XLOC_016212 (abhd3)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016212
gene name abhd3
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 11848510 ~ 11912347 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00031985
ATTTCTCTGGGTAGCACATTGAGTTGCTCCGCAGAGCGCCACCCATCTCCCCGTGTCTGAACTCCTGTCTCCGTTCACCTTTGCATTTGGACGCGCATCCTTACATCCAGGGGCAGCCCGAGCGTTTCATTATCCGGAACCGTGGGTTTTAAAGGGCAATGATCTCACTGGAGcttaatttcaatttatttacgaGTGACCTTTCACTTTACCTCAAAAACCAAGTTAAAGTCGGACTATTCGGGTCTGGGGTTGGACTATCGGTAGTTCTCGGGTTCAGCGCCGCTTATGCCTGCTACTACCTGATATCTGTGGCCAAGAAACCTCTACTGATAGCTGGAGGAAATAAGTTTCATCAGTTCCTGAGGGACCAATGCCCCGTGGTTTCAGAGACATACTACCCCACTTTCTGGTGCTGGGAGAGCAGAGTTCAAACGCTGCTCAGACCCTTTGTGACTGCGAAACCCTGGGTCAACTACAGAAATGAGCTCATTAGAGCACCAGATGGAGGCCAGATCTCTCTGGATTGGTTTGACAATGATGACAGTGTGTCCCACCCGGACCAGTCCACGCGACCCACTGTGCTGCTGCTCCCAGGACTCACAGGCACCAGCCGCGAATCCTACATTCTGCATATGGTACAGCAGAGCCGGGATCTAGGATACAGaTGCGTGGTGTTCAATAACAGAGGCGTATCGGGTGAAAAGTTATTGACTCCAAGGACTTATTGTGCAGCCAACACAGAGGATCTGGAAGTAGTCATTGAGCATGTCCAGCGGACCATTAACAAAGCTCCGCTCATGGCGGCTGGGGTTTCTATGGGCGGGATGATGTTGGCGAACTACCTGGGTCGTAAAGGCTCTGAAGTGCGCTTGAAGGGTGTGGTGGTTTTTTCGGCAGGCTGGGATGTGTTTGAATGCACAGCATCATTGGAGAAACCCCTGGACCGATTTCTCTTCAACTCTTACCTCACCAGCTGCCTGCAGGCGTCCGTGGACCGTCACAGAACCATTCTTGAAAAGAAATACGACATAGACCATGTGATGAAGGCTAAAACTATACGAGAGTTTGATGAACGTTTCACGTCCATCATGTTTGGTTATCCATCCAATGATGACTACTATAGAGACGCTAGCCCGATTCACAAGATCAAGTCTGTGCAGGTGCCAATGCTGTGCCTCAACGCAGCTGATGATGTCTTTTCCCCCAATCACGctATTCCAGTGGAGGCCGTGAAGCAGAACCCCAATGTGGCCCTCCTCATCACCTGTCATGGTGGCCATATTGGCTTCCTGGAGGGTCTGTGGCCTCGGCAGAGCACCTACATGGACCGCGTTTTTCGTCAGTTCACCAAGGCTGTGTTTGAGAATGGCAATGGTCTGGATGATCTCTACTGACCCTCTCATTCCATTCCCTCAACAGAACAGctgtgagcaaaaaaaaaaaaaattattcatttccAAAATGACAGGCACAGGTTCACTTGAAGGccagaatagttttttttaagtctagtcatatatttattgaattattttagtagtgttttaactttttgattttcATTTATTGAACAAAAATGATTCTTTGACTTGCACATTTGTTCATCCGTCCATCAGTGCACTTATTTGTTTCTAAGCTGCATTCATCTGTGACTTGCATGCGTGTGTATGACTCTCTTAATTATGTAATTTTATATATGCTTTAACTCTGAAGGGCATGATAAACCATCCAACCAACTGAAGCACTTATTTAGATGACATTACTCAACATTATGTGGAGAAGTGTACTAAATCAAAATGAACCTAAATCAAATCAGcactaaagaaaaataaaaaataagaatatgtagctgcagaaagaaaatgaagcCTAATTTAGAATAACTTCATTACTGTAATGCAAAATAGTCTCGTTCCTGTTTCATAATGCAGTGCTAAGTATCATCGTGGATATATTTATGGAAtatgggcgacatggtggctcagtggttagcactgccacctcacagcaagagggtcactggtttgagtcccaactgagtcagttggcatttctgtgtggagtttgcatgttctccccatgttggcatgggtttcctccacagtctaaagacatgtgctataggtgaattgaataaactaaattggtcgtagtgtatgtgtatgaatgagggtgtaaggatgtttcccagtactgggttgcagctggaagggcattccctgtgtaaaatatatgctggataggttgcagcgacccctgatgattaaggggactaagctgacggaaagggaataaattaataaatacactgtCAAACCCAAATGTTAAGGTAATTCAAACCATTTGAgcaaaccgattgctacaaaccatttgttCAAAAACTTATCCTAATGagaactgtgaacttaatctatttgagtaaacgaagcaatttgagcacagtaacccctgattaatgaagagaactcaaactaagtactgtaaaacccagtaagttaaggcaaatcaaaccgtttgagaaaaccaATTGCAGCAAACCACTTGAGTTAAGCTAATTTATATGAgtacttactccatttaagttgaagtaatgaggtatttaattaactctttgccttcaacactgagttaaaaactcttttcaaatgagtaaaatttactttcagtacattttgagttaactactctcattttatttgataaagttgactgttgggttttacagcgtATTTGTAGAATTATTCCTCCAAAATGACTTTACTCATCCTCTACATGTtttaaacctatttgagtttcttgtGGTCAacacaaataagatattttgaggaatgtttggTAACCGGGAGCTATTTTCTTTCATAGTATTATAAAAGTAACTGGCTATCAgttaccaacattttttaaaacataatcttTTGCATTTACCAGAAAAAGAAAccgcatgagggtgagtaaatggtttatttttgggtgtactatcttTTAAGATAATATATATCAAAATAGTATCAGGGTGGCCCAGTGGCTCATGGTTaacactatcgcctcacagcaagaagtgtgctggttcgagcccaagctggaccaattggcatttctgtgtggaggtgtgctgattcgagccccggctgggccaattgtcatttctgtgttgagtttgagTATTTTTTTCCATGTCCACATGGGTTTGCTCtgatttccctcacagtccaaatgcatatgctataggtgaattgaatgtatgtatgggtgttttccattgttgggttgcggctggaagggcatctgctgcgtaaaacatatgctgaatatgttggcggttcattccattgtggcgacccctgattaataaatgattaagcCAATAAGAAAATGATTGATCGAATGTCCAAAGTGTGTGAATGCCAGAGTGtatgggtggaagggcatccgctgcgtaaaacatgtgttggataagttggtggttcattccgctgtgacgatccctgatttaaaaaaaggattaagccaaaggaaaataaataaatcaatgaaaataatattaGCGAAATATTTACAATTGAAGTTTTTTATGAAAAGATTTTTGGTTAGTCAGGGTGGTAAATATATCTTTTAGgccatttagtttttaaaacatggAACCTCCAAAGGAACAgaatttatcagaaaaaaaacataagagcttctttaattgtcattaaataaagaaaaaaataaagaaaacagctCAATACCTTTGTTAATAGATTTAGTCAAATTGCACTATATCAAATTGTGATTGTAGCCGTGAAGGTCAAGGGCATTTGTGcagttgtttttaattataaaaaaggaTTTCACCTAAactcttccaaaaaaaaaaaaaaaaacgatgcagTGAAGCAAGGAGGTCATATTCCAGCTCCACTTTTACCTTCTTATGTAAACATAAAAGATTAATTCAGTGTTTATCATACCATGTTTGACCTCCTACATGTCAATGACCATTTATCCTAGCAGTTGATATGCTGCACCAAGGCCTTATCAGTTTGGTCCATTCTAGTGTTAAAAGGAAGCTTTATATATTATTATCCGTATTTTCACCATGTATCTTACATGTCTGTTGTTTTGTAGCCCTCAGGACTGACCCCAATTTCTCTTTTTTGTTTGAGTTTCATGTAAGTGTCAtgttagtttgcatttttaaGGCAAGAAAAGATTGTATTTACCATATCACGGTTTTTAAGTTTCCAAAAGAATGTACCACACGCACTTTGTTTCTCATTCATTACTTCAATGTTGACACTGACTACTTTGTGAACGATAAATGAATCATTTTGACTTGGAATGTgaaatttgttgttgttgatggcATTAAACCTGTGGAGGTAAAGTGTGTTATTTTGGACTTAACGAAAGTGGCTTCAAGGATTCTGTGAATGTGAAAACGACTTGAGCTACTGTTTGTCTGAACATTGTAAAATATGTTACATGCTTTTAATATATGCTTTAAATTCACTTAAGACTCAAaatgctttttatattaatgcgCCAATGaattcttaaagagatagttcaccctgaACTGAACATGTACGATGTAcctcagactttttttttcctaCAGTAGAACATCGAAGTACATTTTTGCTGAAACTCTGGTCTTTGGTAATTCACAGATTGTCAGTCAGTAAATACCATCGGCACTTTAAGAGTCAAACAATCATGAATATGCAGGATATTTTATTTGTGAcattacccagcaggcacacaatgtcatatgaTACTCTAGGTAGTTGGTTATATATTGGTTGCGACTTCTTAACGTCATAATGTGATGTTCATACAACGCCAAAGTCTAACATCAATATGCGCTGATCTTTGGTTTTTATTTGTGGCATTAACTAACAAAAATTCTAAATCATATTAACATCATAATGTGAGGTCCATACAATGTCAAAGTGTAACATCAGTAGACGCTgatctttggttggttttaggttgtggaACTAACCAAC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Function

