LOC120558858 (LOC103370645,LOC100704217,LOC102196282,LOC102305949,LOC101463755,LOC102780123)


Basic Information

Item Value
gene id LOC120558858
gene name LOC103370645,LOC100704217,LOC102196282,LOC102305949,LOC101463755,LOC102780123
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053116.1
NCBI id CM020913.1
chromosome length 44101041
location 9379000 ~ 9408403 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU64646
AGTGGATCTTATTTTGGGTTAATTCTTTTATACGGtttaatttttatatatttgaaggggaattcaaaaagttcaacGGGAAAAAGTATTTCAACAGTTTctttaactgtttcactgttgttgttttttaagttcagaaatgcaacatctttccaaaagtcaactaGTAATTAAAATAATCGGGACTTCAGTATTGACCAAAATGACTgggattatgattttttttcttcagaatcGAGCAGCCCTGTTATAAATGACTCTTCTTTTCTCACTGCACACAGACCGCTCTGCACTGGGCTGCCAAACATGGCAACAAGGACATGGCCTCTCTGGTGGCTAACGCAGGCGCTGATGTCAACACCAAATCACATGTGAGTACCCAGGTGTTCATCAGGAGGTGACGGGCACGTACAGTAGGTTGTTTGATTTGAACTTGTAACAACAGGACAACAACACGGCTGCTGGTTTCTTCTTCTGCGCCCCTCAGTGATGTAATGCTGAGGACAATGGTCCAGCTGTGCCAATGTATCACAGCAGCACGTGTTGCGGGCCTGCAGAAGTACTCCGCTAATAAATCATGTCATGTCACGTTAATTGTTTCCCAAAACGGTGTGTCTATGTGCCAGCATGCACAACTCTAGAACTAAGCAATTTTCAGCGAATTACCAGGCAAttatgtttgtatcattatCTTATGTTTCCATAACCTTTGctaatttgtgtattttttttccttccacgCTGTTTTCATTGGCTGCGTTTGGGCCTGGGAAACTCTAGGGGGGATACACACCTTTACACATTGCAGCGTTACATGGTCATCGGCATATTCTAGACCTGCTCCTAGTGACATATGGGGCCAAAGACAATTTAAGGGACTACAGCGGCCATCTTGCCTGCCATTATCTGAACATCAAAGAACCGGAGGGTCCAGAGGAAGACAGCGAGCTGCATTTTCAAGTCACTCAGGCCAGAGAACGGAACAGGAACAGAAAGTTGGTATCGCTCTTTCACTCCAAGAAGAAGTGGGGCTCAGCAGAGGAGCTGGCGCCgatagaggaggagaggacGGCGTCACATCAGCTCATCCTTCCTGCATTCAGGCCCAGAAAATTCTCCcgctgagaaaaaaaattaaaataaacagacACGGGGAACGATTTCTGCTCTcctacactcacacatacacttaATCCTTACATGCATATATAGTTACACACATGATGTAAACCTACATGTATGGAAGTGTTAATGTGCATACTTGTTATGTACACAAACATAGACACCGCTTACAGAcacaatcccccccccccacccgttTGCCGATGCACCTACACAGCTCATCCCAGTACTGAACACTGATGCTTATGTGTATTATCAATATTTATACTGACCATAAAGTATTTCTTGAAGCCTTTTTTGAAATGAATGTTGCTATATGTCACTAATGCCTTAATAAGCTCGAGTCACGTGGATTCTTTAAGCTTGTCATCGCCTTTTGAGTTAAaatgaacaacaacaacaggactGCAAAAGTGTCTCAGTGTAAAGAATATGGTTTGAGATATTCTGCTTTAAAAGAAGCAGACTTATcctttaaaaaaggagcacactGGTGGTTTGTATGTTTTGGCCTATTAAAAATCAGTTGTACTATCATTTGTACTTAATGCTGAACATTTTCCAAAACATACCACAAGTTGTTTGACTGACTTTTGACCTTTCACACAGCTGTTGATTTAGATCTGTCAGTATGGCATTATAACACAATTGCAGAGACACTATTAAGTAATCCAttatgtgggaaaaaaaattacTGAATTCATTATTCTAAAATCACAATTACTCTGTCAACTAAGGCACTGTATGAAAGTTAGTAATGTAGGGAGGGGGGTGAACCTTCCTGTTTAAACAAAGACCCTTCAGTGTTTTTAATAACTTATTtggatttagaaagaaaaaaaaaaaaaactgcacagcCCCTTCCCTACAATATCTTAAAATATTACATCATTGATACAACTCAATTCACcattaataacaaaaaatgacaaaaagaatTTAACATGGTGGACCACAACCTTTCCATTTAACCTTAATATGTTAATGGCATAATCATTTATTAATTTTCACTATTTTTGCATTTGATCCTTTTGATTTACAATTAATCTGCAAGgggaattttaaataaaatataaatcttTGGTGAGGACAACATTAAAGCTCCTCCCCTGCTCTCCCAATGCACCTCCCACCAGCaattaggagaaaaaaaaatacataacccTCCTCCTTTCCTGACCCACCTCTTCTCCATCTTTTTGCATAGTCCTGAATGGCAATGAAAGTCTTGTTGACAGCCGAGATTGTGATGCAACAAAACCATTGCGTTGGCAGAAAAGTTGTAATTCTCCAATATTAGATAATGTCCATGAATTCATAGAGCTGGCAATCTTCCTCTACCATTCAAATCaaacagagaactctgtaatgaatCTTTTATCAACTCCTACATTAGGCCAATATGGTGGGATCAGGGGAGAACTTGCTCGCGGCACGCGTGTTCTGTGTTAATTGGCTTCAAACATTCAAACCCATCAGCGTGTTACTTTATCTGAGCCAATGAGACATTCCATTTGGTTTGAGTTTTCATCGCTACCTCCACCGCTAATACAGCTCACGGTTTGGATTCAATGCCAGTTGGAAGGGGTTGTCACTCAGCCACCTTCGGTATAGACTCTAAATGTCTGTCGTATAATGGCTGATTTTCGGTCGCGTTGCAGTTTGTCTGTGCTTGCCAGTTGTTGGCACGACGTTTGCCACAATATCCGACTCATAATCTGGTAAACTTGTGTCAAAGTAGCGATTGTCGACGGATTGTCCTTTAAATTCTTTTTAATTTAAGTTCTGAAGTGCTAGGTTAACGTTTGAAAAAGACATTTGCACTACTACATTTACGTTGTCCATCGGTCTTTTGGATTGCTTCAGACATCACTTTCATTTGTTGGAAAAGATGTTCTTTGTAACCATTGGTTTGTAAGTTCGTCCCATTTGTTGAAGTTAACGCTCAAGCTAATTGTATAATCTCAAAGTGAAAAACTTGCCTCCGTTACTGTTGc
>TU64652
ATTGCTCTCATTTTCACACTCCATGCCCTCAGTTTGTATCACAGACTTAAGTTCAAATATTTGAGAACAGTAGTACTTGCCATGCTGAGTAAACTTTGTGTGGTAGTGCCCTTTTAATTCTTTGACACACTGATCACTGATTTATTCGTGGTATTCTTCTTTCTTGCAGCATGTGAGTACCCAGGTGTTCATCAGGAGGTGACGGGCACGTACAGTAGGTTGTTTGATTTGAACTTGTAACAACAGGACAACAACACGGCTGCTGGTTTCTTCTTCTGCGCCCCTCAGTGATGTAATGCTGAGGACAATGGTCCAGCTGTGCCAATGTATCACAGCAGCACGTGTTGCGGGCCTGCAGAAGTACTCCGCTAATAAATCATGTCATGTCACGTTAATTGTTTCCCAAAACGGTGTGTCTATGTGCCAGCATGCACAACTCTAGAACTAAGCAATTTTCAGCGAATTACCAGGCAAttatgtttgtatcattatCTTATGTTTCCATAACCTTTGctaatttgtgtattttttttccttccacgCTGTTTTCATTGGCTGCGTTTGGGCCTGGGAAACTCTAGGGGGGATACACACCTTTACACATTGCAGCGTTACATGGTCATCGGCATATTCTAGACCTGCTCCTAGTGACATATGGGGCCAAAGACAATTTAAGGGACTACAGCGGCCATCTTGCCTGCCATTATCTGAACATCAAAGAACCGGAGGGTCCAGAGGAAGACAGCGAGCTGCATTTTCAAGTCACTCAGGCCAGAGAACGGAACAGGAACAGAAAGTTGGTATCGCTCTTTCACTCCAAGAAGAAGTGGGGCTCAGCAGAGGAGCTGGCGCCgatagaggaggagaggacGGCGTCACATCAGCTCATCCTTCCTGCATTCAGGCCCAGAAAATTCTCCcgctgagaaaaaaaattaaaataaacagacACGGGGAACGATTTCTGCTCTcctacactcacacatacacttaATCCTTACATGCATATATAGTTACACACATGATGTAAACCTACATGTATGGAAGTGTTAATGTGCATACTTGTTATGTACACAAACATAGACACCGCTTACAGAcacaatcccccccccccacccgttTGCCGATGCACCTACACAGCTCATCCCAGTACTGAACACTGATGCTTATGTGTATTATCAATATTTATACTGACCATAAAGTATTTCTTGAAGCCTTTTTTGAAATGAATGTTGCTATATGTCACTAATGCCTTAATAAGCTCGAGTCACGTGGATTCTTTAAGCTTGTCATCGCCTTTTGAGTTAAaatgaacaacaacaacaggactGCAAAAGTGTCTCAGTGTAAAGAATATGGTTTGAGATATTCTGCTTTAAAAGAAGCAGACTTATcctttaaaaaaggagcacactGGTGGTTTGTATGTTTTGGCCTATTAAAAATCAGTTGTACTATCATTTGTACTTAATGCTGAACATTTTCCAAAACATACCACAAGTTGTTTGACTGACTTTTGACCTTTCACACAGCTGTTGATTTAGATCTGTCAGTATGGCATTATAACACAATTGCAGAGACACTATTAAGTAATCCAttatgtgggaaaaaaaattacTGAATTCATTATTCTAAAATCACAATTACTCTGTCAACTAAGGCACTGTATGAAAGTTAGTAATGTAGGGAGGGGGGTGAACCTTCCTGTTTAAACAAAGACCCTTCAGTGTTTTTAATAACTTATTtggatttagaaagaaaaaaaaaaaaaactgcacagcCCCTTCCCTACAATATCTTAAAATATTACATCATTGATACAACTCAATTCACcattaataacaaaaaatgacaaaaagaatTTAACATGGTGGACCACAACCTTTCCATTTAACCTTAATATGTTAATGGCATAATCATTTATTAATTTTCACTATTTTTGCATTTGATCCTTTTGATTTACAATTAATCTGCAAGgggaattttaaataaaatataaatcttTGGTGAGGACAACATTAAAGCTCCTCCCCTGCTCTCCCAATGCACCTCCCACCAGCaattaggagaaaaaaaaatacataacccTCCTCCTTTCCTGACCCACCTCTTCTCCATCTTTTTGCATAGTCCTGAATGGCAATGAAAGTCTTGTTGACAGCCGAGATTGTGATGCAACAAAACCATTGCGTTGGCAGAAAAGTTGTAATTCTCCAATATTAGATAATGTCCATGAATTCATAGAGCTGGCAATCTTCCTCTACCATTCAAATCaaacagagaactctgtaatgaatCTTTTATCAACTCCTACATTAGGCCAATATGGTGGGATCAGGGGAGAACTTGCTCGCGGCACGCGTGTTCTGTGTTAATTGGCTTCAAACATTCAAACCCATCAGCGTGTTACTTTATCTGAGCCAATGAGACATTCCATTTGGTTTGAGTTTTCATCGCTACCTCCACCGCTAATACAGCTCACGGTTTGGATTCAATGCCAGTTGGAAGGGGTTGTCACTCAGCCACCTTCGGTATAGACTCTAAATGTCTGTCGTATAATGGCTGATTTTCGGTCGCGTTGCAGTTTGTCTGTGCTTGCCAGTTGTTGGCACGACGTTTGCCACAATATCCGACTCATAATCTGGTAAACTTGTGTCAAAGTAGCGATTGTCGACGGATTGTCCTTTAAATTCTTTTTAATTTAAGTTCTGAAGTGCTAGGTTAACGTTTGAAAAAGACATTTGCACTACTACATTTACGTTGTCCATCGGTCTTTTGGATTGCTTCAGACATCACTTTCATTTGTTGGAAAAGATGTTCTTTGTAACCATTGGTTTGTAAGTTCGTCCCATTTGTTGAAGTTAACGCTCAAGCTAATTGTATAATCTCAAAGTGAAAAACTTGCCTCCGTTACTGTTGc
>XM_039800159.1
