGACCCACTCAAACTCGATGAATGCCAGAAcgcctattatttatttattttatatacgttttttttttttttttttgcgtttagtGCTATCTACGATGCAATAAAGTCCCTTTGTCGTTCGATCAGAGTAGCGTCCGTCCTATCTGGCCTCAAAGTTGGCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00027210 False 4661 lncRNA 0.36 2 2935623 2940901
TCONS_00027211 True 5968 lncRNA 0.36 2 2935623 2941879

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_013164 ARHGEF17 coding downstream 207859 2681241 ~ 2727764 (-)
XLOC_013163 relt coding downstream 266925 2600959 ~ 2668698 (-)
XLOC_013161 CABZ01070631.2 coding downstream 386425 2436987 ~ 2549198 (-)
XLOC_013162 CABZ01070631.1 coding downstream 429454 2506032 ~ 2506169 (-)
XLOC_013160 CR769778.1 coding downstream 502612 2377067 ~ 2433011 (-)
XLOC_013166 CU570791.4 coding upstream 120283 3062162 ~ 3062278 (-)
XLOC_013167 aamdc coding upstream 154733 3096612 ~ 3103827 (-)
XLOC_013168 aqp11 coding upstream 216032 3157911 ~ 3166726 (-)
XLOC_013169 myo7aa coding upstream 425900 3367779 ~ 3473081 (-)
XLOC_013170 capn5a coding upstream 533809 3475688 ~ 3527988 (-)
XLOC_013384 BX323829.1 misc upstream 16600223 19542102 ~ 19542231 (-)
XLOC_013159 NA non-coding downstream 563044 2277825 ~ 2372579 (-)
XLOC_013157 NA non-coding downstream 791130 2142227 ~ 2144493 (-)
XLOC_013156 NA non-coding downstream 954748 1978729 ~ 1980875 (-)
XLOC_013154 NA non-coding downstream 1654875 1259502 ~ 1280748 (-)
XLOC_013171 NA non-coding upstream 590805 3532684 ~ 3533707 (-)
XLOC_013175 NA non-coding upstream 701000 3642879 ~ 3646763 (-)
XLOC_013176 NA non-coding upstream 708100 3649979 ~ 3652352 (-)
XLOC_013177 NA non-coding upstream 1320473 4262352 ~ 4264421 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G371555 NA non-coding CI01000169 null 473647 ~ 473907 (-)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G107805 NA non-coding NC_048566.1 CM023220.2 4455510 ~ 4456381 (-)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G90948 NA non-coding NC_053119.1 CM020916.1 39425296 ~ 39426186 (+)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G41850 rps10,LOC102793608 misc NC_053115.1 CM020912.1 26542507 ~ 26548799 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G103436 NA non-coding NC_047600.1 CM018546.1 22928169 ~ 22936046 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G308187 NA non-coding NW_019172850.1 APWO02000117.1 792844 ~ 923218 (+)