XLOC_018231


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018231
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 34645947 ~ 34650661 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036898
gcaccgctttaagacagatttcgatcgatctgcgcagcgctgcatgaagtcgaacgcacctaatgaCATGGAAGCTTAAACGTGCATGACAGTTCAGAACCAATGAGGTTCATCCTTTGGTGTCACGCGGCACGTTTGAACCAATGAGGTTTGTCCTCCTCACGCCAAGCAGGTATGTTTGCTAATGGGCTCTACTAGcgtgattttttttcccaaaccagTTCAGCGCAAACCACGCCCCTACGCTAAAACCCCTCCCCGCAGCTGTGACACGCGCGATTTCATTGGGCAACGTTGTTACTTGTCGTCTGAGAAAGAAGTTCAGAGTGCACATCAATCAAGTTCGTCTCTAATGGATCTATCGTTGACAAACGGTAAACACTTCttgcttaataatgtttaatattaataattttttcatgGAGATGTgagttgtatgtttttttttatagtgttcattttatttattttatctttattttatcattttcgaTCGCCCTCAGGAGAGTAAGTTACGATTGTAGTCCCAAAGACCAAGCTGCGGATCTAAAGGTAAAaaatacatagtttttttttttttattatttaacacacAAATTACAAATTTAGTACACACAGTCTTTCAAAAATTTGGGATCAGCAAGGATTGTAATTTTGTTTATAGAAGGATGCttcaattaatccaaaatacagaattaaataaatgctgaagtTAAAATAATGTGTTTCTTATTGActgaaaactaatttaattaaactgtttccaacaatgataataaattagcatttataatgatttctgaactATGGTGTGACACTTAAGACTAGAGTGATAATGTTGATAATTCAGCTTTCACATCGCAGGAATAAATGATCgatttacatcaaaatataaatattactttaaatttcattaacatttcacaataatgcaactttctgtatttttattaaagtgaatgcagccttgatgagcaaAAAAAGCTAATATTGATCTCAAACGTTTGAACAACattaaaagatttataaataatataaattattattattacttttattgtaataaacttgGCTTACTGTAAAATTTTGGGATTTCTCAGTTAAAATGTTTATGGGTGAACACTCTTTCAGGTAAATTATTTCTACTTTTACAGAACTGGTTGCCTCGAGAATATCGCTTAGGCCGTACAAACAGTAAATCACATTTGGGCCACACATGTTTTGAAGCAATTCTAAAAAATGCATTGAGAGATTTGGGGAGTAAAGGAATGGATAAAAAAACTTAGTGAGTCTTGAGTAAGTTGGAGAGTGGCAGTGACAAAACCTAAAAAGGGACAATGTCAAATCAGTTCATTCTTTGTTACATTATATATATGTAACACACTGAAAATAACTTTACAGTAAATATTGTAAACATACATAGTTCTACTgttcaaaacattttagattCTTCACACAAATTGagatgtttattaatatattttgctTTAGTGTGCCAGTTAGAAATCTCAGTTAACATTGACTTGGTTAATGGTTTGTAATTGTCCAGTGAGATTTTTACCCTTGTGATGGCTCCAGTATTTGTATAAACTTAGGACAGGTCATATGGATAGATGACTGGATAGACAGATTTTCATATGCACAGCCACAGTGATTCTGAAATCATATAGTCTCAGCCTCAGACATCATGCCAAGCAACTTCTGATGCATATGGCACACTTTTCTGGAAACCTTTTTAAAGATCCTCAGTCGTCCTCTGATTAGTTTAAATATACATGATTTCTGTGAGTTGACAGACCACCTAGAAACAAGTCTGTGCAGATAAAATAGCTGCAATGGTTATATTGATGACAGTCCTTATTAATAAACATATAACTTTCTGAGACATTTAGTGATTTACTGCCTGCATGCTTGTCTGTGATGATGGgcatttattcatttgatttaaatgctaaataattaaaagtatccAATATTCACTGCATAAAAGCTTTAACTCACGATATTGACAAACTTGCAGGTAtgcttgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtattttttttctaatggcagtGTAAATCTTCAAATATTCTGTCATTTTGGTCATTAAGATAAGAGAATGACCATTCAAAGcagcaactgtttttttttttatttgtggatactcacaaaaacaacaaaaccttGCTTTTATAGAACAAAGTAAACTTTCACTCACTTATCTCATCTGAGGTGATCTTTAGgtaaaaatgcttcattaaaATAACGAATGAATCTCAAAACAAATGCTACATACATGTCCTACAGATTTCCTGTATGTTTTGTTGACAGATCATTTAGAATATTGCTGCATCATTGTTGTAAACGTTTGaaatttctaaatgtaaaataaaaatatctaacatttctgcacacttaaacatttaaacatttatatttttttctgtgggCTCATTAAAGGTGCCAGCACAATGTTCATGTTCGATCAGGCATGGCTTGTCAACAACGGCTGTCCAAAAATATGCTGTGGGGCAAAAAGGGTTTGCACTTTGGTAAAGACTGTAGACAAAAGGGGAGGATCAAGTAGGTGAGTTAGAAATGTCAAAattgtacaaatatttttttttaagtttctttgtgtaatttatttttatttttcaggaaCAATGAACCCCATATTCCCACTTAATCAACCTCTGTGCGCTTGTACAATGTGCATTGAGGCACAAGGTTGTAGGGGTCACTGTAGTTGCCACCACTGCAAGAGTTAACGCTGTTGAGATGCCACCATGTCAGAGCCTGAGCTGCCAGTTGCCACCAGAGCTATTGATGCCAGATTCACCAGAGTTACTGTCAACAGAACCGCTCACAAAGCCTCAACCACATTCAGACCCATTCCAGCAAAACTGCCAGAGCCCGTGGTGCTAGAGCTGGCAGATCTGCTGCTGCCATAGCCAACGCTTCCAGAGCCACTGATGCCACCAACtaagctccaggattggccacctCTGCAAAGCCAACTAGCCTATCAGAGCCACTCTACCTATTTCTAAAGTGAGGacaatttatgctttataaatgcctaataaatgacaattaaaggctcagtgtCAAATGAACAGTACATCTTTGTAAtcctatctaaaaaataaaattactgtaaagtttaaacattgccgaataacaggagtgtcaaaatacgacataaaattggataaaaaaaacaacaacaatataataatttaacaatatattatgatacaacattATAATGTTATTTAGCGAAGTTTAAACTGTACGGTAActttattttagttaagattgcaaaaatgtattttttatttgatacagaTTCATTTATGTATCTTCAAATGATAAGAAATAAATCAAGTCGTGTTTTTTCCCCTGTTTAGAagataactgagcctttaattgttatttataagggatttataaagcataaatagtcctcactttagattaggtcacaaaactggatgaagttaaaatactaaagcatttattaacatacaaattaattattagtaaatgcctgaataataagatatataaatgttaatttgaatggtttattatttacttatgcgTTCTAAATGATCTTTAAAAGCCACAAAGTACTCTCAAAAAATTGGTTTGTAAATGATACAATACTTaagtattgaaaaaaaatattattaacaaagtatgaaaatacaatcattaagcacattatagatgtgcttataaatcaagaatagagcatttgtatctgtagttacaaactgcttactaacttctgttaatgtagagttaatgcttaacaaatgatgaattaaatttgctaatgcttaatacatTATTagcgtgtagttattataaagtgttaccaaaatgggtattgtttatttattttttatgggaGGGCTCTAACAATGAATATTATTGCTGTCCAACTGATTATTCTCATTTTCGGGTCATTAAAGGTAAAACAATAGGCACTGTGAGAGGAATCATATGATCAATTTTAACTTGTTTTCAGCATTAAATGAAAGCCTTATTTGAAAGGCCTGCAGAACATATGTTGGTCTcatttgcagttattaaacattcAAACTCTGTATAGAAACAGGTATAGTTCAATGTATTTGTGCTTCAGTTGATTTTCATCTGATATGCAGATTATgtgcagtgttgggtaagttactctGAAAACGTAATTCATTATTGATTATTActagttataatttaaaaataaatacaattgtattttaaattacttttttattcaatttaattaaaaacttaattactCAGTAAATCATTTATTACTCAATATTATAAAAGAAATATCCACAAATCCCAAAGCAtagacaatataaataaataatttaattctttaaatttgagTCTAACAGGACCTTTTAGTTTcattaaacattatatatttcaaatattttcaaatttgATACCACAAATGTAacattctttaataaaaaaatgggttattttgcaaaatatctAAATTTTGACAACAAATTATACACATTCATATCCCACTTCTCTGAATTAATACAAGATATTGTAAGAATAAATCTTtcaatttaactattttatacTAGACAGCGAAAGATGAAGAGGTTATGTTTGCATGCAGG
>TCONS_00035907
tctgcgcagcgctgcatgaagtcgaacgcacctaatgaCATGGAAGCTTAAACGTGCATGACAGTTCAGAACCAATGAGGTTCATCCTTTGGTGTCACGCGGCACGTTTGAACCAATGAGGTTTGTCCTCCTCACGCCAAGCAGGTATGTTTGCTAATGGGCTCTACTAGcgtgattttttttcccaaaccagTTCAGCGCAAACCACGCCCCTACGCTAAAACCCCTCCCCGCAGCTGTGACACGCGCGATTTCATTGGGCAACGTTGTTACTTGTCGTCTGAGAAAGAAGTTCAGAGTGCACATCAATCAAGTTCGTCTCTAATGGATCTATCGTTGACAAACGGAGAGTAAGTTACGATTGTAGTCCCAAAGACCAAGCTGCGGATCTAAAGGTGCCAGCACAATGTTCATGTTCGATCAGGCATGGCTTGTCAACAACGGCTGTCCAAAAATATGCTGTGGGGCAAAAAGGGTTTGCACTTTGGTAAAGACTGTAGACAAAAGGGGAGGATCAAGTAGgaaCAATGAACCCCATATTCCCACTTAATCAACCTCTGTGCGCTTGTACAATGTGCATTGAGGCACAAGGTTGTAGGGGTCACTGTAGTTGCCACCACTGCAAGAGTTAACGCTGTTGAGATGCCACCATGTCAGAGCCTGAGCTGCCAGTTGCCACCAGAGCTATTGATGCCAGATTCACCAGAGTTACTGTCAACAGAACCGCTCACAAAGCCTCAACCACATTCAGACCCATTCCAGCAAAACTGCCAGAGCCCGTGGTGCTAGAGCTGGCAGATCTGCTGCTGCCATAGCCAACGCTTCCAGAGCCACTGATGCCACCAACtaagctccaggattggccacctCTGCAAAGCCAACTAGCCTATCAGAGCCACTCTACCTATTTCTAAAGTGAGGacaatttatgctttataaatgcctaataaatgacaattaaag