cagcagcagcagcggtccTCTCGTCTGGGTGGAGTGAAGTTTAGATATGAACTTACTACAGCAAATTAGCCAAGAGGACTGAATTATGGCTGGGGCGAGAATACCAAGAGAATAGCAAACATCTTCAAAACTGAATCCCGGTCGCTACAAAGACGTGATAAACACTGAGCGGAGATGGGTGATGTGAGCGAAGAGTCGCTGCTGGATTATTTCTACTCCACGGGAGGCAGCTCAGGCAGAGTCAAAAATGCAGATTTACTGAAGACATTTAAGCCCTTTATTGGCCACAGTGACTTGCAGTTCCGTGCTAAATACAGAGAGGAATTCAAGCTCATCATTGACCGAATCGCTGTGGTGAAGTCAGAGAATGGTGAGAAGTATCTTGTCCTAAAGAAGAAATACAGACAAATGCTGCATGAACGAGACACCAAACATCACGGGACCGACGCTGATGGACAGAGCGGTTCGAGCCCGGCCAGAGCTCCGGCCACTGTACAGTGGGACGCGACGGACGCCTCGGCTTCTTCTCATCCACAACAGGATGAGCAGATGTCATGTGGAGGGCCCGACGGTGCTGCAGAGGACCAGCAGACAGGAACAGCCTTCATGCAGCCCACTCTACTGCAACTTCCCGTCATCCTAACCCAGGGACCCTCGGCACAAAGTAACGGGGACGATGAGCTGGACAAAGATTCGGGGTCAAAGtCCGAGTCAGAGCAAGATGAGGAGTCTACGGGCAGTATGGGCTCCGCTGCCGTCGCTCTGGATCCTATAGAGAAAGAGTGGATCTACTCGGCTGCAGGTGCTCGAGTCCCTGACCTCTCCCAGCTGCTCAGACAGGACCCCTCGCTGGCAAACAAGAAGGACTTCACCTCGGGGTTTACCGCTCTGCACTGGGCTGCCAAACATGGCAACAAGGACATGGCCTCTCTGGTGGCTAACGCAGGCGCTGATGTCAACACCAAATCACATGGGGGATACACACCTTTACACATTGCAGCGTTACATGGTCATCGGCATATTCTAGACCTGCTCCTAGTGACATATGGGGCCAAAGACAATTTAAGGGACTACAGCGGCCATCTTGCCTGCCATTATCTGAACATCAAAGAACCGGAGGGTCCAGAGGAAGACAGCGAGCTGCATTTTCAAGTCACTCAGGCCAGAGAACGGAACAGGAACAGAAAGTTGGTATCGCTCTTTCACTCCAAGAAGAAGTGGGGCTCAGCAGAGGAGCTGGCGCCgatagaggaggagaggacGGCGTCACATCAGCTCATCCTTCCTGCATTCAGGCCCAGAAAATTCTCCcgctgagaaaaaaaattaaaataaacagacACGGGGAACGATTTCTGCTCTcctacactcacacatacacttaATCCTTACATGCATATATAGTTACACACATGATGTAAACCTACATGTATGGAAGTGTTAATGTGCATACTTGTTATGTACACAAACATAGACACCGCTTACAGAcacaatcccccccccccacccgttTGCCGATGCACCTACACAGCTCATCCCAGTACTGAACACTGATGCTTATGTGTATTATCAATATTTATACTGACCATAAAGTATTTCTTGAAGCCTTTTTTGAAATGAATGTTGCTATATGTCACTAATGCCTTAATAAGCTCGAGTCACGTGGATTCTTTAAGCTTGTCATCGCCTTTTGAGTTAAaatgaacaacaacaacaggactGCAAAAGTGTCTCAGTGTAAAGAATATGGTTTGAGATATTCTGCTTTAAAAGAAGCAGACTTATcctttaaaaaaggagcacactGGTGGTTTGTATGTTTTGGCCTATTAAAAATCAGTTGTACTATCATTTGTACTTAATGCTGAACATTTTCCAAAACATACCACAAGTTGTTTGACTGACTTTTGACCTTTCACACAGCTGTTGATTTAGATCTGTCAGTATGGCATTATAACACAATTGCAGAGACACTATTAAGTAATCCAttatgtgggaaaaaaaattacTGAATTCATTATTCTAAAATCACAATTACTCTGTCAACTAAGGCACTGTATGAAAGTTAGTAATGTAGGGAGGGGGGTGAACCTTCCTGTTTAAACAAAGACCCTTCAGTGTTTTTAATAACTTATTtggatttagaaagaaaaaaaaaaaaaa

Function

NR:

description
PREDICTED: ankyrin repeat domain-containing protein SOWAHC-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU64646 True 3119 lncRNA 0.40 5 9379000 9386915
TU64652 False 2920 lncRNA 0.40 4 9379000 9385221
XM_039800159.1 False 2163 mRNA 0.46 14 9380148 9408403

