G358513


Basic Information

Item Value
gene id G358513
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047619.1
NCBI id CM018565.1
chromosome length 19570078
location 908496 ~ 946514 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU424772
agagatgGATATTAAGGGtaatatgtcaaaaaaaaaaaaaaaaagaaatttgaatAAATCCCTTTTTGATATTGCTCCATaatgatatgaaaaataaaataaaatagtaataattttaaaaaaaatcctctttgAGAACAGCATAAGCGTTCCTCTGTGACTGtgttcatgtttatatataatatgtgttttagtgtttaatgtgtttaatcatGTGACTTACACcatcatttattacagttttaatggattaatgtaaaaaaacaaaacaaaacaatttttctTTGCCACATTTaggcttttttatgttttctttcgGATTGAAAATCTCACATCTGCCaggatttacatttttaattttaattaaaatgtaattaatttatttatcgtTTTTTTCTTCGTGGTCGTGGCGTAAACGGCGATAAATATCCGTCACGGCGTTTTCTTCGTAGCGTTTGTGTATCTGAGATAAACTCCAGAATTCGGAAGGTCGTGTGAGGACcgctgctgtttttatttcagataaatTTAAAGGTAGCGTCTCACGCACCGCTCTCGAGCAAAGCAATCTCAGtgaaggccaaaaaaaaaaaaaaaagacctgatCGTAAACTCACAGACGTTCTGTACGCCAGCGGAGCCCTACACTTCCTCCTGCTGCTCTGTGGTATTAAAGCGTATTAGTATTTAAACACCAGAACACACATTTTTCCTTCCTGACTTGAATAATGGCATCATTTGTGCCTTGGCTTTCGTCCACCGAGGCTGCTACGTCTCTTTTTTCGCTCTTGCTCGCTATAATGATGTGCTATAAGAGGCTGGATAAATGCAGGCCACGGTATCAGACCATGAGATCACCATGGTTTCCATTTCCTCAGAAAATACGAGCTGTAAAAATACAGCGAGCGTACAGTCGAGTCCAGCGGCGaggtgtgttattattattactattattattattattattattattattattattattattgttattggtCAATTCCAGCGTTATGGATGTAAAATATGAACTCATATTGACCTGTAAAAACTGTGTCTCTGATGCTGAACTCATTTATCTGGTCATTTATTgattatatcacacacacacacacacacacacacacatcattcacTAATCATGAATGAAGTCGTAACGCAGACGTCGACTATTTAACCGTAACTTTTACTGCAATTGCCATTGGATAATCCATTCAGACGCATAAATTAAGTCCAATCCCTCTGATTGGTTTATTTAAGGTTCGTTCACACTAACGAGCGATAAAACGACTGACGATCGTTCATTCTCTACGGACACGTGCGACACGTGAGAGCGACACGCGAGTagattttctcaactttatgcaaattcgGTAccaaagcaacaaatccaaacgattggctgagaacatttttaaagacaagATAACGTTGAACAAGCGTTTTGTTAACGTTAGTGGAAGAACGTTCGTTCGTAACGTTGAGAGAACCTCACCACAACATTCCATGTTAGCTGGGATTCCTCTGACTAATCACGCGTCACGCATTggtacaacatttttttttgctaatgctGTTTGACTCGAAAAACTTATAACTTATAACTTAAAATCTTATCCTGTCGTGTACTGTACGATCTCGCATTATGTGTATATAGAGActttacgaagaaaaataaagcttggggaaaaaaatagcagaGATCGTTAATGTCTCTGATGAGTgtttgtagctagtacagttagcttctGCTGCTAATTTCAAACATTCTCACAATCATTACTGCGTCATTTAGTTTGTGTTTGACTAGTTAGAagaaaatatatagatatacagatatatactgtagatataaaGGTATATGATGGTGTCTCTGGTGAGTGTTTGTAGCTAGGACAGTTTGTAGCTAGGACTAATACGAAGCCTGGCATGTAACGTACGCAAATTTTACGAccactttttcacactttttcactttagggagaaatgtacttttttaagtacattttaaagacatttaaacagttaatgctGTAGTAAAGTGTGTGATGTAGGCTACATTTTGGCTACTACTCTTTCTAAAAACGCTGGATAGACGATACACGGCTACGAGCGACGCCAGTAGCGCTCGCTCCAGGGTTTGTGTTTCCACGGTAACCAGTTAGAATCAGGTTTTACCCTACTAGTGTTATACGAAATAATATATAACgataaaagaaatgatttaacAGTAATTGGTGCCTGGAGATAAATCAGGATTGAGTATACATTAAAGTGAACGTGTCATCAATAAACACGTCAATCTAAtcgataattgcatgaatttcTCCTGAAATAAATGCAGTTAAGGATCTGATTTAAACCTGTCCGCATGCTGGGAGTTAAATATGAACGGAGTTTGATTTGTGTAGACGTGTCTGTGTTTACTGCGCACTTACAGCACATTGTTTAATTGCACTTTTCTCCAGAAGCTGCTTTTAGATTTTACTGcagctcttctttctctctcctggagtggaggaggaggaggaggagaaggagaaggaggacaCGTTGATCCCTAATGACATGCTCCATTACTCCCTCTGTTAATCTGCAATAAAGCTAATTGCGGGCTTCTCCGGCTCCTGACTCCGACCCCCTGAACGACACGCTGCAAACCGCATCGTATAAAAGTCTCACACATAAAACTCCGATGTCGGggactaataaaataaataggcGAGCTTTGTGTAGTGGTGTAATCACCTGCAGGAGCGCACTAACTCAAAGCTGAACTATTTTGCCAAATCATTTGGCAAAACCTCTTGATTTGGGGCTTATAAAACAAATTGAGATTCAAGGGTCATTTTATCCCAACTGGAAGTgaactactttttttaaaatgtatttatttctttttattttacaccGTCACCCACAGCCTCgtctgttttttaaatctgtagaATCATCTGTAGAAGCTGTTGTTTGGGGCTAATAAAACGATACGAGGCCCTCAGTAGCGCAGCGTCCACCTGGTGGGAAGTTAAAGACCTGAACAAACCCTAACAAAGGCCCTTTTATATCAACAGGAAGTGAactacttttattttcttttttaatttccgATATCGCCCGCAGCCTCGTCTGGATAATCAAATCACCTGCGCTAATAAACAACACGAGATCTTCTTCACCTGATGAGATCTCAGAGATACAAACAACCCTAACAAGAGCTCTTTTGTCCTGCTAACTTTTAATCTCTGAAAAATCACCCACTGCCTCATCTGTTTGTCACATTTGCTTAATTATCTGAGCTTCACACAGTGACGCCTCTCATTGTGGTTACGAGCTGCCTCGTGCATTAAAGCTCTAATGTTTGAGACTGATAGAGCGACGTGGAGCCTGCTGAAGCTCACGATTCACCTGAGGAGAGCATGAAGAGGTGAATAAACCCTTTTAATCTCAtctgtttttcacatttacttCCAGTGATGACTCTGAGGCTTTTCAGCTTTctggtgattaaaaaaaaaaaaaccctctcatGCGGGGATTAATAAAGCAATAGGAAACAATAAAAAACCTTCTTCATCACAATATCCACCTGTTAGGACCTTGAAGATGTGAATAAACCCCAACTAGGGCCCTTTTACTATCTTTTGAAATCAGACACAGCCTCATCTGTTTGTCATATTTGCTAATAGAGATGCTTTGTAGGCTTTTGAGCTCTTAGTGAAAAAAATACCTGTCATGTtgtgattaaaaacacaataaGAAACCATCTTTTACAAAACATCCACCTGGTAGGATTTGGAAGCTGCGAATGGACCCTAACTAGGGctctttttatccttttaatcTCATCTGTTTGTCATATTTGCTTCCAGTGATGCCTCTGATGCTTTTAAAGCTTCCTGGTGCCAAAAGAAACTCTTATTTTtggattaataaagtgaaaagaaatgataaaaaacTTTCTTCATCACATCATCCACCTGGCAGGAGCTTGAGGATGCAAATAAACCCTAACTAGGGCTCTTTATTCCTTTTGGAAAACGGGGCtcttcatttttaatcactCACAGCCTCGTCTGTTTCTCAGATCTGTCTGTTATCATTTGGTAAAACTCTTGTTTGGGATTCATAAAGAGATACGAGATCTCTTTACTTCATCACAGCATCCACTTCATGGGAGGCTGAAGATGCAAACAACCCTAACTAGGGCTATCGTGTTATCGTTTTAATCTCTGAAATCAGACACAGCCTCGTCTGTTTGTCGTATTTGCTCATGGAGGCATCTCTTAGGCTTTTGAGCCACGTGGAGCTGAAAAATTCTCATGTCGGgattaataatatcaataagAAGCATAAGAAATCTTCTTCATCGCAGCGTCCACCTAGTAGGAGCACAAAGGTGCAAACAAACCCTAACTAGGGCTCTTTTTATTCTTGTGAAAGTGAGCTATCTTTTAAGCCTTATCTATTTTGCACAGACTGCAGCCACATGGCGATTCGTCTTATTCTTACGAGTTGCAGCATCGTGTGTAAAAATCCCTGATGTTTCAGACTAATAAAGCGGTGAGAATCCTTCTGCAGCTCAGCATCCACCTGatcggagaaaaaaaaagacaaaaacaaccCTAACCAGTGGTCCGAAACCGCTGCTGGATGTGAGACGATCTCTTAGAATTGCTCAGATCCCAAACACAGTCCTTCTCTGTGTGTCACATTctggatgctgattggtcagaaggtgtttgtgtaacgtttatggaaggagtctccagtgtcagcgctttgtaacagccagaggtaaagctgtagctttaagtttacagacatcttcaggacagaggagtttacgcttctttgcggtttctcactaataaaaatatgacaagctgcgtaatttttttatcttattaacttgaagagagagaataaagaggctggtgagggaacgagtgtttatagctgctataacgtaagtgagaacaggaactaacctgtttcacaga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>TU424774
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU424772 True 7759 lncRNA 0.39 4 908496 919746
TU424774 False 2676 lncRNA 0.37 2 916213 946514

