G29237


Basic Information

Item Value
gene id G29237
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 17784475 ~ 17842820 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU34502
TTAATAGTCCTTGTTATTGCTACATGGATAACCCCAGTGCTGTAAAAGCAAATAGCTTAATCTAGATGAAGCCTTCCATGTTTTCTGGACAGTGAGTGCAGTGAAAAAACATATATGCTtacagtctggaaaaaaaaaaatcaatctgtATTATTTGTACTAGCAATTTTCTTTATTACAGTTGCCCTAGTTCAGTGCTGTGTACATCCTGAGGCCTTTACTAGAGCATTTATCTTAAATTCTGTCAGCTTTAAAGAAGACCGAAACATTCATAAGTAACATTTGTTTGTCCAGTCATTTTCACTCAGTAATAGCTACTACTGCTAGCACAGTTATAGGATTTCTCATGTTGTTAGTACCAAGTTAACATCAGTTTTAAAACACTGGTTTTATGCATACAATAGTACAAGTTTCAGACaaatgagacattttttttttttttacttttatctaTAGTTTTGCAGTGAACATTtcaataataatgttaattgcTCTGTTAACACAGGGGATGGGGAAACTACCATAACTGCTAGAGTAGCATGTCTACTGTAAAAAATCTTAACAAATGGGCATATTATAATTAGgctaaagcaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaaaattagaaCATATCTTGCTTCACCGTATATGCTGCAGAGGGCGAATAGCAAATCTTATAATCTGGAAAATATGGTATGTCACTTATTCACATATAAAACTGTTCATAAATAGTTTAAGAACAGAAAGGTAATAGATTATTTCTCAATACATCCTAAAGTAAGAGTTGACTATTTGGATGCCTCACAGTTGAGGTGAGTATAATACATAAACAGTGCCTCCACTGAAATCTGGCATCAGAACTGATGGTGTATGATATTCCTACAAAAAGCAGTGTATGCAGCTGTtacagcagtgtagtgtagtaacACAGACCAGTGTGCTTTTAACACATCTAGGTGAGCTTATATCAggagttttgtactgtcttattaataaacatatatagCATGTGTCCTTCTGGTATGCAATGTGTTGAGACTACAGTTCTTTTGATTTAGTGTGTCTTAAAATGCAAACAGCGTCTAAAGGCCCTTTATCATGCATATAGAAATGCACCTAAATTAAAATCCTTGGCAGAAATTAAAATTCAGGACACACTGCATCAAAAACAAATATTGAAAACAGAATGGTGGATTATATATgggttatatattttataatttttggttcatttggtTTTTGTATCATTGCATAAATtctatcaatttttttttttgcattttatttaaggGGTTTGAATAAAACCCAACACTAATCACTAATAATcactaataaacaaacaagtagcATAAAATGCTAATCCTGCACTGCAGGTGATTATGGCTGATAATTGGCCACAGCTGTTCAGTTCTGGAAaatgtgatgtgtatgtttgtatgtatgcatgAGAAAAGgtacacatacagtcaggtcgggaagtatttggacaaagtcacataattgtaaatataatcataattttaatacttggatgaaaatcctttgcagtcaatgactgcctgaagtctggagcccatgttatcaaaactcaaattctgagtttcctccctggagatgctttgccaggccttcactgcatttttgtggaacctcttaaaataaagctgaaagtctacacttcgaggtggtggtgtataaaggcaaaatcacaaaaactctgtcattgtccaaatacttcgggacctgactgtatgtagtGCACATCAGATAAAGCAGTGATACAGGTGGCCCAATTCAGGAAACACAGGGATTCAGACCAGGAAATGACATGGGGGGGACGCAGAATGGCAGATCGAGATCGAATAGCAACACAGAAAAAGGTAAGAATATGAGGAACACAGGATGCAGAACACAACGGCCCTTCTTCATCAAATTTGCGTAGAAACGAGCACAGATTCAAATTCTTGCATGGAACCGTCATATGACATCAAAACAACTGGTGATTCGAGAGCAAATCATCAACTGCAGTGTGGTAACAAGCTCCCACCCATTAGTCCCTtatgtaaatattacacacagtcagagaattattggcacccttgttGAATCTGACAAAATAAGATTAGGAAAAATATCTTTGTGGTTGTTTAGCTTAATCTCACTCTGAAGTCAAACCTTTCATTCAAGTACATTAATTCTAAGAAAATACGCCCTTatcaaaaatatacttttttttaatacagatctgccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaggaaactaATGGTGGAATTTGCGTACGCTCGCTCGTTTTACAATTAGATCTGACTGTATACAAGTTTGATGAATAAGGGCCAGGCTTTTTAACCACTAATTAAGagtgaaatgatttataaaggGAAACTGTTTGATACTTTGTTGtatttaatcttaaaaaaaaaaaaaaatcttttcagtgGCCAAAATTTCAGCGCATCCCTACCTACACAAGAATTACACTTACAGAAAAGGTCTTAGCAataaatgtaagtgtgtgtgcaccacGTATGATTGTGGTTTAAAAATAGATCAGAGCACATTATCTCTAAGCAAATATTCAACTCTGTATAAGACTATATGAACATAGGAATGTGTCAATACCAGACTTTACTTATGACAAATGTCATACCTATAAGgggaacattaaaaaaaaagtaaagagaagagaaaatatgTGCAATATTAGAAAATATGCTATCTCTCTCtagttttctgtttgtttctattTGATATATAATTTCTTATATAGATTTCTACACTTATCCAGAGATATATCTATATAGAATAATTTGTATACGTCTCTTCCTATCTTCCTATTTACATATGCAGAAGAGTGGTAACGTGAATAAAGCTTGTATGTAAACGTGATTTAGAGCCCCTGAGTGACACAGTCCAGAGCACATGGCTCCTCACACACAGCTGGCACCTCCACCATCCCAGCACCTGTGCCTCTGACAGCAGTGTGCATGAGGTGTCTCTGCAGGTGCTTCACCCAGTCTTCCTGCACACACTGCGGCCCCTGGAAGACCAGATC