Function

GO:

id name namespace
GO:0045103 intermediate filament-based process biological_process
GO:0045104 intermediate filament cytoskeleton organization biological_process
GO:0061448 connective tissue development biological_process
GO:0045165 cell fate commitment biological_process
GO:0051216 cartilage development biological_process
GO:0009653 anatomical structure morphogenesis biological_process
GO:0048598 embryonic morphogenesis biological_process
GO:0007417 central nervous system development biological_process
GO:0048385 regulation of retinoic acid receptor signaling pathway biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process
GO:0045111 intermediate filament cytoskeleton cellular_component
GO:0005882 intermediate filament cellular_component
GO:0030057 desmosome cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096810

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036898 False 4715 lncRNA 0.32 1 34645947 34650661
TCONS_00035907 True 963 lncRNA 0.48 4 34647500 34650633

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018230 NA coding downstream 109928 34515508 ~ 34536019 (-)
XLOC_018229 NA coding downstream 143276 34501770 ~ 34502671 (-)
XLOC_018228 kifap3a coding downstream 192324 34420623 ~ 34453623 (-)
XLOC_018227 swt1 coding downstream 257616 34343649 ~ 34388331 (-)
XLOC_018226 hmcn1 coding downstream 353340 34157308 ~ 34292607 (-)
XLOC_018232 slc25a24 coding upstream 3255 34653916 ~ 34670236 (-)
XLOC_018233 si:ch211-63o20.7 coding upstream 51749 34702410 ~ 34711528 (-)
XLOC_018234 znf395b coding upstream 87077 34737738 ~ 34754617 (-)
XLOC_018235 paqr8 coding upstream 115522 34766183 ~ 34768301 (-)
XLOC_018236 stmn4 coding upstream 122985 34773646 ~ 34868814 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 24592246 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_018225 BX248238.1 non-coding downstream 492946 34151733 ~ 34153001 (-)
XLOC_018224 NA non-coding downstream 498351 34132570 ~ 34147596 (-)
XLOC_018215 NA non-coding downstream 910673 33734853 ~ 33735274 (-)
XLOC_018244 BX510920.3 non-coding upstream 860204 35510865 ~ 35510980 (-)
XLOC_018246 BX510920.2 non-coding upstream 890621 35541282 ~ 35545194 (-)
XLOC_018248 NA non-coding upstream 909996 35560657 ~ 35563832 (-)
XLOC_018254 NA non-coding upstream 1577767 36228428 ~ 36228747 (-)
XLOC_018257 NA non-coding upstream 1768838 36419499 ~ 36617313 (-)

Expression


Co-expression Network