G127074


Basic Information

Item Value
gene id G127074
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 26626693 ~ 26628603 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU146636
atgcacatttgtggcctgctggaggtcattttgcagggctttggcagtgctcctcctgctcctccttgcacaaaggcggaggtagcggtcctgctgctgggttgttgccctcctacggcctccttcacgtctcctgatgtactggcctgtctcctggtagcggctccatgctctggacactacgctgacagacactgcaaaccttcttgccacagctcgcattgatgtgtcatcctggatgagctgcactacctgagccacttgtgtgggttgtagactccgtctcatgctaccactagagtgaaagcaccgccagcattcaaaagtgaccaaaacatcagccaggaagcacaggaactgagaagtggtctgtggttaccacctgcagaaccactcctttattgggtttgtcttgctaattgcctataatttccacctgttgtctattccatttgcacaatagcatgtgaaatttattgtgaatcagtgttgcttcctcagtggacagtttgatttcacagaagtgtgattgacttggagttacattgtgttgtttaagtgttccctttatttttttgagcagtgtatataaagcACGGGAAAATCTAGTTTTTGATCAAACTGGGCATTTTAAACAAAGTCTCATGGGACATTGGCAATTTTAAATGGCACTTGTCCTCTATGACGATCTCTAAGTGTTTTAGTGTGTCTCAGGATGGAAATGTGAACTGTTGCTCTCTCTTACACAATCTTTCTCTATATTATTTATCTTTTGATTATTGGCTGTTCTGTGGCACTAGCCCCAAGTCAAAATCTGCTTCTTTACCACCGGTCATTATAAGAGATGGGGTGTTTAGTAGCAGGATTGGGTCCAATTCCATTtgaattcagtcaattcaggaattaAGTTCCAATTCACAACATTCTCATTGAGAACATGTTTAATTGGAATGGGAATGTCAGTTTACCTCCTGAATTGAAATtaaattgagcccaaccctggtgTATAGTGTACATAATCATTACAGGATCACACTTACTTTACCTGCTGCCAGAGTGGCACCTGCTGATCTGAGAATGTTAAGAAAAAAGTATGTAATATTTGTAATATTAAATTGATTATATTGCCGCTTATGTGTCTTTCCACTTCAACTGTAGTGGTGCAAAATGACAATGAGAGAGTATGTATGTCCTATAACTTTAAATGTTGTGGTCCAATAATACATTGGTGTTACTATGATAAAGCATAACCCAAGGTACACATCGGCTGCCATGCCAATGGACAACAGTGCATTATCAGCCATAAGCCTATCAAATTCAAGAATCAGCCAGCATAGTGTCTCTTGCTGATCTGTGTTTTTAAACAGATGATTTAGGTGCCATGTAAGCCTAGATACAATTTAATGTAATGACAAAGCATTGTATGCTTGTAAGAATGATGTGCAAAATGATCAATACAAATGACTGTGATATTTAAGCTGAGTCATGTTTGAGCGGTTTTACACATCTTTTTGGTTTGACTGCTTTACCAATGAAAATGGGTTGCTACTGTTGACTCAAGGCAGTATGAAGAAAACAATCTGGACCACAGTTTTTATTGTTTTATAGGCCTATATTATTGTCACATGTTTTTGTTTCAGAGGATTTATTTTGGGGCAGTTATTTTCCAGGATATTAATTTGTtattattgtgttttttttttgtcactttAAACATCGTTGTGTTCAAGAAttgtgtaataaatgtatcatcaGTCTTTCTGTACCATTTCCTAATATTGTTCTATAAAAATTGTTATTTGACATGAAATGTAGTCTATTTATTGTCCATAGTGTTTTCTGGTTTAGTTAAGTTTTAAGTGACAATATGGAGCATACTATTGGTGAAGTAATAAAAGCAGTGTCCTTCCT
>TU146638
atgcacatttgtggcctgctggaggtcattttgcagggctttggcagtgctcctcctgctcctccttgcacaaaggcggaggtagcggtcctgctgctgggttgttgccctcctacggcctccttcacgtctcctgatgtactggcctgtctcctggtagcggctccatgctctggacactacgctgacagacactgcaaaccttcttgccacagctcgcattgatgtgtcatcctggatgagctgcactacctgagccacttgtgtgggttgtagactccgtctcatgctaccactagagtgaaagcaccgccagcattcaaaagtgaccaaaacatcagccaggaagcacaggaactgagaagtggtctgtggttaccacctgcagaaccactcctttattgggtttgtcttgctaattgcctataatttccacctgttgtctattccatttgcacaatagcatgtgaaatttattgtgaatcagtgttgcttcctcagtggacagtttgatttcacagaagtgtgattgacttggagttacattgtgttgtttaagtgttccctttatttttttgagcagtgtatataaagcACGGGAAAATCTAGTTTTTGATCAAACTGGGCATTTTAAACAAAGTCTCATGGGACATTGGCAATTTTAAATGGCACTTGTCCTCTATGACGATCTCTAAGTGTTTTAGTGTGTCTCAGGATGGAAATGTGAACTGTTGCTCTCTCTTACACAATCTTTCTCTATATTATTTATCTTTTGATTATTGGCTGTTCTGTGGCACTAGCCCCAAGTCAAAATCTGCTTCTTTACCACCGGTCATTATAAGAGATGGGGTGTTTAGTAGCAGGATTGGGTCCAATTCCATTtgaattcagtcaattcaggaattaAGTTCCAATTCACAACATTCTCATTGAGAACATGTTTAATTGGAATGGGAATGTCAGTTTACCTCCTGAATTGAAATtaaattgagcccaaccctggtgTATAGTGTACATAATCATTACAGGATCACACTTACTTTACCTGCTGCCAGAGTGGCACCTGCTGATCTGAGAATGTTAAGAAAAAAGTATGTAATATTTGTAATATTAAATTGATTATATTGCCGCTTATGTGTCTTTCCACTTCAACTGTAGTGGTGCAAAATGACAATGAGAGAGTATGTATGTCCTATAACTTTAAATGTTGTGGTCCAATAATACATTGGTGTTACTATGATAAAGCATAACCCAAGGTACACATCGGCTGCCATGCCAATGGACAACAGTGCATTATCAGCCATAAGCCTATCAAATTCAAGAATCAGCCAGCATAGTGTCTCTTGCTGATCTGTGTTTTTAAACAGATGATTTAGGTGCCATGTAAGCCTAGATACAATTTAATGTAATGACAAAGCATTGTATGCTTGTAAGAATGATGTGCAAAATGATCAATACAAATGACTGTGATATTTAAGCTGAGTCATGTTTGAGCGGTTTTACACATCTTTTTGGTTTGACTGCTTTACCAATGAAAATGGGTTGCTACTGTTGACTCAAGGCAGTATGAAGAAAACAATCTGGACCACAGTTTTTATTGTTTTATAGGCCTATATTATTGTCACATGTTTTTGTTTCAGAGGATTTATTTTGGGGCAGTTATTTTCCAGGATATTAATTTGTtattattgtgttttttttttgtcactttAAACATCGTTGTGTTCAAGAAttgtgtaataaatgtatcatcaGTCTTTCTGTACCATTTCCT
>TU146637
atgcacatttgtggcctgctggaggtcattttgcagggctttggcagtgctcctcctgctcctccttgcacaaaggcggaggtagcggtcctgctgctgggttgttgccctcctacggcctccttcacgtctcctgatgtactggcctgtctcctggtagcggctccatgctctggacactacgctgacagacactgcaaaccttcttgccacagctcgcattgatgtgtcatcctggatgagctgcactacctgagccacttgtgtgggttgtagactccgtctcatgctaccactagagtgaaagcaccgccagcattcaaaagtgaccaaaacatcagccaggaagcacaggaactgagaagtggtctgtggttaccacctgcagaaccactcctttattgggtttgtcttgctaattgcctataatttccacctgttgtctattccatttgcacaatagcatgtgaaatttattgtgaatcagtgttgcttcctcagtggacagtttgatttcacagaagtgtgattgacttggagttacattgtgttgtttaagtgttccctttatttttttgagcagtgtatataaagcACGGGAAAATCTAGTTTTTGATCAAACTGGGCATTTTAAACAAAGTCTCATGGGACATTGGCAATTTTAAATGGCACTTGTCCTCTATGACGATCTCTAAGTGTTTTAGTGTGTCTCAGGATGGAAATGTGAACTGTTGCTCTCTCTTACACAATCTTTCTCTATATTATTTATCTTTTGATTATTGGCTGTTCTGTGGCACTAGCCCCAAGTCAAAATCTGCTTCTTTACCACCGGTCATTATAAGAGATGGGGTGTTTAGTAGCAGGATTGGGTCCAATTCCATTtgaattcagtcaattcaggaattaAGTTCCAATTCACAACATTCTCATTGAGAACATGTTTAATTGGAATGGGAATGTCAGTTTACCTCCTGAATTGAAATtaaattgagcccaaccctggtgTATAGTGTACATAATCATTACAGGATCACACTTACTTTACCTGCTGCCAGAGTGGCACCTGCTGATCTGAGAATGTTAAGAAAAAAGTATGTAATATTTGTAATATTAAATTGATTATATTGCCGCTTATGTGTCTTTCCACTTCAACTGTAGTGGTGCAAAATGACAATGAGAGAGTATGTATGTCCTATAACTTTAAATGTTGTGGTCCAATAATACATTGGTGTTACTATGATAAAGCATAACCCAAGGTACACATCGGCTGCCATGCCAATGGACAACAGTGCATTATCAGCCATAAGCCTATCAAATTCAAGAATCAGCCAGCATAGTGTCTCTTGCTGATCTGTGTTTTTAAACAGATGATTTAGGTGCCATGTAAGCCTAGATACAATTTAATGTAATGACAAAGCATTGTATGCTTGTAAGAATGATGTGCAAAATGATCAATACAAATGACTGTGATATTTAAGCTGAGTCATGTTTGAGCGGTTTTACACATCTTTTTGGTTTGACTGCTTTACCAATGAAAATGGGTTGCTACTGTTGACTCAAGGCAGTATGAAGAAAACAATCTGGACCACAGTTTTTATTGTTTTATAGGCCTATATTATTGTCACATGTTTTTGTTTCAGAGGATTTATTTTGGGGCA

