G340592 (col1a2,LOC107722140,LOC107667770,LOC107731699,LOC107669816)


Basic Information

Item Value
gene id G340592
gene name col1a2,LOC107722140,LOC107667770,LOC107731699,LOC107669816
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047617.1
NCBI id CM018563.1
chromosome length 20335669
location 9157458 ~ 9177134 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU403575
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>TU403579
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Function

symbol description
col1a2 Predicted to be an extracellular matrix structural constituent. Acts upstream of or within response to mechanical stimulus and skeletal system development. Predicted to be located in extracellular region. Predicted to be part of collagen type I trimer. Predicted to be active in extracellular matrix and extracellular space. Is expressed in several structures, including cranium; integument; myoseptum; osteoblast; and pectoral fin. Used to study Ehlers-Danlos syndrome and osteogenesis imperfecta. Human ortholog(s) of this gene implicated in Ehlers-Danlos syndrome (multiple); heart valve disease; intracranial aneurysm; osteogenesis imperfecta (multiple); and osteoporosis. Orthologous to human COL1A2 (collagen type I alpha 2 chain).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU403576 False 16259 lncRNA 0.40 5 9157458 9177134
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TU403578 False 16282 lncRNA 0.40 4 9157458 9177134
TU403579 False 15696 lncRNA 0.40 7 9157458 9177134

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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sem1 NA other upstream 241612 8912928 ~ 8915846 (+)
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G339324 NA other upstream 2440312 6711015 ~ 6717146 (+)
bet1 bet1,LOC107669829,LOC107722155 other downstream 47470 9224604 ~ 9229638 (+)
zgc:91910 zn706,LOC108425704,LOC107653862,LOC101168967,LOC107556412,LOC104931588,LOC107710523,LOC107670289 other downstream 1016613 10193747 ~ 10197002 (+)
G341451 col8a2,LOC107565043,LOC107710560 other downstream 1297349 10474483 ~ 10481970 (+)
smim12 smim12,LOC107726140,LOC107664707,LOC107698988,LOC107563281 other downstream 2115157 11292291 ~ 11294356 (+)
dlgap3 dlgap3 other downstream 2137396 11314530 ~ 11473323 (+)

Expression


Co-expression Network