LOC110522376 (sash1)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110522376
gene name sash1
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048568.1
NCBI id CM023222.3
chromosome length 46841314
location 25761890 ~ 26057813 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021600727.2
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Function

symbol description
sash1 Enables several functions, including G-protein alpha-subunit binding activity; mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding activity; and protein C-terminus binding activity. Involved in regulation of epithelial cell migration. Acts upstream of or within several processes, including positive regulation of endothelial cell migration; positive regulation of signal transduction; and regulation of protein ubiquitination. Located in cytoplasm. Part of protein-containing complex. Implicated in dyschromatosis universalis hereditaria.

NR:

description
SAM and SH3 domain-containing protein 1-like isoform X5

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021600728.2 False 8183 mRNA 0.50 19 25761890 26057813
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XM_021600732.2 False 7085 mRNA 0.51 20 25919238 26057813
XM_021600729.2 False 7544 mRNA 0.50 20 25959968 26057813
XM_021600730.2 False 6945 mRNA 0.51 20 25960898 26057813
TU379995 True 2979 TUCP 0.43 3 26051053 26057691

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC118964457 LOC106607989 coding upstream 212784 25546661 ~ 25549112 (+)
LOC110521063 NA coding upstream 238705 25521682 ~ 25523185 (+)
LOC110521064 LOC106607991 coding upstream 241452 25382920 ~ 25520438 (+)
LOC110522377 LOC106607986 coding downstream 2179 26059992 ~ 26177817 (+)
LOC110522374 mettl24 coding downstream 158588 26216401 ~ 26280564 (+)
LOC110522372 wasf1 coding downstream 269738 26327551 ~ 26465676 (+)
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G335782 NA non-coding upstream 67779 25693891 ~ 25694111 (+)
G335778 NA non-coding upstream 76156 25685518 ~ 25685734 (+)
G335766 NA non-coding upstream 99358 25662241 ~ 25662532 (+)
G335764 NA non-coding upstream 102677 25658985 ~ 25659213 (+)
G336006 NA non-coding downstream 20312 26078125 ~ 26080957 (+)
G336010 NA non-coding downstream 25645 26083458 ~ 26083866 (+)
G336055 NA non-coding downstream 91858 26149671 ~ 26150065 (+)
G336062 NA non-coding downstream 103867 26161680 ~ 26164194 (+)
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G334473 armt1 other upstream 1339159 24420114 ~ 24422731 (+)
G334475 NA other upstream 1342944 24417582 ~ 24418946 (+)
si:ch211-51e12.7 NA other upstream 1692214 24063831 ~ 24072963 (+)
G334116 NA other upstream 1927468 23833821 ~ 23837875 (+)
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G336464 NA other downstream 835322 26892229 ~ 26894837 (+)
LOC110522355 plekhg1 other downstream 1118568 27054628 ~ 27185449 (+)
LOC118964415 LOC106608050 other downstream 1533039 27537262 ~ 27601564 (+)
G339660 NA other downstream 2800903 28858716 ~ 28859155 (+)
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LOC118964400 NA coding upstream 253898 25773001 ~ 25797155 (+)
G335981 NA non-coding upstream 35592 26015199 ~ 26015461 (+)
G335857 NA non-coding upstream 242527 25808116 ~ 25808526 (+)

Expression


Co-expression Network