AMCG00016740 (ormdl3,LOC108273759,LOC107723636,LOC107657273,LOC107556587,LOC102217224,LOC106521946)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00016740
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gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 29201872 ~ 29225587 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00016740
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>TU19222
TGTGtggtttgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacgtatgtatgtgtacgtgtacatttacagtatataatgCGTGAGCTTAAGTTAGCTCTTGGCCATAGAATGTGCAGCCATACAATCTCTGAAGCAGGGTAGAATTCCAgggcttttctgtttgtttgtttttgtttgtgtgtgtgtttcagctgTGTTTGCAGGGTGTGGCCACTTTATTAAGAACTACCCCCTATTAAAGGGCTGAGGGGGCTAGTCAGTTGCCAGAGCACAGGGACTTTTATTTAGAGACTCAaatggagagagatggaggaaaGTTCCCTTGAGCatctgcagctttttttttcctccccatgCTCACAAATGCAGTCATACAGAAATCATCGGTTCACACGTCTCAGACTGAAAGTGCTCAGTTCGGGTTTTTGTCTGTGCAAAGTTCGTTGTTGAGTGTGACCTTACACTTATGCATGATGAATCGCCACATTTCTCTCAGGAGTCGTTTCTGAAGAGTGCTTTGCGATACAACATACATTAACCAAAGCACGGGAAATTTAACTTAGTCACAAATAGGGGTTACGAGAAATCAGTTTGAACTATATCTTAATTGTTTATGCGAcggttttattgttattattatttttatcattataattagtttgttattttgctGCATCATTAAAAATATCCCAGTGTTGTCAGTTTCCATTTTGCTGGGCTTTTTGAACACTGTTTTGTTATGTAAACTACAGGTACACATATAAAGACCGAACAGGGGAGCATTCCACTAGGTTAAAAGACTAGTTGGATGtctctttttttaacattttatttaatgaacttGCTTGCTTTGAATAAATTAGTTGGGTAGGGTTCTCGAACTGACAGCACTGGTGGAAATGAGAGAATCGTGGGGATTCATTTTCAGGGACTGACAGGGTAGACAGACATAGACTGGCTGAGATTATGACATCTGAAAGCCATCAGGAACCCCAAACACTTAATAAAGATAGGATGCAAGCCATACTTTGAGAGAGGGGTTGTCTTGTTATCGTTTGTCATTTTTGTCTtgcctaataaagtggccacatGCTGCATTCTCATTAGGGGAAGAGGTCGTGTCCAGAGAACTGTGAGATGgcagttattttttaagttgGCAGAGGGACAGAGGTAGCAGTGCAGTCTCTTGCCAGCTGTGTTTAAAGAGTGCTTATTCAGAGCCAAGAAAGGGAATTCGGACttgaaaaggcagaaaaaaagaaggaaTCTGAAGTCAGCTTGGGGAAATGTCAGTGACCGCACAGAGCCCAGTCACTGATCAGTGAAGCGCCGCAATGGTGAAAACACAGCTGATTGTGCTATCGGAGGTCTGGGCTCTCTGATAGCAGAATTTAAGCCTGATCATTTCCTCTCTGGAATCACGACCGGCCGAAGCCTGGCTGGCTGCACACCAGGCTACagtttctgtatgttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttttgtttgttcgttcGTATGTTCGTTCAATTTACCTTTTGCACTTGTCTCCTTAAGACCTAGGTGACATCGTACTTTAGTTATGTCAtttttgaggggaaaaaacaaaacaaaagaacgtgactacaaaaaaaaatgtattaaaggcatAGAGAACTTTTTATTAATAACGTAACCATTTAGTTGTACTTTATTTGAGTATCGGaaggcatgtttttaatttcaaagttatttcggtttgttttgcttttcagtgTAATTACGTAGCACTATGTAGCAGTATGAAGCATGTTTTTTGCAAATTCTGGTACTCATTTTTCTTGTTAATATGCCTAGTTTACCCCCTCCATTCTTCACGGTACATTTGTCTTAGAGTTAGAAATCAACATGCCCAGTTCACCCTCCCTCCCTTGAGCCAAAACACTGTCCTGTCAAGCAATATCAGTTGGTTCTGAGCAGTCATCTTAGCCAGCTTCCGGTATGAAATTTGTATTGCACCTATACAATTTCGTAATCCCCTCAATTTTAGTTGAATATTTGTCTTGCTTCGGACCAGAatagaaatgcaaatgaaaaggTTACTTTTAGGACACCGCTGGCTCGAGTCCTGGGTGCGTTGAGTTAGTGATCTGGACAGGCATCCTGGGTGGAGACATGATTTCATCTTTGCCTTTATGCGGGCTTCAGATCAAGAGCAGCCCTTTTCCCTCCCGCATTCAAAATCTCAGCGATCTCTGCTTAGCAGGAAAACTGGGCAGAACCGGAGCGTAAGACCTAAGAAATTAGTGTCAATGAGAAGGAGCTCGAAATGGGGAGAAGTGATGATGCAACTGGGCACGTGCAGTAGAATCAAGGTATACTAAAAAGACAATGCTCACTGTTAAGTGTATTTCACTTGTCCGAAGTTCAATGACGCctgcaatgtttgtttgtgttaggCGAGAAAGAAAAACCAAACTAACGAGGGCTATCTAGTGTATTGAGGTGTTTGTACTTGAGAGCTCAGATCTTTAGATTTATAGAACATTTACAGTCGTGCAATAGAGCTATTAATACTTTAGGGTAGTTAGTTAGCTGTAATCTTGATTTAAATAttctctgtgctgtttttcagtttttttttctcagtagATCTCTAAGTATTTTTCTAGTGATGTATTCTATACTGTATTCTATGTAAAATCCAGGAAAGGAAGGCATTTGAAATACTCTCGGTAATGGAGGGATTGCAGTGAGTGAAGGGCACTGACAGTGTGCCTGACCTGAGGGCCTGTCCTGAGAGGGCGCTTTATGCCACCACAATTCATGTGTGCCTGTGTTACTAACCCCTTTTCTACAACACAAACTATCCCCACAGCAGACATTGGATGAAAAGCATCAGTTTATGGTGAAAAGTTCAGCTTGAACAAGGGTTTTCATTCTGGACAGACTGAACTCTGTAGCAATGCTTAGCATCTTCACCTCCTGCCCTACTGTTGTTATTTATCAGTTTGTGGGCCCCATGAAACTGAGCcagtttttgatttatttcattttaaaacaatcattgtTTGCCAAAGATCAGATTTCTGCAGTTTATTCTTTAGATTAGTTATGTGcacaagtttgtttgtttggtttgtttaattcattttataatttttttaatgtttaactttgaccagtttttactttttgtgtgttttaagttcACTGGCAGAAAGGCAAAAAGAAAATGGCTGAGTTCCTGATATATATCTGTTTAGTTAGTGTCTGGCATATGTGATCCCAGGCCTCATTCCCCTCTTCAACCACAGCTATATCATGCTTTGCCTTTGAGCAAGCTGTCTGTCAATAGTCTGCAAAAATGCTTGTTAGAAAACAGGTGTTTCTAACCTACAAGCTATCTGTGACAGTTGACGTGGTGTAGTTGAGTTGACACGAGCGTTGCAGTTTGCAGGTCAGGGTTTACGCTGTAATTAGGGTATTTTGCGATCTGTCCCTTTGTCCTTCAGAAACTCATCCATGTGTGATGGTTTTGAAAGCACAGACTATGAATGCCattgcagctgtgtgtgtttgtgtgcctggATGTGTGGCGCACTTCAGTGGACctcagcagtccagtccagtccattaAGGGACACTCTAAGCTTATTTGAAAAGGCAGAGCATGTAACCCCAGCCTTGATTTTTATGAAACACAGATGACTGATTCTAAATGTTGACAGCTTCATAGCAGATAGCTGCAACAATAGACATTACCACTGGCTACTTCCCAGCAGTGCCTGCCAAGCACCCATTTCTCCTGACTGGTCTTCCCCTTAAGGCAGCGTACCCTTGGGCCAGGCCGTCTTCTGATTTGTATTTCAGGCCAGCTCTCAGTAACTGCATTGAGCTAAATAATTTCCCCCAGTTACTAATACTGGTGTCGTTGTTGTTTTCAGCTAATAAATATTTGCAGCTTTCATAACATTTTATGGATAGCTTAAACAAAAAAGTCTTAGAGGTGGCAGCATTTCTCGTCAGATTCTTTGTTCAATTAATGAAAAGCTAAGCTGAGGCAGAGGACAGGAGAGACAATGTGCCAAAAGCACGTGGTTCTGGAGTCACTGTCTTAAGGGACTAGTGGCTAGTTGTATAAAATACCTAAATTGCTGAATATCTTAAGAGTTAAGAATGGCAGCTTCCCCCTTCACGAGTAACTTAAACCTAAGGAGTACTGAACTAGAAAACGAAGATGAAACGTCACTTATTTTGAGGCAACGGGCCTCAGGTGAGACTTGCTGCTTTCCTGTGGTGTTTTCCTTCAGCAGTAGTGGTATCTGTGCTCTTGGGCTCATCTTCACATTCATAGGGGCTTTGTCCCATGTTGCTTTAAGTAGACTGCGTGAAGTGTGGAAGCCTCCCTCACAAACGACTGACTGCTCTAAAAAAAGCGCATTGTTCAGAAGTCACATCGTGGAAACTGATAGTTCAGCACCTCCTGCTCATCCGTGCTTCATTTAATGACCTGCTTACTCAGCCAGCCGGGGAAGGGCCCCCTTACATCTTCTCATGATCCCCTCTCTTTACCTCTTCTCTCATGCATCTTaatcttgtgttgttgtttgatttaattccatatacatttttgaacaaGTTCCTAAAATTAGGagcatttttaattcataaagCATTATGCCAATGGGCTATTTTTTGCAGGACAAAAACATGGCTAAAAGTATGTGTTCCCATGTCACTACTTGTCCAGCTGAATTAATGCACAGGTCAGAAACTCAGCTCTTTTACATAGAGGGGCAGGGGGGTGTCAGCAGCAGGCAGCAGGGTGTGGTCAGTCCTTGGTTTTGCAAGCAGCTGATATGCTGTGATAAATCCATTATGTGCTGCCATTTGGACACGGGGATTGTAGCAACTCAGACAAAAGAGTTGCTTTGTAGCACTCATGTGCACCCAGACGGCCCAGGGACTGAATGTTAATTTCAAATTGACTGTAagagagagcgaga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Function

