AMCG00002935 (LOC106589936)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00002935
gene name LOC106589936
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 7062473 ~ 7066350 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00002935
AGGGTGGGTCATGTGACCGGCTGCGCGGCGCTGCGGATGTTTTAGACGCTGCTGACCTTATGATAAGGAGACGGCGAGGAGCGCTGGGACACCATAGGAGCAGACATGAGCTGCAAGACGCTGTCCAAAGCTGAGCTGTTAGCAGCCGTCTCTCTGGCCGCTGGGACCGCAGCTATTGGTTTCCTGGCCTATAAGACCTTTTTCTCCAAGGATAAGTGCTGCAAGGCCAGGGTCAACCTAGATATCCAGAAGGACAACCCGAAGGTGGTGCATGCCTTCGACATCGAGGACCTGGGAGAGAAGGCAGTATACTGCCGATGCTGGAGGTCTAAGAAGTTCCCATTGTGTGATGGTTCTCACACAAAGCACAATGAAGAAACCGGAGATAACGTTGGTCCTCTCATCGTGAAGAGAAAGGAAGCTTGAAAAATCACAAATGCGCTTCCCAAGAAAGCTGCTTGAGATGCACTATTGtttgcttgtagatgtataaatcTGATTGAAACCTAATTGCAAGGACCCTCTGTGCTAATGTGTACATATTTGGTTGGTATCTGCCTAATGTAGATCTATttacagtaccgtagcacatcATTGTTTCTCTTAATCTGTgaagtttgatttatttgtttaatcaaaaatGGGAATGTCACCTGTAGTCTTGGCATTGGTATCAGTCTGTTTAGCTGCTTTCAAAACGGGTCTGTCTTCATAATTCTCCAAAGAGGGGCTTcttaagtgttttgtttcagattaaTTGCATTCATAGCTGAGGAAAGAATTTTTGCAAACCACTGTGAACTGTAACCAGTAAACCATGTGAAcgaaaaatgtttttaaagaagtTTGAGCGTTATTCTCAATTGACATTTTTTCTATTAAGTTTCCACAAAATGTATCTTCCCTTTATCTAAAAATGGAGGAGCAGAATGTCTAGATTTCACTGACAGTAAAAGTTCTATCTGCTACCTGTACAGAcccaatttatttaaatactgaatgtattttatttatttattttgcagctgcTAAAATAAGGCAGTATGTCCCGTTTCTTGTCAGCCCATTTGGCATTGAACCATTTGATCCGAccactttgttttactgaatcTTCTCAATCCAACGTTTTCCATTTGGCTGCCCTAGCGTCATTcagaacaatttgcagaatTTGCTTTCTTGAGTATTTAAGTAAATTCACTCTCCTTATAATTATGGAAAGGTATGAATGatgatgcaaaacaaaatctattaatctgtttaaaaagcACCTGGGCAGCCAATTATAGTGGATTAAGAAGATCCAGTGGTATAAGATGGTGAATGTGAATGATTTATGGGAGATCATACTATTGGTACAATTTTTCTGTAGTGGTGATCATCATAACCTTGACACAACAGCTCTATACTGTACGTTAGTCTGTAAAATGATTGAAAACTACAACAATAAAAGCGACGTATGCTTTTCAAACCCAGCTAGCTGAATATAAGTCTATTGTTAGACATTGTTTCCTAAAAATGCAGACTGTCAGGAATAACTGCatgatgttgttgttgagtTGTGAAGCAAAGTGGGTCAGCGTACATCTAGcctcctttaaaatgtaaatactgtatCAATGATTGGTTGGTTTGTATTTCACTTTACAATTGGCTGTTAACCAGTCAGATCGTGGCAATCGACAGTTCATGTTTTGGGTCTTAATGTATTTCAGGGCTTTAATCTTTATTGCATTATTGGTCAGTTGTGTGTAATAAATGTTCAGTTACACTACAATATAATTACTGACATACTATATTTCTGTAATTATCTGTCATTTATTACagacctttttttaaatctaaactggtacattgttgttttttgtgtatggTAGAGTCATTGAATTGCTACTGTGTTATGCTCTACACATGAcagcaaattacatattttgattgatttgtgaaaaagtgtatttttgtgaataaggggttttctttctcaaaaactaagtaaaaaaacaaaacaagaaactgtgGCCTTAAATGTatactgtgtattttcttttcagtaacCATTAGGCAGTCATGGCTAATCCTGCTCATTACTGGACAGCATGTTGAGCTTAAATATTGCACCCTTCTTTTCAAAACTCATCGGCTTCACATCAGGTACCAGCATTTGAAAAGGCAGTATAAAACACGACAATGTACATAGTGTTGGATAGATAATGAGCCAATATGGGTACCTCTTCATACAGGTTTAGTTGAATTACTGTATCCGAAAAGACAAGTTTGTGGaatttaatgaatgattgttatttataaaaggagtttattacagttttctttGTGTTCTCAAAAACTCTTACTGGTTTATTTCAAGCCATTGTTTACTTTAGGTGTATGATTTGTTCAGTAAAATGATTGAATCCTTATTGGTATGGGATTTTAATATAAACCATGCATATAGCATGTTAAATGCTCCAGTAAGGATATGTTGCTTTTCTCATGCTTtggcaaaaatgtaaaaaaataaaataaaaaa
