G731287


Basic Information

Item Value
gene id G731287
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 61157931 ~ 61160872 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU830601
gcaaaattattcagcccccttaagttaatactttgtagcgccaccttttgctgcgattacagctgtaagtcgcttggggtatgtctataagttttgcacatcgagagactgaaattttttcccattcctccttgcaaaacagctcgagctcagtgaggttggatggagagcatttgtgaacagcagttttcagttctttccacagattctcgattggattcaggtctggactttgacttggccattctaacacctggatatgtttatttttgaaccattccattgtagattttgctttatgttttggatcatatTCTTGTTGatagacaaatctccgtcccagtctcaggtcttttgcagactccatcaggttttcttccagaatggtcctgtatttggctccatccatcttcccatcaattttaaccatcttccctgtccctgctgaagaaaagcaggcccaaaccatgatgctgccaccaccatgtttgacagtggggatggtgtgttcagctgtgttgcttttacgccaaacataacgttttgcattgttgccaaaaagttcaattttggtttcatctgaccagagcaccttcttccacatgtttggtgtgtctcccaggtggcttgtggcaaactttaaatgacactttttatggatatctttaagaaatggctttcttcttgccactcttccataaagtccagatttgtgtaatatacgactgattgttgtcctatggacagagtctcccacctcagctgtagatctctgcagttcatccagagtgatcatgggcctcttggctgcatctctgatcagtcttctccttgtatgagctgaaagtttagagggacggccaggtcttggtagatttgcagtggtctgatactccttccatttcaatattatcgcttgcacagtgctccttgggatgtttaaagcttgggaaatctttttgtatccaaatccggctttaaacttcttcacaacagtatctcggacctgcctggtgtgttccttgttcttcatgatgctctctgcgctttcaacggacctctgagactatcacagtgcaggtgcatttatacggagacttgattacacacaggtggattgtatttatcatcattagtcatttaggtcaacattagatcattccgagatcctcactgaacttctggagagagtttgctgcactgaaagtaaaggggctgaataattttgcacgcccaatttttctgtttttgatttgttaaaaaagtttgaaa
>TU830602
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>TU830600
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>TU830603
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>TU830597
TGGCTTACAATATATGTAATTAGTACAGCAGTCTCAAAAAAACAAACTTCAAGTTTGTCAAATCAGTGTTGTCTGAGTTAGGCAAGTTTAACATTTCCTTTTTATTCTTCCTTGGACTGAAAATATCACTATTTGTTTGAGTTTAGCTAGTACATGCTCTATTCTCACAGTCCCTCTTTTTCTGAAAGTGCTGAGTTTGACATTTTGTTCACTCAAAAGAAAAGCCAtggagctttaaaaaaaaaatgttacctGCAATTGTTTTTTTTGGCCGGTACAAATATAACTGCTTTTTGCCATAATAAGAAACCTTGTCCAGAAGTCAGGCCAAGACTCAGTAAGACTAAATGTTTTAAGGCCATAAGCTGATAATGGCAGCATCCAAAGTTACCATGTCATTCTAGAACAACAAGGTGATCTGGAATACTCCAAAATATTGGTTGGCAACAAAAGTGTAAACTCAATTCATGAGACCTCTACCTTTTGAGGCCGGGGCCTATCAACACCGCAACCCACTTTTAGGTTGAAATTCCGACAAACAAACCAGGAGTTATGTTTTATAATGTCTGGAGAGGAATTTAATGCCACAAAAACTGATCTGTGTAACAACTACACAGTTTGCCTATAAGTTTACATTCAACTGCATTAGATGAACAACCAATTGGAAATATACTTCAAACACCACAGTGAGATGTAGTTTTGTGTTTATGAGATACCAAATGTACCTTCTCCATGACACCTTTCAATGATTTCTCAAGGGATACATCACGTTCTGCACCAAAAGATCAAGACATCTCATGTCACACTCACCAACTAGGCATACATGTTAACAGCACTTTAATATATCCCATTGGCCCAGTTCTTTTTTGAGTGATTCAAATTGTGGATGTTGTGTTGAAATTCTAGAGCTGAATAGCAGTAAAGCAACTAGGCATAACATTCTTAGTAATACAAGCTGATTGTTGGTTCCAAATAATTAAAATgaatcattctatttctatgcttggGTCATCTCAAGTTTATTCTAATGTTCCCATTAGTTGTTCCCAAGAGCAATAAAGGTAGCATATAGGGCTCAACACACCCCTGCACAACAACATGCCTTAATTCCATCTCTTGAATTCCAAGTGCAAaagtaaatgtattatttcaatTGAATAATAAAATGCTAGCATTGCATGTTCTCAAAACAACTAAAACTGCAGGCGGTTCATGGAAAAATAATGATCAGCTATTCTTGAATTGATGGATCTTTCCTTATCATCTATCAACATGaactatgtacacacacacacacacatacagtgccttgcgaaagt
>TU830598