symbol description
abhd3 Predicted to enable carboxylic ester hydrolase activity. Predicted to be involved in medium-chain fatty acid biosynthetic process; medium-chain fatty acid catabolic process; and phosphatidylcholine metabolic process. Is expressed in brain; intestinal bulb; lateral line ganglion; and otic vesicle. Orthologous to human ABHD3 (abhydrolase domain containing 3, phospholipase).

GO:

id name namespace
GO:0051792 medium-chain fatty acid biosynthetic process biological_process
GO:0051793 medium-chain fatty acid catabolic process biological_process
GO:0044255 cellular lipid metabolic process biological_process
GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process biological_process
GO:0005575 cellular_component cellular_component
GO:0008126 acetylesterase activity molecular_function
GO:0047372 acylglycerol lipase activity molecular_function
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function
GO:0004623 phospholipase A2 activity molecular_function
GO:0034338 short-chain carboxylesterase activity molecular_function
GO:0008970 phospholipase A1 activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040912-90 Predicted to enable carboxylic ester hydrolase activity. Predicted to be involved in medium-chain fatty acid biosynthetic process; medium-chain fatty acid catabolic process; and phosphatidylcholine metabolic process. Is expressed in brain; intestinal bulb; lateral line ganglion; and otic vesicle. Orthologous to human ABHD3 (abhydrolase domain containing 3, phospholipase).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000018809

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00031985 True 8371 mRNA 0.38 9 11848510 11912347

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016211 CT573467.1 coding downstream 81306 11760826 ~ 11767204 (-)
XLOC_016210 MFF coding downstream 185587 11651176 ~ 11662923 (-)
XLOC_016209 impad1 coding downstream 199779 11633253 ~ 11648731 (-)
XLOC_016208 NA coding downstream 290386 11556975 ~ 11558124 (-)
XLOC_016207 penka coding downstream 335691 11508691 ~ 11512819 (-)
XLOC_016213 CT573433.1 coding upstream 63914 11976261 ~ 11981305 (-)
XLOC_016214 kcnt2 coding upstream 106994 12019341 ~ 12079718 (-)
XLOC_016215 gpr158b coding upstream 192042 12104389 ~ 12243213 (-)
XLOC_016216 CR376724.1 coding upstream 312076 12224423 ~ 12224539 (-)
XLOC_016217 dpp6b coding upstream 494366 12406713 ~ 12632761 (-)
XLOC_016205 BX901918.2 non-coding downstream 510527 11337040 ~ 11337983 (-)
XLOC_016204 BX901918.3 non-coding downstream 517194 11330724 ~ 11331316 (-)
XLOC_016199 CR450845.2 non-coding downstream 943331 10905062 ~ 10905179 (-)
XLOC_016218 NA non-coding upstream 791610 12703957 ~ 12704384 (-)
XLOC_016219 BX908750.2 non-coding upstream 907652 12819999 ~ 12821531 (-)
XLOC_016220 NA non-coding upstream 1271880 13184227 ~ 13216269 (-)

Expression


Co-expression Network