G338246


Basic Information

Item Value
gene id G338246
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047617.1
NCBI id CM018563.1
chromosome length 20335669
location 4718197 ~ 4731105 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU400705
TAATCCTAAGACTTCATCCTAAAGCGGTTGTTTTTCCATGCTGTCCGAGTTCTGTTGCGTAAACAATGGGGAAACACAGTGGAAAATGCGACGTAAGTGACAACGTGGAACTTTTCGCCGTGTTTGCTGATACTGAACGTCTGTTTTAATGACGAAGAATTTACCTCGTGAGGTGACCCCCGGCTGTGAATAGCGTCTGACCTTTTTCACTGCACCGAGACACGGCGAGCCCTTCCCGTCACTCTTTGATCGTCACATGTCTGCCGAGCGTGACGAGGCTTATCTTTGTCAGATCCGTATGCGAGTCAGACTGACGCAAACGTGGAACGTTGCAACAGTCAGACGGTGGAAAAAGTTCTTGACACAGAGGAGCATAGTGCACATGCCGCTCTCCTCCCACTGCCTGGCTGATAATGAccagtgcatgttttttccacGACTGGGACTTTAATGTTTTCAGCATGCCTTCCCTtcctgtgggtgtgtgtatgtacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatgtgtatatataatgtttacatGTGCGTGTGCTGCTGTCTATATCACAGTGTGTtgtataaatatgatattttttgtcatatcacccgtAACTCATGCCGTGTAATTTTACTCCTTTCACAAAGAGGTTGATGTTACAGTAACAGCATATCAGAAACTGTTAATATGCACActatcagaaagaaaattagaTGCAGATAATTACAGACAATTGTCATCAGGTCATTAGCATTTACAAGCTTGCAAATGTCTAGAACCTAGTCAAATGTTAGACACCATAGCGGCAAGCCCGACTCGTAACTTTGACAAACTCGTCTTGCTTGTACTTTGGCTTTTGAATGTTCTGTACGTGAGCTGGTGTTCATTTTTTTGCCACTTAAGTGACTGAATGCCTGCCACACTCGTATAATTATATAACTCGTATAATGCCTGCCACACTTCCTTCATGGTTCATTTCAGAAAACACTTGCAGGCAAAATCCTTTCAAAAGGATCAAGCGCTGCTGTTTAAAGCATTATCAAAACAAAGATAACTTCTTTGTCTTAAAGGTGCggtcagtgatttttattttactgagtCAGAGCACCGTCAGTAAAATATCTGCCTATCACCAAAACAtacaagggtgagtcaaatgaaaaccttaagtGTGACGTAAATTAGAGAAACCTACTGTAAAGCATATTAAACACTGCAAAGGACCAAAATTAAAGTCTttcttttaaagatttttaaaattgtacacCTGTCTTCAAAAAACAACGCAAAATAAGATATTATAGTTTTCATTTAACTCACCCTTGatttctttgtaaatattttgtttgaaaagttttttttgatATAGATTAAAGTCCCCACGAAATCAAAATTGAAGTTTTGTGGCTTTTAGTATGAATTTGTTAGCCTTAAGGCTGCGTATAAGCTAGCATACTCCAAAGCAGTGACAAAATTCGCATTTAGAAGATATGTGCATTCAAATTTACAGTCTTTCTCTACCACCAATACGGATCAACAattttgatgacatcattctgCGCTTCACTTCAGGTTTTCAGTCCAATCAAATACTCTCTAGAATCTGAAGTGTCCTGCCCCCAACATTAAAAATCACCTTTGCAGCGTTGCCTTTATTGAGCAAAAGAAATCATATCAGCGTAGCCCAGGCTCTGAGGTAAGCTAAACGCTATTGGCTCTTTAGGAAGGGGGAGGAGCGATATGTCACGCCCTGACCTCCTGTAACTTATGTCAACACATCGAATATAGCTGCGAGTTTCAAAGCACTTCACAGAGACTTTAAAGTCAGCTTCATACTGTACGTTTTTGctgtcacaaaaaaaattacacatcgtaaaagaattctttggtggTGAGTTGAATGTGCAATGTGACGTACTCACTGGCTGACATTGAGTGCCATGGTGACTAAAACACAGCTGTAGACTGTGTGtcagaaattttaaataattcctggctcaaatggaaaaataaaattctgatttgccttttttaaaaaaaaaattaatttatttattttttaaatttaacgtAACATTTACCAGTCTGCATGCTTGACCCTGCGTGCAGTGTGTCGCAGAGCTGCCACATGTGCTAATgggcagaaaaatatttttagtatgTCTAGGTCACTTTGAGGAATGGACCATCTGTGTCTTTTACCCagcttttaaaatttgttttctcCATTTGTGCCAAGGACTTGTTTCTTTTTatgcaacacttttttttattccatgaACCCCGAGCACGCTGATCGATGGCGTAAGCAGAACGTTGTGATTTTCTTTGATCtgtaatcacaggtctatcttCGGAGGATCTTGATTGTGTCATCTGACATGTTATTACACACTGTGTTTAAGAATTCAGCCAAGATTGTATTTGGATCATTGCACAGTGTGAagtgtaataattttaaaagaccACTATAAATTGCTGGCTTAAGCCTTTCGGTCTTATTATCCCATCCTTCCTGCCAGGTTGATCTCTGTGATGTGACCGGTCATTTCAGGACACTCTCTTTTTCTCGTACTTGAACTTCCTGTTAGTTCTCTGTCCTCCGGTTTGGTGGGTAGAGCATTTGTAGCTGTTAGCAGTGACAaagtggaaatttttttttttccctgctcagTAATCGTGCTTCGAAACACTTACTTCCTCCTTTCTCTTGCTTTTCACCGGAGCGCTTCTGGGTGTGGAATATACGGTCATGTGGTCCACCCACCGTTCTCATCACAAGGTGAGTCATGAAGAATGCGGTTAGTCAGAGGCACACaatcgctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttcatgagaaAAGAGAGGTGTGATGGAAACTGTGTGTTTTGGACAGCCTGAGGCTAAAGGCTAAGAGCTTTAGCGTGCAGACTGCGTGGGTGGTTTAGAACTGATCTGTCCACATCGGAGCCTCGACACGTTGCTCGACATTCCTCTTCTATTTGGAGTGCTTCGAGCCTTTTTGCTCTTCTCTGCCGTGTGAGCCGTGTCCCATATGGTGTAGCTGGAGGAGATTCAGTGGAACTTCCTGAATACTCCCAAGTCCTGGACACTTCTGAGAACCAGAGACAGTGATGGCTAACACTCTGACTCACACTAACTGATTGTGCTACAACCTCTGATAAAAccgaaaaaaaaatcagtctaaCATACCTTTTTTATAATGTCATGTTTATAGAGTTAGTGATTTTATGACGTGATGGATTCTGCCTTTCTTCCACGCAGAAATACAGAcactgctttacctctgacagttacaaagcactgacaccgaaggctccttccataaatgttaaattctctttacagaaaacttcaccgtgtTAACAATTATGCATGTTTTAAAATCTGTCCATGTGAataattgttactatagaaacgataacgtatccgagctgctgttatagaaaattttttaacaccttctgaccaatcagaatcgagcgtTCAGCAGAGCTGTATACTATATAAAATCACAATTATTGTGCTCAGTACTGAAATCATAATTAGTaagaacaaaatatatttttcattttttaaattaattttcttgCATTTCAAATAATTAAGTGAGCCATTTAACATAGTCACAATAATTAAATCTATACAAattagactagaaaatgtaaatgttcagcTTTAATATGCCACCTGGCAGTCGGTTGAAACGTATAAAAAGGCAGCTCGTGAGTTTTAACGCCTCACAGTCACTGGAAAATATATAACTTTAGCTGAGCCCTCAGCGTCGCAGTCAATTACCTTTAATTAATCATGGAAGCCGTAAATCGTGATCACGGCCAGTCCGTTATTctgcagcatcagcagcagGAGAAACCCTGTCACTGATCTTCGCCAGTACAGTTTGTGAACATTTCAGAGCGTTATGTGAAATCGCACGGTCCATTTGAGCCGATTTTGTCTAGTGGTTTTGTCTAGTGACGGAGCGTACTGTACACTCATTCCTGGTATTGCCGCTGTGTATGTTTGATTTCTCGACTGCTGTTATGGGGTGCATCATCAGGGAAACTCCATACTGCACTTTAGCTCAGCATTATGCAGCCTGATAACGGAAACATCGTATGgccgttttttttcttttcttttcattttaaacttaaaaacaaCCGCCCACTTGACTATCCATTAGCTCACTGTGTGGTTAACTGTTTTCTGTGCATGCTTCTCTGCTGGACTGATATTTGTCTAATAAACCCACGTCTGGTGTGGTGATAAACAAAAGGACTGCGGGTGAGTGGTTTACTCATGCACTTGGAGGCTTCAGATCTGCAAATTGTGTTGAAGGTTAATGCCTACTTGGATTTGACTTCTGACCAGTCTAAGAAAAATTTTTAGTTTCCAAATAACATTGTGATCaggttcatttttgtttttctccacttgatgatcGCAAATTTTTCAGTCGTCTTGATTCCAAGTCCAGGCAAAATGTTACACACTCacaagctctgtttctctttgaaATGGTCTGCCGTTGTTTTGATTGTCATGAGTTGTATCTCACATCAAAGGTTATGACCTCACATTCTACACAAAACAGACATTTAGAtaggtttgaaggctacatAAGAGGTTTTCAGAATGCAAACACTAAACATAATAGGAAAACTGGTACTTAATATCCATTTTGAATCATACATAAGTATGTGTTTCAAGacacaatgctagtttgtgtagTCAGATTGTGGACACAGGGTCACATGGTGCTACACTGTCCTCACCGTTTGTGTTGGTGTTGCGCCGCCGCATGTATCCTGTGGTCATTTGGCTCGTCACTTGTGCACGCCCCCAGAATTTAACGCAATGTGTCTGTGCAATACCAACATATACAGTGGAGACAGTGGAGCACCTTATGAGACTTTGTCCACAACCAAATAAAGAATCTAGTGTTGTGTCTCAATTTGCATACttgtgtactattctagacggttattgagtactaacactaatgtgttttcctattacagttagtgtttgaccaaaagaaaaaaaaaagcgtaaaaaaaaatcctcctgaAAGGTGCGTGTTGAGTACGGGTCTTCTAGATTTCtggattaataaatatttttgaatgtccAATGAggggtttttgatttgagatgcagatAATGACGACAATCACAAAGACAGCAGAACGTTTTAAAGAGAAACGGAGCTCCTCAGTGTGTATGGAAATCAGACGAACAGAGATGTTTTGGACGCCGCATTTAATTTTCCAGATGTACATACTATTTTGTTCACAGACTCGCTTGCATAGCAGCTGCGCGCACAATGGGGAATATGAAGTATATTTGCACCTTTTAATTTCTGAGGATTTGTGCAAGCGATGCTTCAGACAAGTGCAGGATGCACACAGCAGCCATCCTGCGTCCGCCTACCTGCAGTTAAATGCACATATAATCCAGCCTTAGTGCCTGCTTAGGTAGGCTtctgttcagtctttttcttaTCATTTTCTTATCCAGATAACATCATGATAAGGTTCGTTTTTGCTCTTCTCCACTTGATAACAAAGTTGTGGATCCTGATTGTTTAGTTTTCAGATCTATAAATAGATCACAGTGTACAATGTGGGAAAGTTTGAAATTAAACTCCCTTGTCATATAACGTCCACGAGTTTTCCACAGCATCACCCTGCACTCGACACGCAGCCACGATTTCATCGCAAGCGACATGCAAACTTTGATTTTCAGAAAGTAGGCATGACAAATAAGTGACAAATCCAGACTTCCAGTTCTACCTGCacttagttcccatttactgtttgacatACAAACAAGCAAAACCTGTGGTTTCATCTTTCCCTGTCATCtacgacctctcattaaatgtgtatagaggaAATACAAGGAAAAATAacgcttggaaggaagtagcagtgATCATTGGAGCCTTGTTGAGTGCATGTAGCTGGTATGGTTAGCTATACAAAGCTTGAACGCGTAACGGAAATCAAACAActaattttcacactgattagtttAAAATTCTCACACATCTGTTTGAAAATAAACTGTATTTACTAACTCATCTGGCCATGAACcgcttttcactttttttttttaagtcagacTATTCTTGCTTCACCAATTCGGTTTGATTTTTGTCGAACACCAAATGTTCCTTGTCTGTGAATGTTATTAAATCATGAGGAGCCAAATCACAGAGAAGAGTCATCAAAACAGTTTTATTCACTGACGCCTTGTCTcgattattctttttttttttgtaaaattttccGGCCGCAAGCTTCAGAATATAAAATGTTAGAATCCCGAGTATACGCAGAATTGCTACTGCAGCATTAACACAGCCAGTTCTTTATTCTGCATCGTCAGCAGCAGCCCTGCTATTGATCTTTTGCCAGTCCAGTCTGTGAAAGTTTTGAACATTTGCCCGTTTTcagcagcaaaataaaaactttagaACACTGCAGTGCGACGTACAAGAACGTCACTGGATTGAAGACCGTGCACAGAATCCCATCtttgaaagttttatttttagcagttAGTGCTGACGAAACCAGTTAATCAGCTTGACGCTCTGGAAAACGTAATTAAAATTCTGGTTGGTCGACCGCTTAAGCCAAGGTGTGAGTAAAAGTGAtggaaacatattttttttaaataaatcacaacatTGTGGATGTAATGCACATGTTTCAGCACTATATTTGGATTTATCTAAACAAAAACATGGCCACAGAGGACACAAAGTGTGCCGTTTGGCCTGATTTTATTAACAAAAGCCTCAAACATGGCTGCAGCTCTGAATGTTAAGAACATGAACAGATATCCAACATCACATCTCTCCATTACGCTGCTGTTTGGTCTCGTTTCACTTTTACGGCATGTTCAGGCTTTTCCATGACTCTGCCtcattcatttgcattcattttcttttgccGACTTtggaaaattgttttaaaattgtgaaacgTTTCGGTGGAAGTGCAGCTCCAGATAACATCAGTGCCAATCCTgagcttttatttctcttttactgTCAGCAGCTCATAGTGAAGCGGTGAACCACAACCAAGTGAGATTCAAGATTGGTTCATTCCAGACCTTGTAGACACAGTACACcttgtatttacatttttttcttttcttttcttttttttttttttttttggtataaagccacaggagcatttacataacctgacatttctgttatGTTCTGGTTTATAGATCCAAagcagtaactttttttttttttttttttaaagctcgcTGAATAGTTGTtaatgttcttctttttttgtgcactaatataaataatgtaaattttttttcccacgttcacttcctgcagtttgtCTCATGTCATACCCCATGTTTCCCCCAGTTTGTTCACCTGCCGAAAACGCCATTTGctctcttctgcatacatgagctcacagacacacatgattggctagtgttgctgtgattgacaggggaaagagaATATGCCCCTCCCACTGAGAGCACGGCCACTTTTGATCGCCAGACTCCCAGCCACGGATAGCTGTAGCACTGTCAGGATTCGAGCGTGCGGTCTCTCGGCAGTAAGGCCATATCTTGTATTTTAAACCTGTCAGCTGCACAGCGTCCTGAATTATACTGAACACGCTGGAATGAGGTGCAGTGCTGTTTAAAACCGTGACACATTAATGACGTTACTACAGATAAGAGGCTGTGTAGCACTGCTCTAAGTGCTAATTAGCCTCATGCATCAGTAGACTACTGACTCAGCTCAATTAGAGCAGAGTAACAGGTGAGGACTGCTACATGTGCTGAAGTGAGGCAGGGTGAGGCAGTGCTGCTGACTCATTACTCACCTGCTGCTTTCACTTAAATCATTATATCTACACTTCATCAGCACGCATCACGCACCTTATTATAAAcacctctctctcctccttactctctctctttctttctttgcttcttccttgctttctttgctttctttttgtatttgtttttttttttttttgtatttttagttttat

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU400705 True 8104 lncRNA 0.40 2 4718197 4731105

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113546190 LOC108257430 coding upstream 106597 4599150 ~ 4611600 (+)
atp13a1 atp13a1 coding upstream 120764 4575616 ~ 4597433 (+)
lmx1al lmx1al,LOC108256788,LOC108429662,LOC107672514,LOC107670451,LOC103034908,LOC100696700 coding upstream 152916 4528819 ~ 4565281 (+)
gmip gmip coding upstream 194097 4498517 ~ 4524100 (+)
