XLOC_020715


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020715
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 2193464 ~ 2399044 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042271
GGAAAACAAAGCCTGCTTTGACAATGCCATACTGAACtacaaaacttaataaaataagaaaaaaaatgtaagaattaaCAGCAACTGAGTATATATGTGCTGCTTGAGCATTGATGATAATCTTCCACATGAATGAAAACCTCTTGTTCTCAACATGTACATGCACCTTCCAAAAGATTGTTTATATTTACAACATGATAACTTACAACTTCGTTTACAATAAAACAGTCTTTGAATCTTCTcagttctttctttcttcagGCTGGTTCACAGCGTTTTCTCttgatgggtgaacattagcTTTGATTGGGGAAGTTTCTTGCCTGCCCTGGTCTGAATCTACTAAATACTCATGGCTCATTAAACACTTCCCATGCATAATGGACTGCTGAGAAAACCCGAGTTACacaatttaatttgtattgttgCATCAAAATGAGTGATCGTAAGGATGTTCACATCATTTAGTAGTAAACGTTCAAACCAAAGATATTTGTTTGGCTTTGTTTATGTGAATTATCACCCCTAAAACAATCCTAAATATgcacaatcttttattttgtttttaaagaaagcaTAAACCATCCATCTTTACTGAACATCACAGCTCCTTTTTTACATTAGTGGGTCTCCTTAGTCAGTTTTGGAGGCATGTTGTTGGGACAGGTAAGGGCTTAAAGGGTACAATTAGGCCTAAATGACCCAAGTATGAGGTAAAATTTAAACTCAATATTGCTAAAATCTCATTATAACTTAAAatGGTGAAGGGGCGGGACAAATACACAGACCAATACACAGGCCAAACTGTGAATATTACTGGTTagtcactcatacactacggccaatttagttaacccaattctcctatagctcatgtgtttggactgtgggggaaaccagagcacctggaggaaacccacaccaacacgagagaacatgcaaactccacacagaaatgccaactggcccagttgggaGTCGCCtaagcgaccttcttgcattgaggtgacagtgctaaccactgagccaccccatAAGGGAGCATATAAATACTAAATAAGAGTGGACCCAGAACTGATCCCTGTGGGACACACTGACGCAATGGCACACAGAAAGACAAACTGAGAGCGTTTGGAAAGATATGATGTTAACCAGTTTGACAGTTCCAGATCAACAGATCCACTAGTGAAGTCTGTCCAATAATATACTGTGACATACAGTATCGAATGCAGCACTCAGATCTAAATGCAGGACTAAAGCTTCTCCTCAGTATGAAGATCAAGAAGTTTCTTAAGACtgcaaaacttaaaaaatgtccTGCCGCACCGATCATGTGTTTATCAAGGGATGATGATCGTGCAAAACTCTTCCAACACTGAGTGCGTGTACGGTTCctctctagtgtggatcttctgatgtgcTTCCAAATGGGATTGCTGAGTAAAACTATTTCCACACTCAGAACATGAATAAGGCTTCTCCTTTGAATGAAGTCGAAGATGTCTCTTCAGATCTGAAggccttaaaaatgttttaccgcactgatcacatttgtgtgttttctctccagtgtggaccaGCATGTGACTTTTAAGGTTTGATAATTGTGAGAAATTCCTCCAACATTGAgtacatgtgaacggtttctctccagtgtgaagtCTCTCATGTACTTTCAGATTTCCTAAAGTAGTAAATCTCttgttgcagtgtgaacacacaaacggtttctctccagtgtggatcttctggtGCCTTTTTAAGTCTCCTAATGTAAAAAAACTCTCCTTGCATGCAGAGCACTcaaactctctcacaccagtgtggatcttctgatggtCTTTGAAATGTGATTGCGGAgtaaagctctttccacactcagaccatgaataaggcttctcctttgtatgaACTCTAAGATGGACCTTCAGAATTGAAAGCCTCGAAAATATTTTCCCGCACTGATCAcacttgtgtgttttctctccagtgtggatcagcatGTGTTTATTAAAGGATGATGATtgcctgaaactcttcccacaccgagTACATGTGaacggtctctctccagtgtgaatcctctcgtgTGTTTTCATTGTGGCTAACCGTCCGAATCTCttctcgcagtgtgaacacttgtacggtttctctccggtgtgaatcctgaGGTGCAGCTTCAGTTCTTGAGCTCTAATAAATCTTTTCTTACACTCAAAGCAGACAAACTCTTTCACGCCAGTGTGGACCTTAACATGTTTTCTTAAATATGACTGTagtgtaaaactctttccacactcagcaCAGGAATAAGGCTTCTCTTTTGTATGAACTCTAAGATGGCTCTCCAGAGCTGAAGAATGAAAAAACGTTTTCCTGCACTGATCACatctgtgtgttttctctccagtgtggatcctctcaTGTTTATTCAGGTTTCTTGAACGGCTGAAGCTCTTGTTGCAAtatgaacacttgtaaggtttctctacAGTGTGGATCAGCATGTGATGCTTGAGATTGTATTcatggctgaaactctttccacactgagtgcaggtgaaacctTTCACAGCTGTTCTTTCCATTAAAAAACTATCGCCAGTCTCTGATTGAGTTTCTTCTTCCCTCTTGACATGACGTTTCCCCTCATCTTCactcagttcttcactctcctccttcacca
>TCONS_00042272
