XLOC_022617


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022617
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 41855139 ~ 41857539 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00045123
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>TCONS_00045125
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>TCONS_00045127
GgaggaactgaaaaaaaaaatcccattttAATGTGAAAAATCAGGTTTATTTAGTACAAAAGTGTTTGAGCATGACAGACAAGAGAGGGAGACACACACATGTAATGATGCTCCAATAATACCTGTAGGACACTATAAATATATCCATGCACATATTTAATGGAGATATATTTATAATTGGTGCCATTTCATCAAGACAGTGTAATCGAATAAGCCTAAAGCGATTATAAAGATGAAAGAGAACAAATCTCATGACTGTCAGATATTTTAACAAGGCATTCATCTTTCTTTGTTAGccttattcaaacacacacttcagGCACTTTCAAAGCAAACCCACACTGTTTTAAACCCCACAGCAAAATATTTGTAAGACAGTCATCAAAATACACCtttgtttattgtgaatacaCTCCCTCTAGTGGAGAGAACGGTGTactgtgactttaaaacaacagtcAAATTAGTTATTTTTGACTTGACTCAAAAGAGAGCAATAAACTCAAGACCGAGGGGCTTTTAGCATCTTATTTTGATCAGACTTTCAACATCTGTGaaggaactgaaaaaaaaaaaaacatcccattttAATGCGAAAGATCAGGTTTATTTAGTACAAAAGTGTTTTAGCATGACAGGCATGAGAGGGAGACACACACATGAAAAGATGCTCTAATAATACCTGTAGGACACTATAAATATATCCATGCACTTATTTAATggagatatatatttatacactccCTCTAGTGGAGAGAATGGTTTACTGAATCTTTAAAACAACAATCAAATTAGTGATTTTTGAAGTGACTAAAAAGAGAGCAATAAACTCAAGACTGAGGGGCTTTTAGCATATTATTTTGATCAGACTGTTGCCATTTgtgaagaaactgaaaaaaaaaacccatcccATTTTAATGCGAAAGATCAGTTTATTTAGTACAAAAGTGTTTCAGCATGAAAGACATGATACCTGTAGGACACTATAAATATATCCATGCACTCATTTGAtggatatatatttataattggtGCCGTTTCATCAAGAGTATAGATGAATAAGCCTGGAGCGTCTCTAAAGATGAAAGAAAACTAATCTCAAGGCTGTAAAAGATGTTAACAAGGCATCTATCTATCAAAGCCACAAATCAAACTGCAAGTAAAAATGTGTGTGGCTTTCTTGAttagtattttgttgttgttttcttgtaCAAACCTTTTAATGTCTTTTTAAACGTCATGTTTTCTGATTAATCTCAAAACAAGATCAAACATTTATCAGAAGAGTTAGAAATATTGATTTGTTTGCCTTTTTAATTTAGTGTTACGccacttttatttttgctaatcAAAGTTCTGATTAATTTTTAAGCTAGAAAACAAGACTTCAGTTTGCTTCTCAAGAAAACCTACACTGATTTGAGAATGTTTCTTGGTTTTTATTGGAAAACATAGCGAAATACTGATGAGCAGAATATTTGCTGTGTTTAGAGTCGTGTGTTAGCCTGattcaaacacacacttcagGCACTTTTTAAACACCACAAGAAAATATTTGGGGAAAACCAATCCACACATGCATACAACTGAAACAGTG
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00045123 False 1560 lncRNA 0.33 2 41855139 41857255
TCONS_00045124 False 1257 lncRNA 0.33 3 41855139 41857279
TCONS_00045126 False 1035 lncRNA 0.32 2 41855139 41857293
TCONS_00045125 False 1035 lncRNA 0.32 2 41855139 41857293
TCONS_00045127 False 1597 lncRNA 0.33 2 41855139 41857295
TCONS_00045128 False 1091 lncRNA 0.33 2 41855139 41857344
TCONS_00045129 True 1841 lncRNA 0.34 2 41855139 41857539

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022616 GMEB2 coding downstream 30679 41800406 ~ 41824460 (-)
XLOC_022615 stk35 coding downstream 92183 41739721 ~ 41762956 (-)
XLOC_022614 NA coding downstream 195623 41657180 ~ 41659516 (-)
XLOC_022613 si:ch73-184c24.1 coding downstream 203380 41629503 ~ 41651759 (-)
XLOC_022612 NA coding downstream 237120 41612769 ~ 41618019 (-)
XLOC_022618 NA coding upstream 79465 41937004 ~ 41937979 (-)
XLOC_022619 slc1a7b coding upstream 92036 41949575 ~ 42093537 (-)
XLOC_022620 gpx7 coding upstream 362074 42219613 ~ 42232124 (-)
XLOC_022621 NA coding upstream 474380 42331919 ~ 42334991 (-)
XLOC_022622 NA coding upstream 504506 42362045 ~ 42454539 (-)
XLOC_022611 CABZ01056817.1 non-coding downstream 509281 41345744 ~ 41345858 (-)
XLOC_022609 NA non-coding downstream 550094 41303512 ~ 41305045 (-)
XLOC_022608 CABZ01056821.1 non-coding downstream 567690 41287333 ~ 41287449 (-)
XLOC_022623 CU013526.2 non-coding upstream 546025 42403564 ~ 42403680 (-)
XLOC_022624 CT997819.3 non-coding upstream 651195 42508734 ~ 42515002 (-)

Expression


Co-expression Network