XLOC_006280


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006280
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 50383914 ~ 50390410 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013696
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>TCONS_00013697
tagtagagtcaaaaacttacatgcaGCACCTTTAAGGCAGGAAAAAGATGGCGATGATCTCATTAAACCactaaaacacacatacaaaacaaaaacaataacatcATGACTagaaaatattgtatttatttacaatttacagACACAAGAAAAACGTCAGCATTTGTTTCATTGCCTCCATGtgtctcaacacacacacacacacacacacacacacacacacactcaccgcaAAACAAGTGCATTAAGACTAATAATGAATGTCCTGCACCTTGACTGAGTTTATCACTCGCTTATTATTGAACTTGCTCATACATTTATTACTCAGAAACTGTATTAGTGGCTTTTTTTGAGCTCATGCAAACATCTTAATACCTGTACGGCTTTGCATCGCCACTGAACACATTCACTTTTCACCAGTTTTCTGCTGCTTATCTCAGATTTTGCTACTTACTCAATAATATCTGAGAGTTAAACACAAGAACAACTGAAAACTATCAATGCGTGTTGTTTTTTTAGGTGCGAGGGAAACACTTTCCCtctgttttcatatttaaattgAAGTCCAATGCTTATTAGGTCAAAAGAGTaaagtaaaaactaataataataaatgaaaacgcCTCAAATATTGCAGTAAATTGAGTCATTTTAGGCCACAATAATCTGATTTATTTTCAGACAATCCCTGATACTCCATAACTTGGACAAGGAAAGCTCTCAGAATTAGCTGTTTACTCAATGTCTGAAAACAATCGATGCGTGTTGTTGCTTTAAGTTAAGGCACGTGACACAGAGGAGGTCTGTGAGCCACACACACAACTTTCCTTGaacaaaatctgaattattaatgATAATCTTTATGCGTTTCATTCAAAATAGCGTGCCAAATCACCACAGTATATCAACTTATTGGTACTTTTAgagtaaaataaagaataaaatgattttatttgtaaCAAAACTAAACACTAAGGACTTTTAGAGCTGATTACATTACAAAAGGATCATATgctattaataaataatagcatTTAATCATTTTTGCCTCATTTCTACATATACCAgtagtctcaaactcaatttctggagggctcTGCACAGTcaagctccaaccacctccaactcacacctgcttaatagtctctagtagtgtTGATCATtaagatcagctgtgtttaattagggttagagcaaaactgggcagagctgtggccctccaggaatccagtttgacaCCCATGACATAAACTAACACACTTAATAGCATAATAGCTTATGCATTATACCAGTAGTTAATGCACTTTCAACAAacattatatataatacataaaaataaaaaatacataaaaaattaaatataatacataacGTTACTAATGGTAATGATGGATACAGCTATTGTTATATGCTATTTGAGCATCCTTGAGGAAATAGCTaaatctatattatattataatgttataattataaaacatattataaaatgacaatataatatattaaacatattacTATATTGAAATATTATAACGTTTATATGAGTATTATGTGTAAAATTTGATCATAAACCTTGTAATTTACAATGTTTGTaattatatgaagagttcagatgcaaaaacctctaaatgtcgtCTGAAAATTCTCTTAAATGAGCGCAGCTATATCCGgttcctgtgtgtatgttcaataatattacGTTTATAGCAGAGAACAAGTCCTTTTCCtgctctttaaagtgaaatatctcaacttAAACAAACCAGGCTgggaaaaatgttcatttatgatGGAAATTTCAGTCGTCatatagaggtttttgcatctgaactcttcatatg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013696 False 1928 lncRNA 0.31 2 50383914 50386632
TCONS_00013697 True 1841 lncRNA 0.32 2 50383914 50390410

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006279 cox5b2 coding upstream 5876 50375800 ~ 50378038 (+)
XLOC_006278 dnajc12 coding upstream 10893 50368668 ~ 50373021 (+)
XLOC_006277 gpr137ba coding upstream 211949 50151407 ~ 50171965 (+)
XLOC_006276 NA coding upstream 516506 49865172 ~ 49867408 (+)
XLOC_006275 NA coding upstream 558016 49825560 ~ 49825898 (+)
XLOC_006281 NA coding downstream 61494 50451904 ~ 50454700 (+)
XLOC_006282 NA coding downstream 80450 50470860 ~ 50471274 (+)
XLOC_006283 CU570781.3 coding downstream 91407 50481817 ~ 50517225 (+)
XLOC_006284 NA coding downstream 97747 50488157 ~ 50490156 (+)
XLOC_006285 NA coding downstream 130215 50520625 ~ 50521600 (+)
XLOC_006273 NA non-coding upstream 1070574 49308550 ~ 49313340 (+)
XLOC_006272 NA non-coding upstream 1096604 49283773 ~ 49287310 (+)
XLOC_006270 CABZ01005325.1 non-coding upstream 1401114 48982686 ~ 48982800 (+)

Expression


Co-expression Network