G340339


Basic Information

Item Value
gene id G340339
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047617.1
NCBI id CM018563.1
chromosome length 20335669
location 8850968 ~ 8859663 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU403270
GGGGAACTCAAGTTTATTAATCAATGCCATATACAGTCAAGCAAAAAAAGTCAACTATATTAAATGATATTCACATTATATCCTAGCAGGGTTTACAGCATATATTGAGCTTGCAATCATAATAAAAgcataaatgaaaaaaaaaaaaaatcctattatAGCAGAATATACCTCgtcttaattttcttttaatttctctGCCCAATTTTACatagggcttttttttttttactgattagAAAGTGCAATATACAAATACTGATCATTCTATGCAGCATTCACTCAAGGTTGCATGAGTAATTCATGTATAAATTCTTTGATGTGAGAATGAATTATcaaatcaaaaataattatcaccaaatataaatacaggaGATGACAGATctgaaaagacacacacacacacacacacacacacacaaagtgaatGTCTTTAGCTCAACAAAAATATCAagaatattgattttattttcatacccTTTGTACCTTTTCGATCTTGAACCAACGGAAACAGGCCAGTGTATCAGTAGAGCATATTTTGCaaacatatttcattattaatttaacaGTAAATTCCCTTTGTAAAATGTTGCAAGGTAAAAAATTACACgcaaaactattttaaatagcttattCTCAACCTGCTTACACTTGCTGTGGAgctttcaccaaaaaaaaaaaaaaaccctcgtTTTGTTTATTGCAATACTGAATATTTATCAAAAAGAAGAATCGAGCCTAATGCAAGCATTCAGACACAGCGATGTTGACAAGCTGGTTTGTTAGAAATCATGCTGCCAAACTTGgactaacatttaaaaaaaattgtacaaacATGCTAGGATTTTTGGATGTAGCAAATTTGCCTTTCTGTAGTATTGCAAAAGCAGAGCAGTGCTGACTGGGGCAACTGAACCCAATGTGATCCTAAATACGGCACATCACTACTGATGATTACAGAGAGAACACAAAAATTTCACAACCAGAAAAAATCTAACTGCGTTCAGTGACACTTGCTGAGGAACCACACAGTCACCTAAAATAATTAAACCATGATGCACCCTGTAGACAAGAGTAATAATGCAATTATTGCTCTGTGTACACTCAAAGAAGAAACTAGCAATTAAGGATGggcaatatggcaaaaatattaaatcacaAAACTTAAAAACATCTTTGCGATACATGATATATATTTTGCTAACAAGGTTTTGctaacaaagcaaaaataaaaataaaccaattagtacaaaaatgtttattgtCCCGTCGGTTGCTTTTTACAGTAAGTTATAAAAGCAGTGACACCTGATGATAATGACGAAACAAAAGTGTATCATGTTTATCGTGACTGcgtcacaatatcaatatctcCTCGTTATATTGCCCGGCCCTATTAGCAACCTATCCTCGTGCCGTGTCTATGCCACTACCAAACTACCACAGAAaacaatgtttaatgtttactgACGAGCATATTttgaaacaaaattaataagTATCTATTACGACTACAGTTTTTGCCAAACGCCGGTTTACAGTCCACAGAAAGTCCTTTCACAATTTGGTcccctacattttttttgtttgacagGATGTCTCTCATCTCGCcaacaatacaatttttttttttttctgaaaatgctAAATCTAAAATGCAGTATTGGCTTGAGTTGTTTGGTCACTATTATTATTCGTTGTCATGatcatataaattatatatacactcacagtctactttattaggaacacctgtacattaaTATAGTTATCTagtcagccaatcgtgtggtagcagcgcaatgcattaaatcatgcagatacaggtcaagagcttcagttaatgttcacatcaaacatcagaatgtaattctgcgtaaactctagagactgttgtgtgtttatgaaatactttaatcagcccatctggtaccaacttGCCacaattaaagtcacagagaacacactttttccccccattctgatgtttaatgtgaacattaactgaggaTCTAGtcctatatctgcatgattttatgcattgtgctgctgccacatgattcgctgattagataactatattaatgtgcaggtgtacaggtctGCCCAATAAAGTGGGCagtgagcatatatatatatatataaaaagagagagagagagagagagataaggagaTAAGGTTAGCACCCTAAATTGTTCTGAGGTAGTTGGTATGAAGTTGGTATAAAAAGCCAGGTTATTAAgctagtgattttttttttattattattatttttaaagattttcagCCTTGTACACAGGAACACTTCATTTCAGTATTTTGTGTACATATGAGTGGTGACCAATGATATGTCACTTCTTATCAAAAACAGACTTTGCTGATTTTTAGTAAaatcattttagaaaaaatTAGTATGGCGTAAAATGGCATTGGCAAAATTTTCTAAATGGTAAcctgttaattaatttatttatttgtgcacATAGTGACTTGGAGCAGATTAGGGGATGACAAGCACTGACTGAAGCCGAGACGCTAAGTCTGAAATGAGAACCTGGGCATCAGGCTATAGTTTCAAATAGTGGCAGTATGGAATTTAATGCTTAAAAACATCAGTAATTATAAATGTCctaaaatgtaaaacagaaaCAACATAATATTGCcctaaatataaacaattcTTACAGTGCAGCACCTCAAACACAAGCAACAGAAGGATTTGTCCATATGTCAGTAATAATTGCCCAAACACAAATGTTAACTCAGTTCCGCACATCTGAACTGCAGCTGATATACATGTATGTGTATTACTTATGCCATTGAGTATCTTCATATACACCATAGTCTTATCGGGGgtggagcattttttttttctctcacgtTTATATTTTCAGTAGACTTGGAGGCTTTGATTATCGTATTCAGTTACAAGTAGAAAGTTAGAGTGCAAAGTtagagaaatgtttatttattagggaGACTGAATTTCATTTGACTCTTGCCAGTCAAGAGGAAATATCAGATCTGTAAAATCCTGACTATATATTTAGCAAAACAGTTTATTGTTATTGATTCAGGTATGCAACTGATTTTCTCTATAAGTTTGACCTCTAGTTTGAAAGGGACACATTAATTTGGTAGACATTCTCTTGGATTTACCAAATAAGCGTACCTCTGCATTGTAATTTCAAAACAGCACCATGCTGATTCTCATTCAGCTTCTCCATGTTATCACAAAATGCTGATATGTGCTATGTATTTGTGCTGTGCATAGACAAAAGGATTAATCTACCATAGTTCAATACACCAAATTTCATCACATCCAGCATTACTTTGTCACTTGTTTTGGATTACACTGGACATCATGAAACTtctgcagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaaaaactctCTTGGACACAAATGCCAGTTTCATATTTTGAAAGATCAATCCATTTCCAATGAACTCCATCCATTACATTTAAGACATTATATAAAAATCAGTCCTAAAGTCTTTGAAAGAATGAAGTTTAAATTCAAAATCAGACTTACATACAAACCACTAGGAATCATCATAAAACTAATTTGAACAAATTTGAACatgtcccaaaaaaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaaaaacactacaacaAGATGAATGGCTCTGAACCAAAATCAGTTTTTGCATAGTTATTCAAATGTCAGGACTTAGCTTCAGATTCTGCACCAATTTGCATGGTGTAATACAACCCCAAACACAACTGCAGTATCCACTAGCAGTTATGGTGATTAAAGTGGACAACCAACATTCTAATCTTTTGAACAATAACCCAGTCCACAACTATTCATATAGTGCAAAAACACCTCAatcatacattttctttttattatatagGAATTGCATATGCTTAAGAGTTCTGACAATCTAAGGTGCTGGCTTTAAAAGGTAAAATACTAAAACTCAGGTACAGTAAAAGCTGTGATCACTGTCATATTTACACGACAAAGCGAACTGTATCATTGAAAACCAATAAAAAGGAAGATGAAGTGAAAAAACAAAGGAGAAAATAGGTTTAAATTGTTCACTTCGGTTGTTTCCTAAGCTAAGTGATAAATATTAGCTCTACAGATGTCGAAAAATTTGAATGGAAAATGACAACATATTTTGTTCCAAATTAGCAGCCAGTGGGATAAGAATGTAAAACACGAGCACACTGCTTGGCTGAACATGACCGTATTCACACTGTACACTTCCACAAAGACTGAAAATAGATAAGGCTCTTTCAAATCCATTTGGTGAATTTCATTCTAACCATGCAGGGTTACTTCAAAGCTCTGAATCTTtagcactttattattatttaaaaaaaacaaacaaaaaaaaaacacaaaacaaaaaaaaaggtatggCAGTTAATGTAAAAGATTTAATTGGCACCAAGAGTAGCCTCTGAACAGATACGCCTTTTGGTCATTTCTGAGCTAAGTGACACTATAATATGCCCGGAAACTTTGAGAGAAAGAATTTATTCCAACACCACCACTTGTGTAATTGTGAAGAAATGACTAACGCAGTGATGTTACCATTATATTAGAAACAGGCAACAAGAGGTAGGACATCTAGCCATTTCCACACAATTACTAATGGTACATGTCCAATGCCCTTCAAAGTGCATCTGCAAGTTTAGAGACCAGcgtcaaatatgaaaaaataactaAGTCAAGTATTCGAGACTGAGAACTAAAATGCCCCTGCAACACAGTTCGGTCAGAAAATGACAGTAATGAATAACGCTGGTAAAAAGCTGAAGAAACTCAACCTTAAGAATCAGTTCCacggttgattttttttttttaatcgtgatctcatggtaaataaaatatttgtttcagGAAAATGTTTAGCACCGATAATTCATTGTGCTTCAGTTACTGTAGGATAACAGTATGCTTAAATATTTGTAATCTTTCTTGGCTAACAGGACTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU403270 True 7695 lncRNA 0.34 2 8850968 8859663