>TU175621
GCTGCGGATGTTTTAGACGCTGCTGACCTTATGATAAGGAGACGGCGAGGAGCGCTGGGACACCATAGGAGCAGACATGAGCTGCAAGACGCTGTCCAAAGCTGAGCTGTTAGCAGCCGTCTCTCTGGCCGCTGGGACCGCAGCTATTGGTTTCCTGGCCTATAAGACCTTTTTCTCCAAGGATAAGTGCTGCAAGGCCAGGGTCAACCTAGATATCCAGAAGGACAACCCGAAGGTGGTGCATGCCTTCGACATCGAGGACCTGGGAGAGAAGGCAGTATACTGCCGATGCTGGAGGTCTAAGAAGTTCCCATTGTGTGATGGTTCTCACACAAAGCACAATGAAGAAACCGGAGATAACGTTGGTCCTCTCATCGTGAAGAGAAAGGAAGCTTGAAAAATCACAAATGCGCTTCCCAAGAAAGCTGCTTGAGATGCACTATTGtttgcttgtagatgtataaatcTGATTGAAACCTAATTGCAAGGACCCTCTGTGCTAATGTGTACTATttacagtaccgtagcacatcATTGTTTCTCTTAATCTGTgaagtttgatttatttgtttaatcaaaaatGGGAATGTCACCTGTAGTCTTGGCATTGGTATCAGTCTGTTTAGCTGCTTTCAAAACGGGTCTGTCTTCATAATTCTCCAAAGAGGGGCTTcttaagtgttttgtttcagattaaTTGCATTCATAGCTGAGGAAAGAATTTTTGCAAACCACTGTGAACTGTAACCAGTAAACCATGTGAAcgaaaaatgtttttaaagaagtTTGAGCGTTATTCTCAATTGACATTTTTTCTATTAAGTTTCCACAAAATGTATCTTCCCTTTATCTAAAAATGGAGGAGCAGAATGTCTAGATTTCACTGACAGTAAAAGTTCTATCTGCTACCTGTACAGAcccaatttatttaaatactgaatgtattttatttatttattttgcagctgcTAAAATAAGGCAGTATGTCCCGTTTCTTGTCAGCCCATTTGGCATTGAACCATTTGATCCGAccactttgttttactgaatcTTCTCAATCCAACGTTTTCCATTTGGCTGCCCTAGCGTCATTcagaacaatttgcagaatTTGCTTTCTTGAGTATTTAAGTAAATTCACTCTCCTTATAATTATGGAAAGGTATGAATGatgatgcaaaacaaaatctattaatctgtttaaaaagcACCTGGGCAGCCAATTATAGTGGATTAAGAAGATCCAGTGGTATAAGATGGTGAATGTGAATGATTTATGGGAGATCATACTATTGGTACAATTTTTCTGTAGTGGTGATCATCATAACCTTGACACAACAGCTCTATACTGTACGTTAGTCTGTAAAATGATTGAAAACTACAACAATAAAAGCGACGTATGCTTTTCAAACCCAGCTAGCTGAATATAAGTCTATTGTTAGACATTGTTTCCTAAAAATGCAGACTGTCAGGAATAACTGCatgatgttgttgttgagtTGTGAAGCAAAGTGGGTCAGCGTACATCTAGcctcctttaaaatgtaaatactgtatCAATGATTGGTTGGTTTGTATTTCACTTTACAATTGGCTGTTAACCAGTCAGATCGTGGCAATCGACAGTTCATGTTTTGGGTCTTAATGTATTTCAGGGCTTTAATCTTTATTGCATTATTGGTCAGTTGTGTGTAATAAATGTTCAGTTACACTACAATATAATTACTGACATACTATATTTCTGTAATTATCTGTCATTTATTACagacctttttttaaatctaaactggtacattgttgttttttgtgtatggTAGAGTCATTGAATTGCTACTGTGTTATGCTCTACACATGAcagcaaattacatattttgattgatttgtgaaaaagtgtatttttgtgaataaggggttttctttctcaaaaactaagtaaaaaaacaaaacaagaaactgtgGCCTTAAATGTatactgtgtattttcttttcagtaacCATTAGGCAGTCATGGCTAATCCTGCTCATTACTGGACAGCATGTTGAGCTTAAATATTGCACCCTTCTTTTCAAAACTCATCGGCTTCACATCAGGTACCAGCATTTGAAAAGGCAGTATAAAACACGACAATGTACATAGTGTTGGATAGATAATGAGCCAATATGGGTACCTCTTCATACAGGTTTAGTTGAATTACTGTATCCGAAAAGACAAGTTTGTGGaatttaatgaatgattgttatttataaaaggagtttattacagttttctttGTGTTCTCAAAAACTCTTACTGGTTTATTTCAAGCCATTGTTTACTTTAGGTGTATGATTTGTTCAGTAAAATGATTGAATCCTTATTGGTATGGGATTTTAATATAAACCATGCATATAGCATGTTAAATGCTCCAGTAAGGATATGTTGCTTTTCTCATGCTTtggcaaaaatgtaaaaaaataaaataaaaaattacatgtatgtttctaattaaaaaaacatagaatTCTGTAAGATCTATCCAGTGGTTTGTTTTCCCTTAATTGACAGGGTGATGGAG