GTATCTTCAATATTTTATTAGCAAACAAGAAAAAAGTTAACTAAACATTTTACCGAATAACTTGAGTTTATGTACAGATCTAAGTATACTACAATATATACTATTATAATACAACTGGCTTACAATATATGTAATTAGTACAGCAGTCTCAAAAAAACAAACTTCAAGTTTGTCAAATCAGTGTTGTCTGAGTTAGGCAAGTTTAACATTTCCTTTTTATTCTTCCTTGGACTGAAAATATCACTATTTGTTTGAGTTTAGCTAGTACATGCTCTATTCTCACAGTCCCTCTTTTTCTGAAAGTGCTGAGTTTGACATTTTGTTCACTCAAAAGAAAAGCCAtggagctttaaaaaaaaaatgttacctGCAATTGTTTTTTTTGGCCGGTACAAATATAACTGCTTTTTGCCATAATAAGAAACCTTGTCCAGAAGTCAGGCCAAGACTCAGTAAGACTAAATGTTTTAAGGCCATAAGCTGATAATGGCAGCATCCAAAGTTACCATGTCATTCTAGAACAACAAGGTGATCTGGAATACTCCAAAATATTGGTTGGCAACAAAAGTGTAAACTCAATTCATGAGACCTCTACCTTTTGAGGCCGGGGCCTATCAACACCGCAACCCACTTTTAGGTTGAAATTCCGACAAACAAACCAGGAGTTATGTTTTATAATGTCTGGAGAGGAATTTAATGCCACAAAAACTGATCTGTGTAACAACTACACAGTTTGCCTATAAGTTTACATTCAACTGCATTAGATGAACAACCAATTGGAAATATACTTCAAACACCACAGTGAGATGTAGTTTTGTGTTTATGAGATACCAAATGTACCTTCTCCATGACACCTTTCAATGATTTCTCAAGGGATACATCACGTTCTGCACCAAAAGATCAAGACATCTCATGTCACACTCACCAACTAGGCATACATGTTAACAGCACTTTAATATATCCCATTGGCCCAGTTCTTTTTTGAGTGATTCAAATTGTGGATGTTGTGTTGAAATTCTAGAGCTGAATAGCAGTAAAGCAACTAGGCATAACATTCTTAGTAATACAAGCTGATTGTTGGTTCCAAATAATTAAAATgaatcattctatttctatgcttggGTCATCTCAAGTTTATTCTAATGTTCCCATTAGTTGTTCCCAAGAGCAATAAAGGTAGCATATAGGGCTCAACACACCCCTGCACAACAACATGCCTTAATTCCATCTCTTGAATTCCAAGTGCAAaagtaaatgtattatttcaatTGAATAATAAAATGCTAGCATTGCATGTTCTCAAAACAACTAAAACTGCAGGCGGTTCATGGAAAAATAATGATCAGCTATTCTTGAATTGATGGATCTTTCCTTATCATCTATCAACATGaactatgtacacacacacacacacatacagtgccttgcgaaagt
>TU830599
TACTTTATTGTTGGGTTAAAAAGTCATCACACATGCAAACAGCAATGTTGTAGCTGTGGTATCTTCAATATTTTATTAGCAAACAAGAAAAAAGTTAACTAAACATTTTACCGAATAACTTGAGTTTATGTACAGATCTAAGTATACTACAATATATACTATTATAATACAACTGGCTTACAATATATGTAATTAGTACAGCAGTCTCAAAAAAACAAACTTCAAGTTTGTCAAATCAGTGTTGTCTGAGTTAGGCAAGTTTAACATTTCCTTTTTATTCTTCCTTGGACTGAAAATATCACTATTTGTTTGAGTTTAGCTAGTACATGCTCTATTCTCACAGTCCCTCTTTTTCTGAAAGTGCTGAGTTTGACATTTTGTTCACTCAAAAGAAAAGCCAtggagctttaaaaaaaaaatgttacctGCAATTGTTTTTTTTGGCCGGTACAAATATAACTGCTTTTTGCCATAATAAGAAACCTTGTCCAGAAGTCAGGCCAAGACTCAGTAAGACTAAATGTTTTAAGGCCATAAGCTGATAATGGCAGCATCCAAAGTTACCATGTCATTCTAGAACAACAAGGTGATCTGGAATACTCCAAAATATTGGTTGGCAACAAAAGTGTAAACTCAATTCATGAGACCTCTACCTTTTGAGGCCGGGGCCTATCAACACCGCAACCCACTTTTAGGTTGAAATTCCGACAAACAAACCAGGAGTTATGTTTTATAATGTCTGGAGAGGAATTTAATGCCACAAAAACTGATCTGTGTAACAACTACACAGTTTGCCTATAAGTTTACATTCAACTGCATTAGATGAACAACCAATTGGAAATATACTTCAAACACCACAGTGAGATGTAGTTTTGTGTTTATGAGATACCAAATGTACCTTCTCCATGACACCTTTCAATGATTTCTCAAGGGATACATCACGTTCTGCACCAAAAGATCAAGACATCTCATGTCACACTCACCAACTAGGCATACATGTTAACAGCACTTTAATATATCCCATTGGCCCAGTTCTTTTTTGAGTGATTCAAATTGTGGATGTTGTGTTGAAATTCTAGAGCTGAATAGCAGTAAAGCAACTAGGCATAACATTCTTAGTAATACAAGCTGATTGTTGGTTCCAAATAATTAAAATgaatcattctatttctatgcttggGTCATCTCAAGTTTATTCTAATGTTCCCATTAGTTGTTCCCAAGAGCAATAAAGGTAGCATATAGGGCTCAACACACCCCTGCACAACAACATGCCTTAATTCCATCTCTTGAATTCCAAGTGCAAaagtaaatgtattatttcaatTGAATAATAAAATGCTAGCATTGCATGTTCTCAAAACAACTAAAACTGCAGGCGGTTCATGGAAAAATAATGATCAGCTATTCTTGAATTGATGGATCTTTCCTTATCATCTATCAACATGaactatgtacacacacacacacacatacagtgccttgcgaaagt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU830601 False 1272 lncRNA 0.42 1 61157931 61159202
TU830602 False 492 lncRNA 0.43 1 61158711 61159202
TU830600 False 1969 lncRNA 0.36 1 61158846 61160814
TU830603 False 357 lncRNA 0.41 1 61158846 61159202
TU830597 False 1319 lncRNA 0.36 1 61159381 61160699
TU830598 False 1434 lncRNA 0.35 1 61159381 61160814
TU830599 True 1492 lncRNA 0.35 1 61159381 61160872