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
chrac1 chrac1,LOC107591666,LOC107580926,LOC107722130 coding upstream 7850 8839251 ~ 8843118 (+)
c23h6orf62 c24h6orf62,cunh6orf62,zgc:111986,LOC103042486,LOC107555566,LOC107724342,LOC107702127,LOC107743835 coding upstream 26143 8820384 ~ 8824825 (+)
ripor2 fam65b,LOC107555568,LOC102779249 coding upstream 35999 8767996 ~ 8814969 (+)
si:dkeyp-120h9.1 si:dkeyp-120h9.1,LOC108257412,LOC106570559 coding upstream 100742 8737159 ~ 8750226 (+)
hey1 hey1,LOC107584259,LOC107702120 coding upstream 132398 8714493 ~ 8718570 (+)
dlx5a dlx5,dlx5a,LOC107670186,LOC106570474 coding downstream 12932 8872595 ~ 8874442 (+)
pdk4 pdk4,LOC107722149,LOC107669734,LOC107591595 coding downstream 174799 9034462 ~ 9053330 (+)
tfpi2 NA coding downstream 392443 9252106 ~ 9255479 (+)
calcr calcr,LOC107669839,LOC107558586,LOC107712922,LOC107667776 coding downstream 404098 9263761 ~ 9315951 (+)
LOC113536235 NA coding downstream 721252 9580915 ~ 9594532 (+)
G340336 LOC108256786 non-coding upstream 5284 8844274 ~ 8845684 (+)
G340297 NA non-coding upstream 182186 8668579 ~ 8668782 (+)
G340257 NA non-coding upstream 233927 8613486 ~ 8617041 (+)
G340248 LOC108256763,LOC108425228,LOC103022454,LOC106515840,LOC107724303,LOC107087831,LOC107584252 non-coding upstream 359054 8489679 ~ 8491914 (+)
G340197 NA non-coding upstream 439610 8399218 ~ 8411358 (+)
LOC117595890 NA non-coding downstream 16294 8875957 ~ 8891060 (+)
G340517 NA non-coding downstream 56943 8916606 ~ 8917800 (+)
LOC117595810 NA non-coding downstream 103274 8962937 ~ 8966727 (+)
G340574 asb4 non-coding downstream 194737 9054400 ~ 9058481 (+)
G340600 casd1,LOC107591593,LOC107665666,LOC107731667 non-coding downstream 275386 9135049 ~ 9135716 (+)
G340208 LOC108256789 other upstream 565764 8282960 ~ 8285204 (+)
LOC113536074 LOC108257189,LOC108257413 other upstream 579469 8240697 ~ 8271499 (+)
G339324 NA other upstream 2133822 6711015 ~ 6717146 (+)
mturn mturn,LOC107559763,LOC107572558 other upstream 2234945 6604605 ~ 6616023 (+)
LOC113535938 tmem196,LOC106588729,LOC107667578,LOC107568813,LOC107755951,LOC107571147,LOC107655099 other upstream 2507059 6333989 ~ 6343909 (+)
sem1 NA other downstream 53265 8912928 ~ 8915846 (+)
sgce sgce,LOC107722147,LOC107669779,LOC107665667,LOC107731676 other downstream 259351 9119014 ~ 9134179 (+)
bet1 bet1,LOC107669829,LOC107722155 other downstream 364941 9224604 ~ 9229638 (+)
zgc:91910 zn706,LOC108425704,LOC107653862,LOC101168967,LOC107556412,LOC104931588,LOC107710523,LOC107670289 other downstream 1334084 10193747 ~ 10197002 (+)
G341451 col8a2,LOC107565043,LOC107710560 other downstream 1614820 10474483 ~ 10481970 (+)

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