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tk2 tk2 coding upstream 431524 466540 ~ 476972 (+)
dync1li2 dync1li2,LOC107562216,LOC106561980 coding upstream 487628 405979 ~ 420868 (+)
nae1 nae1,LOC107562208 coding upstream 532250 362885 ~ 376246 (+)
si:ch211-260e23.9 LOC108259284 coding upstream 569855 330987 ~ 338641 (+)
plekhf1 plekhf1 coding upstream 585166 320536 ~ 323330 (+)
cdh11 cdh11 coding downstream 6691 953205 ~ 995231 (+)
cdh8 cdh8,LOC108259133,LOC107751507,LOC107591036,LOC107708568,LOC107655537,LOC107561036,LOC107660669 coding downstream 357367 1303881 ~ 1433318 (+)
LOC117596061 NA coding downstream 944060 1890574 ~ 1904591 (+)
itfg1 itfg1,LOC103369364,LOC107395746 coding downstream 1074206 2020720 ~ 2174969 (+)
LOC113540805 neto2,LOC107757778,LOC107591032,LOC107660668,LOC107598688,LOC107723137 coding downstream 1231464 2177978 ~ 2203598 (+)
G358478 NA non-coding upstream 275803 632488 ~ 632693 (+)
LOC117596049 NA non-coding upstream 359611 545576 ~ 548885 (+)
G358359 NA non-coding upstream 421174 485735 ~ 487322 (+)
LOC117596071 NA non-coding upstream 507640 399347 ~ 400856 (+)
G358338 NA non-coding upstream 513875 391333 ~ 394621 (+)
G358519 NA non-coding downstream 25066 971580 ~ 972346 (+)
G358577 NA non-coding downstream 193493 1140007 ~ 1140358 (+)
G358587 NA non-coding downstream 293400 1239914 ~ 1240138 (+)
G358713 NA non-coding downstream 503641 1450155 ~ 1450465 (+)
G358720 NA non-coding downstream 661125 1607639 ~ 1607911 (+)
cmtm4 cmtm4 other upstream 456482 426873 ~ 452014 (+)
ccne1 ccne1 other upstream 556727 344062 ~ 351769 (+)
c25h16orf87 c27h16orf87,cunh16orf87,clg02h16orf87,cssa11h16orf87,LOC103043940,LOC106587296 other downstream 1374610 2321124 ~ 2386730 (+)
igdcc4 LOC108259659 other downstream 1689775 2636289 ~ 2694287 (+)
cilp cilp,LOC107670750,LOC107750479,LOC107554910 other downstream 1839113 2785627 ~ 2823338 (+)
cebpa cebpa other downstream 2299196 3245710 ~ 3300683 (+)
cylda cyld,cylda,LOC107551493,LOC107657079 other downstream 2767138 3713652 ~ 3767714 (+)

Expression


Co-expression Network