>TU34503
TTAATAGTCCTTGTTATTGCTACATGGATAACCCCAGTGCTGTAAAAGCAAATAGCTTAATCTAGATGAAGCCTTCCATGTTTTCTGGACAGTGAGTGCAGTGAAAAAACATATATGCTtacagtctggaaaaaaaaaaatcaatctgtATTATTTGTACTAGCAATTTTCTTTATTACAGTTGCCCTAGTTCAGTGCTGTGTACATCCTGAGGCCTTTACTAGAGCATTTATCTTAAATTCTGTCAGCTTTAAAGAAGACCGAAACATTCATAAGTAACATTTGTTTGTCCAGTCATTTTCACTCAGTAATAGCTACTACTGCTAGCACAGTTATAGGATTTCTCATGTTGTTAGTACCAAGTTAACATCAGTTTTAAAACACTGGTTTTATGCATACAATAGTACAAGTTTCAGACaaatgagacattttttttttttttacttttatctaTAGTTTTGCAGTGAACATTtcaataataatgttaattgcTCTGTTAACACAGGGGATGGGGAAACTACCATAACTGCTAGAGTAGCATGTCTACTGTAAAAAATCTTAACAAATGGGCATATTATAATTAGgctaaagcaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaaaattagaaCATATCTTGCTTCACCGTATATGCTGCAGAGGGCGAATAGCAAATCTTATAATCTGGAAAATATGGTATGTCACTTATTCACATATAAAACTGTTCATAAATAGTTTAAGAACAGAAAGGTAATAGATTATTTCTCAATACATCCTAAAGTAAGAGTTGACTATTTGGATGCCTCACAGTTGAGGTGAGTATAATACATAAACAGTGCCTCCACTGAAATCTGGCATCAGAACTGATGGTGTATGATATTCCTACAAAAAGCAGTGTATGCAGCTGTtacagcagtgtagtgtagtaacACAGACCAGTGTGCTTTTAACACATCTAGGTGAGCTTATATCAggagttttgtactgtcttattaataaacatatatagCATGTGTCCTTCTGGTATGCAATGTGTTGAGACTACAGTTCTTTTGATTTAGTGTGTCTTAAAATGCAAACAGCGTCTAAAGGCCCTTTATCATGCATATAGAAATGCACCTAAATTAAAATCCTTGGCAGAAATTAAAATTCAGGACACACTGCATCAAAAACAAATATTGAAAACAGAATGGTGGATTATATATgggttatatattttataatttttggttcatttggtTTTTGTATCATTGCATAAATtctatcaatttttttttttgcattttatttaaggGGTTTGAATAAAACCCAACACTAATCACTAATAATcactaataaacaaacaagtagcATAAAATGCTAATCCTGCACTGCAGGTGATTATGGCTGATAATTGGCCACAGCTGTTCAGTTCTGGAAaatgtgatgtgtatgtttgtatgtatgcatgAGAAAAGgtacacatacagtcaggtcgggaagtatttggacaaagtcacataattgtaaatataatcataattttaatacttggatgaaaatcctttgcagtcaatgactgcctgaagtctggagcccatgttatcaaaactcaaattctgagtttcctccctggagatgctttgccaggccttcactgcatttttgtggaacctcttaaaataaagctgaaagtctacacttcgaggtggtggtgtataaaggcaaaatcacaaaaactctgtcattgtccaaatacttcgggacctgactgtatgtagtGCACATCAGATAAAGCAGTGATACAGGTGGCCCAATTCAGGAAACACAGGGATTCAGACCAGGAAATGACATGGGGGGGACGCAGAATGGCAGATCGAGATCGAATAGCAACACAGAAAAAGGTAAGAATATGAGGAACACAGGATGCAGAACACAACGGCCCTTCTTCATCAAATTTGCGTAGAAACGAGCACAGATTCAAATTCTTGCATGGAACCGTCATATGACATCAAAACAACTGGTGATTCGAGAGCAAATCATCAACTGCAGTGTGGTAACAAGCTCCCACCCATTAGTCCCTtatgtaaatattacacacagtcagagaattattggcacccttgttGAATCTGACAAAATAAGATTAGGAAAAATATCTTTGTGGTTGTTTAGCTTAATCTCACTCTGAAGTCAAACCTTTCATTCAAGTACATTAATTCTAAGAAAATACGCCCTTatcaaaaatatacttttttttaatacagatctgccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaggaaactaATGGTGGAATTTGCGTACGCTCGCTCGTTTTACAATTAGATCTGACTGTATACAAGTTTGATGAATAAGGGCCAGGCTTTTTAACCACTAATTAAGagtgaaatgatttataaaggGAAACTGTTTGATACTTTGTTGtatttaatcttaaaaaaaaaaaaaaatcttttcagtgGCCAAAATTTCAGCGCATCCCTACCTACACAAGAATTACACTTACAGAAAAGGTCTTAGCAataaatgtaagtgtgtgtgcaccacGTATGATTGTGGTTTAAAAATAGATCAGAGCACATTATCTCTAAGCAAATATTCAACTCTGTATAAGACTATATGAACATAGGAATGTGTCAATACCAGACTTTACTTATGACAAATGTCATACCTATAAGgggaacattaaaaaaaaaAGTAAAGAGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU34502 True 3070 lncRNA 0.35 2 17839562 17842820
