XLOC_021848


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_021848
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 35694272 ~ 35702721 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00044869
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>TCONS_00044679
TATTGTGAGAAGCGCTATACAAATTCAATTGAATAATAAAGATGACCATTGTGTATATGATTAATATTGTAAATCATACTGTAAATTCTTGCTAGGTTCCCACAAATGGCACAGCCATGTTAATTATTGTATTGCAATACCTCTGACTTGCCATTAGAGGCAGTAGTCTTGCATCACATTTTTTAGTCATATTAGATACTGTTTCTGACTATTAAGCTAAAGACATGGTTGAGAATTAAAGTGAAAAAGTTCAATTCAAACCTTATTGTTAACAGGGAGTTTGTGAGCAGTGCACTTTAAAGTAAATCTGTGGAGACAGTCACACAGATGCTATCAGACCAGCCCTAGTGTTGCATGGTACCATGAACCCTCCCACTGTCCTGCGTGCAGTCTCTCCTCCCTCCGTGTCCTAGATTTTGTTGAAATGATGTCATCGCATTTGTCACGTGATGGACTTGACATTTTTTCCCTTCTTGCCCTGTCAGTGTCAGTCCTCTGTTCGCAGCTGAAACTGGGCTTCTGCAAAACTGGaagcctgtttgtgtgtgtgtttaaacataCCCATGACTGCACATTCCTAATTGCAGGGTCTGGACGTCTGAGCACAAGGATCGGTTTGAACCTCCCACTTATTTCTCCAGCTCAGCCATCACTGCTATTTCAGGCATGTGCAGACAACATGGAAAAAGTCCATCGGAAGTGTCTCATTGGCTGGGATACTGCAGGGAATGTTCACAGCTGCTGCTATGAGAATAGGACTGGAGGGATGGGGTCTGTGTGCAGTTGCCAGTGGTGAGCAAACTTTCAACATAAACCACTGAACCTATTTGGTGTCCTGCCACAGACTGTGTGTACTTGATGTCAGTCTGTAACTCATATTAAATGAGTAatggcctttaaaaaaaaaaaaaaaatgttaaatgcttGCAGGTCTctgaacatacagttgaagtcagaattattagccccccctttaaatttttttatttattttttaagtatttcccaaatgatgtttaacagtgaggacattttcatagtgtgtctgataatattttttcttctggagaaagtcttatttgttttatttagactagaataaaagcagtttttaattttttaaaagccattttaaggtcaatattatttgcccctttaacctatatttgtttttaagagtctacagatcaaaccatcgttatacaataactttcctaattaccttaacctgcctagttaacctaaataaactagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaaatatctagtaaaatattatttactgtcatcatggcaaagataaaataaatcagttattagagataggttaataaaactattaagtttagaaatgtgttaaaaaaatcttctcttcgttaaacaaaaattagggaaaaaataaacagtgcggctaataattcagggggggctaataattctgacttcaactgtatagaccAAATTGCTCTTTTAATAGACTGCTTTTGCTGTTTTATGAAGCTTGTGGACCTTTTAATGGGTTAGATGACAGTTCTGTTATCAATTCCTAACCCTCGTGTCTTTTCAATTCCctgagaacacaaattaagatattttggataTCATCTGAGAGCTCTCtatttgaaatgacatgagggtaTTTAATAACAGActtgtaattttgggtgaactaaccctttaactttTCTCCTCAATTAAGAGGCAGTGCTTCCCTGCCATTGGTAAGTTTTTATTGCAATCCATATTTTAGGTCTATCGTAGTGTGGCAAGTCCTAGCCCATGTCCTGAATGAGTTATGAGACCTCAGGGTCTCCTGTGTGCAAAATATAAGAAATCCAGTGCACGTGTAGATCAGATTGCATCTAAAAATGAAGAGAACAAATTTCCTTTGGTATACTTCCTTGTTTATCAGAGTTCACCAGAGCAAAACGATCAATTTCCATTGATTTGTTTGAAGTTATAAATGTTTATGTGTATTATGCAGTGTTAGGGAAAGATACTTTatgaagtaatgcattacaatattgagttactcttcAAAAcagtaactagttgtgttactttttatggaatgTAATGCATCATGTTACTTTTGCGGTACTTTTTccgaccttgtttttttttttttcttgtttttttaacagaagagctctgcaattaacaacacactgtatgacctttatttacctttaaaaaacacatcaaataaaaataatataaaatatgttatcttctgagaacttcctgagcccagagctctacatgccgtatatacagattaaagcaatgtgtttgatgCAATGTTTCTCTGATTAATGAAGTAAAGTGTACATGTAAACAATCCTCTTCTACTTTTTTCCCATGCATtaagaataataagaatacttCCAGTGCTAaaaaatgtaaggctctgccatcttgatttctgtttgtttatgcaGGGAGAAAATTCTCTCATTGAGTGCAGGATACAATTACAGTCCTTTAAGGGAAGTCATTTCACTCTGCAGCCATCTTTAAAACGCCCCTTGGATAGTGTGCTCGGGCATTCTGCCTGAATGGGGAAgcatcaaattctctaaaactaTTGGCCAAGCGTacaattgaatttcatattagtaatcgccaataaaactaaacaacaactgtctcataagttttgtttctaaatgtttgaattacacaaaatctgcagaaactcacgtttggtccaagcccctcccccggagtaatgtcagtctatagcaatcaatgattggctTTTGTACTAGAAgccgggctttattcgccatattgacagttacgcTTGGTTGCTGCAAGATTGGACAGGGttgcggccagaagttaacaagaattatttatattatttattaaatttcccataatttgtattttattaacgtctacccccactccaaccctaaacccaatcatctcATTAACgtaaaaaacagtagttgtactgagtattatttatgttatctattaaattacccaatgaatagtattttttaacgcctacccccaccccaaccctaaacccaaccgtcacagtactataaaaatattaattatggttgtagtgtcataaaaaatgctgctatattaatgtgcttatcgcacttccggccggccatGTATCCAATCTAGAGTTCACCCCATTACACTTTTTTCCATTCAAAACAATACAAGTGACACATCTGTAGCGCATTCTATAGTGTATAGCATtctatttcttgtttaaaaaaagtaactcaaatattattacttattttttttaaagtaatgcgttactttactcattacaagcaaaactaatattattacgtaacttgcgttatttgtaatgcgttacccccaacactagTATTATGCACATGCAAACATGCggccacagac

