G6684


Basic Information

Item Value
gene id G6684
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 39122547 ~ 39148294 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU8179
CTTCATGACCTTCACACAACATATTAACTTATGTTAAAGATCTAGCAAGTGAACAATGCAGAAGAATAATGTTCTTGTTATTAAGAATTCCAACAATTTgttcatcttaaaaaaaaaaaactttaatagcGTCGGGACATGGCATTCaacatttacatgtataaatatgtataaaaacattttgttaaacattttttaattcagtaaaaTTCAAACAGGCTCTTAAAATGCAATCAACAAAGAAATGAACAAGACTGATAAAGAGTGGGGGaagcacaaaatacaaatatagtggaaagaatgctttaaaaataaaaaatatttatttgtaaaatgcagataagaaaataactgtcacatcagttttgtatttttgacatTCATGTACAAATACTGATTTACTTGAAGATGCAAGTATCTTACTAGCAAGAAACACTGCTGGGATGAGAGGGTTTTAGTAGGTTAGCATAAAAATCTAACTGCAAGTgtatcatttttatgtttactgcaacagaaacatttaaatttaagagAAAAGCTTCATTAAACACCCCAGCTAAAGCTGATCGGAGTGGTGCTTTTCCATTTCTAGTTATAAATAAGATGACCTTCAACTaaatctgattaaaaataagCCCAAGGGATAGAAATCACATGAATGTATATTCAAATTCAAGATTAGCCTTCTTGACATATATTtagtaaaaatatgtaaaattacacctcataaaaaaaactttcctcTGTACCCTTGGAAACCTGATGAAAGACACTATTTTGGCTTATTTGTTTTGACTTAATGTAGATCTTGTTCACTGAATATTCAGGCAATTCTGTAAATGTtgattttatactgtattgttaATAACAGACACTAGAAAATACGGGGGCTAACAATGCTAATCAAGATGGCTGATTTACTGTCaaccattgtttaaaaaataattgattaacaaattcatatgcatttttcatacaatctttcaaaataaaatatgtaacactattggcatttaaaaaaataaatacaattcatgCTCTTGAAATTACAGATGCTTTTAACACCCACAGTCAATTACCCTCTAACCAAGGAAACCCTGTTTgaataaagaaagcaaagattaaacaatattaaattaatacaagcTGGCATTTTGTAACTGGGCTTTGAGTGTCAATCAatagtcatatatatattgacactCTTTTACTTTAatgcagatatttgttttttaacagaagtatgtaacattaatttaaaaatgttgagttatattgttttcttattaagcAGACAAAAAGTGGTCTATTGACATCAAGGATCTCTGGCACAAAGTGACATTCTAAGAAgactggaaagaaaatacaaaggaaacatggcaaatacatatttatctgAAGGGAATTTAAATGGATGCATTACACTTCCCAATTTAAACTGAAGCCACTTTTCTTCGATATATCTCAGAATTCTTgggaacattttgaaatattataaaataagcaTAACATGAACAATGATGTGCccttttctgtgatttaaaggGGAAAAGAGGCAATAAAGTGCAAATTTAGATCATACCTATAGCCATGATAGACATCTTAAGACTTAACTACAATTGGTGAAAGTACACTGTTAAAGGTAAATGATTACTTTGCATCTAATGTACACGTGTACCCCAATATAACGTGGTCCTCGGGGGACTGCGTTACACGAAATTGCTTTGGCCTCGAGCATTCCCAGTATTTATTGTCttgcaaaaaatgtttgttaGCGCTAACACAtgtatgcagtaaataaatctgtgctACAATGGTTCAATTGTATgtcctttctttaattacaacagTTATTTTATAAGTTTACTTAAaacatacagtgtattaacaacacCGGTAATAAACACTAATAAATGTCACCATGTGGGCTCGGTTTCATCATAAATTAATAGTTTGGTCTGCGGAAAATTAgaaattcatataaaatatcagaaaacgcttttaattacacatccttacaaattgttgtaaaaaGGATTTGGGCATTTTAACAAATAGGAGCATGGACCGCTTTGTCTTTTAGCCAACTATGTTATATGTAGATtgttaagtaaaacaaaacaaaaatttgaACTTTTGTAGAGTTTTTACTTATAGAAAAGGTTCAAATGAAGCTAAAAAGTGTAAATTAATCAATGTGTGTAAACTGTCAATGTTATAACTTTAATCAAGACTTGCAGACAGGACTGTTTTCATGCAATGAAGATCagagtgaaagtttaaaaatgctgtaaatgagCTCGGCTTTGTGTTCTGACTTTCCAAACAATTTTTGCTTTACCACGTTAAACCAGAATTTGCATTATATCTGATTGGGTTATATCAGGGTAGAGGTGTATATCAAATGGCATACTTGACAACAGGCCACTTTCACAAGCAACAGCGACATGCCAATTGGGCTGAATTGGTCCGccaataatcataaaataacagGTGGTAATGTTCCTCAAAAATGACTATATGCAATGATAGTAGACAGTATTCAAACAGTACAGCTACATTTTGCATGAGAAAgactaagggccggattaagtcaaaactttgacccacccgctaatagcaaactacaaacctgtacatcaaaGCGGTTACagttatgattagaagaaagtgtcatcttactgaaaatgaaaccacaactgagtacagttctTCAGTTTTCCA