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110530271 LOC106569036 coding downstream 17305 61118099 ~ 61140626 (-)
LOC110530262 LOC106568824 coding downstream 530455 60600202 ~ 60627476 (-)
gtpbp4 gtpbp4 coding downstream 846331 60301157 ~ 60311600 (-)
LOC118965687 NA coding downstream 850519 60307231 ~ 60307412 (-)
LOC110530257 LOC106568828 coding downstream 859837 60275288 ~ 60298094 (-)
si:dkey-97a13.12 LOC106569040 coding upstream 24113 61184985 ~ 61189649 (-)
adhfe1 adhfe1 coding upstream 28960 61189832 ~ 61200997 (-)
LOC110530276 LOC106569041 coding upstream 60899 61221771 ~ 61233430 (-)
LOC110529124 dnajc5b coding upstream 73001 61233873 ~ 61239771 (-)
LOC110530281 bhlhe22 coding upstream 179130 61340002 ~ 61341211 (-)
G731256 LOC106569033 non-coding downstream 68271 61086151 ~ 61089660 (-)
G731232 NA non-coding downstream 103944 61053782 ~ 61053987 (-)
G731230 NA non-coding downstream 105057 61052602 ~ 61052874 (-)
G731229 NA non-coding downstream 105389 61052263 ~ 61052542 (-)
G731166 NA non-coding downstream 106170 61048867 ~ 61051761 (-)
G731292 LOC106569038 non-coding upstream 9254 61170126 ~ 61170426 (-)
G731295 NA non-coding upstream 12162 61173034 ~ 61173261 (-)
G731360 NA non-coding upstream 127440 61288312 ~ 61288553 (-)
G731344 NA non-coding upstream 134491 61295363 ~ 61297184 (-)
G731365 NA non-coding upstream 145448 61306320 ~ 61306549 (-)
LOC110530228 LOC106569007 other downstream 3294054 57858233 ~ 57864165 (-)
G726900 NA other downstream 3311242 57820047 ~ 57846689 (-)
G726885 NA other downstream 3346509 57805388 ~ 57811422 (-)
chd7 LOC106599585 other downstream 3852405 57224058 ~ 57305576 (-)
G726496 NA other downstream 4020818 57136141 ~ 57137113 (-)
G731764 NA other upstream 884163 62045035 ~ 62048119 (-)
LOC110530961 dhx9 other upstream 1019815 62165849 ~ 62185180 (-)
G735880 NA other upstream 3829429 64990301 ~ 65040241 (-)
G736216 NA other upstream 4357295 65518167 ~ 65528583 (-)
G736841 LOC106569214 other upstream 4940224 66101096 ~ 66101627 (-)

Expression


Co-expression Network