Function

GO:

id name namespace
GO:0048666 neuron development biological_process
GO:0097060 synaptic membrane cellular_component
GO:0098590 plasma membrane region cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044869 False 8450 lncRNA 0.34 1 35694272 35702721
TCONS_00044679 True 3439 lncRNA 0.36 2 35695892 35699473

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_021847 pmelb coding upstream 3936 35672542 ~ 35690336 (+)
XLOC_021846 ccnt1 coding upstream 29767 35650771 ~ 35664505 (+)
XLOC_021845 NA coding upstream 133760 35557190 ~ 35560512 (+)
XLOC_021844 acp1 coding upstream 156545 35504824 ~ 35537727 (+)
XLOC_021842 si:ch211-225h24.2 coding upstream 195754 35402697 ~ 35498518 (+)
XLOC_021849 tuba1a coding downstream 6009 35708730 ~ 35711398 (+)
XLOC_021850 tuba1b coding downstream 10836 35713557 ~ 35716519 (+)
XLOC_021851 NA coding downstream 20717 35723438 ~ 35727522 (+)
XLOC_021852 NA coding downstream 26534 35729255 ~ 35730062 (+)
XLOC_021853 gdap1l1 coding downstream 57122 35759843 ~ 35782365 (+)
XLOC_021843 NA non-coding upstream 206697 35484894 ~ 35487575 (+)
XLOC_021841 CU459147.1 non-coding upstream 485886 35195740 ~ 35208386 (+)
XLOC_021838 CR352218.1 non-coding upstream 706909 34849715 ~ 34987363 (+)
XLOC_021854 BX465853.1 non-coding downstream 88087 35790808 ~ 35798279 (+)
XLOC_021861 mir196a-1 non-coding downstream 385370 36088091 ~ 36088196 (+)
XLOC_021866 dre-mir-10b-2 non-coding downstream 427280 36130001 ~ 36130092 (+)
XLOC_021839 NA non-coding upstream 745773 34946447 ~ 34948499 (+)

Expression


Co-expression Network