>TU8180
TCGGGACATGGCATTCaacatttacatgtataaatatgtataaaaacattttgttaaacattttttaattcagtaaaaTTCAAACAGGCTCTTAAAATGCAATCAACAAAGAAATGAACAAGACTGATAAAGAGTGGGGGaagcacaaaatacaaatatagtggaaagaatgctttaaaaataaaaaatatttatttgtaaaatgcagataagaaaataactgtcacatcagttttgtatttttgacatTCATGTACAAATACTGATTTACTTGAAGATGCAAGTATCTTACTAGCAAGAAACACTGCTGGGATGAGAGGGTTTTAGTAGGTTAGCATAAAAATCTAACTGCAAGTgtatcatttttatgtttactgcaacagaaacatttaaatttaagagAAAAGCTTCATTAAACACCCCAGCTAAAGCTGATCGGAGTGGTGCTTTTCCATTTCTAGTTATAAATAAGATGACCTTCAACTaaatctgattaaaaataagCCCAAGGGATAGAAATCACATGAATGTATATTCAAATTCAAGATTAGCCTTCTTGACATATATTtagtaaaaatatgtaaaattacacctcataaaaaaaactttcctcTGTACCCTTGGAAACCTGATGAAAGACACTATTTTGGCTTATTTGTTTTGACTTAATGTAGATCTTGTTCACTGAATATTCAGGCAATTCTGTAAATGTtgattttatactgtattgttaATAACAGACACTAGAAAATACGGGGGCTAACAATGCTAATCAAGATGGCTGATTTACTGTCaaccattgtttaaaaaataattgattaacaaattcatatgcatttttcatacaatctttcaaaataaaatatgtaacactattggcatttaaaaaaataaatacaattcatgCTCTTGAAATTACAGATGCTTTTAACACCCACAGTCAATTACCCTCTAACCAAGGAAACCCTGTTTgaataaagaaagcaaagattaaacaatattaaattaatacaagcTGGCATTTTGTAACTGGGCTTTGAGTGTCAATCAatagtcatatatatattgacactCTTTTACTTTAatgcagatatttgttttttaacagaagtatgtaacattaatttaaaaatgttgagttatattgttttcttattaagcAGACAAAAAGTGGTCTATTGACATCAAGGATCTCTGGCACAAAGTGACATTCTAAGAAgactggaaagaaaatacaaaggaaacatggcaaatacatatttatctgAAGGGAATTTAAATGGATGCATTACACTTCCCAATTTAAACTGAAGCCACTTTTCTTCGATATATCTCAGAATTCTTgggaacattttgaaatattataaaataagcaTAACATGAACAATGATGTGCccttttctgtgatttaaaggGGAAAAGAGGCAATAAAGTGCAAATTTAGATCATACCTATAGCCATGATAGACATCTTAAGACTTAACTACAATTGGTGAAAGTACACTGTTAAAGGTAAATGATTACTTTGCATCTAATGTACACGTGTACCCCAATATAACGTGGTCCTCGGGGGACTGCGTTACACGAAATTGCTTTGGCCTCGAGCATTCCCAGTATTTATTGTCttgcaaaaaatgtttgttaGCGCTAACACAtgtatgcagtaaataaatctgtgctACAATGGTTCAATTGTATgtcctttctttaattacaacagTTATTTTATAAGTTTACTTAAaacatacagtgtattaacaacacCGGTAATAAACACTAATAAATGTCACCATGTGGGCTCGGTTTCATCATAAATTAATAGTTTGGTCTGCGGAAAATTAgaaattcatataaaatatcagaaaacgcttttaattacacatccttacaaattgttgtaaaaaGGATTTGGGCATTTTAACAAATAGGAGCATGGACCGCTTTGTCTTTTAGCCAACTATGTTATATGTAGATtgttaagtaaaacaaaacaaaaatttgaACTTTTGTAGAGTTTTTACTTATAGAAAAGGTTCAAATGAAGCTAAAAAGTGTAAATTAATCAATGTGTGTAAACTGTCAATGTTATAACTTTAATCAAGACTTGCAGACAGGACTGTTTTCATGCAATGAAGATCagagtgaaagtttaaaaatgctgtaaatgagCTCGGCTTTGTGTTCTGACTTTCCAAACAATTTTTGCTTTACCACGTTAAACCAGAATTTGCATTATATCTGATTGGGTTATATCAGGGTAGAGGTGTATATCAAATGGCATACTTGACAACAGGCCACTTTCACAAGCAACAGCGACATGCCAATTGGGCTGAATTGGTCCGccaataatcataaaataacagGTGGTAATGTTCCTCAAAAATGACTATATGCAATGATAGTAGACAGTATTCAAACAGTACAGCTACATTTTGCATGAGAAAgactaagggccggattaagtcaaaactttgacccacccgctaatagcaaactacaaacctgtacatcaaaGCGGTTACagttatgattagaagaaagtgtcatcttactgaaaatgaaaccacaactgagtacagttctTCAGTTTTCCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU8179 True 2724 lncRNA 0.66 2 39122547 39148294
TU8180 False 2593 lncRNA 0.54 2 39122678 39148294

