XLOC_033079 (hdhd3)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033079
gene name hdhd3
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 41014791 ~ 41021880 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064280
CTTTAATTGCATGATGAAATCCTGTACGGACATATGTACTGTTGAACTCTTCAGTTCAGTCACATAAGTAGAGAGGCTGTTACCGCATAGAGCGAGCTGTCAAGATGGACGAGACTTCGGTGGCCCAGAAAAAGCTCAGCGGTAGAGAGCGAATCACGTTAAGTGGTATGTGTTACTTTTCTCAACGTTGTTAAGAACGACCCAATCACAGTCAAGCTGATTTACCGGCGTTAACCAGTCATTAGATTGATGGCGTGAACGTCTATCTCATATTGAAATCAAACCCTTttcatatttcaaaatgtttcattttattggtTTAACAATCCCTAACTccacaaaaaaaacatattgagATTTTAAAGTAGACCAATATTGAATATCATAATATTGTGAGCCACCAAGCGCCTCCTAGAGACAAGCGACTGTTAATCTTCTAGTTAGCAGTCTGTTTACCTTCGGTCTCccctgtgtttgttttttaacgcTCCGCGTGTCCTCTGCAGCAGGTCATGTATGCCTCACCTTCTATAAAAGTGTGATATTTTAGTGTGTTCGGTAATGCGGGTGCCGGTGCGGTGGGTGCTGTGGGATGTGAAGGACACCTTGCTGAAGGTGCGGCGCTCGGTTGGAGAGCAGTACTGCAGAGAAGCTCAGCAAGCAGGACTCCAGCTGTCCCCTGCTCAGGTGGAAACTGCCTTCAGACTGGCCTACAAGCAAAAATCACAGCTATTGCCAAACTATGGCCGAGCTCAGGGCATGGACAGCCAGGTCTGGTGGACTGGTCTAGTGAGGGACACTTTTGGCCAGTGTGGGGTCCATGATCCTGCTTTGCTGGACAAACTAGCCAACAATCTCTATCACAACTTTTGTGGACCAGAAAACTGGGAGGTGTTTTCAGATTCTAACAGCACCCTGAAGTCCTGCACCGCTTTGGGACTCAAGCAAGAAGACGCCAGGGTTGCTAAACCAGACCCTGCCATATTTAGCCAAGCACTGGAGCGGTGTGGAGTTCCTGCCTCCAGTGTAGTGCATGTTGGGGACCATTATGTGAAAGACTATCTGACCTCTCGCTCTTTGGGAATTCGAGGTTACCTTCTCAACAGAAAAGACGGTCAAAAGACGCACCTTGATATTCCTCCAGAGCATATACTGCAAAGCTTAGATGAACTACCGGCTCGACTGCAGCATAACACAGACTGAGTGTGTGTAATATATagtttagatttaatttaattctgtaatgtactgtcattttatttaattgttattctgCTCTTTAATTATTTGAATAACTGAGTTGTCTAATTGTTATCCACTGCtttgtttaaaagtaaatttTGATATGATGCAGCTCTCAAATTCATTAGGTATGACTGACTGACAGCTATAGTGCCACATATAAACTCActagacactttattaggtacaccttgttCATACTTGGTTGGACCCCATTCAGAACTGACTTAATTCTTAATATTGAATAGAAAGTACTGGAAGACATTAGCACATACTGACATGTTGGCATCACTCAGTTGCTGAAGATTTCTTAGCTTCACATCCATGGTGTGAATTTCCCATCCACCACATATTAAAGCTGCTTTGTTGAACTGAGATCTGGTGAATTTGGAGCCACACGAGTATGTGATACTGATGCCCTTCTACTCTCCTCTAACCTCAGGCATTAAAAAAAGTGTGCAGCTCACTGAATATAATCTCTCTCGCTATAATCTGAAAATCTCAAGAGCAACCATTTCTGAAATGCTAGTTCAATGTcacttaagggatagttcacacaaaaacaaaaattctctcatttacggcagctagctctctgcaactctcacatagtcatccactgaagccaagcagagCTGCGTCCTGTCAGTACCTGAAtagaagaccacatgggaaagctaggttgtgcCAAAAGTGGTGTTTGTGAGAGCCTGACAGCTGTGTGGGTtttaacgccccagtatattgatggggaccttatactgctcagtgaggtCGTtaaaaaattccaggatgtccttcgaaaaaaagagcaggggtttaaccccggcatcctagCCAAATTTGCGCTCTGGCATCTGTGCCTCCTAAGCATCCCcatgtcataattggcttcatcactctgtcttctctcctcatcagctggtgtgtggtgtgcaatatggctgccatcgcatcatccaggtggatgctgcacgctggtggtggatgaggagattccccccgaaaatgtgtaaagcactgaGTAtctagaaaagcactatataataaatgtaaggatttatcattattatttatgaacACTTGACTCGTTCCAAACCAGTtttagatttttgttgttgttcacttAAATGCagaagaaggtattttgaagaatgttgaaaaccagtaactattgacttccattgaattattttttcctattatggatgtcaatgtttACAGTGTTAAACCAAACAAGACTTGGAACAAGACAAagattagtaaatgatgacagaattttaagtttttgttGAACTATtcctgatgaaaaaaaaaaacagcataagctgtaaggtatgttttgatgctggtatgcTGGTTTTATTGCTGGTCTTAGTGCTGGTCTCGATGCTGATCTCAATGCTGGTTAGGACCAGCACTGAAACCAGCAAGATCAGCTCTGAAACCAGCATCGagaccagcattaaaaccagcaagaccagcataaaaacatacaaaatgctgttttttttttttcagcagggatctcTTTAAATCCCTATTCCAATGATGCGTTTTAGCAGATCTTGACCACGTCAACATACCTAAATGCAGTGAGTGCCTTGTATGCCATTGATAGTTTCACCTTTCAGGCATTACTAATGGGCtaaatgcacagctagtgtttttcagccaatgaagaacttccggtgaaagcctaatgtgaatattttaaattttcaagttcattttacagcatcaatgttgtaatgtaattcaaatataatcagttaaatagacacAAGTGTCCATTTGGTTGTTTACACGTAAAAAGAGATAGAAAAACCGTTTAAACGCAGGCGCCGTCCTTAGCTGCAGGCTAGTCCAGacactctattgaaaatactgtggtaaacttaatttccatattttaaggAGATGGCCCGGAAATAcatcatttatttcagtgtttcttgtttggtctgatacccactttgtATTGTATCTCACCTAGGCACtcgcttttttttatttctcaagttctgcaggttgcaatgtcccgGATTTTGGTTGCCGATCTTAAGCCAACTGTAATGGAGTGTTTTGGTTCAATTCAGAATTTCCCCAACTAGCGCAGAGCCCGGGGGACCAGAGTGAGTGCTCTACCTCTCACTCtgcgattttgtatgggatgacagttcaccggaagccctggggctggctgactgaaatcaAAAGTCCGTGTGCAAATACCCCACTGGGTTCGAAATGTTTTGAGTGctgaccagcagatggcgctgctGTAGATCTAATGAAGTGGACAGACTGGGGGATGTTATTAGTGCAAGATGGTGTGACAGCTGAACCATCTGGATTTGCATTGTCGGACAACATCAGCTGAAAAACAAGCACAAGCGTTTATATAATagatttctttctcttttttcacACCATTGGCACCATGAGCCACATAACAAATTCTCCAGCGATATCTAGTTCAGATAATGCCATCAAAAACAATAGAAGTAGTCTCTGTAGAGTGCTGATATCATTGTTTCAGCGCAGAAGCTGCCTGGGCTCACAGTGACGAGGGAGATCGCTTAACCCTAATACCCAAATACTCTTATTCCTCTCCATCTGCTCCAGCACAGATATCAGCTCTTGGACAATCGCTAAACTGGGCCAAAACTGACATGCCAACAAAAATAAGAATACATATCATATCGTACTCCACTGTGGAATTTGGATTATGCTCAGAAGATTATGAAACAGGGACAAACACCAGCAGGACTCTTGTTGAATGTCCTCAGGTGTTGTTCACACACACTGGAATATATCctacttttgtgtgtgtttctatatGCTCATTGCTCCGTAAGCGTGTTGTGGATCTTACGGAGTTCCCTCAGCAGAGCGCTTAAAACAAAGCTGGCTTTAGAGGCTCAGCCAGTCGGCTATGAGGGGCTGCGCTGCAATCCAATTGAAAACCCTAATGGGATTGGCAGATGCATCAACTGAGGATCGTGAAGGAGAAGAAAGGGAGAGGAGATGCAGATTAAGAACAGTTAGATGAAATATGCGAAATTATGTTGGGAAGAAAGGAATTATACTGATAATGGGCTacaaattttttaattttgtagacaaaacaatgtttttgatgggaaaattaaaaaaaatttgacgCTAACAAGCACTGATAACACCAATCACTGAATTTCCTGAAAATTAGAATGACTTTAgtggtaaataaaaataaaaaaacagcatattttatGGGGAAATTCTGTGTGAAAGGAGCTAATGTTATGATGTGAAGTGAATGTTTGTAGAATGTTCAGAATAATGCTAAAAAGAGTCATTCTGCTTTATAATTTCAATATTTCCCTTCACACAATATCTGCTGTGAAATAACTAGAGATAATTTACCAGTAAATTAAAAACCGCACTCATTACACAACAGAATTCTGACAATTATTATCTTATACAactggctggaagggcatgcgctgcacaaaacgcatgctggatgagttggtggttcattccactgtggcgacccctgattaataaaccgaaaagaaaatgaatgaatgatgtcacAACTTTCCATTCTGAAAAtcttacagtatttttaaaatggggtctgTTAACATCTATTCCCTGTAATTTATCAGTAGCTTTACATAAACGTCTGTTAAAAGGAACTAATACATTATGAAAAGAAGGGAATATATTTACACTATTAGTACATATCCGGAGTATGGTCTCAAACTGTCATATCATTGTCATTTTAATTATACTAATCTTGTCTGTGAACATTAGGCTAGTAAAAGGCTTTCTTTTTAGCATCTTTCCCTTTTAGGAATTACTAACGGTAAGAGGGGCCTAGTTAGGATTGCTGTAGccaaactgacgtcaacagagaaGGCCCGCCACACTAAATGTGGAAGgcaatggtcagactttgattacacaaactttttttttcttcagtggattaactttgAGGGAATAATTGTTCACCTAATAAACAGCTaaacaaacattgtaaattttcATTTCACATGGACGTTACTGTTCATCTCACTGCTCgcatttttcttttatattgcTATTGAGAGGAAAATGTGCAGCACATTGTTTTCATCTAAAAGTTGTTCtcag
>TCONS_00064281
ttttattggtTTAACAATCCCTAACTccacaaaaaaaacatattgagATTTTAAAGTAGACCAATATTGAATATCATAATATTGTGAGCCACCAAGCGCCTCCTAGAGACAAGCGACTGTTAATCTTCTAGTTAGCAGTCTGTTTACCTTCGGTCTCccctgtgtttgttttttaacgcTCCGCGTGTCCTCTGCAGCAGGTCATGTATGCCTCACCTTCTATAAAAGTGTGATATTTTAGTGTGTTCGGTAATGCGGGTGCCGGTGCGGTGGGTGCTGTGGGATGTGAAGGACACCTTGCTGAAGGTGCGGCGCTCGGTTGGAGAGCAGTACTGCAGAGAAGCTCAGCAAGCAGGACTCCAGCTGTCCCCTGCTCAGGTGGAAACTGCCTTCAGACTGGCCTACAAGCAAAAATCACAGCTATTGCCAAACTATGGCCGAGCTCAGGGCATGGACAGCCAGGTCTGGTGGACTGGTCTAGTGAGGGACACTTTTGGCCAGTGTGGGGTCCATGATCCTGCTTTGCTGGACAAACTAGCCAACAATCTCTATCACAACTTTTGTGGACCAGAAAACTGGGAGGTGTTTTCAGATTCTAACAGCACCCTGAAGTCCTGCACCGCTTTGGGACTCAAGCAAGGTGTTGTTTCCAACTTCGACAGGCGTTTGGAAGGGATCCTGAGGGGATGCGGTCTTCTCACTCACTTCTCATTTATTGTGACCTCAGAAGACGCCAGGGTTGCTAAACCAGACCCTGCCATATTTAGCCAAGCACTGGAGCGGTGTGGAGTTCCTGCCTCCAGTGTAGTGCATGTTGGGGACCATTATGTGAAAGACTATCTGACCTCTCGCTCTTTGGGAATTCGAGGTTACCTTCTCAACAGAAAAGACGGTCAAAAGACGCACCTTGATATTCCTCCAGAGCATATACTGCAAAGCTTAGATGAACTACCGGCTCGACTGCAGCATAACACAGACTGAGTGTGTGTAATATATagtttagatttaatttaattctgtaatgtactgtcattttatttaattgttattctgCTCTTTAATTATTTGAATAACTGAGTTGTCTAATTGTTATCCACTGCtttgtttaaaagtaaatttTGATATGATGCAGCTCTCAAATTCATTAGGTATGACTGACTGACAGCTATAGTGCCACATATAAACTCActagacactttattaggtacaccttgttCATACTTGGTTGGACCCCATTCAGAACTGACTTAATTCTTAATATTGAATAGAAAGTACTGGAAGACATTAGCACATACTGACATGTTGGCATCACTCAGTTGCTGAAGATTTCTTAGCTTCACATCCATGGTGTGAATTTCCCATCCACCACATATTAAAGCTGCTTTGTTGAACTGA