symbol description
ormdl3 Predicted to be involved in cellular sphingolipid homeostasis; ceramide metabolic process; and negative regulation of ceramide biosynthetic process. Predicted to be located in endoplasmic reticulum. Predicted to be part of SPOTS complex. Orthologous to human ORMDL3 (ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 3).

NR:

description
ORM1-like protein 3

GO:

id name namespace
GO:0006672 ceramide metabolic process biological_process
GO:0035339 SPOTS complex cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA

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Neighbor

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AMCG00016736 dlx3,dlx3b coding downstream 248076 28949450 ~ 28953796 (-)
AMCG00016733 s2540,LOC106601558,LOC108434938 coding downstream 463269 28725609 ~ 28738603 (-)
AMCG00016727 NA coding downstream 683124 28509826 ~ 28518748 (-)
AMCG00016743 nsf,LOC107601245,LOC108260232,LOC107688085 coding upstream 40172 29265759 ~ 29288483 (-)
AMCG00016742 LOC104926834,LOC100703712,LOC108442534,LOC107688086,LOC107709998,LOC107601249 coding upstream 87801 29313388 ~ 29322785 (-)
AMCG00016744 myo1d,LOC107743773,LOC107677861,LOC106908042 coding upstream 130605 29356192 ~ 29362007 (-)
AMCG00016748 NA coding upstream 147065 29372652 ~ 29405744 (-)
AMCG00016749 rara,LOC100136372,LOC106578316 coding upstream 199009 29424596 ~ 29445568 (-)
G15448 NA non-coding downstream 135484 29066111 ~ 29066388 (-)
G15365 fam171a2,LOC106600878,LOC106607454 non-coding downstream 505952 28695698 ~ 28695920 (-)
G15364 NA non-coding downstream 519534 28681838 ~ 28682338 (-)
G15330 NA non-coding downstream 750240 28451398 ~ 28451632 (-)
G15291 NA non-coding downstream 915427 28284362 ~ 28286445 (-)
G15525 NA non-coding upstream 35725 29261312 ~ 29264667 (-)
G15585 NA non-coding upstream 577308 29802895 ~ 29807133 (-)
G15673 psme3,LOC106589310,LOC107706898,LOC107669474 non-coding upstream 813203 30038790 ~ 30041875 (-)
G15675 NA non-coding upstream 816988 30042575 ~ 30044565 (-)
G15690 NA non-coding upstream 883866 30109453 ~ 30113284 (-)
AMCG00016732 NA other downstream 416365 28781472 ~ 28785507 (-)
AMCG00016712 NA other downstream 1044672 28130012 ~ 28157200 (-)
G15076 NA other downstream 1773221 27424893 ~ 27428651 (-)
G15067 NA other downstream 1797950 27401676 ~ 27403922 (-)
G15026 NA other downstream 1831733 27369590 ~ 27370139 (-)
G15706 NA other upstream 975872 30201459 ~ 30202351 (-)
G15787 NA other upstream 1300705 30526292 ~ 30529500 (-)
AMCG00016815 NA other upstream 2154960 31380547 ~ 31388268 (-)
AMCG00016847 NA other upstream 3035962 32261549 ~ 32267968 (-)
G16247 NA other upstream 3197471 32423058 ~ 32423438 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000063_03615200_03619061 ORMDL2, ORMDL3 coding CI01000063 null 3615136 ~ 3620436 (-)