colgalt1a LOC108257422,LOC108429625,LOC107757371,LOC107670492,LOC107672476,LOC107711180,LOC107567242 coding upstream 223751 4477813 ~ 4494446 (+)
xab2 xab2,LOC102796593 coding downstream 50186 4781291 ~ 4794558 (+)
camsap3 camsap3 coding downstream 67236 4798341 ~ 4840522 (+)
LOC113546287 rdh8,LOC108257005,LOC108429652,LOC105905727,LOC107563320 coding downstream 146290 4877395 ~ 4887345 (+)
col5a3a col5a3,LOC107587984,LOC107757338 coding downstream 283725 5014830 ~ 5096273 (+)
olfm2a olfm2,olfm2a,LOC107563315 coding downstream 412121 5143226 ~ 5254263 (+)
G338252 NA non-coding upstream 38572 4677517 ~ 4679625 (+)
G338164 NA non-coding upstream 347986 4339204 ~ 4370211 (+)
G338147 NA non-coding upstream 391702 4326052 ~ 4326495 (+)
G338116 NA non-coding upstream 449742 4268246 ~ 4268455 (+)
G338057 NA non-coding upstream 462298 4255557 ~ 4255899 (+)
G338658 NA non-coding downstream 510220 5241325 ~ 5241584 (+)
LOC117595846 NA non-coding downstream 646101 5377206 ~ 5386152 (+)
G338683 NA non-coding downstream 656883 5387988 ~ 5392192 (+)
G338799 NA non-coding downstream 700744 5431849 ~ 5432264 (+)
G338814 dnmt1 non-coding downstream 793935 5525040 ~ 5526609 (+)
pbx4 pbx4,LOC107757367,LOC107672472,LOC107670485,LOC103392870,LOC102788435 other upstream 49941 4616324 ~ 4668256 (+)
G338163 NA other upstream 363168 4352522 ~ 4355029 (+)
rsad1 rsad1 other upstream 393161 4307922 ~ 4325036 (+)
LOC113546300 LOC108280069,LOC108261210,LOC108257281,LOC108257282,LOC108257284,LOC108257326,LOC108257286,LOC108257289 other upstream 2325660 2358116 ~ 2392537 (+)
LOC113546301 LOC108257282,LOC108257281,LOC108257284,LOC108257326,LOC108257289,LOC108257286,LOC108257310 other upstream 2377936 2302145 ~ 2340261 (+)
LOC113546199 pet100,LOC107672445,LOC107563330,LOC107587949 other downstream 26709 4757814 ~ 4762602 (+)
stxbp2 stxbp2,LOC107670524,LOC107587946,LOC107711254,LOC107757364 other downstream 30208 4761313 ~ 4780386 (+)
LOC113535938 tmem196,LOC106588729,LOC107667578,LOC107568813,LOC107755951,LOC107571147,LOC107655099 other downstream 1602884 6333989 ~ 6343909 (+)
mturn mturn,LOC107559763,LOC107572558 other downstream 1873500 6604605 ~ 6616023 (+)
G339324 NA other downstream 1979910 6711015 ~ 6717146 (+)

Expression


Co-expression Network