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
irx7 LOC103370648 coding downstream 7370 9369961 ~ 9371630 (-)
LOC120559472 LOC104950550,LOC105926880,LOC102779557,LOC106567326,LOC106567306 coding downstream 24370 9312886 ~ 9354630 (-)
cbln4 cbln4,LOC102783801 coding downstream 86862 9287548 ~ 9292138 (-)
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znf217 NA coding downstream 203786 9168882 ~ 9175214 (-)
nol9 nol9 coding upstream 113692 9522095 ~ 9535683 (-)
klhl21 klhl21 coding upstream 140267 9548670 ~ 9685634 (-)
LOC120558654 LOC103359731 coding upstream 378962 9787365 ~ 9881696 (-)
LOC120558325 NA coding upstream 482152 9890555 ~ 9901658 (-)
ints11 cpsf3l coding upstream 495905 9904308 ~ 9916135 (-)
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G48306 NA non-coding downstream 96478 9282296 ~ 9282522 (-)
G48285 NA non-coding downstream 166175 9210924 ~ 9212825 (-)
G48255 NA non-coding downstream 290257 9077075 ~ 9088743 (-)
LOC120558360 NA non-coding downstream 632488 8743335 ~ 8746512 (-)
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G48436 NA non-coding upstream 352487 9760890 ~ 9762449 (-)
LOC120558310 NA non-coding upstream 355665 9764068 ~ 9766189 (-)
G48479 NA non-coding upstream 484565 9892968 ~ 9893826 (-)
G48477 cptp non-coding upstream 508175 9916578 ~ 9918879 (-)
LOC120559289 LOC106911506,LOC106515592 other downstream 673517 8702965 ~ 8705483 (-)
ada ada other downstream 969266 8381117 ~ 8409734 (-)
G47934 LOC103363443,LOC106920718,LOC105016959,LOC102211704,LOC108251018 other downstream 1191449 7771936 ~ 8187551 (-)
G47937 gpr182,LOC103467901,LOC103130457,LOC106963994 other downstream 1492150 7815151 ~ 7886850 (-)
G47814 NA other downstream 1880198 7485427 ~ 7498802 (-)
plekhg5b plekhg5 other upstream 18803 9427206 ~ 9519455 (-)
olfml3a LOC103359736,LOC104967461,LOC102308353,LOC101465779,LOC102785892 other upstream 281326 9689729 ~ 9724134 (-)
c1qtnf12 fam132a other upstream 319471 9727874 ~ 9753686 (-)
hipk1a LOC103359735 other upstream 357908 9766311 ~ 9785241 (-)
G48523 NA other upstream 616591 10024994 ~ 10025825 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) LOC110492063 LOC106567124 misc NC_048580.1 CM023234.2 43217803 ~ 43243705 (-)