cmtm4 (cmtm4)


Basic Information

Item Value
gene id cmtm4
gene name cmtm4
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047619.1
NCBI id CM018565.1
chromosome length 19570078
location 426873 ~ 452014 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU424567
actcacacactctctctctctcacacacacacacacacacacactccggccTTCTGGCCTCTTCACATTCCCTGCAGCTCGGTGAAGGTTCACACACGGCGTGTTTTGGGGTTTTGTCCGGTTTCCGGTTTGGTGAGGAGTTTTTCCGGGACTGCGGCGCGCGTGCACACTGTGCAGAGCggaaacacaacaacaacaacaacaacatcatcaacactatcatcatcatcaccatcatcatcaccagcatcagaagcagcagcagtgttGGTGCTGGAGATGCCGCAGGCTGAAGGACAGAAACTCAGTTCAGGAATAAACACTAACATGGAGCTGAAATCTACAACCCAGGAGCTTCCGAGGAACTGAGAACATCTACACCTCACTTCCATCTAATTTACATACAGCTACAGCTTCACACCTCCAGCCCTGCGTCGGCGTGTCTGCGTCCTGAGCGCTGTTTCTCGGTGAAAGCCCCGCGGCCGGGTCAGGATGCGGAGCAGCGAGGAGGCGGAAGGTTTTGACGGCGAGGCCTCCAACACGGCGATGGTGTCGGGGACGAGCAGCCCGTATCAGCCCACCACGGAGCCCGTCCTCTCCCGGAGTGTGTTCAGGAGCATGAGCTGGAACACACACTACCTCACGTCACAGCTCGGCATCCTGAAGATCATCGAAGCGGTTCTGTCCCTCATTGCGTTTATCTGCATTGAGACGGTGATGATGTGTTCTCCCTGCGCTGGAGTTTATCTGTTTGAGTTTGTGAGCTGCAGCTCCTTCGTGGTGACGGGACTCTTACTGCTGCTCTTCATCCTCAACCTCCACAGCAAAGTCACACAGATCAACTGGAG
>TU424569
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>TU424570
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>TU424571
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>XM_034299619.1
cacacacactcacacacacacgcactcacacactctctctctctcacacacacacacacacacacactccggccTTCTGGCCTCTTCACATTCCCTGCAGCTCGGTGAAGGTTCACACACGGCGTGTTTTGGGGTTTTGTCCGGTTTCCGGTTTGGTGAGGAGTTTTTCCGGGACTGCGGCGCGCGTGCACACTGTGCAGAGCggaaacacaacaacaacaacaacaacatcatcaacactatcatcatcatcaccatcatcatcaccagcatcagaagcagcagcagtgttGGTGCTGGAGATGCCGCAGGCTGAAGGACAGAAACTCAGTTCAGGAATAAACACTAACATGGAGCTGAAATCTACAACCCAGGAGCTTCCGAGGAACTGAGAACATCTACACCTCACTTCCATCTAATTTACATACAGCTACAGCTTCACACCTCCAGCCCTGCGTCGGCGTGTCTGCGTCCTGAGCGCTGTTTCTCGGTGAAAGCCCCGCGGCCGGGTCAGGATGCGGAGCAGCGAGGAGGCGGAAGGTTTTGACGGCGAGGCCTCCAACACGGCGATGGTGTCGGGGACGAGCAGCCCGTATCAGCCCACCACGGAGCCCGTCCTCTCCCGGAGTGTGTTCAGGAGCATGAGCTGGAACACACACTACCTCACGTCACAGCTCGGCATCCTGAAGATCATCGAAGCGGTTCTGTCCCTCATTGCGTTTATCTGCATTGAGACGGTGATGATGTGTTCTCCCTGCGCTGGAGTTTATCTGTTTGAGTTTGTGAGCTGCAGCTCCTTCGTGGTGACGGGACTCTTACTGCTGCTCTTCATCCTCAACCTCCACAGCAAAGTCACACAGATCAACTGGAGCTTAGTGGACCTGATTAACGCTGCGTGCTGCACGCTGTTCTTCTTCATCGCCTCCGTGGTGTTAGCGGCGCTCAGTCACAAGAGTGAAGCAGAAATCGCTGCCGTGATCTTCGGCTTCGTGGTGATGTTGGTGTACGGTGTGAacacgggtgtgtgtgtgagacggtgGCGTTTAGGAGACCAGCGCCCCCTACAGACCAGCGAATACACACGCGCCAGGACGGCCTCGCGCGGCGAAGTGGAGACACGACCcgaataacacacactaaacacacacactaaacacatgcacacaataaacacacactaaacacacacacaataaacacacactaaacacatgcactaaacacacacactaa