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004225 NA coding upstream 158912 38954137 ~ 38963635 (+)
AMCG00004224 crls1,LOC107663140,LOC107737905,LOC107678734,LOC103476593 coding upstream 267230 38850789 ~ 38855317 (+)
AMCG00004223 mcm8,LOC107738559 coding upstream 272536 38840016 ~ 38850011 (+)
AMCG00004222 NA coding upstream 288579 38825821 ~ 38833968 (+)
AMCG00004218 NA coding upstream 378981 38731508 ~ 38743566 (+)
AMCG00004228 NA coding downstream 101168 39249462 ~ 39293233 (+)
AMCG00004229 NA coding downstream 154415 39302709 ~ 39312703 (+)
AMCG00004230 NA coding downstream 249209 39397503 ~ 39436248 (+)
AMCG00004233 NA coding downstream 292832 39441126 ~ 39442709 (+)
AMCG00004231 lamp5,LOC106571558 coding downstream 296905 39445199 ~ 39453488 (+)
G6676 NA non-coding upstream 155657 38966678 ~ 38966890 (+)
G6667 NA non-coding upstream 195517 38926738 ~ 38927030 (+)
G6653 NA non-coding upstream 263542 38858118 ~ 38859005 (+)
G6627 NA non-coding upstream 345047 38775953 ~ 38777500 (+)
G6617 NA non-coding upstream 366295 38749914 ~ 38756252 (+)
G6769 NA non-coding downstream 620090 39768384 ~ 39768607 (+)
G6771 NA non-coding downstream 622171 39770465 ~ 39770698 (+)
G6807 NA non-coding downstream 796206 39944500 ~ 39945055 (+)
G6819 NA non-coding downstream 866973 40015267 ~ 40034323 (+)
G6840 NA non-coding downstream 940314 40088608 ~ 40088914 (+)
AMCG00004210 fam49a,znf395,LOC108440968,LOC106571599,LOC107696187,LOC107553485,LOC106608122 other upstream 1274827 37832623 ~ 37847720 (+)
G6369 NA other upstream 2122389 36999357 ~ 37000158 (+)
G6328 NA other upstream 2230801 36861547 ~ 36891746 (+)
G6314 NA other upstream 2348024 36774001 ~ 36774523 (+)
AMCG00004179 ptrhd1,LOC103399259 other upstream 2424662 36687630 ~ 36697885 (+)
AMCG00004257 dusp10,LOC106607590 other downstream 1178116 40326410 ~ 40341235 (+)
G7094 NA other downstream 2311282 41459576 ~ 41507231 (+)
AMCG00004304 NA other downstream 3062136 42210430 ~ 42216362 (+)
G7329 fabp7,LOC108247051,LOC104945778 other downstream 3540485 42688779 ~ 42691109 (+)
AMCG00004355 hyou1,LOC100380749 other downstream 5469891 44618185 ~ 44640732 (+)

Expression


Co-expression Network