XLOC_022544


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022544
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 36605744 ~ 36608783 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00045078
CCCTCTGCtgttggtgccatcttgtggcagaataATATGTACATTAGTGTATTCTCTGTTTAgccattttcatttctgtcagcttttccTTTAATTAATTAGTAAACTATTATAATTAGTAAACTGTTatagctcagaacaatgttttgtgcctaattttcacgttttgtgacAAGTATCCATATAAtgagcaggataaagtacGCAATAAAACCCTTTAGTCTCATAAAACAGCGCTCTTCGGTTGAcgccatcttgtggctgaatAATATGTAGATTAGTGTATTCTCCATTCAGCCGTTtacgtttctgtcagctttgcatttaattaaagaattaataaactattatagctcagaacaatgttttgtgtcaaatttttttttgttttgtggcaCGCAGCCATGTAATAAGCGGCATAAAATACATCCAGTTGGTTGTTTTTAGTTTGTCTAGATttattctgctattaaaaactacctGGATG
>TCONS_00045079
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>TCONS_00045080
CAAGAATGTTTCTTAcattaaagaatgaataaattctCAAACTAGGGCATGATGAAAGCACAGACATGCTATATTCTGCTATATGGTGTTACCTTGGAAACAAGCATATGGATTATTGTGGGACTATACATGTGCATGAATCCTGGCACAAAACCCCCAGCACTCTAAATAATTAATCATATGAGAGTTAGACTGTTTAAACAGCACTATATGCAGCTGATAATATAGCAAGAAGTGATCAAGCACAAAGTTATTCTTAGTAAGCAAAATCTCAGAGCCCACAGAAATGCACAGTCACCATAGCTCAGTATGCACAAGGCAATATTTGTAGGAGGACATTTGTAGGACCATATGGTTGCGTTTTTGCAGCCAACAGCAGCATCTGCTCTTTTTGGTTGCCTTTGCTAATTCAttgcttcctttttttttttttttaaatatgtcatttgtgcatgtgtaattttagttttaaaagagATTCTGCAACAAGACCGACTTTATATTaacatatgcatttatttttctctgtattggtttattttttatttttttgtctcatAGTTCTTGCACACATACTCTTTGCGATGGGCTCCTTTTTAAGGACCCACAACTACTGGCACATATATTGATACAACAAAATCAGTGTGAGGTACATTGATCAgacattattttttgcacttttttttcctcaatgCATTGTGGGAATGAGAAAACACAGAGATCTGAACAAAATACCCAGAATACAATCTGAAATATTGAAAATGCAGCGATATAGTAGCACTTTCCAATACTGAAGGATCAACATAACAACATAAATAACGAAACAACCAtgacatgaaataataataataataataataataataatataatcatataaaaacacatgtacagcaGTAAATGCTCTCTAAAGGGGGTTGaaattgtgtgttttttaatcCCTTTTTATGGTGCCACCAACATATGGCGCTCTCATTCTCTTAGCAAATAAAATAAGCTCTGTTTTGACAATGAAAAACTGCtgacaatataaaaatacatggCATTGTAGTtcattaaataaatcaacaatttatatatatttttatatatataaaatagcatactgaaatatataaaaatatgcctAACCACTTCTCAAAAAAGGTAACAGCCATCAGCATTCAAGAATATTCCACCTCATGACACAACCAACCACAATAAACTCACTTATGTACAAACAATCCACGATGCGTGTTTGCAGTCAGAGTGCCGTATGAACGAAAAAGAAAAAATGGAGTATTTCCCAAACGTGCACATTTATGATAGCATTTAGATTACATGACAATGTGGACGATTCAAAGGTATATGCAAGTCCTCGATGGGAAGCATTTGAGGAAATGTATTAATCATACTCCAGAATAAATTAGATGAAGAAGGTAAATGTATAGTTTAGTCAGTGTATCACTGGAGAAGGGGAGAGGGGACGGTTCAAAAACATAATCACCCCATCTGCTTAAACTGTATAACAGCCCATTGAGAAACAAACATAGGCGCGGATTactatcacacacacatatacacacacactttggttttggtggtttatgaggattCTCCATAGGCGTAATATATTTTATAGGGTGAAAATCGCTTATTATATGGCCATATGACAAGACAAGtctgaaatacttgattctgGTCAGTTTTGAAATACCAAAGTTATGTATGTTACTCCGAGATTTAATCCACTGAAATTGATAACACAGTCTCTTCTCGGTATTACAATATATGCCTGTCTGTCTCCGCagctgtttggcgccatcttgtgattcaataatacataggttagtgtatgctccaatCAGTAGTTTTCatttgtcagctttgcatttaattgaataattaataaactattacgaCACAAAACCATTTTTTGTCTCTAATTTTTGCATTTTGTAGCTAGTATAAAtataataagcaggataaagtacatccaggtggttgttttcacagaataaacccCTTCAGTTTCATAAAACAGCCCTCTGCtgttggtgccatcttgtggcagaataATATGTACATTAGTGTATTCTCTGTTTAgccattttcatttctgtcagcttttccTTTAATTAATTAGTAAACTATTATAATTAGTAAACTGTTatagctcagaacaatgttttgtgcctaattttcacgttttgtgacAAGTATCCATATAAtgagcaggataaagtacatcaaaGCGattgttttcacaaaataaaacccTTCAGTCTCCTAAAACAGCCCTCCACATTTGGCGCAATCTTGTGGCTAAATAATATGTAGATTAGTGTATTCTCCATTCAGCCATTtccgtttctgtcagctttgccttaaatgaaggaattaataaactattatacctccaaacaatgttttgtgtctaatttttacattttgtggctAGTATCCAATAAATAAGTTTTGTGGCATGTAGCTGTGTAATAAGCGGGATAAAGCacGCAATAAAACCCTTTAGTCTCATAAAACAGCGCTCTTCGGTTGAcgccatcttgtggctgaatAATATGTAGATTAGTGTATTCTCCATTCAGCCGTTtacgtttctgtcagctttgcatttaattaaagaattaataaactattatagctcagaacaatgttttgtgtcaaatttttttttgttttgtggcaCGCAGCCATGTAATAAGCGGCATAAAATACATCCAGTTGGTTGTTTTTAGTTTGTCTAGATttattctgctattaaaaactacctGGATG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00045078 False 487 lncRNA 0.34 2 36605744 36606760
TCONS_00045079 False 2312 lncRNA 0.33 2 36605744 36608323
TCONS_00045080 True 2778 lncRNA 0.34 2 36605744 36608783

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022542 spryd3 coding downstream 13308 36497518 ~ 36592436 (-)
XLOC_022543 FO704757.2 coding downstream 95625 36509997 ~ 36510119 (-)
XLOC_022541 zgc:174906 coding downstream 156633 36443022 ~ 36449111 (-)
XLOC_022540 csad coding downstream 164051 36424768 ~ 36441693 (-)
XLOC_022539 znf740b coding downstream 185587 36401572 ~ 36420157 (-)
XLOC_022545 zbtb39 coding upstream 51967 36660750 ~ 36670369 (-)
XLOC_022546 agap2 coding upstream 66424 36675207 ~ 36724575 (-)
XLOC_022547 CU571398.1 coding upstream 102241 36711024 ~ 36754685 (-)
XLOC_022548 BX321896.1 coding upstream 109592 36718375 ~ 36718495 (-)
XLOC_022549 hipk1a coding upstream 207703 36816486 ~ 36857966 (-)
XLOC_022538 BX571773.1 non-coding downstream 283620 36322010 ~ 36322124 (-)
XLOC_022535 NA non-coding downstream 327148 36110214 ~ 36278596 (-)
XLOC_022534 BX005254.4 non-coding downstream 510376 36092346 ~ 36095368 (-)
XLOC_022533 BX005254.3 non-coding downstream 517510 36081425 ~ 36088234 (-)
XLOC_022550 CR926464.2 non-coding upstream 219689 36828472 ~ 36828588 (-)
XLOC_022551 NA non-coding upstream 259262 36868045 ~ 36869244 (-)
XLOC_022554 CABZ01054876.1 non-coding upstream 351008 36959791 ~ 36959912 (-)
XLOC_022555 NA non-coding upstream 388421 36997204 ~ 37000484 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G830777 NA non-coding NC_048573.1 CM023227.2 64358842 ~ 64363389 (+)