XLOC_029971


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_029971
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 19400399 ~ 19403378 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061680
GAAAAACGCGCTGAGTGGCGCGCGCTGGACATGACAGATaccacagatctgacagactCGCCTCAGGGCTGAAAATGTATGAGCACACGGTGAGTTAACGCTCTCCTGTGAAATAAACACAATAGACGGCGAATAAAGATACCAAGACATAAAAAGTATGTTTTATTATTGCGTTTTCTGTTAGTTACACAGCCTGAATAGAAATGCCGAGTGACTTAAACACACacgtttacatttaaattagaatCATTTGTTGGTGGTGATTTTACAGATATTATTTCAATTGCAGTAAAACTAGCCTCAATTCTTTCAATAGCCTAATGCAAGTTTAAAGAAAGCCAGCATCAATTATTGCAACTACCACcagaagtaaaataatatatgGTTCTTCATCATATgatcatttttgtgtttgtttttaaacataactTCAGGAAAGTTTTTGGGTTTTCAAAATATAGGTTGCAAATCCTGTGGGAAGTGATCCGGCCGGTGACGTTAATTGACTTGAACCACATGGGACACTACAGATGGTAAATCGCGAAGTCACAATGGTCACAATCAATGCGCACTTGCAACGGACAAAAAGACGCTCCTAGAGAAAAAACGCCGGGTCCTAAAGCCCGCGTGTGTCCCCTTGCTGAGAGGCTCTGCCACTGCACTGCATGCACTATTTGCAAAGTTTTGATATGGTAATAATACATAATGCTATTCTACTGGTTTGAGTTAGAATAGCAAATCCTTTAAGGTAGTTAATATTAAGGATAATATACATTTGTGTTTCATTTACTATTGTTTAGATGTCCCTTTGGACCTTCTTGTCTGGTGGACAGAAAGGCCATTTATGCAAAATTAAATTAGGGTTATGTATTACTATTCaagtatttaaatttgtttacgtATAAATATATGTAGTATTTTAAGGGATTTTGCATGtagtataaatttatatttactaaTTGGTTAATAATAAGCACGcccctcacaaatctgtcttttaaagtaatattttcaaatatataaatatatatttgtaaatatacattagatcagtcagtaaTGAAACCAAATCTGgatcttatctaacaaaataacttacgataacaatccaaaaactaatacacccaaatgtatatgttatagaaaatattaaatataaattaaaaaatagaaaaaatcaagagaagcaaaaacaattaacaatttagttgaaattttataggttgtattttgtttttgcaatattttgcttgactttaattgtattatcttttaattactaaatatgtttgatgactaaaatattattttaataaataatacatatatctgtttaataaagctgTTTTGATTAAATTCACCAGAATACATTGTCTATATTCCGCTGAGAAATTAATAAagatataatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaggcagtgatttttttttctttgtgttcgTTTTGTATCATTAGCCTAAATACGTATGATGCTTGGTCATTAAATGGTAAAACTTAAGTTAAGAACACATGCTTATGAATGTGATACCCCTTATCAATATCAAGAAGCAAAATGTACTGTTTTTATGAAGCTAATATAACTAAACATAACCAAACACCTTGcacattaaagttacaaaaatcaGTAcatactctaaaaaaaaaaaaagttattggcAAGATTTAGAGTCAATACActgccacactgtaaaacccaataagttaaggcaactaaaaccatttgaggaaaccgattgcaacaaaccatttaagttcaaaaatgaATCTATAAGAGCACTgttaacttactccatttaagtcgAAGTAATGAGATAATTACTTAGCAGGTGTACATTATTAATGCTCAATCAACACTTAATTACTTCTTTAACTCATtaacttcaacactgagttcaaaactctttagatgagtagaattaacttacaGTACATTTCGTgttaactgcactcatttcatttgatcaaTTTGactactgggttttacagtgccaTCTTCTGTAAACTTGgtgatttattttaatctaaaaaGCAGATGCTTCAATAGTTTGGTTCTGTATGTTAAAATGTTTCCTTTTTCACTGCTATAGCCTAATTTACATATACTAGTCAAATATATGCAATTTTGTGGATGCAATCTCGgtagaaaatgttatttatttttttttattataataaccaAAAACTACCACCTGCATGCATTTATCTGATGCTTGCCACCATTTGTCGGGTTTTCTTTTGACAAACAGAAGGCACAACACTTCACAGTTAATTTTGGGTTGTTttgatttttatgttgttttaacccAGTCACTTGTAGCGTGAGGTCAGTCTTCTTCTGCTTTTACCCCTGTTTGTTCTTTCTGTTTCCTAGACTAATGAGAGACATGGAATGACCTTTTGGCCGGCTGTGTCCCAGACTGAATGACACTGGACCACAGAAGAGGATGAGTCAACGGCATTGTCTTGAGAAGATCTGTCTTTGATGGGTCAGAGAGTTCATTAGGAGAGCTTAAAAAGCTTTAGTGTCCACATGGTCAACACAAGTGCCCATTGAAAAATAATTAGGCACAACACTGTTGGCTCTGCTgacaaaaacatctaaaaaaaatatttcttttgtcATACCAAATCAACAATGCTGagcttttttccttttatttttaattgttcatAATCAAACCCAAATAATTTTTTGGTTGTGCAattgatatgatcatatttgatATTCAcagttttaccatgtttttttttttgtgtgtttaacaaaCTAAAAGTTGATTTAATTGAGTAAAGtttatatttaaacattgtaAAGTAATGGTAAAACATTGTTTcccatgtaaaatatattttgatgttTACTTTGTAAAAGTCatgactgatttctttacaaaaagACATTTGCTATAGTTACCAAAAGGCcctttactttaataaaacatGGCTATGggaacaaaattaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061680 True 2980 lncRNA 0.32 1 19400399 19403378

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_029970 acacb coding upstream 16705 19337108 ~ 19383694 (+)
XLOC_029969 rusc2 coding upstream 68917 19309877 ~ 19331482 (+)
XLOC_029968 atp8b5a coding upstream 104150 19261391 ~ 19296249 (+)
XLOC_029967 unc13ba coding upstream 162699 19094153 ~ 19237700 (+)
XLOC_029966 NA coding upstream 320483 19068184 ~ 19079916 (+)
XLOC_029972 NA coding downstream 1154 19404532 ~ 19405938 (+)
XLOC_029973 myo1ha coding downstream 10460 19413838 ~ 19435983 (+)
XLOC_029974 ube3b coding downstream 44700 19448078 ~ 19472121 (+)
XLOC_029975 aldh3b2 coding downstream 74177 19477555 ~ 19488134 (+)
XLOC_029976 mvk coding downstream 90820 19494198 ~ 19509695 (+)
XLOC_029963 NA non-coding upstream 362815 18822811 ~ 19037584 (+)
XLOC_029964 NA non-coding upstream 573634 18824394 ~ 18826765 (+)
XLOC_029962 NA non-coding upstream 590186 18808714 ~ 18810213 (+)
XLOC_029961 NA non-coding upstream 597065 18802187 ~ 18803334 (+)
XLOC_029980 NA non-coding downstream 558417 19961795 ~ 19965283 (+)
XLOC_029982 BX547941.1 non-coding downstream 674316 20077694 ~ 20077810 (+)
XLOC_029992 NA non-coding downstream 1139522 20542900 ~ 20546489 (+)
XLOC_029996 BX510312.1 non-coding downstream 1271555 20674933 ~ 20675050 (+)

Expression


Co-expression Network