G998 (LOC106576565)


Basic Information

Item Value
gene id G998
gene name LOC106576565
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 2258883 ~ 2305334 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1265
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>TU1266
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>TU1267
TTGGGatatttttattgttttgtttatcaAAATAAGTACATTGTAACATTATTTACAATTCATTTTACAAAATTGTAGAACAGCAGATTACAGTACGAGGTTCTGCTTTCAATGTACCAATGACATACTAGGGTCATTCATGGCATGTTCATTCAGTGGTTATCACACTTTCAATATTGAAATTATATAAACTGTGTTTACGGCAACACTACACAGACCGCTTGTGAGAACAGTGACTTGTTGAGACCCCGATTTTTATTCATTTAAATGAATAGAAATAACCCGAACCCCTTTGTACCGTAATGTCTTTTAGCCATGCACTATTCTAAGTCCAaacctttttgtttgttttttttagtaAAAAATACATAACAGCATGTAGCTTTTAGAAAATAACTATACAAATGTATATACAATGATCTCAATAGTTTGGGCCATCTATCAAGTTAatctgtaacaacaacaacaacaacaacagtttaCAAAATGTGGTTCCAAAAATCCAGCAAGACAAATCAAAAGGAGCGTTTTGTAAGAAAAATGAAAAATGTAGCCCAGTAAATGTTCAACAGACCCACAAAATACAGACGGCGAGAACAAGCAGGCAATGAAATTCATCCCAAATGCCGCCCTATACTTTCGACCGTAGGGTgctatttttttgggggggggggggacaataccAAAGATGATCTGTAACAGTATTGTTATCGCCTCGAGGGCTATGAGAATGCAATTCTCATTCACGTAGAAATACAGTAAGTAGTTATAAACACGATAGTTTAACCAACACGAGGGTAGCAAAATTCCAGTCATTTCCCCAAGAGTTATAAACACGATTGAACTATTCCAGTAACTTCCTCCAAGAGTTATAAACACGATTGAACTATTCCAGTAACTTCCTCCAAGAGTTATAAACACAATGGTTTAACCAACAAAAGGATGACTAAATCCCCAGGTTTCTGAAAATCCTGGAAGCAGGAAGGTTAACACGATACAAGGCAGTAACTTGTTTTgtggtataaaaaaaaaagaaatcaaccaatccAACCTTTTTAAACAGCATTATTAATCACACTTTTCTCTGACACAAAGTAAAAATATGCATCTTGAAATGTATACAATCAAGACCGGCTTGTGACCAGCAGGCAAAAACAGTGTTGTGGACTAAAAACAGCAGGCGATCATGACAGTCCCGTCTAGAGCAACAGACCGGGATTCAACCCAAGGTGCGGTAAAGAACAGAGCAGCGCATTATACTTGTAATGGTAATTTGGGCTTGAGCTGAAGTGTGATATGAGTATTTTGTCATTTTTGGCCCGTATTTAGCGCAGTACCAATATGGCCACTAGAGGCCGCCACTCGCCAGTTGTGAGGTTACTTCCGGTGGCCGCACTATGGCAGTTGAGAAGTTTACCATCATCGGTCAACAGCACCGataaatacatatttattttGAAAGTAAGCGGGTGGAAAAGCACCATATTCAATTCAGTAATGTTTTCGGGAGGTCGTACATATGTTTTCACAAAACGTATGAAAAGTCCGCTAGCCTACAAGCTAATGTAGCTGGTAGCCCCATAGCAACACTAGCTTCCCTTAGTAACGGTCCTTGGCCTGTCGGGCGTCCGACATTGAGCATCATCAGCATTTGAGGAAATGCTTTGAAATCGATGAAAGTTGCTTCTCTGCCCCGTGGTGCGCTTGCTTTGCGTCAATTGTTGACGGTTCATTAGATCTTGTGAATTGAAATGCGAAAAAATAAAGTTACATTTGGTTTCATGTGGCCTCGACTTTATACACACACCACTGATTATTTTACTATGAGTTAAGAAGTCAAgaagctgctactacaacttgcTAGGTTCACAATGTAAACTAAAGCAacgtgtgagtgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatagaggattGTTTATTTAGTATAACCACTAACAACAATGTAACGTTTTAATTTGGACCAAAGCCAAGGAGAAATGGCttgaatcgtgcaagctaacagacCATTAACGacacagtacaacagtggtgtgcagaacagcaTCTCGGAAACGCACAACGCGTCGGTCTTTGTCACGGATGGTTCTATTGCAACACCGGGTTCTACTCCCATCAGATAAGAACAAGAGGAAGAGGTTCCAGTGGGCAACAACACTGGACAATTTGAGGAGTGGAAACATCGCCTGGTCCGACGAATGCCGATTCCTGGTACGTGTGAtggcagtgTCAGGATTTGGCAGAAACTCATCGCCCCCccagtacaggctggtggcagtgTCAGGATTTGGCAGAAACTCATCGCCCCCccagtacaggctggtggtgtaaTGCTGTGGGGAATGTTTTACTGCCAGACGTTTAGGTctcttgataccaattgagcaacatttGAACACCACACAATCAATTTcccgaagaattcaggctgttctggaggcaaaaaGGGTCtgactagatgggtgtacctaataaactgtccactgAGTGTATATCCTGTTGTTTTGTTTTGCAATATTTGTGAATTTGTTTATAATTTATTTATGAAATGGTAGCAGTTGACAGATGTTTGCTAAGTGGGTCAACAGCAAGACAGAAGCACCTACATAGAAAAATGTATTTATCTTTATAATTTTGAAGGTCTCATCTGTCGTAACGCACTTTGGATTGGATCCTGGCCGTACACCTTCTACggcccaacaacaacaacaacaacaacaaaaggttTCCTCTCATAAAACCTATCAAAGCAAATCACAAAAAACATTTAAGAGTTTTTTGTCTCAAGAAATTAGATTTTTGTTTGTTGTATGAAATGTATCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAAACATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAAACATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAAACATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATCCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAATTTGTCTCATTCTCTAGCTGGCAGCTATGGAAGGCTTTCCTAAAACCATAAAATAAGTGCATTTTTATTTGCATAGTAGTTTTGCTATTTAGGATATCTGAACTAAGGACCAGGGTCCAGTTTCCCGCTAGCGATGTAAGTCAGGTCTTATGACGATGTACTTAGCTGGTCTGAGGCAGGTCGGTAAACAACTTCCAACAATGTTTTTTTGTGTTCTGCTCCAAAACGAGGGTTGTTCTAACAATGAACTTAGATGCTTTTGAGGAAACCGGACCCAGAGCACTTTGAAGCAGAGAATTCCTAGTTCTGTACCGTGATACGAGAGTGGTTGGTCAACAGGTGTGTGACAGAGGCAGGGCTTCAATCCAAGGCCCATTGCCGACAAGCGTACCGCACTCAACTTTTAATGATAACGTGCGCTTGAGCCGACATCCCCAGCGTTTACTGTAAAAGTGATCTCTGAACGTCAGGAAAATGGCCGTTTTACAGACCCATTGGTACAGTGCGCTTGTCAACAGTGCACCTTAGATTGAAATTCCATCCAGAGTGTGAGTTTTTCTATTCTCCCTCTTCCTTGATGCGCTGCTGCTTGTTGCGTCGGGAGTCCAGGTCGAAGGAGAAGTCGGACCAGTCGTCACGCGGAGGGAAGGAGATGGTCTGGCGCAGGGTGAAGCGCACGGCGTCGATGACCCGCTCGCCGCGGGCCTCGGAGGACCCTACGCTGACGGCGGAGGCCCCGCTGGAGGTACGCAGgatgtggggaggaggggagaactCCATGCTCTGCCGGTGCTCCATGATGCCCTTCCAGATGACGTGCTGGAACTCCTGCGGGATCTTCAGCCGGGAC
>TU1268
TTGGGatatttttattgttttgtttatcaAAATAAGTACATTGTAACATTATTTACAATTCATTTTACAAAATTGTAGAACAGCAGATTACAGTACGAGGTTCTGCTTTCAATGTACCAATGACATACTAGGGTCATTCATGGCATGTTCATTCAGTGGTTATCACACTTTCAATATTGAAATTATATAAACTGTGTTTACGGCAACACTACACAGACCGCTTGTGAGAACAGTGACTTGTTGAGACCCCGATTTTTATTCATTTAAATGAATAGAAATAACCCGAACCCCTTTGTACCGTAATGTCTTTTAGCCATGCACTATTCTAAGTCCAaacctttttgtttgtttttttttta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1265 False 4663 TUCP 0.41 2 2258883 2263565
TU1266 False 4661 TUCP 0.37 2 2258883 2263565
TU1267 False 4583 lncRNA 0.40 2 2258883 2263565
TU1268 True 359 lncRNA 0.43 2 2258883 2305334