cacccctgccctacacCTTCAatataaagagaattgggacaccacaaCTCCTTCAGGTGGACGTGCAAAACGAGGCGTAGGGGGAAGGGGTAGggttaaggggtagaattggaattgggcctaacATGTTCATGCATCAGGTCTTTATTTGTAtcaatcaggggtgtccaaactctgccctggagggccggtgtcctagagagtttagctccaaccctaatcaaacacacctgaagcagctaatcaagctcttaaaaGAAACTTTCTggaaggtgtgttgaagcaagttggacaccggccctctacaTCACCCTTGATATAGATAAAGAAAACAAGGTGAAACAACATTTGCAAATTGTTGCTATTTCATATATGATGCTCAAGGGAGTTTCTGTAATTCTCGTTATTCACAGTAAGTGTGCGAGCAGTTGATATGCTGCATTCCAGACTACTCAAATTGGGAGTTTACCTACTTCCTAGTTGGAAATAACATCTAGGATGCTGCTAGAAGGTGGACATCTGACTTGTGTTGGATCGTCAGATCTGACTCTGAAATTGCTGCATTGGTCACATTGGGTGGTTTCTTTCAATTGTAGACCTTCATGTGTTTAAAAAGTTCTGATAACTCtatgaaactcctcccacactatGTACTATGTGTAcgatttctctccagtgtgagtcctctcatgtgCTTTCAGGTATTCTAAACGACCGAAGCCCTTGTCGCAGTCTGAACATTTGTATGGTTTCACTCCAGTGTGAATCACATGGTGTCTTTTCAAGTCTCCAGCTCTAACGAAAGTCTTCTTGCATGCAAAGCACACAAACTCTCTCAGCCCAGTGTGGATCTTCTCATGCGCTCTTAAATGTGACCGAtgtgtgaaactcttcccgcactcaGAGCATGGATAAGGCTTCTCGTTTGTATGAAACCTAAGATGGCTCCTCAGCTCTGAAGgcctcaaaaatgttttgccgCACTGATCACATTGgtgcggtttctctccagtgtggatcagcatGTGTTGATTGAGGTGTGATGATTGACTGAAACTATTCCCACACTGATCacacgtgaatggtttctctccagtgtggatcctctcaTGTACCTTCAGATGTCCTGGATAATTGAatgtcttgtcgcagtgtgaacacttgtacggtttctctatAATGTGCATCCTCTGGTGTCGTTTCAATTCTGTAGCTGTagtaaaagtcttctcacactcgcAAACAAACTCTTGCATACCAGTTTGGATCTGCTGATGTCCTTTAAAATCATATTGAGCTGTAAAACTTTCAGTGCAAGAATAAAGCTTCTCCTTTGAATGAAGTCGAAGATGTCTCTTCAGATCTGAAggccttaaaaatgttttaccgcactgatcacatttgtgtgttttctctccagtgtggaccaGCATGTGACTTTTAAGGTTTGATAATTGTGAGAAATTCCTCCAACATTGAgtacatgtgaacggtttctctccagtgtgaagtCTCTCATGTACTTTCAGATTTCCTAAAGTAGTAAATCTCttgttgcagtgtgaacacacaaacggtttctctccagtgtggatcttctggtGCCTTTTTAAGTCTCCTAATGTAAAAAAACTCTCCTTGCATGCAGAGCACTcaaactctctcacaccagtgtggatcttctgatggtCTTTGAAATGTGATTGCGGAgtaaagctctttccacactcagaccatgaataaggcttctcctttgtatgaACTCTAAGATGGACCTTCAGAATTGAAAGCCTCGAAAATATTTTCCCGCACTGATCAcacttgtgtgttttctctccagtgtggatcagcatGTGTTTATTAAAGGATGATGATtgcctgaaactcttcccacaccgagTACATGTGaacggtctctctccagtgtgaatcctctcgtgTGTTTTCATTGTGGCTAACCGTCCGAATCTCttctcgcagtgtgaacacttgtacggtttctctccggtgtgaatcctgaGGTGCAGCTTCAGTTCTTGAGCTCTAATAAATCTTTTCTTACACTCAAAGCAGACAAACTCTTTCACGCCAGTGTGGACCTTAACATGTTTTCTTAAATATGACTGTagtgtaaaactctttccacactcagcaCAGGAATAAGGCTTCTCTTTTGTATGAACTCTAAGATGGCTCTCCAGAGCTGAAGAATGAAAAAACGTTTTCCTGCACTGATCACatctgtgtgttttctctccagtgtggatcctctcaTGTTTATTCAGGTTTCTTGAACGGCTGAAGCTCTTGTTGCAAtatgaacacttgtaaggtttctctacAGTGTGGATCAGCATGTGATGCTTGAGATTGTATTcatggctgaaactctttccacactgagtgcaggtgaaacctTTCACAGCTGTTCTTTCCATTAAAAAACTATCGCCAGTCTCTGATTGAGTTTCTTCTTCCCTCTTGACATGACGTTTCCCCTCATCTTCactcagttcttcactctcctccttcacca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042271 False 2686 lncRNA 0.41 2 2193464 2197537
TCONS_00042272 True 2536 lncRNA 0.43 3 2193464 2399044

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020714 NA coding downstream 20123 2124609 ~ 2173341 (-)
XLOC_020713 NA coding downstream 68312 2096780 ~ 2125152 (-)
XLOC_020712 NA coding downstream 105614 2078625 ~ 2087850 (-)
XLOC_020708 NA coding downstream 171991 1960038 ~ 2021473 (-)
XLOC_020709 NA coding downstream 179131 1994728 ~ 2014333 (-)
XLOC_020722 NA coding upstream 67229 2466273 ~ 2482489 (-)
XLOC_020723 NA coding upstream 67295 2466339 ~ 2496857 (-)
XLOC_020724 NA coding upstream 72220 2471264 ~ 2524501 (-)
XLOC_020725 NA coding upstream 121888 2520932 ~ 2539642 (-)
XLOC_020726 NA coding upstream 129739 2528783 ~ 2538625 (-)

Expression


Co-expression Network