itcha (itcha,LOC108271999,LOC108431834,LOC107681287,LOC107666068)


Basic Information

Item Value
gene id itcha
gene name itcha,LOC108271999,LOC108431834,LOC107681287,LOC107666068
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 10916042 ~ 10934164 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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ATTGGCCATGTGAACATGAGACACAAGCATGAAATATTGCCTCAAATTGCAAAGGCTGGAGCAGTACCTGCTGGTGGTGGAGTCCATGAGGTGATACGGACTCTGCCTCTGAGTGCAGATACAGATGGCAGTGACTTGGTGGGagatctgtctgtgtgtctggaTGGAATGCAGGTGGATCCTGAAATATTTGCTTCCGAGGAACAGAAGCACAATGGTCCACCAAATAGGGAATCTAAGCAAGAGGCACCTGGAAGATCGAGTCGAGATTCTTCACCCTCCAGTGACCTTGCTGATGATTCTTCACTGCCCAATGGTCATGCTGTGGGAAGTACAGGGTCTCCTTCAACTTCGACAGGAGCTCTGAGACCCCCAAGGCCCCCTAGACCCCAGAGACCACCTCCTCCCTCCCCCCAGAGACCAAACTCTTCCACAGCCTCCTCTACTGGCTCTACTCCAACCCATGGCAGTGGTGGCCCAAGTCCAGACTCATCCCCGCGCTTATGTGTGAATGGAGAGGCAGCAAGCCAGGGATCAAACTCAGGTTCAGGGTCAGCCCTAAGAGTGAGCCCCACTCCCCGCAGAGTGTCTCCCATCAACAACGGCCCACTTCCTCCTGgCTGGGAGCAGAGAGTGGATCAGAATGGTCGTATCTACTATGTGGATCACATTGAGAAAAAGACCACCTGGGAGAAACCTGAACCTTTGCCTCCTGGCTGGGAGCGTCGTGTGGACCCGATGGGCCGAGTGTATTATGTGGATCACATTAGCCGGAGCACCACGTGGCAGCGGCCCACTGCAGAGTCTGTGAGGAATTATGAGGAGTGGCAGAGCCAGCAGAGCCAGTTACAAGGAGCCATGCACCATTTCAACCAGAGATTTATTTTTGGgCAACAGGATCAACTAGGGACAACTCCTAATAAAGAGTTTGATCCACTGGGTCCTTTACCACAGGGATGGGAGAAGCGAACTGACGCAAATGGGAGAATGTACTTTGTTCATCATCCTACACGTTCAACACAGTGGGAGGATCCTCGTACTCAGGGGTTGTTGAATGAAAAGCCCCTGCCAGAAGGTTGGGAGATGAGGTTCACAGTGGATGGGATTCCATATTTTGTTGACCACAACAGGAGAACGACCACCTACATCGACCCTCGCACGGGCAAATCCTCACTAGAGAATGGCCCTCAGATTACCTATGTGCGTGACTTTAAAGCCAAAGTGCACTATTTCCGCTTCTGGTGTCAGCAACTGGCAAGGCCTCAGCACATCAAAATTCATGTCAGTCGCAAGACACTGTTTGAGGATTCCTTTCAGCAGatCATGACCGTCCACCCACAAGAACTGAGACGAAGACTATGGATCATCTTTCCAGGAGAGGAGGGACTGGACTATGGAGGAGTAGCTAGGGAATGGTTTTTCCTGTTGTCTCATGAAGTTTTGAACCCCATGTACTGTCTTTTTGAATATGCGGGTAAAGACAACTACTGTCTGCAGATCAACCCCGCCTCGTCCATCAACCCAGACCACCTCAAATATTTCAAGTTCATTGGAAGATTTATTGCCATGGCTCTGTTTCATGGGAAATTCATAGACACTGGCTTCTCACTGCCCTTCTATAAGCGGATCTTGAACAAGCCTCTGGCTCTGAAAGACCTGGAATCCATTGACCCTGAGTTCTACAACTCCTTAATCTGGATCAAGGAGAATAACTTGGAGGAGTGTGGGCTGGAGATGTATTTCTCGGTGGATAAGGAGATCTTGGGTGAGGTCACTACTCATGAGCTGAAGCCAGACGGCGGAAACATTCTTGTAACTGAGGAAAATAAGGAAGAGTATATCAGgCTGGTGGCAGAGTGGAGGTTATCCAGGGGGGTTGAGGAACAGACTCAAGCTTTCTTTGAAGGTTTTAATGAAGTCTTGCCTCAGCAGTACCTGCAGTACTTCGATGCCAAAGAGCTGGAGGTGATGCTGTGTGGAATGCAGGAGATTGATCTTTCAGACTGGCAGAGGAACACAATCTACAGACATTATGCTCGCAGCAGCAAGCAGATCATCTGGTTCTGGCAGCTTATGAAAGAAATGGACAACGAGAAGAGGATGCGTTTGCTACAGTTCGTGACTGGGACTTGCAGGCTTCCTGTTGGGGGGTTTGCTGACCTCATGGGGAGCAATGGGCCACAGAAGTTCTGCATCGAAAAAGTGGGAAAAGAGAACTGGCTTCCCAGGAGCCACACATGTTTCAACCGTTTGGATCTGCCTCCCTATAAGAGCTACGAGCAGCTTAAAGAAAAGTTGATGTTTGCCATCGAGGAGACAGAAGGCTTTGGCCAAGAGTGATGCATACATCCACACCCCTGCATGTCCTCTGCACGTCTCCATGGCAGCAGCTTACCATTCAGACTTATCTGAAAGAATGCTGCTGAACGAATGAAAGAGATGAcgtgagaaaagaaaaattcttGAGAGCACCATTCCTTCATTACATCACCAAGGCTCACATTTCCCCTCTGATTTCAGATGCACTGTTTGAAATTTCACTCTTTTGTGGTAATGCTGTCTTCTTTAGTCATCTATGCACCAGAATGCCTGGGCTTAAATAAACTAAACCCCACATAAGAGACACATGcgcatatacatacacacatacatgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacacactgtccAGGCTATGCACCCCGGTTGGCTGGATTCACCATTAGTATTTTACAAGActgttttcctgtttgtttgtttttttgttttgttatgttatgttttgttttaaccGTATACCTGACTCGTTTACAGTTGGGCACTTGTTTTTCTGGCAGCACTTACAGTAGTACAACTGTATGCATgaatattcaattttattttatgggcTCTCAATCATTTAGGTAGCTGTCTGAGTCTGCTGAGGTATAGAATTCCGATCAGAAAGTTTTCTCACTGATAAAGCACTTTGAGATATGAGCTCAATGGCTAAGAAATTTGCCTGAGGTGATGATAGTCGATAAGCATATAAGGCATTGGGTTAGTAATTAAATCTCTTAAGAAAACCTGGAGAGAATCAGCATCTAGTTTTAATCTCCAGGTGACTGGAACCAACTTTCCCATTTTAGAAATGGGTGCATGCTTTTAGTGCAAGTTAAGTCATCTGCTTTTAGTGAACCAAATTACCCTAACATGTGAAAGGAGTTGGGATGTAATGGTCCAAGTCTGGTTTACTTGTATCTCAAATAATATACAAATCCCACATCCTATTTTCTGagaatttttcaaaaatgagCAAGGCTGAACACGAATGCATATTTTAATACTAGGACGTACATGAGTTCAAATTCTGGTTGATGCTATTATGCTTTAATCTgggaaataaaattaatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagttaaactgcaccttaaatgcatttaagttccattttgacagttttcttttctctccgttatcaagcccctgaaaTGTTCTGAGGTGAGCCGATTTTCAATAGCTGTGAGTCTGACCATGCACTTGTCACTTTCTAGTTTTCTGAGCAGGTTTAGATTTCTCCAGAACTGTCCTGAAAAGCTCTATCCCTTTAAAGACCTTGCCATGCTTTAATGTAGAAATCAGATGTTGAATACGATCACCAGTAATGATTTGCTTGGGCATTTCAGGTCGTCTACTGCTAAAAGGTGCTTCATTTTCATTActggtgttttctttttaaagaaattactgACAGGCTGTTTGCTTTAGGAATTAGAATTATTCGGAGAAATGCAATGTTGTGTATATAATCTACTATGTTAATATACAATTCAAAAGGAAAATTCTAGCCACATAGTTTGAAAGACCATAGTGAGGTACCTGTTTTCACCGTAGGGTCCGACCACATCTGTGTTTGACAAAAGCaacaataattattacatttattaatagtaAGGTTAGTATAGCACTAGCTCGAAACCCAAATAGAGATAATGAGAGAGTTCTATCCCGAAACCTCTTTAATATGCTACACAACTCCCCTCTCGAAACTGTGAGCCTGTGTCATTAATGTGGGAGTTGTAGtacttattttctttattagttTTGTTCATAAAACTAATGGATATGCCTGAATAGGTCAGACCTATTGACATTATATCTTCATGTGTCAGCACACTAATAAAGCAGACAAATGCACTGCAGTTTGAATAACGTGtctgatttaagaaaaaaaaaaaagtaagtgaaCAGATCAGCAATCTGTGATTTCTTGGCTAATTACTGGATTAATCTGCCTGACATTAAAATtatgcaaaattaaaatatcatgtTGTGATGTACAGTGAGATGGATTCCAGTGCTGAACATTAAATGGATGAAGTTGTCTACATTTCTGTGAAATCAactatttattttgtaaaaatagTGGTTCTCGTTTTTTCAAAGAGCTACAATGTCCGGGAGTCTTTATGCCACTGTTTTAAGAGTATGGTTTAAATTTGCACACAGCACAATGCACAACAGACTCAACAATGTACTATTTTATCTTAAGTTAATCTTGAGTTAAATCCTTGTAGCCAAAACAAATCCACATAATTGATAATGCAGCTGTAGCTCTAAATGCTCTGAGATAATTTGTCAACAAATTGAGGTCAATATTATGATGTTCAGACACACCCCCCCCCA

Function

symbol description
itcha Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in positive regulation of protein catabolic process; proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process; and protein polyubiquitination. Predicted to act upstream of or within ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be active in cytoplasm. Is expressed in posterior lateral line primordium. Orthologous to human ITCH (itchy E3 ubiquitin protein ligase).

NR:

description
E3 ubiquitin-protein ligase Itchy-like isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K05632 ITCH, AIP4; E3 ubiquitin-protein ligase Itchy

RNA

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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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tnnt2b tnnt2,LOC108441587,LOC107696448,LOC107595452 other downstream 1189991 9715516 ~ 9726051 (-)
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Expression


Co-expression Network