Function

symbol description
cmtm4 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human CMTM4 (CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4).

NR:

description
CKLF-like MARVEL transmembrane domain-containing protein 4

GO:

id name namespace
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU424567 False 848 TUCP 0.54 3 426896 438886
TU424569 False 3723 lncRNA 0.40 3 448081 452014
TU424570 True 3819 lncRNA 0.40 2 448081 452014
TU424571 False 3582 lncRNA 0.40 4 448081 452014
XM_034299619.1 False 1233 mRNA 0.54 6 426873 448589

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
dync1li2 dync1li2,LOC107562216,LOC106561980 coding upstream 6005 405979 ~ 420868 (+)
nae1 nae1,LOC107562208 coding upstream 50627 362885 ~ 376246 (+)
si:ch211-260e23.9 LOC108259284 coding upstream 88232 330987 ~ 338641 (+)
plekhf1 plekhf1 coding upstream 103543 320536 ~ 323330 (+)
LOC113525130 NA coding upstream 120110 299673 ~ 306763 (+)
tk2 tk2 coding downstream 14526 466540 ~ 476972 (+)
cdh11 cdh11 coding downstream 501191 953205 ~ 995231 (+)
cdh8 cdh8,LOC108259133,LOC107751507,LOC107591036,LOC107708568,LOC107655537,LOC107561036,LOC107660669 coding downstream 851867 1303881 ~ 1433318 (+)
LOC117596061 NA coding downstream 1438560 1890574 ~ 1904591 (+)
itfg1 itfg1,LOC103369364,LOC107395746 coding downstream 1568706 2020720 ~ 2174969 (+)
G358344 NA non-coding upstream 2230 379230 ~ 424643 (+)
LOC117596071 NA non-coding upstream 26017 399347 ~ 400856 (+)
G358338 NA non-coding upstream 32252 391333 ~ 394621 (+)
G358312 NA non-coding upstream 140346 284243 ~ 286527 (+)
LOC113525132 NA non-coding upstream 152250 273454 ~ 274623 (+)
G358359 NA non-coding downstream 33721 485735 ~ 487322 (+)
LOC117596049 NA non-coding downstream 93562 545576 ~ 548885 (+)
G358478 NA non-coding downstream 180474 632488 ~ 632693 (+)
G358508 NA non-coding downstream 425242 877256 ~ 914967 (+)
G358513 NA non-coding downstream 456482 908496 ~ 946514 (+)
ccne1 ccne1 other upstream 75104 344062 ~ 351769 (+)
c25h16orf87 c27h16orf87,cunh16orf87,clg02h16orf87,cssa11h16orf87,LOC103043940,LOC106587296 other downstream 1869110 2321124 ~ 2386730 (+)
igdcc4 LOC108259659 other downstream 2184275 2636289 ~ 2694287 (+)
cilp cilp,LOC107670750,LOC107750479,LOC107554910 other downstream 2333613 2785627 ~ 2823338 (+)
cebpa cebpa other downstream 2793696 3245710 ~ 3300683 (+)
cylda cyld,cylda,LOC107551493,LOC107657079 other downstream 3261638 3713652 ~ 3767714 (+)

Expression


Co-expression Network