XLOC_036060


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036060
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 52879425 ~ 52887683 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00072307
TAAAGCTATATATAGAAGCCCAATATCATGTTAAAGCTATATATAGAAACACGATACCATGTTAAAGCTATATATATAGAAGCGCAATACCATGTTAACGCTACATATTGAAGCACAATGCCATGTTAACGCTATATAAAGAAGCACAATACCACATTCAACAGTTGACAACAGTGAAAGTAAAGGTTTTGGAAATCTTAAATGCCTTAGAGACCTGAGAAGATCATTCCACCGCTGAGGAACAGGGAAATGAAACGTTC
>TCONS_00072308
tatatataagcacaatatcatgttAACGCTATATATAGAAGCACAATATCATGCTAAAGCTTGACCAAAACACACAGATATCAAGACACATTTGATTTGGTTATGCAGCAATGAGATGACGAGACAGTTTTCACAGTTGCATAAGATTCACATTTATTTGGTTTCAAGTCCTAAAACATCCTAAACATGCTTTTATAACACATATGGGTCACATTCTTCACAGGTAGTAAAAGTCAGAGGAGCAGAAGAAGAGATTTGGCGACGTGGGTTAGGAAAAGCACCTCAGACGTCACTCCCAAAAAAATAACGGCATTTCAGGAGCGCGTCCATTCCCTGAGAAATCCCCCACAATGCACCGCTCTCGTCCGCCTCTGTTTGCTCGAGCCCCAACATTCACCAACGTTTCTCCAATTCAGAATCGAGAAGACTCTCTGGCTACGACAAACTGACAGCGATTCGATAGTCAGCCAATCAGCATACCCGTAACGATCAAGAGAaagaaatctgattggctgaaaaaaGTGTCAAAGCATTAACATCATTACAatgacaacaaaaaacaacatgtaaacagctgagaaataataacaataataaaaaaagtcaatacaTTCTTCATGAAAACAATCCACAAACAGTGTTTATAACTAGGATTATAATACTGCCGTCATAATTGCACTGAGAAACGGTCTTCATTGAAGAGTGACGTAAACACGCAGCATCTGATGAGTTCACACTGTTATATAGCGCAGAAATGACTGAGAAAATAAACAGGTGGGAAACTTCCGGAGACAAAGAAACAGGCTCACTGGTGCtttgaaactaataaataatactaaatactTTGCCTTTGATGAAAGCAAGCATCGTGGTGACGCACAATAGAGGTAGTTTCAATGTACAAGTGacaaaaatgttcaaataaaacaacaacaacaaaacaaagacTTAAACGCAGAGTGTGGCTACTTCAAGAGGTCTTGCTTTTagtataaatatctaaaatgtcttaaatcaagaagctttttcgagacaatttaaaatattgtggTGTTTTTCGaagtaatatgtcaaaattattgATGCTTTAGAGACTTGGGAAGATCATTTCACCGCTGAGGAACAGAGACACGAAACGTTCTGGAAATAACCCTTCATCAAAATATGAGCTTTTAGATAGCATGTTAAAGCTATACAAAAGCACAATACCATGTTAAAGCTATATAGAAGCACAATGCCATGTTAAAGCTATATATAGAAGCACAATATCATGTTAAAGCTATATATAGAAGGACAATACCACATTCAACAGTTGACAACAGTGAAAGTAAAGGTTTCGGAAATCTTAAATGCTTTAGAgacttgaaaaaaataattccACCGCTGAGGAACAGAGAAACGAAACGTTCTGGAAATAAACTTTTATCAAAATATGAGCATTTTGATAGCATGTTAAAGCTATATAGAAGCACAATACCATGTTAAAGCTATATATAGAAGCCCAATATCATGTTAAAGCTATATATAGAAACACGATACCATGTTAAAGCTATATATATAGAAGCGCAATACCATGTTAACGCTACATATTGAAGCACAATGCCATGTTAACGCTATATAAAGAAGCACAATACCACATTCAACAGTTGACAACAGTGAAAGTAAAGGTTTTGGAAATCTTAAATGCCTTAGAGACCTGAGAAGATCATTCCACCGCTGAGGAACAGGGAAATGAAACGTTCTGGAAATAAACATTCATCAAATTATGAGCTTTTAGATAGCATGTTAAAGCTATATATAGAAGCAAAATACAGGAAACagggaaatatataaaattatcatcaaaatgaagtaagtttttattaaaaacaagcatatAATCTGGCAATGAGGTGATAAATATATTAGGGCGTCTGACAGAAGAAAAATCAATTAAGTAAAACAATTAATGATTAACTGAAATTATTGAAAGCTTTAAAGTAATatggtttatttatatttaattatttatcattatctTATGTCTCTAAGCTGTAATTTACGAGATATTATATGATACCGTTTATCATAATAagctaagcaaaataatctgaagTCAAAATTAAACGCAAGATTATTTCTCTTACCCcgactggcagattatttagcttgttttaaggaaaaactcacttcattttggctcATTATTTCCGAAAACAAAATAGTTTACGCTTGTgtggaaaatgcttcttgttttaagaacttttagatactTAAGACATTTTGTGCAGTGTTTTCCTGCTGAAATATGAGCTGAAAGTCCATTGAGGAAGTCTGAGGATGTTCTAGACGTCTCTGACGCAGACAACGACTTGAAAATGCGTATTATTGCTGTCAACGTCGATGTGTTGTGTAGTTTTTACCTGTAACAAACAATGTCGCTATCAGGAGTTTAGTCTGACGTTTAAGCAAGCTCACACTCCAAAACCACAGAGAAGCCTCAAACACTGCAAAACAGCTTTGATTACCGAGagcttttgtctcgtttctacTCCAATTATGTAaggattcttaaatcaagaagcattttctattgGAGTATAAACTATTGTGGTGTTTTCAGACATAATGAGTCTAAATTAAGTGAGTTTGtctttaaaaacaagcaaaataatctcccAACGAGGTGATAAATATATTAGAGATTTCCATTAGGGCGTCTGACAGAAGAAAAATCAGTGAAGTAAAATGGTTCACAATTAATTGCAATGATTGaaagctttaaaataatataatttatgtatattttatttatttatcataaaaaaaaaaaataaaaaataaaaaaaaaaatatatatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatattatttatttattttttttgacctattatttctaaaataaaacacaatggtTTGTGCTTGTGTGAAAAATGCTTCCTGGTTTAAGAAGTTTTAGATATTTGAGACATTTTACATTTTGTGCAGTGTTTTCCTGCTGAAATATGAGCTGAAAATCCATTGAGGAAGGCTGAGGCTGTGCTAGATGTCTCTGACGTAAATGACGTCAcccttgtttcaaaccagtttgagttttttcttgtgttgaacacaaaagaagatattttgaaaaattttgaagcctgtaaccattgactttcatttgtttttcctactgtggaagtgaatggttacaggtttccagcattcttcaagatatcttcttttgtgctaaaagtgagtaaattatcatttttaggtgaactatccctttaaatgacgTCTTTTTTAACCCAACGTTTTGGTTGGTcattatttaacccaatgttagATTAAGACAACCCAGCATTTAAAGTATaggaacatttaaaataatctttcaccacaaaaattttaattagtttatttactcaccattgtttgagttgaacacaaaaggagatattttgaaaaatgttaaagcctgtaaccattgacgtc
>TCONS_00072309
TTTCACAGTTGCATAAGATTCACATTTATTTGGTTTCAAGTCCTAAAACATCCTAAACATGCTTTTATAACACATATGGGTCACATTCTTCACAGGTAGTAAAAGTCAGAGGAGCAGAAGAAGAGATTTGGCGACGTGGGTTAGGAAAAGCACCTCAGACGTCACTCCCAAAAAAATAACGGCATTTCAGGAGCGCGTCCATTCCCTGAGAAATCCCCCACAATGCACCGCTCTCGTCCGCCTCTGTTTGCTCGAGCCCCAACATTCACCAACGTTTCTCCAATTCAGAATCGAGAAGACTCTCTGGCTACGACAAACTGACAGCGATTCGATAGTCAGCCAATCAGCATACCCGTAACGATCAAGAGAaagaaatctgattggctgaaaaaaGTGTCAAAGCATTAACATCATTACAatgacaacaaaaaacaacatgtaaacagctgagaaataataacaataataaaaaaagtcaatacaTTCTTCATGAAAACAATCCACAAACAGTGTTTATAACTAGGATTATAATACTGCCGTCATAATTGCACTGAGAAACGGTCTTCATTGAAGAGTGACGTAAACACGCAGCATCTGATGAGTTCACACTGTTATATAGCGCAGAAATGACTGAGAAAATAAACAGGTGGGAAACTTCCGGAGACAAAGAAACAGGCTCACTGGTGCtttgaaactaataaataatactaaatactTTGCCTTTGATGAAAGCAAGCATCGTGGTGACGCACAATAGAGGTAGTTTCAATGTACAAGTGacaaaaatgttcaaataaaacaacaacaacaaaacaaagacTTAAACGCAGAGTGTGGCTACTTCAAGAGGTCTTGCTTTTagtataaatatctaaaatgtcttaaatcaagaagctttttcgagacaatttaaaatattgtggTGTTTTTCGaagtaatatgtcaaaattattgATGCTTTAGAGACTTGGGAAGATCATTTCACCGCTGAGGAACAGAGACACGAAACGTTCTGGAAATAACCCTTCATCAAAATATGAGCTTTTAGATAGCATGTTAAAGCTATACAAAAGCACAATACCATGTTAAAGCTATATAGAAGCACAATGCCATGTTAAAGCTATATATAGAAGCACAATATCATGTTAAAGCTATATATAGAAGGACAATACCACATTCAACAGTTGACAACAGTGAAAGTAAAGGTTTTGGAAATCTTAAATGCCTTAGAGACCTGAGAAGATCATTCCACCGCTGAGGAACAGGGAAATGAAACGTTCTGGAAATAAACATTCATCAAATTATGAGCTTTTAGATAGCATGTTAAAGCTATATATAGAAGCAAAATACAGGAAACagggaaatatataaaattatcatcaaaatgaagtaagtttttattaaaaacaagcatatAATCTGGCAATGAGGTGATAAATATATTAGGGCGTCTGACAGAAGAAAAATCAATTAAGTAAAACAATTAATGATTAACTGAAATTATTGAAAGCTTTAAAGTAATatggtttatttatatttaattatttatcattatctTATGTCTCTAAGCTGTAATTTACGAGATATTATATGATACCGTTTATCATAATAagctaagcaaaataatctgaagTCAAAATTAAACGCAAGATTATTTCTCTTACCCcgactggcagattatttagcttgttttaaggaaaaactcacttcattttggctcATTATTTCCGAAAACAAAATAGTTTACGCTTGTgtggaaaatgcttcttgttttaagaacttttagatactTAAGACATTTTGTGCAGTGTTTTCCTGCTGAAATATGAGCTGAAAGTCCATTGAGGAAGTCTGAGGATGTTCTAGACGTCTCTGACGCAGACAACGACTTGAAAATGCGTATTATTGCTGTCAACGTCGATGTGTTGTGTAGTTTTTACCTGTAACAAACAATGTCGCTATCAGGAGTTTAGTCTGACGTTTAAGCAAGCTCACACTCCAAAACCACAGAGAAGCCTCAAACACTGCAAAACAGCTTTGATTACCGAGagcttttgtctcgtttctacTCCAATTATGTAaggattcttaaatcaagaagcattttctattgGAGTATAAACTATTGTGGTGTTTTCAGACATAATGAGTCTAAATTAAGTGAGTTTGtctttaaaaacaagcaaaataatctcccAACGAGGTGATAAATATATTAGAGATTTCCATTAGGGCGTCTGACAGAAGAAAAATCAGTGAAGTAAAATGGTTCACAATTAATTGCAATGATTGaaagctttaaaataatataatttatgtatattttatttatttatcataaaaaaaaaaaataaaaaataaaaaaaaaaatatatatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatattatttatttattttttttgacctattatttctaaaataaaacacaatggtTTGTGCTTGTGTGAAAAATGCTTCCTGGTTTAAGAAGTTTTAGATATTTGAGACATTTTACATTTTGTGCAGTGTTTTCCTGCTGAAATATGAGCTGAAAATCCATTGAGGAAGGCTGAGGCTGTGCTAGATGTCTCTGACGTAAATGACGTCAcccttgtttcaaaccagtttgagttttttcttgtgttgaacacaaaagaagatattttgaaaaattttgaagcctgtaaccattgactttcatttgtttttcctactgtggaagtgaatggttacaggtttccagcattcttcaagatatcttcttttgtgctaaaagtgagtaaattatcatttttaggtgaactatccctttaaatgacgTCTTTTTTAACCCAACGTTTTGGTTGGTcattatttaacccaatgttagATTAAGACAACCCAGCATTTAAAGTATaggaacatttaaaataatctttcaccacaaaaattttaattagtttatttactcaccattgtttgagttgaacacaaaaggagatattttgaaaaatgttaaagcctgtaaccattgacgtc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00072307 False 260 lncRNA 0.35 2 52879425 52881692
TCONS_00072308 False 3519 lncRNA 0.33 2 52879951 52887683
TCONS_00072309 True 3057 lncRNA 0.33 3 52880079 52887683

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036059 adgrd2 coding upstream 53244 52788997 ~ 52826181 (+)
XLOC_036058 NA coding upstream 98788 52767455 ~ 52780637 (+)
XLOC_036057 bcl2l16 coding upstream 163109 52701811 ~ 52716316 (+)
XLOC_036056 NA coding upstream 226976 52651151 ~ 52652449 (+)
XLOC_036055 si:dkey-90l8.3 coding upstream 231635 52637507 ~ 52647790 (+)
XLOC_036061 NA coding downstream 109857 52997540 ~ 53028669 (+)
XLOC_036062 NA coding downstream 129394 53017077 ~ 53017557 (+)
XLOC_036063 NA coding downstream 130493 53018176 ~ 53019480 (+)
XLOC_036064 dre-mir-181a-2 coding downstream 135856 53023539 ~ 53023617 (+)
XLOC_036065 dre-mir-181b-2 coding downstream 135996 53023679 ~ 53023764 (+)
XLOC_036053 NA non-coding upstream 275359 52597388 ~ 52604066 (+)
XLOC_036043 FQ790367.1 non-coding upstream 716461 52161861 ~ 52162964 (+)
XLOC_036041 NA non-coding upstream 1100834 51775422 ~ 51778591 (+)

Expression


Co-expression Network