LOC120558437


Basic Information

Item Value
gene id LOC120558437
gene name NA
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053116.1
NCBI id CM020913.1
chromosome length 44101041
location 13308360 ~ 13312729 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU66052
cacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaTCACAACTACAAGTCCACCTACTACAACTACCCCTACCACAACTACCACAACTCCCCCTACCACAACTGCAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccacctACCACAACTACCACAACTCCACCTACTACAACTCTCCCTAATACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacgTACTACGACTACAACTCCCCTTACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTCcctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccttACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTccctaccacaactacaactccccctagCACAACTCCAGGTTCTGGAAACCCTTGCATAGGAAAGGATATTGGGTACTTCACCAACCCTGCAGACCCAAAAAGTTTTTACCAATGTGTTAATGGTGGATTCTTCATTGTAAGCTGCTCAGTAGGTTTGGTCTTTGACCAAAGCTGCAACTGCTGTAACTTCCCAAGTAAATAAAGAGTTGCACATGTATAATTTCACTATCCATGATAATATTTATTCTTATTAAGAAATGGTTGGCTACATAGAAGTCACATATAGTCTATATACTTTCATCAATTTGTAACTTTGTGTACAAAGTGTTAGTGGCAATGTCCTCCTATCCATGGCtgttaaaaaacaatattatttaatttacacatatacataatacaaacacaaacaacttgtactgtatatattcaaTTGTTTTCCTGTTGCTGTCTGTTAATTGTAGGTGTATCTACACCTACACTAGTTGGGTGtgtatgttcttttttttttttttacttgcc
>TU66059
acaactacaactccacctACTACAACCACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccacctaccacaactacaactccccctaccacaactacaactccacttactacaactacaactccccctatCACAACTACAAGTCCACCTACTACAACTCTccctaccacaactacaactTCCCCTACCACAACCACAATAGCTCCCCCtaccacaaccacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctacCACATCTACCACAACTACCACAACTCCCcctactacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctacCACAACTCTCCCTACCATAACCACAACTCCTATCACAACTACAACGCCACCTACTACAACTACCCCTACCACAACTACTACAACTCCCCCTACCACAACTCCCCTACCACACTTACCACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacccccaccacaactacaactccacctactacaacaactccccctaccacaacaacaatagctccccctaccacaactacaactccccctaccacaactacaactccacgtactacaactacaactccccttACCACAACAACTCCAcctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccacttactacaactacaactccccctatCACAACTACAAGTCCAACTACTACAACTCTCCCTAATACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacgTACTACGACTACAACTCCCCTTACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTCcctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccttACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTccctaccacaactacaactccccctagCACAACTCCAGGTTCTGGAAACCCTTGCATAGGAAAGGATATTGGGTACTTCACCAACCCTGCAGACCCAAAAAGTTTTTACCAATGTGTTAATGGTGGATTCTTCATTGTAAGCTGCTCAGTAGGTTTGGTCTTTGACCAAAGCTGCAACTGCTGTAACTTCCCAAGTAAATAAAGAGTTGCACATGTATAATTTCACTATCCATGATAATATTTATTCTTATTAAGAAATGGTTGGCTACATAGAAGTCACATATAGTCTATATACTTTCATCAATTTGTAACTTTGTGTACAAAGTGTTAGTGGCAATGTCCTCCTATCCATGGCtgttaaaaaacaatattatttaatttacacatatacataatacaaacacaaacaacttgtactgtatatattcaaTTGTTTTCCTGTTGCTGTCTGTTAATTGTAGGTGTATCTACACCTACACTAGTTGGGTGtgtatgttcttttttttttttttacttgcc
>TU66061
ACTACAACTCCacctactacaactacaactccccctacCACATCTACCACAACTACCACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctacCACAACTCTCCCTACCATAACCACAACTCCTATCACAATTACAACGCCACCTACTACAACTACCCCTACCACAACTACCACAACTCCCCCTACCACACTTACCACAACCccctaccacaactacaactccacctactacaactacccccaccacaactacaactccacctACTACAACAACtcctaccacaacaacaataGCTCCCCCTACCACAACTccctaccacaactacaactccacctactacaactacacctactacaactacaactccccctacCACACCTACCACAACTCCTCCTAGTACATCTACAGCTCCACCTACTACAACTACCCCTACCACACCTACCACAACTCCccctaccacaactacaactctagctactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactcccgcTATCACAACTACAAGTCCACCTACTACAACTACCCCTACCACAACTACCACAACTCCCCCTACCACAACTGCAACTCCccctaccacaactacaactccacCTACTACAACTACCCCTACCACAACTACCACAACTCCCCCTACCACAACTGCAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccacctACCACAACTACCACAACTCCACCTACTACAACTCTCCCTAATACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacgTACTACGACTACAACTCCCCTTACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTCcctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccttACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTccctaccacaactacaactccccctagCACAACTCCAGGTTCTGGAAACCCTTGCATAGGAAAGGATATTGGGTACTTCACCAACCCTGCAGACCCAAAAAGTTTTTACCAATGTGTTAATGGTGGATTCTTCATTGTAAGCTGCTCAGTAGGTTTGGTCTTTGACCAAAGCTGCAACTGCTGTAACTTCCCAAGTAAATAAAGAGTTGCACATGTATAATTTCACTATCCATGATAATATTTATTCTTATTAAGAAATGGTTGGCTACATAGAAGTCACATATAGTCTATATACTTTCATCAATTTGTAACTTTGTGTACAAAGTGTTAGTGGCAATGTCCTCCTATCCATGGCtgttaaaaaacaatattatttaatttacacatatacataatacaaacacaaacaacttgtactgtatatattcaaTTGTTTTCCTGTTGCTGTCTGTTAATTGTAGGTGTATCTACACCTACACTAGTTGGGTGtgtatgttcttttttttttttttacttgcc
>XM_039799445.1
TACAACTACAGCTCCACCTACTACAACTACCCCTACCACACCTACCACAACTCCccctaccacaactacaactctagctactacaactccacctaccacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactcccctaTCACAACTACAAGTCCACCTACTACAACTACCCCTACCACAACTACCACAACTCCCCCTACCACAACTGCAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccacctACCACAACTACCACAACTCCACCTACTACAACTCTCCCTAATACAACTCCccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacgTACTACGACTACAACTCCCCTTACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTCcctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccctaccacaactacaactccacctactacaactacaactccccttACCACAACAACTCCACCTACTACAACAACTCTccctaccacaactacaactccccctagCACAACTCCAGGTTCTGGAAACCCTTGCATAGGAAAGGATATTGGGTACTTCACCAACCCTGCAGACCCAAAAAGTTTTTACCAATGTGTTAATGGTGGATTCTTCATTGTAAGCTGCTCAGTAGGTTTGGTCTTTGACCAAAGCTGCAACTGCTGTAACTTCCCAAGTAAATAAAGAGTTGCACATGTATAATTTCACTATCCATGATAATATTTATTCTTATTAAGAAATGGTTGGCTACATAGAAGTCACATATAGTCTATATACTTTCATCAATTTGTAACTTTGTGTACAAAGTGTTAGTGGCAATGTCCTCCTATCCATGGCtgttaaaaaacaatattatttaatttacacatatacataatacaaacacaaacaacttgtactgtatatattcaaTTGTTTTCCTGTTGCTGTCTGTTAATTGTAGGTGTATCTACACCTACACTAGTTGGGTGtgtatgttcttttttttttttttacttgcccTCATTTCATCTGACATACCTTACTTAATTATATGGTTGTTGTGTATCCATGTCATGGGTTTGTTCTTTGATTTATATTTAGCCATTGCGTAAGATTTGCCCTACATAAGGACACAGATGTTGCATAttgcatatatttatatactgaATGTCtaca