Function

symbol description
hdhd3 Predicted to enable hydrolase activity. Orthologous to human HDHD3 (haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 3).

GO:

id name namespace
GO:0005575 cellular_component cellular_component
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040724-118 Predicted to enable hydrolase activity. Orthologous to human HDHD3 (haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 3).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000053934

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064280 False 5391 mRNA 0.41 3 41014791 41021880
TCONS_00064281 True 1395 mRNA 0.44 2 41018565 41021571

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_033078 slc2a11a coding downstream 22108 40975655 ~ 40992683 (-)
XLOC_033077 NA coding downstream 46450 40963686 ~ 40968341 (-)
XLOC_033076 CR293534.1 coding downstream 68316 40946357 ~ 40946475 (-)
XLOC_033075 sirt4 coding downstream 91820 40877394 ~ 40922971 (-)
XLOC_033074 NA coding downstream 150713 40856139 ~ 40864078 (-)
XLOC_033080 trub2 coding upstream 1700 41023580 ~ 41028698 (-)
XLOC_033081 rab44 coding upstream 36063 41057943 ~ 41079209 (-)
XLOC_033082 srsf3a coding upstream 58123 41080003 ~ 41091448 (-)
XLOC_033083 slc6a22.1 coding upstream 97030 41118910 ~ 41138855 (-)
XLOC_033084 synpr coding upstream 201324 41223204 ~ 41229787 (-)
XLOC_033070 CR450814.1 non-coding downstream 195025 40795898 ~ 40819766 (-)
XLOC_033062 CR450814.2 non-coding downstream 347328 40667347 ~ 40667463 (-)
XLOC_033085 NA non-coding upstream 429790 41451670 ~ 41452888 (-)
XLOC_033102 NA non-coding upstream 2035582 43057462 ~ 43072882 (-)
XLOC_033106 BX927362.1 non-coding upstream 2325049 43346929 ~ 43349086 (-)
XLOC_033111 NA non-coding upstream 2957831 43979711 ~ 44002542 (-)
XLOC_033118 NA non-coding upstream 4902062 45923942 ~ 45929175 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000340_09985390_09986420 HDHD3 coding CI01000340 null 9985175 ~ 9986420 (-)