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
zbtb11 LOC106560622 coding upstream 558 2212135 ~ 2258325 (+)
dpt LOC106574207 coding upstream 65988 2176672 ~ 2192895 (+)
nme7 at233 coding upstream 160199 1984326 ~ 2101039 (+)
tmem131 LOC102783117 coding upstream 291307 1859377 ~ 1967576 (+)
LOC110520782 LOC106574119 coding upstream 488449 1732789 ~ 1770434 (+)
LOC110531937 LOC106574099 coding downstream 233000 2538334 ~ 2580308 (+)
LOC118966170 NA coding downstream 1094092 3399426 ~ 3400148 (+)
bcl6aa LOC106574104 coding downstream 1297329 3602663 ~ 3624582 (+)
LOC118965227 NA coding downstream 1517802 3822517 ~ 3826226 (+)
trnap-cgg NA coding downstream 1542289 3847623 ~ 3847694 (+)
G1030 NA non-coding upstream 20663 2234533 ~ 2238220 (+)
G1028 NA non-coding upstream 30140 2225792 ~ 2228743 (+)
G1000 NA non-coding upstream 31931 2222169 ~ 2226952 (+)
G1002 NA non-coding upstream 33152 2224035 ~ 2225731 (+)
G999 NA non-coding upstream 34975 2222600 ~ 2223908 (+)
G1069 NA non-coding downstream 7819 2313153 ~ 2313914 (+)
G1083 NA non-coding downstream 31111 2336445 ~ 2338735 (+)
G1085 NA non-coding downstream 34106 2339440 ~ 2340422 (+)
G1094 NA non-coding downstream 52348 2357682 ~ 2358726 (+)
G1115 NA non-coding downstream 87460 2392794 ~ 2396261 (+)
G961 NA other upstream 179280 2078898 ~ 2079603 (+)
G583 NA other upstream 1248676 1003783 ~ 1010207 (+)
G166 NA other upstream 1938909 318047 ~ 319974 (+)
G51 NA other upstream 2128620 120466 ~ 130263 (+)
G50 NA other upstream 2138576 112959 ~ 120307 (+)
G2016 NA other downstream 339001 2644335 ~ 2645169 (+)
G2343 NA other downstream 909363 3214697 ~ 3216234 (+)
G2464 NA other downstream 1197935 3503269 ~ 3503581 (+)
G3176 NA other downstream 1869989 4175323 ~ 4178073 (+)
G3234 NA other downstream 2093570 4398904 ~ 4399444 (+)

Expression


Co-expression Network