XLOC_032116


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032116
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 31279331 ~ 31284128 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064861
CTCCTTCTGTTCTTGAATGGGatagtgggccaaatcaaagattaccatgggccaactttggccagcggccctagtttggacatctctgctCAAAAGGAAACACAGATCCACTATTTGAATCATTCCACTAAAAACAAAGTCAGACAAACAGCACTTAAATTTTTAAGTActttcaacaaaactttttttttaaccttacAAATAgcatatacgcacacacacaaacattaatcTCATTCGGTTTCCATTTATTTGTGCAATGCACTTTATCATAAATGCATGTCACAATAATACTGATACAGCAAACAAACACAGAGCTGTATCCAAACCGTACCACTTCCTTACAGAGAACAGCGTTATTGAACACCACACATTCACTACTGTATACAGAGGTTAGCATCCGAACAATATGATATCCTAAAATCGAAGATAAACGGCTCAGTCCACAAGAAGAGGGTGGAAAAGTTTTCTTTCTTTAATCAGTTCTCACTAATTCAAGTCTTTGTGTCAAGGGAAGGAAAAGGTGGCAAACTTAAAGGAGACAAACTTAAGAGAGAAGACTGCTCTGATAACGGTTAAAGCTTTAGTATTTCAGCACATGATTCTGAAAAGAGGAAGGCAAAGCATGAATGAAATGTACAGCAAGTACTGCAAGTTACGACACAAGTGTGTTCTGGATTTACCTAATGCCATTCAAGTGCAAATATACTGTAAAGAGAAAGGGCAGATTAGTGGCTGGACACTCTAGAAACTTCCTTTGAATCTGGACCATGTGCCACTTATAGTCAAACATGCAGTACATTTATGAGAAGACAGAGATATGCTAAAAGAGCTGCATTGTACGTTGATTAAACGTTTTTATGATTTCATGTTGAAATGTTAATGGTTCACTCTGAATGATATGTTCAGTTGGTTTAAAAGACACCTGTGGCAACAAAACAACCCTTTCCTTCCATCGCATTCCTCAGTAAAAGGCTttgttagcattagcattagcattagtgAGCATGAATGCGTTCCAACGGCATGGTAggcaaaacaaagcaaatttaAGCCATCTTGATATCAGTTTAGGGCTTCAAGAAAGTAAGATGTTTGACTAGCTCTTTAGCGCACTATCAACCAGTTAGGAGATCATATTAACAAACTGTGTATTTAAAGACAACGTTTAAgggattcacccaaaaataaagatttactcaccatttactcactctcaagcagagttttatgagtttctttttactgatgacaaaaaaaaatcattttgaatgttgtaaactggtagccattgacatccatagtatgaaacaaatggaggatgagtaaatgatgactgaatttagatttttttggtgAGCTATCCATTTAACCTTCAAAATAGCTTGAAACAAGCCAGGGTAACTTTGAGGTACCAGCAAAACCACTCAGTTATTTCTTTCCTGTGGATAATAACTACACGAATAAATTTCATTTGAGTTTATATGTTGTAAACAGTATGTTATTATAGTGCAACATATACAGACAGATCAGTAGAAAACAACATAGGAGTAAACTGCAAGTAAAATCTACTGCATTTCACAGATCAAGTTTAAGGAAATCACACATTTCCTGAACAGTCTCTCGTACTTTTTGTGCTTTTGCCCCTCAGCACCACATCACTTCACCTTTGAAAGAAGATAAGTGTTAAACGATACGGTAATTTTCAGTGGTTGAATGTATTTTGTTCAGTGTTCTTTCATTTGTGCATATCTTTCTAAACCTCTAACCTATAGACTTAGAAACTAGTCGTAATTCGACAGAGACCcacttttattttcacaaatttcataattgcaaagccaacaaataaatatacaccCGACCCGTCATATGTTAATTGTGAGCAGGAGCTTTGAACGCAATCAATACAATGGAAGAAGCAGAAAAAATCCCGCACATTGCTCTAACATGCAAAAATCTTAAGGgacaattcacaaaaataaaaatgtactgttAGTTTACTCATTCTCAGGTCATCCaggattttttctttcttttttcagttgaatatTAAAGAAGATAGACTGAAACTATggttctttataaaaaaaaataataataaggcaAAATAAAGTTAATATCTGTTGTTCCAGATGATGCATCAAGGTCTTATAAAGTGAAATGTTCAGCCTGTGCAAGAAACTAAATGTTGTTTACATCTTTTAATCCAAAGGGTTAACAAATGTGTGCATTCATAATAGTCTGAAACACAAAACGTTTTTGTCAAATAATGAGTTATTATTCATTGGGTATCTCAGGGCACATTTCAGCCAAAAGTGAGCATCTAAATGCCACTTGTTATTGTATCTAAGCCTTTTGGAAGCCACTTCCACATAAGAGTGATGAAGAAAATGTATTTTCCTCATTATCTTCATTCTAATGTTTAATAACCACTTTATtatcataataaaaatacattcattcattttcttttcagcttagtccctctttattaatctggggttgccacagcggaatgaaccggcaacttatgcagcatgttttaagcagtggatgcccttaaagCTGCAAACCATCTCTAGGAAAGATGAAAATACACGTTTTCAAATTAGGTTTTAAAAATCAACATTGTTCTTTCTCTTCTTTAAAACCAGGTAAATATCTACTTTTTTAACCAATGAAGTTAAATCAAACTGCAAATGATTTGCGTTAtgtgtaatatattttttaaaatatcaaaagaATTTAGATTAATATGTTATATATACATTAACTCAAACTCTCCTGCTATATCTAGCTTCAGAATTAATTGTGATGACTCATCAATCCAGGTCTCATTACCATTAATGCTAGCTACTTCCTCAAAGAGATCATTGCACAtactatttactttaatttattattttcttcgTTTACCTCTACAAATGGAGTTCCATTTTAAAAGTGGCAATCAAATTTGCAAAACTTTTCTGAAATTTGCTTTTGAACTTAAATTAAGACCGAATGTAAACATTTTTCAGGATAAGTGCAAGTAAAATCAGTTTTGATGGACAGTATGACACACAAGTCTTCTCTGTTGTACAACTAACTAAATCAGCTCACATATGAGCCCACAGTGACACAGGCTGTACATCATTATGAGTTGGTCATTTTTGCTATAGACTGTTGCACTACAAAAATGTTTCTTAGAGTTTTGTCTtctttttagtccaaatatctacaaattgttAATAAGCATTTCCTagacaagctaaaaaaaaaaaggcttgtttttgaaaataatgtcaattaatgtcaaaattaatgtcaatttttattgtcaaataaaaattttaatgtcaaaagtttttcttaaaataagctaaataatctgataATACAGGctgcattttaaagcaaaaacaggACTAATTTACTCACCCCATTAgcagatcattttgcttgtttttaaaaaatactccGCTAGATTTTgccatattatttctaaaaacaagacagtattttttattgtctagaaaatgtctctttttagatatttggactagaaacaaaaactttaagtaggaaaagcattatttgcagtgtgtaaacttaaaatgtaaaaggtaaaAATGACCACTTCAGTTTGTAAGACCTTAATATATCATCAAAATCCATGTGGATTCATTTAGATTTGtctgtatgtgttttatttttcctctCAAAGTGCCAGTCTCCATTCATTTGTATTTTACTGGTCACAAAGaatcacagtttcagctaaacagaaaatttttatttttgggtaaactattcctttaataaatTAACACCCAAACAGGTTTGTACTGAATTGCTGCAGTATTTAATCCAGTTTGTATAGGTTGTTTTGCAGTATCCTGGAGTGTCTACACActattccatttttttttcttggaagaTGTTTCCTCAGCACTACATTAAAAACTCATCCGAAAGCTCCTCCCAGACATTGTTTGACGACTTTCGTGACTCATATTGTTCACAGAAATATGTCACAGATAAGTAACGGCAAACTCTGAACTTTGTTATGCAGGTGAGTCCtgggaaaacacaaataaagagttTCTTAAGACAAACCTGAATGCTACAGTACTTTTCCCAACAGCAGTCTTCTGGTACAGCAGATATGTTGGCCTAGGGCATGATCTAACCTGATACGTGGATGGATAGAGAGATACACACAACTATACTGTAGATGTAAGCTCTGACGTCTCTATGAAGCAGGGGTCCTGGAGGTGGGAGAGATAACAAAGGAGCATTTCAAGGACTGCTGGGTTGCGGGGTGTCTAAAGTGGGCAGGAACTGCTGACTGGTTGTGATCATTTACAGCAAGTCTTAGTACAGAGCTTTCTGTCCTTGGCTCTCAAATTCCGACCAGGCATCATTTAGTTCCATAAAAATCATCTTGGCATATTGTTCGTAGGGCTGTCCAGTAGCCTGCGGATGGGAAGAAAGAGAACACAGCAGTGTTTGTTCAGGAACACACATCACAATAGCATTTtcaacaattttaataataataatgttaataataataataataataattattattattattattattatttattgccacattagcAATTTAAGCCTATTTCATGGCAAACCCTTTATAAATAGAATGCGTTATGATAATTCTAAttacaattttcattcatttattttccttcggcttagtccctttatttatcaggagtcgccacagcagaatgaacctcca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064861 True 4747 lncRNA 0.34 2 31279331 31284128

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032115 CT574590.1 coding upstream 491287 30787928 ~ 30788044 (+)
XLOC_032114 insl5a coding upstream 571208 30703828 ~ 30708123 (+)
XLOC_032113 wdr78 coding upstream 578124 30689239 ~ 30701207 (+)
XLOC_032112 ttc22 coding upstream 603257 30668098 ~ 30676074 (+)
XLOC_032111 wwc3 coding upstream 686384 30491129 ~ 30592947 (+)
XLOC_032117 NA coding downstream 78220 31362348 ~ 31365216 (+)
XLOC_032118 dre-mir-101a coding downstream 81318 31365446 ~ 31365526 (+)
XLOC_032119 jak1 coding downstream 83943 31368071 ~ 31429161 (+)
XLOC_032120 NA coding downstream 146999 31431127 ~ 31435669 (+)
XLOC_032121 NA coding downstream 474270 31758398 ~ 31780483 (+)
XLOC_032105 NA non-coding upstream 1429070 29846487 ~ 29850261 (+)
XLOC_032104 NA non-coding upstream 1435729 29842208 ~ 29843602 (+)
XLOC_032103 NA non-coding upstream 1451109 29821617 ~ 29828222 (+)
XLOC_032099 AL954637.1 non-coding upstream 1809226 29469991 ~ 29470105 (+)
XLOC_032122 NA non-coding downstream 542207 31826335 ~ 31835954 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G450199 NA non-coding NC_048569.1 CM023223.2 86161421 ~ 86190479 (+)