Function

NR:

description
PREDICTED: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1-like isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component
GO:0051537 2 iron, 2 sulfur cluster binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00002935 False 2527 mRNA 0.37 3 7062561 7066350
TU175621 True 2555 TUCP 0.36 4 7062473 7066321

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00002934 NA coding downstream 2585 7040280 ~ 7059888 (-)
AMCG00002933 pcdh15b,LOC108273410,LOC106578947 coding downstream 305682 6743734 ~ 6756791 (-)
AMCG00002932 LOC106589399,LOC101467287,LOC102215614 coding downstream 325199 6645632 ~ 6737274 (-)
AMCG00002927 a1cf coding downstream 633033 6422004 ~ 6429440 (-)
AMCG00002923 NA coding downstream 707607 6345840 ~ 6354866 (-)
AMCG00002936 NA coding upstream 11584 7077934 ~ 7081623 (-)
AMCG00002941 NA coding upstream 122987 7189337 ~ 7197989 (-)
AMCG00002948 chat,LOC107588646,LOC107683741,LOC107707518,LOC108245700 coding upstream 296702 7363052 ~ 7371613 (-)
AMCG00002947 NA coding upstream 336231 7402581 ~ 7407518 (-)
AMCG00002951 NA coding upstream 367901 7434251 ~ 7446572 (-)
G139593 LOC100846954,LOC107575789 non-coding downstream 552348 6482267 ~ 6510125 (-)
G139496 NA non-coding downstream 903710 6157743 ~ 6158763 (-)
G139249 NA non-coding downstream 1665914 5396339 ~ 5396559 (-)
G139039 NA non-coding downstream 2478301 4583865 ~ 4584172 (-)
G139029 NA non-coding downstream 2551166 4507504 ~ 4511307 (-)
G139668 NA non-coding upstream 152519 7218869 ~ 7219192 (-)
G139752 NA non-coding upstream 389194 7455544 ~ 7458491 (-)
G139825 NA non-coding upstream 879702 7946052 ~ 7946521 (-)
G139867 NA non-coding upstream 1044675 8111025 ~ 8115245 (-)
G139881 NA non-coding upstream 1114940 8181290 ~ 8181576 (-)
G138932 NA other downstream 3059669 4001650 ~ 4002804 (-)
AMCG00002828 NA other downstream 3109149 3928761 ~ 3953324 (-)
G138741 NA other downstream 4343054 2718208 ~ 2719419 (-)
AMCG00002752 p4ha1,LOC107753313,LOC106578992 other downstream 6137075 920788 ~ 925398 (-)
AMCG00002743 psap other downstream 6240882 805760 ~ 821591 (-)
AMCG00002945 NA other upstream 282461 7348811 ~ 7352821 (-)
AMCG00002970 cj104,anapc16 other upstream 864816 7931166 ~ 7938241 (-)
G139933 LOC108443181 other upstream 1419011 8485361 ~ 8494596 (-)
G140006 NA other upstream 1780682 8847032 ~ 8847840 (-)
G140015 NA other upstream 2170308 9236658 ~ 9237730 (-)

Expression


Co-expression Network