TU34503 False 2701 lncRNA 0.34 3 17784475 17842820

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
brdt brdt,LOC107564438,LOC106584160 coding downstream 128265 17637150 ~ 17656210 (-)
ephx4 ephx4,LOC107749983,LOC107555389,LOC107564433,LOC107678348,LOC107730701,LOC107675432 coding downstream 152331 17618116 ~ 17632144 (-)
btbd8 LOC108271611 coding downstream 169886 17583651 ~ 17614589 (-)
si:ch73-389b16.1 LOC108271542,LOC108437695 coding downstream 204956 17577391 ~ 17579519 (-)
scinla LOC108272108,LOC108437692,LOC105895209,LOC107675434,LOC107730699,LOC107564434,LOC105011765 coding downstream 217152 17550936 ~ 17567323 (-)
znf326 znf326 coding upstream 240901 18083721 ~ 18090316 (-)
lrrc8db lrrc8db,LOC108272026,LOC108413222,LOC107730703,LOC107749977,LOC107564626,LOC107675437 coding upstream 251347 18094167 ~ 18106279 (-)
lrrc8c lrrc8c,LOC108272152,LOC108413226,LOC103030093,LOC107749978,LOC107593158,LOC107698887 coding upstream 273585 18116405 ~ 18126912 (-)
lmo4b lmo4,lmo4b,LOC103026253,LOC107593176 coding upstream 606437 18449257 ~ 18464571 (-)
hs2st1b hs2st1b,LOC108271533,LOC108427652,LOC107694133,LOC107679861,LOC107557741,LOC106560611 coding upstream 658718 18501538 ~ 18586226 (-)
G29223 NA non-coding downstream 70110 17700761 ~ 17714365 (-)
G29213 NA non-coding downstream 146458 17637327 ~ 17638017 (-)
G29196 NA non-coding downstream 273020 17487361 ~ 17511455 (-)
G29176 NA non-coding downstream 316318 17454285 ~ 17468157 (-)
G29174 NA non-coding downstream 350307 17433453 ~ 17434168 (-)
G29439 NA non-coding upstream 609648 18452468 ~ 18452976 (-)
G29541 NA non-coding upstream 771537 18614357 ~ 18614724 (-)
G29542 NA non-coding upstream 772049 18614869 ~ 18615874 (-)
G29551 NA non-coding upstream 791258 18634078 ~ 18634357 (-)
G29612 NA non-coding upstream 1041164 18883984 ~ 18887011 (-)
si:dkey-44g17.6 LOC108271932,LOC107705318,LOC103038496,LOC107564436,LOC107555383,LOC105895117,LOC107678346 other downstream 255160 17472330 ~ 17529315 (-)
G29158 NA other downstream 504302 17272955 ~ 17280173 (-)
eif4enif1 eif4enif1,LOC107568191,LOC107584417 other downstream 1648760 16125830 ~ 16135715 (-)
oxtr oxtr,LOC107584509,LOC107673460,LOC107658098 other downstream 2289266 15461950 ~ 15495209 (-)
G27925 cav3,LOC107749619,LOC107584510,LOC107577493 other downstream 2323474 15456635 ~ 15461001 (-)
G29263 NA other upstream 106337 17949157 ~ 17949718 (-)
G29279 NA other upstream 228167 18070987 ~ 18072909 (-)
zgc:153916 LOC108271870,LOC108413223,LOC107749976 other upstream 305408 18148228 ~ 18195628 (-)
LOC113537624 NA other upstream 951205 18794025 ~ 18816812 (-)
trnag-ucc NA other upstream 973439 18816259 ~ 18816330 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G131890 NA non-coding CI01000026 null 8660037 ~ 8660350 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G110912 NA non-coding NC_035909.1 CM008312.1 13544214 ~ 13547768 (-)