G709282


Basic Information

Item Value
gene id G709282
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 42730898 ~ 42741496 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU806593
tggtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagttgcctgcagtacagcatcactgctaggtactattcacattggtttgaagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactttgtcactgcttggtactatccagagttgtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagttgtctttagtactgcatcactgcttggtattattcagattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagaggtgtctgcagtacatcatcactgcttggtactatccagagttgtctgcagtactccatcactgctttctactatccagagttgtctttagtactgcatcactgcttggtactatccagagtgctatttagtacagcatcactgcttggtactacccagagtggtcttttagtacatcatcactgcttggtactatccagagttgtctgcagtactccatcactgctttctactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtaatatccagagttgtctgcattactccatcactgctttctactatccagagtggtctgcagtactttatcactgcttggtactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagttgtctgcagtactccataactgctttctactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtaatatccagagttgtctgcattactccatcactgctttctactatccagagtggtctgcagtactttatcactgctttgtactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagtggtcttaagtactgcatcactgcttggtattattcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactgtgtcaatgcttggtactatccagagtggtctgcattacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgctttctactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtattattcataTTGGTTTGCAGtgcttcatcactgcttggtactatccagagttgtctttagtagtgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatttactgcatcactgcttggtactatcgagagtggtctgcagtactgaatcactgcttggtactatccatattggtctgcagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtgtgCAGTACATCAtcattgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtattgttcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagttgtatgatgtactgtgtcactgcttggtactatacagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactttgtcactgcttggtactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtaatatccagagttgtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagaattgtctttagtactgcatcactgcttggtattattcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactgtgtcaatgcttggtactatccagagtggtctgcattacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatctcTGCTTTCTACTCTCCAGAGTGGTCTTTACTACTGAATCACTACTTGGTATTATTCAGATtggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtattattcataTTGGTTTGCAGtgcttcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtagtgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatttactgcatcactgcttggtactatcgagAGTGGTcagcagtactgaatcactgcttggtgctatccatattggtctgcagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtgtgCAGTACATCAtcattgcttggtactatccagagtggtctttagtactgaatcactgcttggtattgttcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagttgtctgatgtactgtgtcactgcttggtactatacagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactttgtcactgcttggtactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtaatatccagagttgtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtattattcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactgtgtcaatgcttggtactatccagagtggtctgcattacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatctcTGCTTTCTACtctccagagtggtctttagtactgaaTCACTACTTGGTATTATTCAGATtggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtattattcataTTGGTTTGCAGtgcttcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtagtgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatttactgcatcactgcttggtactatcgagagtggtctgcagtactgaatcactgcttggtgctatccatattggtctgcagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtgtgCAGTACATCATCATTGCTTGGTACTattcagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtattgttcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagttgtctgatgtactgtgtcactgcttggtactatacagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagtggtctttagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactttgtcactgcttggtactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtaatatccagagttgtctgcagtacagcatcactgcttggtactatccagagttgtctttagtactgcatcactgcttggtactatccagagtgctatttagtacagcatcactgcttggtactaaccagagtggtcttttagtacagcatcactgcttggtactatccagagttgtctccagtactccatcactgctttctactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgctttctactatccagagttgcctgcagtacagcatcactgcttggtactattcacattggtttgcagtacttcatcactgcttggtactatccagagtggtatgcagtacagcatcactccTTGGtcctatccagattggtctgcagtactgcatcactgcttggtactatccagagtggtctgatgtactttgtcactgcttggtactatccagagtggtctgcagtacagcatcactgcttggtac

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC107395943

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU806593 True 3873 lncRNA 0.44 2 42730898 42741496

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
puf60a puf60 coding downstream 204312 42431791 ~ 42526586 (-)
klhl18 klhl18 coding downstream 310811 42340682 ~ 42420087 (-)
LOC118965611 NA coding downstream 1001911 41725469 ~ 41728987 (-)
LOC110529916 LOC106571797 coding downstream 1761420 40958142 ~ 40969478 (-)
LOC118965517 NA coding downstream 1930861 40779851 ~ 40800037 (-)
mycb myc coding upstream 858258 43599754 ~ 43602305 (-)
LOC118965613 NA coding upstream 1017833 43759329 ~ 43763318 (-)
efr3a efr3a coding upstream 1443497 44184993 ~ 44436559 (-)
LOC110529930 NA coding upstream 1649382 44390878 ~ 44394639 (-)
LOC110529115 NA coding upstream 2239473 44980969 ~ 44984268 (-)
G709263 NA non-coding downstream 19030 42711543 ~ 42711868 (-)
G709197 NA non-coding downstream 103535 42580275 ~ 42627363 (-)
G709096 NA non-coding downstream 300722 42429418 ~ 42430176 (-)
G708852 NA non-coding downstream 404268 42326342 ~ 42326630 (-)
G708740 NA non-coding downstream 446612 42280699 ~ 42284286 (-)
G709322 NA non-coding upstream 314122 43055618 ~ 43060881 (-)
G709329 NA non-coding upstream 328939 43070435 ~ 43070702 (-)
G709330 NA non-coding upstream 329230 43070726 ~ 43070940 (-)
G709345 NA non-coding upstream 339695 43081191 ~ 43081480 (-)
G709347 NA non-coding upstream 341620 43083116 ~ 43083397 (-)
G709272 NA other downstream 10199 42719771 ~ 42720699 (-)
slc22a16 LOC106571810 other downstream 2771285 39956961 ~ 40017167 (-)
G706683 stxbp5 other downstream 3504585 39219644 ~ 39226313 (-)
G704874 NA other downstream 4417095 38313489 ~ 38313803 (-)
G704702 NA other downstream 4692552 38037725 ~ 38038346 (-)
G709454 NA other upstream 429264 43170760 ~ 43171082 (-)
G711133 NA other upstream 1797297 44538793 ~ 44539504 (-)
G712814 NA other upstream 2716281 45457777 ~ 45458248 (-)
crfb16 LOC106568648 other upstream 3569634 46309732 ~ 46325685 (-)
LOC110529973 LOC106568664 other upstream 4309971 47051073 ~ 47067973 (-)

Expression


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