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU146636 False 1911 lncRNA 0.35 1 26626693 26628603
TU146638 False 1774 lncRNA 0.36 1 26626830 26628603
TU146637 True 1658 lncRNA 0.41 1 26626946 26628603

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ggctb ggct coding downstream 38048 26585791 ~ 26588645 (-)
LOC118938772 cg024 coding downstream 47356 26576953 ~ 26579337 (-)
LOC110539162 LOC106605511 coding downstream 67559 26550832 ~ 26559134 (-)
LOC110539098 LOC106605503 coding downstream 836434 25669026 ~ 25790259 (-)
si:ch211-198c19.1 LOC106605502 coding downstream 1165811 25459554 ~ 25460882 (-)
LOC110539269 LOC106579366 coding upstream 973 26629576 ~ 26640996 (-)
LOC110539285 LOC106579350 coding upstream 13355 26641958 ~ 26675649 (-)
lars2 lars2 coding upstream 54755 26683358 ~ 26726160 (-)
LOC110485094 LOC106605523 coding upstream 131782 26760385 ~ 26762634 (-)
LOC110485095 LOC106579313 coding upstream 153193 26781796 ~ 26786984 (-)
G127080 NA non-coding downstream 74 26626166 ~ 26626619 (-)
G127085 NA non-coding downstream 62361 26564092 ~ 26564332 (-)
G127084 NA non-coding downstream 63965 26562396 ~ 26562728 (-)
G127051 NA non-coding downstream 79191 26543904 ~ 26547502 (-)
G126992 NA non-coding downstream 188438 26436470 ~ 26438255 (-)
G127131 NA non-coding upstream 55565 26684168 ~ 26684638 (-)
G127268 NA non-coding upstream 108238 26736841 ~ 26737779 (-)
G127307 NA non-coding upstream 192163 26820766 ~ 26822599 (-)
G127313 NA non-coding upstream 204569 26833172 ~ 26854454 (-)
G127083 NA other downstream 64566 26561614 ~ 26562127 (-)
G125305 NA other downstream 1850066 24775220 ~ 24776627 (-)
LOC110538887 LOC106605647 other downstream 2092164 24531424 ~ 24540898 (-)
G125043 NA other downstream 2301857 24324580 ~ 24324836 (-)
G125003 NA other downstream 2356557 24269226 ~ 24270136 (-)
LOC110485245 ubr5 other upstream 642657 27231538 ~ 27278158 (-)
G129250 NA other upstream 1137554 27766157 ~ 27766532 (-)
LOC110485663 LOC106579570 other upstream 1468079 27933389 ~ 28149986 (-)
G129582 NA other upstream 1681716 28310319 ~ 28310732 (-)

Expression


Co-expression Network