XLOC_023530


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023530
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 28552567 ~ 28561226 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047215
GTGAAAAGTCCTAATTGAGAGACTCAAAAtggcaaaaaagaaaaaggaagccAGAATTCTGTGATGAAAAGTTGTATGTTCTGTGGTGGAAACAAAACTTAAATAGACATGACAAAAACTACAAGTTCTGCAATTGTGACATAAagatcagtggtgtaaagtaacaaatgacAAACATTCAAACTACTGTCATTTTGtaaagtttttctcaggaattgtaatttactaagtagttttaaaaatgtgtttacataCTATTGAGCACATTTTTAGAGCTGTATTGAtacctttactcctttactttcattcaACTTGCTGTCACTACTTATTTTCTTCTTGTGTACTGGAATTAGaaaacatccaacctaaaatcaaccaaatatcaatgtctaatgatgttacagtttgacgttgtgtggacgttaccactatgacatctatcagatatTAGATTTTACagtagttgccatacctgatgaataaatgtcagtgtttgacgacagtatgatgttggtttaagatgttgactcaacgttgtattttgatcactttctaacacaacctaaaatcaaccaaatatcaaaatcATTTGAcgccattattggacatcaaaataatattgtgcttagatgctggctagacattgaattttggtcacctgaaatcacaacctaaatctaacctaatattaacgtcttattgTGTTGTGTGCCTAATGAGCAATAAtttaatgcactacagaatgttacgtttacacacacatgcacaaaatacatgtaaatgcatcagctttttacagtgtaatactgaATATTCgcaactcttgagtacttttgaaagggcttcattttactcatactttgagtaacatttacaacagatacttttactctacttgcactacatcttTAGGCAACTAATGGTACTTTTAATTAAGTATGATTtatcagtactctttccaccacagaTAAAGATGCAATCAAGTAATATGAGAAGATCTAATTGTTCAcaattctccagaaatgtaaaaaatctgacatttaacCTCTTAATTGTCAGATATGAAGTCAGAATCGAAAGAAAGCCCTCAAGTTTAACTATAAATTTAAAAAGCTATTGGGCATTTACACTGCCACTTTTCCAACAGATTATACAGTTCATTAAACACACATGCTCCAATGACACTTTTAACAATATTCTAGGTGTTTTcgtcatgttaaaaaaattacactCCTAAATAAAACATTGCAATATGATTGTAGCCATAGTTAAGCATTGTAACAGTGTTTCAAATGTTTGTTTCATACAGTGTATTGTCCAAAATGAGGTATAAAATAGTGAAAAGATGCACTAGTAATTTCAGGATGAAATGAGACATaagaaatgagagaaaaaacacGCGATGATGGTCATAATTTTAAACTCATATTGCCATTCCAAAAACGGGCTTCAAAGACACACTTGTATGCATACATTGAGGGTAGTACAATCCGATAGGTAGATCAAAATCATTTCAAGTAAAAACACAAAATCAAGTATGACATCAGCTGTGGTTTTAATAAGTTACAAGTGTGTATTTTCACATGTACCTGTTTTTACACTTAAGGGAAGGTAAGACGTTTTGAAAATGCTGTTAAAACACTAGCATCACATCCGATGCATGGGTGCCGTTTACAAGAAACACTGAATAAACTAGTCTTAAATGTGGTTTAGACCAGCTAATTTGTGTCAGTGGATTGTAAATGAAGGCACTTGCTTTGGTTTGACTTGCTTGTTTTGGGGTATAATGACATTTTAGTTGACATGAAACATacaaaagaaataagaaaacGAAACTTTGGGCAAACTGTTGCAATATTATATGAACATTAGAGAATGTGGGCCAAATTGCATGTCTGAAAGCTTTCTACTGTATTACGAAACGTATAAACAATAATTACTATTAACAGTATttgtataaaaagaaaaaaataccttTGCACACTTTAACAAAACAAGTGTATAACATTCAGATTACATCCATCTGTTGTTCTTGAATAACACAATTAACACTGCGCGTAGTTCGACAATTCAGTAGCCAGAAACATGTGGTTCCAAAGTCTAATAAGTGCATTTTTATGATTATAATAAAGTGACGATACTCAACTGTAACAGCTTGGTCGATTTGGTTTTGgtgtaaaacataaaaatacagaaatatacagaatatatatatatttatatattttaaacaatataaaaatccATATACAGTGTAAATGAAATTGCACAGTGACAGTGACGTTCTGGAGTTATAATGAGAAATAAAATGGATTGTTTTGTCCTTGGTGCATAAGTGATgcgataaaagtaaaaaaaaagagaaaatattaagtGCATACTGGGTAAAAACTGTTGTCCAAGGGGTTTGTTTGATTATTTCAATCAGCAGACGtggaatatattaatatatagtattaAAACACGTCCTTGGATCTCTTCACAGTTATGGAAACAGATTTCCACATATACAAAATGAGGCTGTCACAAAAATTCATGCGGTCGAGTTGTTCGCCCATCGCCAACAGCTCTAAAATTATCCATAATTGTTCAGATCTCAAACAAAATGAGCCTCGCGGTGCTCAAGATCCTGCATGCGCCGTGATCGGAGTCTCTGGTACACAGGTTTGGTCTCATTTTGTCCGAGTTCCTCGGGGCTGGAGCTTGGCGATTCAGGAAGTGGACTTGTATCATGGGCGTCCACTGATGTTTCTTGGTCTAATTCTGGCTCAGGTTCATCAACCGAGACTTCCACGCCAAACTCTTCTTCCTCATCGTCATCGTCAtcatcctcttcttcttcttcagtaCTGTTTGCGGTTGCTCTAACAGACTGGAGTTCAACCTCAGTTAACGATTTGCTCTTGCCTCCTGGAGGTTTGTAGAACGTTCCAGGTGGAGGCTGAAGAGTTCTTGGGGGCCTGAAGGCTGTAGGAACCGGACAAAACTCACTAATGTTTCCTTCCCTACGTAAAGTACGTCCAGGCCTCACAGCAATGGTGTAGGGTCTGTTAGCAAGAACTGTGCTGGGGCTTTTGCTGTGTTCTGAGAAGGATGACGATGTGAGTGATGAAGTGTGAACATTGGTGTCATTGGACCCAGAATCTACAGGACAGGTTTTCGGAGTGATGTCATGATGCTTGTATTGCTTGTCCCAAGTCCGCCGTAGAGTTTGCGTGTCGATGTATGATTTCCTGTAATGGTTTCCCGCTCTGGACTTGGGCTTCTCCTCTTCGGATACTTCCTCGATGACGGGATCTCGACTGTGGGTTTCTTCCTGCTCTACGGAGTTCTTCACATTACATTCGTCCACCTTGGAGAGGTTGAGAAGGCGTTCGGCCGGCATGCTGATTGGTCGAGAGACGAGCTTGGGTCTTGGAGGTCGTAGCTGGACTCTGGTCACATGGTTACGGCGAGTGAGACCAGGGACTTTGAATGTCTGCTAAGCTGTTGCCCCTTCTCCTGAGGGGTGAAGCGTGATTTAACGGGCAGCGGAGAGCTCTCTGCTACAGGCGAGGAAGGTGGAAGCGGACTCAGAGGAGTGTCGAAGATCATCTCATAATGGCGGATCAAAAGCTCCACGATCAAGGCCTGGTAGGGATAGTCCACCAAAGAGGACAGAGACACCTCAGCATCGGCCTGTCGGGGTTTGATCAATGTGGGACCGAAGATGATGCCCAAATTACTGGAAGTCATTTTGTTCTCATCTGCCCTTTCTGACACTCTATTTTAGAAAAGAAACGTGGTGTTGTTAGCATTAAAATTCTGATTAAAACACACATATGCAATAGGTTTCATCTCTGTGTGGGAGTCAAAGACCTGTGCAAGTGCTGAATGAGGAACTGCAGGGTCTTATAATGGGCTGGAGGAAGCTGGCGCAGCAGGTCTTTAATCTTGAAGAGGACCCGATTGAGCTCTACGCTGATCTGTGGAGTGTCAGAGGTTGGACATCCTCTCGATGCCTCCACTTCATCAACAATGATACTCTGACTCTCTTTAGCCAGTCCGATGAAGTCGTTATAGTATCGGAAGAGAATGAGAGGCTCTGGGAGCTGAGggaagttaaaaagaaaaaaacacatgtaaatataaattgtattattaaaagaaaataataaaaaacattattagaatGGCTACACATCAAATCACCTGGCGTAAGTAGAGTTTGAGGACGTTGCTGATATCGTGAG