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU66052 False 993 lncRNA 0.41 2 13308517 13310312
TU66059 False 1606 lncRNA 0.44 4 13308517 13312729
TU66061 True 1630 lncRNA 0.44 2 13308517 13311160
XM_039799445.1 False 1266 mRNA 0.41 1 13308360 13309625

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC120559884 NA coding downstream 8368 13292514 ~ 13299992 (-)
mfsd4ab mfsd4a,LOC105928558 coding downstream 45562 13259325 ~ 13262798 (-)
LOC120558584 cdc42,LOC100697482,LOC101164400,LOC101073733,LOC107083933,LOC103465423,LOC100691174 coding downstream 58798 13243174 ~ 13249562 (-)
dhfr dhfr,LOC103371587 coding downstream 71250 13236216 ~ 13237110 (-)
ccdc187 LOC103354907 coding downstream 393277 12896793 ~ 12915083 (-)
LOC120559526 NA coding upstream 26764 13339493 ~ 13343953 (-)
LOC120558460 NA coding upstream 83287 13396016 ~ 13406184 (-)
nfascb NA coding upstream 102212 13414941 ~ 13435506 (-)
LOC120559331 LOC104955230,LOC106567269,LOC101065054 coding upstream 124860 13437589 ~ 13443946 (-)
LOC120559332 NA coding upstream 132514 13445243 ~ 13447764 (-)
G49447 LOC104955234 non-coding downstream 24110 13281987 ~ 13284250 (-)
G49407 NA non-coding downstream 384032 12921001 ~ 12924328 (-)
G49384 NA non-coding downstream 469228 12837520 ~ 12839132 (-)
G49374 nt5dc2,LOC102799881 non-coding downstream 529040 12775917 ~ 12779320 (-)
G49372 NA non-coding downstream 536941 12768820 ~ 12771419 (-)
LOC120558463 NA non-coding upstream 42388 13355117 ~ 13357805 (-)
LOC120558462 NA non-coding upstream 53534 13366263 ~ 13368373 (-)
LOC120558464 NA non-coding upstream 63898 13376627 ~ 13378863 (-)
G49514 NA non-coding upstream 119790 13432519 ~ 13433095 (-)
G49624 oard1,LOC106909399 non-coding upstream 342802 13655531 ~ 13657376 (-)
LOC120558587 NA other downstream 54752 13250986 ~ 13253608 (-)
camta1a LOC103354943,LOC102299287,LOC102779653,LOC102211199,LOC106922242,LOC104961361,LOC107390471,LOC108232047,LOC103144055 other downstream 87022 12924458 ~ 13221338 (-)
prickle3 prickle3,LOC102790576 other downstream 868451 12415603 ~ 12439909 (-)
fkbp1aa LOC100692950,LOC107391264,LOC103354614,LOC101168621 other downstream 916683 12388981 ~ 12391677 (-)
ppdpfa LOC104933328,LOC101073585 other downstream 1085332 12220734 ~ 12223028 (-)
LOC120558461 NA other upstream 94056 13406785 ~ 13413178 (-)
zgc:66479 NA other upstream 434674 13747403 ~ 13753866 (-)
smim29 LOC104942556,LOC104932788,LOC105416285,LOC106572343,LOC105022745 other upstream 727006 14039735 ~ 14125823 (-)
LOC120558710 NA other upstream 827651 14140380 ~ 14145222 (-)
LOC120558545 LOC104942567,LOC103358644 other upstream 1103607 14416336 ~ 14432994 (-)

Expression


Co-expression Network