XLOC_016178


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016178
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 9746437 ~ 9748216 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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>TCONS_00033350
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>TCONS_00033776
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>TCONS_00033777
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>TCONS_00031911
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>TCONS_00031913
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>TCONS_00031914
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>TCONS_00031915
TGCCTTTGTGTTGCCCATTCATTTCCTATTAGATGAATGTGGTGTCAACTAAGGCACACATTAAACCTTGAAATAGCCAAAGAGAGGACCGGCCACTCGTTCTCTTGCTTGTGCTGTAACAAGAACAACA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016070 RNA metabolic process biological_process
GO:0016072 rRNA metabolic process biological_process
GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis biological_process
GO:0007399 nervous system development biological_process
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0005730 nucleolus cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-7012 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000080499 ENSDARG00000080840 ENSDARG00000092780

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033351 False 701 lncRNA 0.35 2 9746437 9747547
TCONS_00031912 False 565 lncRNA 0.35 4 9746437 9748047
TCONS_00033350 False 1324 lncRNA 0.35 2 9746437 9748084
TCONS_00033776 False 1057 lncRNA 0.35 3 9746437 9748161
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TCONS_00033777 False 984 lncRNA 0.36 4 9746437 9748216
TCONS_00031911 False 706 lncRNA 0.37 4 9746437 9748216
TCONS_00031913 False 882 mRNA 0.34 3 9746494 9748039
TCONS_00031914 False 136 snoRNA 0.42 1 9746858 9746993
TCONS_00031915 True 130 snoRNA 0.43 1 9747302 9747431

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016177 dvl3a coding downstream 2356 9702053 ~ 9744081 (-)
XLOC_016175 selenot1a coding downstream 50154 9684305 ~ 9696283 (-)
XLOC_016176 CU633992.1 coding downstream 58252 9688055 ~ 9688185 (-)
XLOC_016174 zgc:153615 coding downstream 99580 9629558 ~ 9646857 (-)
XLOC_016173 zmp:0000001127 coding downstream 120889 9621289 ~ 9625548 (-)
XLOC_016179 ap2m1a coding upstream 41595 9789811 ~ 9818711 (-)
XLOC_016180 si:ch211-252f13.5 coding upstream 100420 9848636 ~ 9857932 (-)
XLOC_016181 BX470264.1 coding upstream 114617 9862833 ~ 9863388 (-)
XLOC_016182 abi1b coding upstream 120385 9868601 ~ 9915870 (-)
XLOC_016183 zgc:55943 coding upstream 209865 9958081 ~ 9971728 (-)
XLOC_016169 CR385076.1 non-coding downstream 339762 9406558 ~ 9406675 (-)
XLOC_016165 NA non-coding downstream 905553 8835922 ~ 8840884 (-)
XLOC_016162 CT027589.1 non-coding downstream 1111305 8634240 ~ 8635132 (-)
XLOC_016159 NA non-coding downstream 1251721 8490588 ~ 8494716 (-)
XLOC_016199 CR450845.2 non-coding upstream 1156846 10905062 ~ 10905179 (-)
XLOC_016204 BX901918.3 non-coding upstream 1582508 11330724 ~ 11331316 (-)
XLOC_016205 BX901918.2 non-coding upstream 1588824 11337040 ~ 11337983 (-)
XLOC_016208 NA non-coding upstream 1808759 11556975 ~ 11558124 (-)

Expression


Co-expression Network