>TCONS_00046535
CAGGCCCGAATGCTTTTTTACGTAACACCCGATCACCATTCATTCGGAAACAACTAAAAGACACACGTAAAAATGGTAACAGTGGCAAGACTCACCTCAGGAGAAGAAGGCTCTTTTGTGCTTGCTTCTGCTGAAGCTCATGGCCGTGTTTGGTCGACCGACTGCAGGCTTGCTGCAGACGCAAAGCAGGGACTTTGAATGTCTGCTAAGCTGTTGCCCCTTCTCCTGAGGGGTGAAGCGTGATTTAACGGGCAGCGGAGAGCTCTCTGCTACAGGCGAGGAAGGTGGAAGCGGACTCAGAGGAGTGTCGAAGATCATCTCATAATGGCGGATCAAAAGCTCCACGATCAAGGCCTGGTAGGGATAGTCCACCAAAGAGGACAGAGACACCTCAGCATCGGCCTGTCGGGGTTTGATCAATGTGGGACCGAAGATGATGCCCAAATTACTGGAAGTCATTTTGTTCTCATCTGCCCTTTCTGACACTCTATTTTAGAAAAGAAACGTGGTGTTGTTAGCATTAAAATTCTGATTAAAACACACATATGCAATAGGTTTCATCTCTGTGTGGGAGTCAAAGACCTGTGCAAGTGCTGAATGAGGAACTGCAGGGTCTTATAATGGGCTGGAGGAAGCTGGCGCAGCAGGTCTTTAATCTTGAAGAGGACCCGATTGAGCTCTACGCTGATCTGTGGAGTGTCAGAGGTTGGACATCCTCTCGATGCCTCCACTTCATCAACAATGATACTCTGACTCTCTTTAGCCAGTCCGATGAAGTCGTTATAGTATCGGAAGAGAATGAGAGGCTCTGGGAGCTGAGggaagttaaaaagaaaaaaacacatgtaaatataaattgtattattaaaagaaaataataaaaaacattattagaatGGCTACACATCAAATCACCTGGCGTAAGTAGAGTTTGAGGACGTTGCTGATATCGTGAG
>TCONS_00047216
GTGAAAAGTCCTAATTGAGAGACTCAAAAtggcaaaaaagaaaaaggaagccAGAATTCTGTGATGAAAAGTTGTATGTTCTGTGGTGGAAACAAAACTTAAATAGACATGACAAAAACTACAAGTTCTGCAATTGTGACATAAagatcagtggtgtaaagtaacaaatgacAAACATTCAAACTACTGTCATTTTGtaaagtttttctcaggaattgtaatttactaagtagttttaaaaatgtgtttacataCTATTGAGCACATTTTTAGAGCTGTATTGAtacctttactcctttactttcattcaACTTGCTGTCACTACTTATTTTCTTCTTGTGTACTGGAATTAGaaaacatccaacctaaaatcaaccaaatatcaatgtctaatgatgttacagtttgacgttgtgtggacgttaccactatgacatctatcagatatTAGATTTTACagtagttgccatacctgatgaataaatgtcagtgtttgacgacagtatgatgttggtttaagatgttgactcaacgttgtattttgatcactttctaacacaacctaaaatcaaccaaatatcaaaatcATTTGAcgccattattggacatcaaaataatattgtgcttagatgctggctagacattgaattttggtcacctgaaatcacaacctaaatctaacctaatattaacgtcttattgTGTTGTGTGCCTAATGAGCAATAAtttaatgcactacagaatgttacgtttacacacacatgcacaaaatacatgtaaatgcatcagctttttacagtgtaatactgaATATTCgcaactcttgagtacttttgaaagggcttcattttactcatactttgagtaacatttacaacagatacttttactctacttgcactacatcttTAGGCAACTAATGGTACTTTTAATTAAGTATGATTtatcagtactctttccaccacagaTAAAGATGCAATCAAGTAATATGAGAAGATCTAATTGTTCAcaattctccagaaatgtaaaaaatctgacatttaacCTCTTAATTGTCAGATATGAAGTCAGAATCGAAAGAAAGCCCTCAAGTTTAACTATAAATTTAAAAAGCTATTGGGCATTTACACTGCCACTTTTCCAACAGATTATACAGTTCATTAAACACACATGCTCCAATGACACTTTTAACAATATTCTAGGTGTTTTcgtcatgttaaaaaaattacactCCTAAATAAAACATTGCAATATGATTGTAGCCATAGTTAAGCATTGTAACAGTGTTTCAAATGTTTGTTTCATACAGTGTATTGTCCAAAATGAGGTATAAAATAGTGAAAAGATGCACTAGTAATTTCAGGATGAAATGAGACATaagaaatgagagaaaaaacacGCGATGATGGTCATAATTTTAAACTCATATTGCCATTCCAAAAACGGGCTTCAAAGACACACTTGTATGCATACATTGAGGGTAGTACAATCCGATAGGTAGATCAAAATCATTTCAAGTAAAAACACAAAATCAAGTATGACATCAGCTGTGGTTTTAATAAGTTACAAGTGTGTATTTTCACATGTACCTGTTTTTACACTTAAGGGAAGGTAAGACGTTTTGAAAATGCTGTTAAAACACTAGCATCACATCCGATGCATGGGTGCCGTTTACAAGAAACACTGAATAAACTAGTCTTAAATGTGGTTTAGACCAGCTAATTTGTGTCAGTGGATTGTAAATGAAGGCACTTGCTTTGGTTTGACTTGCTTGTTTTGGGGTATAATGACATTTTAGTTGACATGAAACATacaaaagaaataagaaaacGAAACTTTGGGCAAACTGTTGCAATATTATATGAACATTAGAGAATGTGGGCCAAATTGCATGTCTGAAAGCTTTCTACTGTATTACGAAACGTATAAACAATAATTACTATTAACAGTATttgtataaaaagaaaaaaataccttTGCACACTTTAACAAAACAAGTGTATAACATTCAGATTACATCCATCTGTTGTTCTTGAATAACACAATTAACACTGCGCGTAGTTCGACAATTCAGTAGCCAGAAACATGTGGTTCCAAAGTCTAATAAGTGCATTTTTATGATTATAATAAAGTGACGATACTCAACTGTAACAGCTTGGTCGATTTGGTTTTGgtgtaaaacataaaaatacagaaatatacagaatatatatatatttatatattttaaacaatataaaaatccATATACAGTGTAAATGAAATTGCACAGTGACAGTGACGTTCTGGAGTTATAATGAGAAATAAAATGGATTGTTTTGTCCTTGGTGCATAAGTGATgcgataaaagtaaaaaaaaagagaaaatattaagtGCATACTGGGTAAAAACTGTTGTCCAAGGGGTTTGTTTGATTATTTCAATCAGCAGACGtggaatatattaatatatagtattaAAACACGTCCTTGGATCTCTTCACAGTTATGGAAACAGATTTCCACATATACAAAATGAGGCTGTCACAAAAATTCATGCGGTCGAGTTGTTCGCCCATCGCCAACAGCTCTAAAATTATCCATAATTGTTCAGATCTCAAACAAAATGAGCCTCGCGGTGCTCAAGATCCTGCATGCGCCGTGATCGGAGTCTCTGGTACACAGGTTTGGTCTCATTTTGTCCGAGTTCCTCGGGGCTGGAGCTTGGCGATTCAGGAAGTGGACTTGTATCATGGGCGTCCACTGATGTTTCTTGGTCTAATTCTGGCTCAGGTTCATCAACCGAGACTTCCACGCCAAACTCTTCTTCCTCATCGTCATCGTCAtcatcctcttcttcttcttcagtaCTGTTTGCGGTTGCTCTAACAGACTGGAGTTCAACCTCAGTTAACGATTTGCTCTTGCCTCCTGGAGGTTTGTAGAACGTTCCAGGTGGAGGCTGAAGAGTTCTTGGGGGCCTGAAGGCTGTAGGAACCGGACAAAACTCACTAATGTTTCCTTCCCTACGTAAAGTACGTCCAGGCCTCACAGCAATGGTGTAGGGTCTGTTAGCAAGAACTGTGCTGGGGCTTTTGCTGTGTTCTGAGAAGGATGACGATGTGAGTGATGAAGTGTGAACATTGGTGTCATTGGACCCAGAATCTACAGGACAGGTTTTCGGAGTGATGTCATGATGCTTGTATTGCTTGTCCCAAGTCCGCCGTAGAGTTTGCGTGTCGATGTATGATTTCCTGTAATGGTTTCCCGCTCTGGACTTGGGCTTCTCCTCTTCGGATACTTCCTCGATGACGGGATCTCGACTGTGGGTTTCTTCCTGCTCTACGGAGTTCTTCACATTACATTCGTCCACCTTGGAGAGGTTGAGAAGGCGTTCGGCCGGCATGCTGATTGGTCGAGAGACGAGCTTGGGTCTTGGAGGTCGTAGCTGGACTCTGGTCACATGGTTACGGCGAGTGAGACCAGgcaagCTGGATAGAACTCGCAGATCATCTTGCACCACAaaattcaaaatgtttatttatcaaaagtgGTCTAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047215 False 4232 lncRNA 0.38 2 28552567 28559229
TCONS_00046535 False 956 lncRNA 0.46 2 28552567 28561226
TCONS_00047216 True 3539 lncRNA 0.37 2 28553553 28559229

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023529 fbxo45 coding downstream 114734 28425900 ~ 28437833 (-)
XLOC_023528 nrros coding downstream 133123 28410963 ~ 28419444 (-)
XLOC_023527 prkag2a coding downstream 171130 28252520 ~ 28381437 (-)
XLOC_023526 cox4i1l coding downstream 306695 28231602 ~ 28245872 (-)
XLOC_023525 bcl2a coding downstream 322949 28137210 ~ 28229618 (-)
XLOC_023531 tecrl2a coding upstream 83192 28644418 ~ 28649360 (-)
XLOC_023532 olfm3a coding upstream 125061 28686287 ~ 28711176 (-)
XLOC_023533 col11a1a coding upstream 202795 28764021 ~ 28893303 (-)
XLOC_023534 CT961047.1 coding upstream 410858 28972084 ~ 28974899 (-)
XLOC_023535 si:ch211-287n14.3 coding upstream 466202 29027428 ~ 29030690 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 9616735 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023524 NA non-coding downstream 437203 28081388 ~ 28115364 (-)
XLOC_023523 NA non-coding downstream 601363 27908955 ~ 27951204 (-)
XLOC_023521 NA non-coding downstream 775753 27756876 ~ 27776814 (-)
XLOC_023520 NA non-coding downstream 1061370 27489815 ~ 27491197 (-)
XLOC_023518 NA non-coding downstream 1088116 27463561 ~ 27464451 (-)
XLOC_023536 CR388050.3 non-coding upstream 473398 29034624 ~ 29034740 (-)
XLOC_023537 CR388050.1 non-coding upstream 491482 29052708 ~ 29052826 (-)
XLOC_023538 CR847965.1 non-coding upstream 912630 29473856 ~ 29473975 (-)
XLOC_023545 NA non-coding upstream 1359850 29921076 ~ 29922820 (-)

Expression


Co-expression Network