slc12a5a (slc12a5,si:ch211-59d13.2,LOC107744354)


Basic Information

Item Value
gene id slc12a5a
gene name slc12a5,si:ch211-59d13.2,LOC107744354
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 10044762 ~ 10198391 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026924480.2
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Function

symbol description
slc12a5 Enables chloride transmembrane transporter activity; potassium:chloride symporter activity; and protein kinase binding activity. Involved in several processes, including cellular chloride ion homeostasis; dendritic spine development; and hypotonic response. Is integral component of membrane. Part of cell periphery; neuron projection; and neuronal cell body. Implicated in developmental and epileptic encephalopathy 34 and idiopathic generalized epilepsy 14.

NR:

description
PREDICTED: solute carrier family 12 member 5-like isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K23967 SLC12A5, KCC2; solute carrier family 12 (potassium/chloride transporter), member 5

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026924480.2 False 9617 mRNA 0.43 26 10044762 10198391
XM_034313191.1 True 9893 mRNA 0.43 27 10044762 10140580
XM_034313196.1 False 9862 mRNA 0.43 26 10044762 10140579
XM_034313200.1 False 9318 mRNA 0.43 26 10044762 10097180

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ctsa ctsa,LOC107587598,LOC107696438,LOC107744356,LOC107666023,LOC107560512 coding downstream 11312 10025424 ~ 10033450 (-)
pcif1 pcif1,LOC107666074,LOC107696439 coding downstream 38669 9994349 ~ 10006093 (-)
LOC113534196 dnttip1 coding downstream 51876 9983065 ~ 9992886 (-)
ube2c ube2c,LOC107744406 coding downstream 61911 9978873 ~ 9982851 (-)
LOC113530316 LOC108271764 coding downstream 90617 9942055 ~ 9954145 (-)
LOC113532087 LOC108271496 coding upstream 15517 10213908 ~ 10219381 (-)
eya2 eya2,LOC107666141,LOC106565282 coding upstream 42863 10241254 ~ 10259219 (-)
gcnt7 LOC108272018,LOC108272017 coding upstream 137002 10335393 ~ 10339327 (-)
LOC113532783 cdh22,LOC107553911,LOC107666158,LOC107587604,LOC107681302 coding upstream 354520 10552911 ~ 10743445 (-)
znfx1 znfx1 coding upstream 676533 10874924 ~ 10885023 (-)
G24572 NA non-coding downstream 105719 9938256 ~ 9939043 (-)
G24268 NA non-coding downstream 369023 9675522 ~ 9675739 (-)
G24260 NA non-coding downstream 408243 9635854 ~ 9636519 (-)
LOC113532556 NA non-coding downstream 423803 9615587 ~ 9620959 (-)
LOC113532571 NA non-coding downstream 429179 9612380 ~ 9615583 (-)
LOC113534445 NA non-coding upstream 768305 10966696 ~ 10984007 (-)
G25184 NA non-coding upstream 823132 11021523 ~ 11021725 (-)
G25185 NA non-coding upstream 824048 11022439 ~ 11022641 (-)
LOC117599085 NA non-coding upstream 1059373 11257764 ~ 11262304 (-)
G25320 NA non-coding upstream 1128435 11326826 ~ 11329556 (-)
G24516 NA other downstream 176484 9863367 ~ 9868278 (-)
tnnt2b tnnt2,LOC108441587,LOC107696448,LOC107595452 other downstream 318711 9715516 ~ 9726051 (-)
tusc2a LOC108271982,LOC108433681,LOC104930950,LOC107595412,LOC107724521 other downstream 602917 9435506 ~ 9441845 (-)
tcta glyctk,tcta,LOC106582802,LOC106565977 other downstream 1560581 8479374 ~ 8484181 (-)
arl6ip5a arl6ip5,LOC107680705,LOC107750278,LOC107599422,LOC108424109,LOC107667022,LOC107713508,LOC107584514 other downstream 1693068 8343624 ~ 8351694 (-)
G24760 NA other upstream 290902 10489293 ~ 10490295 (-)
itcha itcha,LOC108271999,LOC108431834,LOC107681287,LOC107666068 other upstream 717651 10916042 ~ 10934164 (-)
kif5ab kif5a other upstream 1244080 11442471 ~ 11485469 (-)
LOC113526127 LOC108272031,LOC108431803 other upstream 1488354 11686745 ~ 11764135 (-)
slc5a8l slc5a8l,LOC108272176,LOC108427595,LOC107708058,LOC107685825,LOC107554166,LOC107666019,LOC107596840,LOC105007571,LOC107729725 other upstream 3295121 13493512 ~ 13502170 (-)

Expression


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